쟁점배당금을 소득공제 대상에서 제외하여 법인세를 과세한 처분은 부당함

OOO세무서장이 2013.11.15. 청구법인에게 한 2013사업연도 법인세 OOO원과 2013.11.19. 청구법인에게 한 2013사업연도 법인세 OOO원의 각 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 OOO 조성사업 등을 영위할 목적으로 2007.12.21. 설립된 OOO로서, 2013.4.9. 청구법인의 정관에서 정한 목적사업을 완수하고 청산과정에서상법제517조 제2호의 해산사유인 주주총회의 결의에 의해 2013.4.9. 해산등기하고, 그 결과 발생한 당해 사업연도 당기순이익 OOO원에 대하여 2013.7.1. 잉여금처분(배당)을 결의하였는바, 2013.1.1.부터 2013.4.9.까지의 기간을 1사업연도로 보고 동 사업연도(2013.1.1.~2013.4.9.)에 대한 법인세 신고 시법인세법제51조의2 규정에 따라 배당가능이익 전액(OOO원으로, 이하 “전체배당금액”이라 한다)을 해당 사업연도의 소득금액에서 공제하였다.
• 나. 처분청은 청구법인으로부터 배당을 받는 주주 중에서 지방자치단체인 경상남도 OOO는법인세법제2조 제3항에 따라 법인세가 부과되지 아니한다 하여 OOO가 받게 될 OOO원(이하 “쟁점배당소득금액”이라 한다)에 대하여법인세법제51조의2 제2항 제1호(배당을 받는 주주 등에 대하여 같은 법에 따라 그 배당에 대한 법인세가 비과세되는 경우에는 소득공제를 적용하지 아니한다)에 따라 소득공제의 적용을 배제하여 2013사업연도 법인세 총 OOO을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.1.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1)법인세법제51조의2 제2항 제1호에서 “이 법 또는조세특례제한법에 따라 그 배당에 대한 소득세 또는 법인세가 비과세되는 경우”의 해석 및 같은 법 시행령 제86조의2 제1항에서 규정한자산유동화에 관한 법률과 관련하여 유동화전문회사의 배당금에 대한 소득공제제도는 유동화전문회사가 채권, 부동산 등 자산의 유동화를 목적으로 설립된 서류상의 회사로서 실체가 없고, 일반법인과는 달리 도관으로 기능한다는 점을 고려하여 배당가능이익의 90% 이상을 배당하는 경우에는 그 배당된 금액 전부를 유동화전문회사의 소득금액에서 공제하여 줌으로써 법인세를 비과세하고 그 주주단계에서 과세함으로써 이중과세를 방지하고자 하는 취지로, 금융기관 등의 부실채권의 정리를 촉진하여 금융기관 등의 자금조달을 원활하게 하고 재무구조의 건전성을 높이는 데 그 목적이 있는바,법인세법제51조의2 제1항 및 제2항 규정의 해석은 법문대로 엄격하게 해석하여야 하며, 법인세법또는조세특례제한법에 따라 비과세되는 경우로는법인세법제51조 및조세특례제한법제13조 등에 규정하고 있고,법인세법제18조의2 및 제18조의3 규정에서도 익금불산입을 적용하지 아니하는 경우를 “이 법 및조세특례제한법에 따라 지급배당에 대하여 소득공제되거나 그 밖에 법인세가 비과세․면제 또는 감면되는 대통령령으로 정하는 법인으로부터 받은 수입배당금액”으로 열거하여 규정하고 있으므로,법인세법제2조 제3항에 따라 처음부터 납세의무자에서 제외되어 세부담이 없는 지방자치단체인 OOO가 받은 배당에 대해서 비과세되는 경우로 해석하여 동 배당과 관련된 청구법인의 소득공제를 배제하여 법인세를 과세한 것은 지나친 확장해석으로 납세자의 재산권을 부당하게 침해한 위법한 처분이다.

