신축주택의 양도소득세 감면은 주택을 신축한 때부터 적용하는 것임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1995.10.31. OOO호(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 2002.6.21. 관리처분계획인가를 받고 재건축되어 2006.2.10.(사용승인일) OOO호(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 취득한 후 2009.10.14. 양도하고, 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 취득시까지에 대하여도조세특례제한법제99조의3 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 특례규정(이하 “쟁점특례규정”이라 한다)을 적용대상으로 하여 양도소득세 신고를 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점신축주택의 양도에 따른 양도소득세 감면소득은 쟁점신축주택을 취득한 후 5년 간 발생한 양도소득만 해당된다고 보아, 2013.5.13. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.8.12. 이의신청을 거쳐 2013.12.3. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 국세청 해석처럼 신축주택 취득일전 양도소득을 감면대상 양도소득에서 제외하는 것이라면, 전체 양도소득 중 일부에 감면대상 양도소득이 있는 경우에 해당하므로 5년 이내 양도하는 경우나 5년을 경과하여 양도하는 경우 모두소득세법제90조에 따른 세액감면을 하면 되는 것이지 쟁점특례규정과 같이 5년 이내 양도하는 경우는 세액감면방식으로, 5년을 경과하여 양도하는 경우는 과세대상 양도소득에서 차감하는 방식으로 감면방식을 달리할 이유가 없다.

(2) 양도일 현재 양도자산은 종전주택이 아니라 쟁점특례규정상의 신축주택이고,조세특례제한법상 신축주택의 양도로 인하여 발생한 양도소득금액에는 신축주택 취득일전 양도소득금액도 포함되어 있으므로 이는 당연히 신축주택과 관련한 양도소득에 해당되어 감면대상이다.

(3) 세액감면신청서상의 기재방식에 따르면 신축주택을 5년 이내 양도한 경우 양도일 현재 발생한 전체보유기간의 양도소득금액이 5년 이내 발생한 소득금액과 일치하도록 되어 있고 5년 이내 발생한 양도소득금액에 대한 100% 양도세 감면이 되므로, 과세관청의 견해와 달리 종전주택의 취득일부터 신축주택 완성일 전일까지의 양도소득금액을 감면대상 양도소득금액에 포함한다.

• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점특례규정을 해석함에 있어 신축주택은 소득세법 상 신축주택과 다르게 새롭게 창설 규정으로 자기가 건설한 신축주택(재건축조합의 조합원으로서 취득하는 주택의 경우)의 감면대상 양도소득금액은 종전주택의 취득일부터 신축주택의 완성일 전일까지의 양도소득금액도 감면대상소득에 포함된다고 주장하고 있으나, 서울고법(2011누45193, 2012.12.21)은 신축주택 취득일부터 5년 경과 후 양도 시 취득일부터 5년간 발생한 양도소득에 대해서만 감면하고 또한 재건축조합의 조합원이 취득한 신축주택의 경우 신축주택 취득일 전 양도소득은 감면 배제하며 이는 소급과세금지 원칙 또는 신뢰보호 원칙을 위반하였다고 할 수 없다고 판결하였다. 또한, 청구인은 서울고법(2012누8931, 2013.5.31.)의 판례에서 ‘감면소득을 계산함에 있어 조세특례제한법 시행령제40조의 계산식(이하 “쟁점계산식”이라 한다)을 준용한 것은 법적 근거가 없어 위법’이라는 판시만 인용해 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액도 감면대상소득에 포함된다는 주장은 해당 판례를 자의적이고 확대 해석한 결과이다. 따라서, 종전주택의 취득일부터 신축주택 완성일 전일까지의 양도소득금액에 대해서는 감면소득에 해당하지 않으므로 이 건 양도소득세 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 종전주택의 취득일부터 쟁점주택의 취득(신축)일까지 발생한 양도소득금액이조세특례제한법제99조의3 제1항에서 규정한 감면 대상에 해당되지 않는다고 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 조특법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조제1항제3호 를 적용할 때 제1항을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에만 그 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 심리자료 등에 의하면, 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 1995.10.31. 종전주택을 취득하였고, 종전주택이 재건축되어 조합원 자격으로 쟁점신축주택을 2006.2.10. 취득(사용승인일)하였으며, 2009.10.14. 양도하였다. (나) 쟁점신축주택 소재지의 아파트 중에는 신축주택취득기간(2003.1.1.～2003.6.30.) 내에 조합원외의 자에게 최초 분양계약되어 공급된 주택이 존재한다. (다) 처분청은 쟁점계산식의 분모인 “취득당시 기준시가”를 종전주택의 취득당시 기준시가를 산입하여 쟁점특례규정의 감면소득금액을 계산하였다. (2)조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) 제1항에는 거주자가 같은 항 제1호 및 제2호에 해당하는 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제99조 제1항 및 제40조에는 “당해 부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있다. {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

(3) 위 법령과 사실관계 등을 종합하여 살피건대, 위와 같은조세특례제한법제99조의3 제1항 명문의 규정상 신축주택 양도에 따른 양도소득 중 그 취득한 날부터 5년 내에 양도하는 경우 5년간 발생한 양도소득금액만이 감면대상인 것이 명확하므로 종전주택 취득시점부터 쟁점신축주택 취득 전까지 발생한 양도소득금액 등은 감면대상이 아닌 것으로 보아야 할 것인바, 처분청이 쟁점계산식에서 분자의 “취득당시의 기준시가”는 쟁점신축주택의 신축당시 기준시가로, 분모의 “취득당시의 기준시가”는 종전주택의 취득당시 기준시가로 보아 감면대상 소득금액을 계산한 것은 타당하다고 할 것인바(조심 2012서2934, 2012.8.22. 외 다수 같은 뜻), 처분청이 종전주택의 보유기간 중 발생한 양도소득금액을 감면대상 소득에서 제외하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.