3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 공익사업용으로 수용된 토지를 그 공익사업이 취소되어 환매하여 취득하였다가 다시 다른 공익사업용으로 수용되어 양도한 토지의 취득시기와 취득가액
- 나. 사실관계 및 판단 (1) 소득세법 제98조 는 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제162조 제1항은 대금을 청산한 날이 분명하지 아니하거나 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일을 그 자산의 취득시기 및 양도시기로 한다고 규정하고 있는바, 위 각 규정은 납세자의 자의를 배제하고 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 소득세법령의 체계 내에서 여러 기준이 되는 자산의 취득시기 및 양도시기를 통일적으로 파악하고 관계 규정들을 모순 없이 해석·적용하기 위하여 세무계산상 자산의 취득시기 및 양도시기를 의제한 규정이라고 할 것이므로(대법원 1999.6.22. 선고 99두165 판결 같은 뜻임), 양도의 원인이 당사자간의 계약에 의한 것인지 법률의 규정에 의한 것인지를 불문하고 위 각 규정에 의하여 자산의 양도 및 취득시기를 정하여야 할 것이다(대법원 2002.4.12. 선고 2000두6282 판결 같은 뜻임). 한편, 공익사업법 제91조 제1항은 토지의 협의취득일 또는 수용의 개시일로부터 10년 이내에 해당 사업의 폐지ㆍ변경 또는 그 밖의 사유로 취득한 토지의 전부 또는 일부가 필요 없게 된 경우 취득일 당시의 토지소유자 등 환매권자는 일정한 기간 내에 그 토지에 대하여 받은 보상금에 상당하는 금액을 사업시행자에게 지급하고 그 토지를 환매할 수 있다고 규정하고 있는바, 위 규정에 따른 환매는 그로 인하여 결과적으로 환매권자가 종전에 협의양도하거나 수용된 토지의 소유권을 회복하는 측면이 있다 하더라도, 이는 어디까지나 환매권자가 종전에 협의양도하거나 수용되어 양도하였던 토지를 공익사업법이 정한 절차에 따라 사업시행자로부터 새로이 매매로 취득하는 것이지 종전의 협의양도나 수용의 취소 또는 해제로 볼 수는 없으므로 이로 인하여 이미 이루어진 물권변동의 효력까지 소급하여 소멸시키는 것이 아니어서, 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 협의양도하거나 수용된 소유자는 이로써 그 토지의 소유권을 상실하였다가 그 이후 공익사업법에서 정한 절차에 따라 해당 토지에 대한 환매권을 행사하고 환매대금을 청산함으로써 그 소유권을 새로이 취득하는 것이므로, 그 토지를 다시 공익사업용으로 그 공익사업의 시행자에게 양도한 경우의 양도 자산의 취득시기는 환매대금 청산일 또는 환매로 인한 소유권이전등기일이 된다(대법원 2012.4.26. 선고 2012두744 판결 같은 뜻임).
(2) 또한, 소득세법제97조 제1항 제1호 가목은 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비 중 취득가액은 양도자산 취득에 든 실지거래가액으로 한다고 규정하는바, 환매권자는 공익사업법 제91조 제1항 및 제4항에 따라 사업시행자에게 환매대상 토지에 대하여 받은 보상금에 상당하는 금액 또는 시가변동을 감안하여 사업시행자와 협의한 환매금액 등을 지급하고 환매권을 행사하여 그 토지를 취득하는 것이므로, 환매로 취득한 자산의 취득에 든 실지거래가액은 환매권자가 환매권을 행사하면서 사업시행자에게 지급한 금액이 된다.
(3) 따라서 청구인이 환매로 취득한 자산을 다시 양도한 이 건의 경우, 환매로 인한 소유권이전등기일(이 건의 경우 제시된 자료만으로는 환매대금 청산일이 확인되지 아니한다)을 그 취득시기로 하고, 청구인이 환매권을 행사하면서 사업시행자에게 지급한 보상금 상당액과 증감액 등을 합한 금액을 그 취득가액으로 하여 양도소득세를 과세함이 타당하므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.