(2) 법인실체가 없이 도관으로 기능하는 유동화전문회사 등이 배당가능이익의 90% 이상을 배당하는 경우에는 그 배당된 금액 전부를 소득금액에서 공제하여 줌으로써 법인세를 비과세하고 그 구성원인 주주단계에서 과세함으로써 이중과세를 방지하고자 하는법인세법제51조의2 규정의 입법 취지를 고려하여 합목적적으로 해석하더라도, OOO를 제외한 다른 주주회사가 받은 배당은 전액 익금에 가산하여 과세되는 소득금액을 구성(수입배당금의 익금불산입 규정을 적용받을 수 없음)하고 있는데도 불구하고 OOO가 받은 쟁점배당소득금액과 관련하여 청구법인에게 법인세를 다시 과세하는 것은 동일한 소득에 대한 이중과세로서 위법한 처분이다.

• 나. 처분청 의견 (1)법인세법제51조 및조세특례제한법제13조 등 법문에서는 비과세를 “과세하지 아니한다”, “부과하지 아니한다” 등으로 표현하고 있는바,법인세법제2조에서도 지방자치단체에 대해 법인세를 “부과하지 아니한다”로 규정하고 있어, 같은 법 제51조의2 제2항 제1호의 배당을 받는 주주 등에 대하여 그 배당에 대한 법인세가 비과세되는 경우에 해당한다 할 것이므로, 이는 법문대로 엄격하게 해석함에 따른 당연한 결과로서, 오히려 청구인 스스로 법문을 해석하지 않고 “비과세”라는 제목만으로 해석하는 오류를 범하고 있으며, 같은 법 제18조의2 제2항 및 제18조의3 제2항에서는 수입배당금액 익금불산입을 적용하지 않는 경우를 소득공제․비과세․면제․감면 등으로 열거하여 규정하고 있다고 하여 달리 볼 것이 아니다.

(2) 주주 중 OOO를 제외한 다른 주주들이 받은 배당 전액을 익금에 가산하여 과세되는 소득금액을 구성할 것인지 여부는 2013사업연도 법인세 신고기한이 도래하지 않아 불분명하며, 설령 다른 주주회사가 받은 배당이 결국 익금에 가산된다 할지라도, 동 주주회사들에 대한 배당액에 대해서는 청구법인에게 소득공제를 이미 적용하였으며(청구법인의 소득공제 적용, 주주회사 소득금액 가산), 법인세가 부과되지 아니하는 OOO가 받은 배당액에 대해서만 청구법인에게 소득공제 적용을 배제하여 법인세를 경정하였으므로(청구인 소득공제 배제, OOO청 법인세 비과세), 동일한 소득에 대해 이중으로 과세한 위법한 처분이라는 주장은 이유 없다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 배당가능이익의 100분의 90을 배당하였으나 배당받은 지방자치단체인 OOO가 법인세 과세제외법인이라 하여 소득공제를 배제하여 법인세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령: 〈별첨〉기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 설립 및 주주내역을 보면, 청구법인은 2008.1.15. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 경상남도 OOO 일원에 925,700㎡ OOO 및 조성사업을 목적으로법인세법제51조의2 제1항 제9호의 각 목의 요건을 갖추어 자본금 OOO원의 OOO로 설립되어 OOO 개발조성사업을 시행하였으며, 2008.5.2. 설립자본금 OOO원으로 납입된 후, 2012.12.31. 자본금 OOO원을 감자하여 청구일 현재 자본금은 OOO원으로 변경되었으며, 설립일 현재 주주 및 자본금 내역은〈표1〉과 같다.

