지방자치단체의 공익목적 지원시설의 건설관련 매입세액은 공제대상 매입세액에 해당되지 아니함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2006년경부터 한방사업 및 지역경제 활성화를 위하여 효율적인 우수 한약재 유통지원시설 건설 및 운영을 추진하면서 2008.8.25. OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다)와 건설후임대방식(Build-Transfer-Lease)의 우수한약재 유통지원시설 임대형 민자사업 실시협약을 체결하였다.
• 나. 위 실시협약에 따라 OOO는 2010년 7월경 OOO 대지 19,992㎡에 한약재 저장 및 처리 등의 유통지원시설(지상 2층의 건물 5,672㎡이고 이하 “쟁점시설”이라 한다)을 건립하여 이를 청구법인에게 기부채납하였고, 그 대가로 2010년부터 2030년까지 청구법인으로부터 임대료와 운영비 명목으로 20년간 합계 OOO을 균등상환받기로 하였다.
• 다. 한편 청구법인은 쟁점시설의 운영을 위하여 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)와 위탁운영계약을 체결하고 임대료로서 연간 OOO원을 받기로 하였다.
• 라. 청구법인은 쟁점시설과 관련하여 부동산임대업을 운영하는 것으로 보아 OOO 및 OOO와 세금계산서를 발급·수취한 후, 아래 <표>와 같이 OOO로부터 받은 임대료 OOO원을 과세표준에 포함하고, OOO에게 지급한 대가 및 시설물 매입액 OOO원에 대한 매입세액을 공제하는 등으로 환급받을 세액을 OOO원으로 하여 2013년 제1기 부가가치세를 신고하였다. <표1> 청구법인 부가가치세 신고내역
• 마. 처분청은 쟁점시설과 관련하여 청구법인이 OOO에게 임대료·운영비로 연간 약 OOO원을 지급하나, OOO로부터 받는 임대료 수입액은 연간 OOO원에 불과하여 이는 실비에도 미치지 못하는 현저히 부족한 것임을 확인하고, 위탁운영업체인 OOO에 임대한 것이 부동산임대업이 아닌 면세사업에 해당한다고 보아, 2013.8.30. 아래 <표2>와 같이 OOO에 임대료를 매출과세표준에서 차감하고, OOO 등 쟁점시설의 시설물 투자와 관련한 매입세액을 불공제하여 환급신청한 세액 중 OOO원을 환급하였다. <표2> 처분청 경정내역
• 바. 청구법인은 이에 불복하여 2013.11.28. 이의신청을 거쳐 2014.4.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청의 쟁점시설과 관련한 부가가치세의 환급거부는 다음과 같이 세법해석의 기준에 위배되어 부당하고, 청구법인은 부동산임대업을 영위하였으므로 관련 부가가치세액을 환급하여야 한다.

(1) 청구법인은 OOO와 2010.8.1.부터 5년간 우수한약재 유통지원시설 운영위탁계약을 체결하고 그 사용료를 매년 부가가치세를 포함하여 OOO원을 받기로 하였으므로 부동산임대업을 영위한 것으로 보아야 한다.

(2) 국세청 예규(법규과-1253, 2012.10.29.)는 취득가액을 제외한 유지관리비용에 비추어 현저히 부족한 사용료를 받는 경우에 부가가치세 면제대상에 해당한다고 보고 있는바, OOO는 건축회사, 운영회사, 유지관리회사 등이 컨소시엄을 구성한 회사로서 OOO에게 지급하는 지급금(임대료)과 운영관리비(운영비)를 합하여 이를 모두 유지관리비용으로 전제한 후 청구법인의 임대료 수입이 그에 미달하는 것으로 보는 것은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 쟁점시설과 관련하여 청구법인의 수취한 임대료 수입은 다음과 같이 부가가치세법 시행령제46조의 부가가치세가 과세되는 부동산임대수입에 해당하지 아니하고, 그러한 쟁점시설의 취득과 유지·관리에 관련된 매입세액은 공제되지 아니하므로 청구주장은 이유 없다.

(1) 쟁점시설은 한방산업 및 지역경제 활성화를 위하여 지방자치단체의 고유업무를 민간사업자에게 위탁하여 추진하고 있는 것이므로, 이를 부동산 임대사업을 목적으로 취득하였다고 볼 수 없다.