(2) 청구법인의 법인세 신고 및 처분청의 처분내역을 보면, 2013.4.9. 청구법인의 정관에서 정한 목적사업을 완수하고 청산과정에서상법제517조 제2호의 해산사유인 주주총회의 결의에 의해 2013.4.9. 해산등기하고, 이 과정에서 발생된 당기순이익 OOO원에 대하여 아래〈표2〉와 같이 2013.7.1. 이익잉여금 처분(배당)결의한 후, 2013.1.1.부터 2013.4.9.까지의 기간을 1사업연도로 보고 법인세 신고 시법인세법제51조의2 제1항에 따라 전체 배당금액을 해당 사업연도의 소득금액에서 공제하였으나, 처분청은 다른 주주에 대한 소득공제는 인정하고 OOO가 분배받은 쟁점배당소득금액의 경우 법인세가 과세되지 아니한다고 하여 소득공제규정의 적용을 배제하여 청구법인에게 법인세를 과세한 것으로 나타난다. (3)법인세법제2조 제3항에서 내국법인 중 국가 및 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함)에 대하여는 법인세를 부과하지 아니하는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 제51조의2 제1항에서자산유동화에 관한 법률에 따른 유동화전문회사에 해당하는 내국법인이 대통령령이 정하는 배당가능이익의 100분의 90 이상을 배당한 경우 그 금액은 당해 사업연도의 소득금액에서 이를 공제하는 것으로 하면서, 그 제2항 제1호에서 배당을 받은 주주 등에 대하여 이 법 또는조세특례제한법에 따라 그 배당에 대한 소득세 또는 법인세가 비과세되는 경우에는 제1항을 적용하지 아니하는 것으로 규정하고 있는바,법인세법제51조의2 등의 개정 연혁 및 이유를 보면 다음과 같다. (가) 우선,법인세법제51조의2의 ‘유동화전문회사등에 대한 소득공제’ 제도는 종전에 구조세특례제한법(1999.12.28. 법률 제6045호로 개정되기 전의 것) 제53조가증권투자회사법에 의한 증권투자회사에 대하여만 규정하고 있던 소득공제제도를 1999.12.28. 법률 제6047호에 따른 개정으로법인세법으로 이관하면서, 이를 ‘유동화전문회사’의 경우까지 확대한 것이며, 재정경제부는 ‘99개정세법 주요내용’상 위 개정의 이유로 “자산유동화전문회사를 통한 외자유치 및 금융기관의 부실채권 정리 지원”과 OOO는 기본적으로 자산유동화를 위하여 세워진 Paper Company로서 영업소나 종업원을 둘 수 없는 등 일반법인과 달리 도관(conduit)의 성격이 강한 점을 감안”하였다고 설명하고 있고, 이후 2000.12.29. 법률 제6293호에 따른법인세법개정으로 ‘기업구조조정투자회사’가 소득공제 대상법인에 포함되었다. (나) 한편, 2005.12.31. 법률 제7838호에 따른법인세법개정 시 제51조의2 제2항이 신설되어 ‘그 배당에 대한 소득세 또는 법인세가 비과세’되는 경우에는 소득공제를 적용하지 않도록 하였는데, 재정경제부가 발행한 ‘2005간추린 개정세법’에는 소득공제 대상에서 제외되는 “비과세되는 배당”의 예로 “선박투자회사 개인출자자 지급배당(액면 OOO원 이하)”을 들고 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,법인세법제51조의2 제1항의 입법취지는 여러 이유로 설립되는 유동화전문회사 등의 특수목적법인(SPC)이 기본적으로 자산유동화 등을 위하여 세워진 명목회사(페이퍼 컴퍼니)로, 일반법인과 달리 도관의 성격이 강한 점을 감안하여, 당해 법인이 배당가능이익의 90% 이상을 배당하는 경우에는 소득공제를 통하여 법인세를 과세하지 않고, 배당금을 지급받는 주주 단계에서만 과세하여 이중과세를 조정하기 위한 것으로 보이며,법인세법제51조의2 제1항이 적용되는 법인 중 그 주주의 배당소득에 대하여도 비과세 되는 경우 해당 법인에 대한 지급배당 소득공제를 배제하기 위하여 제2항을 신설한 것으로, 주주인 부실채권정리기금이 기업구조조정투자회사로부터 지급받은 배당금이 법인세법 시행령제2조 제1항 제8호 라목에 따라 수익사업의 소득에서 제외되는 경우에도법인세법제51조의2 제2항이 적용되지 않고, 같은 조 제1항이 적용되어 기업구조조정투자회사는 해당 배당에 대하여 소득공제를 받을 수 있다고 봄이 타당하다고 본 우리 원 선결정례의 취지에 부합되는 점(조심 2012서4416, 2014.1.10., 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 다른 주주에 대한 소득공제는 인정하면서 OOO가 분배받은 쟁점배당소득금액에 상당하는 소득공제는 OOO가법인세법제2조 제3항에 따라 법인세가 과세되지 아니하는 단체라 하여 소득공제 적용을 배제하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 〈별지〉관련법령

제2조【납세의무】③ 내국법인 중 국가와 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다. 이하 같다)에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다. 제18조의2【지주회사 수입배당금액의 익금불산입】① 내국법인 중 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 지주회사, 금융지주회사법에 따른 금융지주회사, 기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률에 따른 공공연구기관첨단기술지주회사 및 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률에 따른 산학연협력기술지주회사(이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)가 자회사(해당 지주회사가 출자한 법인으로서 지주회사의 자회사에 대한 출자 비율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 내국법인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)로부터 받은 이익의 배당금이나 잉여금의 분배액과 제16조에 따른 배당금 또는 분배금으로 보는 금액(이하 이 조, 제18조의3 및 제76조의14에서 "수입배당금액"이라 한다) 중 제1호와 제2호에 따라 계산한 금액의 합계액이 제3호에 따라 계산한 금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다.

1. 자회사의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 80[자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 경우에는 100분의 40을 말한다]을 초과하여 출자한 경우에는 그 자회사로부터 받은 수입배당금액 전액에 상당하는 금액

2. 자회사에 출자한 비율이 제1호에서 정한 비율 이하인 경우에는 그 자회사로부터 받은 수입배당금액에 100분의 80을 곱하여 산출한 금액. 다만, 해당 자회사로부터 2007년 1월 1일부터 2007년 12월 31일까지 받은 수입배당금액에 대하여는 100분의 70을 곱하여 산출한 금액으로 한다.

3. 지주회사가 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자가 있는 경우에는 차입금의 이자 중 제1호와 제2호에 따른 익금불산입 비율 및 자회사에 출자한 금액이 지주회사의 자산총액에서 차지하는 비율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액[전부개정 2010.12.30.]

② 제1항은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 수입배당금액에 대하여는 적용하지 아니한다.

1. 배당기준일 전 3개월 이내에 취득한 주식등을 보유함으로써 발생하는 수입배당금액

2. 이 법 및조세특례제한법에 따라 지급배당에 대하여 소득공제되거나 그 밖에 법인세가 비과세·면제 또는 감면되는 대통령령으로 정하는 법인으로부터 받은 수입배당금액[전부개정 2010.12.30.]

③ 제1항과 제2항을 적용할 때 지주회사의 자회사에 대한 출자 비율의 계산방법, 익금불산입액의 계산, 수입배당금액 명세서의 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.[전부개정 2010.12.30.] 제51조【비과세소득】내국법인의 각 사업연도 소득 중 공익신탁의 신탁재산에서 생기는 소득에 대하여는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 과세하지 아니한다. 제51조의2【유동화전문회사 등에 대한 소득공제】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 대통령령으로 정하는 배당가능이익의 100분의 90 이상을 배당한 경우 그 금액은 해당 사업연도의 소득금액에서 공제한다. 1.자산유동화에 관한 법률에 따른 유동화전문회사

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

1. 배당을 받은 주주등에 대하여 이 법 또는조세특례제한법에 따라 그 배당에 대한 소득세 또는 법인세가 비과세되는 경우. 다만, 배당을 받은 주주등이조세특례제한법제100조의15 제1항의 동업기업과세특례를 적용받는 동업기업인 경우로서 그 동업자들에 대하여 같은 법 제100조의18 제1항에 따라 배분받은 배당에 해당하는 소득에 대한 소득세 또는 법인세가 전부 과세되는 경우는 제외한다.

2. 배당을 지급하는 내국법인이 주주등의 수 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 법인인 경우

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득공제신청을 하여야 한다.

제17조의2【지주회사의 수입배당금액의 익금불산입】① 법 제18조의2 제1항에 따른 지주회사는 사업연도 종료일 현재독점규제 및 공정거래에 관한 법률,금융지주회사법,기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률및산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률에 따라 지주회사로 신고된 내국법인으로 한다. 다만, 해당 사업연도 종료일 현재 해당 법률에 따른 지주회사의 설립·전환의 신고기한이 도래하지 아니한 자가 해당 각 사업연도의 소득에 대한 법 제60조에 따른 과세표준 신고기한까지 해당 법률에 따라 지주회사로 신고한 경우에는 이를 지주회사로 본다.