(2) 일반적으로 부동산임대업을 영위하는 사업자는 자산취득가액과 유지관리비용 및 감가상각 등의 부대비용을 합친 금액을 임대료로 산정하는바, 청구법인이 지급받는 금액은 유지·관리비용에도 미치지 못하여 부가가치를 창출하지 못한다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 추진한 쟁점시설 건설 및 운영사업과 관련하여 부동산임대업을 영위한 것으로 보아 관련 부가가치세 매입세액을 공제할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법 (2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것) 제1조 【과세대상】

① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다. (각 호 생략)

④ 주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수(附隨)되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고, 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다. 제2조【납세의무자】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 부가 가치세를 납부할 의무가 있다.

1. 사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화(제1조에 따른 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 따른 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 “사업자”라 한다)

② 제1항에 따른 납세의무자는 개인ㆍ법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합 을 포함한다)과 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체를 포함한다. 제12조【면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면 제한다.

17. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

18. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

③ 제1항에 따라 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다. (2) 부가가치세법 시행령 (2013.6.28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것) 제38조 【국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역에 대한 면세범위】 법 제12조 제1항 제18호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것을 말한다.

3. 부동산 임대업, 도매 및 소매업, 음식점업·숙박업, 골프장·스키장운영업, 기타 스포츠시설 운영업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

• 가. 국방부 또는 국군조직법에 따른 국군이 군인사법 제2조 에 따른 군인, 군무원인사법 제2조 에 따른 군무원 그 밖에 이들의 직계존비속 등 기획재정부령이 정하는 자에게 제공하는 재화 또는 용역
• 나. 국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 그 소속직원의 복리후생을 위하여 구내에서 식당을 직접 경영하여 공급하는 음식용역 (3) 국세기본법 제18조 【세법해석 기준, 소급과세의 금지】

① 세법의 해석․적용에 있 어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다. (4) 조세특례제한법 제105조 【부가가치세 영세율의 적용】

① 다음 각 호의 어느 하 나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영(零)의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3호의2는 2015년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용하고, 제5호 및 제6호는 2014년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용한다 3의2. 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조 제7호 에 따른 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 할 목적으로 같은 법 제4조제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 같은 법에 따른 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인이 OOO에게 지급하여야 할 금액의 추정액은 아래 <표3>과 같이 약 OOO원이라고 제시하였다. <표3> 청구법인 지급액 추정액 * 청구법인이 지급하는 임대료는 주로 쟁점시설의 기부채납과 관련된 것이고, 운영비는 시설운영을 위한 인건비, 경비 등과 관련됨 ** 청구법인이 OOO로부터의 수취하는 시설사용료(임대료)는 연간 OOO원임

(2) 청구법인과 같은 방식으로 실시협약을 체결한 OOO군의 한약재 유통지원시설의 운영현황은 아래 <표4>와 같고, 이들 지방자치단체는 청구법인의 주장과 달리 공익목적의 사업으로 하여 부가가치세를 신고한 것으로 심리자료에 나타난다. <표4> 지방자치단체별 한약재유통지원시설의 운영현황

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 부가가치세법상 과세대상인 사업을 영위하여 그에 관련된 매입세액이 매출세액에서 공제되는지 여부는 그러한 거래활동이 수익을 목적으로 하고 있는지와 그 규모, 회수, 태양 등에 비추어 사업 활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지 여부 등을 고려하여 사회통념에 따라 판단하여야 하는 것인바, 쟁점시설은 지방자치단체인 청구법인이 한방산업 및 지역경제 활성화를 위하여 건립한 것으로서 그 목적은 공익을 위한 것으로 보이고, 청구법인과 동일한 방식으로 한약재 유통지원시설을 건립․운영하고 있는 다른 지방자치단체의 경우 공익목적의 사업으로 하여 부가가치세를 신고하고 있는 점, 청구법인이 OOO에게 임대료(연간 약 OOO원)와 운영비(연간 약 OOO원)를 정부교부금 성격으로 지급하나 이와 관련하여 OOO로부터 받는 임대료 수익은 연간 약 OOO원에 불과하여, 쟁점시설과 관련한 거래가 통상적인 부가가치의 창출을 목적으로 하는 사업활동과는 거리가 있어 보이는 점 등에 비추어, 쟁점시설과 관련한 부가가치세 매입세액을 공제하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.