② 법 제18조의2 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 내국법인"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 내국법인(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)을 말한다.

1. 법 제18조의2 제1항에 따른 지주회사가 직접 그 내국법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의40[자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다) 또는 벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 제1항에 따른 벤처기업인 경우에는 100분의 20] 이상을 그 내국법인의 배당기준일 현재 3개월 이상 계속하여 보유하고 있는 법인일 것

2. 다음 각 목의 1에 해당하는 내국법인일 것

• 가. 당해 내국법인의 지주회사가 금융지주회사법에 의한 금융지주회사인 경우에는 동법 제2조 제1항 제1호의 규정에 의한 금융기관(같은 법 시행령 제2조 제2항의 규정에 해당하는 법인을 포함한다)
• 나. 당해 내국법인의 지주회사가금융지주회사법에 의한 금융지주회사외의 지주회사인 경우에는 한국표준산업분류에 의한 금융업 또는 보험업을 영위하지 아니하는 법인

⑪ 법 제18조의2 제2항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 법인"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

1. 법 제51조의2의 규정을 적용받는 법인 2.조세특례제한법제63조의2·제121조의8 및 제121조의9의 규정을 적용받는 법인(감면율이 100분의 100인 사업연도에 한한다) 3.조세특례제한법제100조의15 제1항의 동업기업과세특례를 적용받는 법인[본조 신설 1999.12.31.] 제86조의2【유동화전문회사 등에 대한 소득공제】① 법 제51조의2 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 배당가능이익"이란 기업회계기준에 따라 작성한 재무제표상의 법인세비용 차감 후 당기순이익에 이월이익잉여금을 가산하거나 이월결손금을 공제하고,상법제458조에 따라 적립한 이익준비금을 차감한 금액을 말한다. 이 경우 당기순이익, 이월이익잉여금 및 이월결손금 중 제73조 제2호 가목부터 다목까지의 규정에 따른 자산의 평가손익은 제외하되, 제75조 제3항에 따라 시가법으로 평가한 투자회사 등의 제73조 제2호 다목에 따른 자산의 평가손익에 대하여는 그러하지 아니하다.

② ～⑤ (생 략)

⑥ 법 제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 법인이 제5항 제5호에 따라 신고한 후에 이사·감사 및 주주가 법 제51조의2 제1항 제9호 바목·사목 및 이 영 제5항 제4호의 요건을 충족하지 못하게 되는 경우로서 그 사유가 발생한 날부터 1개월 이내에 해당 요건을 보완하는 경우에는 그 법인은 해당 요건을 계속 충족하는 것으로 본다.

⑦ 법 제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 법인이 제5항 제5호에 따라 신고한 후에 같은 호 각 목의 어느 하나에 해당하는 사항이 변경된 경우에는 그 법인은 변경사항이 발생한 날부터 2주 이내에 해당 변경사항을 기재한 명목회사변경신고서에 기획재정부령으로 정하는 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

⑧ 법 제51조의2 제1항의 규정에 의하여 공제하는 배당금상당액이 당해 사업연도의 소득금액을 초과하는 경우 당해 초과금액은 이를 없는 것으로 본다.

⑨ 법 제51조의2 제1항을 적용받으려는 법인은 법 제60조에 따른 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 소득공제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 법 제51조의2 제2항 제1호 단서에 따라 같은 조 제1항을 적용받으려는 법인은 배당을 받은 동업기업으로부터 조세특례제한법제100조의23 제1항에 따른 신고기한까지 제출받은 기획재정부령으로 정하는 동업기업과세특례적용 및 동업자과세여부 확인서를 첨부하여야 한다.

(3) 조세특례제한법 제13조【중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 법인세를 부과하지 아니한다.

4. 기금을 관리ㆍ운용하는 법인 또는 공제사업을 하는 법인(이하 이 조에서 "기금운용법인등"이라 한다)으로서 대통령령으로 정하는 법인이 창투조합등을 통하여 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 2014년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 양도차익 및 배당소득의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.