식육류 매입사실이 확인되지 아니할 뿐만 아니라 달리 이를 입증할 서류를 제시하지 못하는 점, 쟁점매입계산서가 과세기간이 경과된 후에 소급하여 발급된 점 등으로 볼 때, 처분청이 쟁점의제매입세액을 공제하지 아니한 것은 잘못이 없음
식육류 매입사실이 확인되지 아니할 뿐만 아니라 달리 이를 입증할 서류를 제시하지 못하는 점, 쟁점매입계산서가 과세기간이 경과된 후에 소급하여 발급된 점 등으로 볼 때, 처분청이 쟁점의제매입세액을 공제하지 아니한 것은 잘못이 없음
심판청구를 기각한다.
(1) 청구인은 면세 원재료인 식육원재료를 매입처로부터 공급받아 이를 OOO 또는 OOO에서 소비자에게 공급하고 있고, 이러한 식육원재료의 공급에 있어 OOO를 통한 매출은 면세로, OOO을 통한 매출은 과세로 구분되어야 하나, 청구인은 소비자들이 OOO에서 식육원재료를 매입하여 OOO에서 취식하는 행위에 대하여 일정한 기준없이 과세 또는 면세로 부가가치세를 신고하여 왔는바, 이러한 신고는 청구인의 자료 관리 어려움에 기인한 것으로, 이후 처분청의 수정신고권장에 따라 매출을 성실히 수정신고하였지만 수정신고 시 매출액의 증가와 함께 이에 대응하는 매입액과 관련된 쟁점의제매입세액공제도 추가로 공제하는 것으로 신고한 것에 대하여 사실관계가 파악되지 아니한다는 사유로 쟁점의제매입세액공제와 관련한 계산서를 사실과 다른 계산서로 보고 부인하였다. 하지만, OOO와 OOO에서 공급되는 식육원재료는 동일한 매입처에서 매입되며, 다만 이 건의 경우는 매입처로부터 식육원재료를 공급받는 시점에서 계산서의 명의를 OOO로 한 것일뿐 식육원재료 매입처에서 OOO로, OOO에서 OOO으로 공급되는 일련의 과정으로 볼 때 실질적으로 식육원재료 매입처에서 OOO으로 공급되는 것과 동일하며, OOO와 OOO 간의 계산서는 이를 연결해주는 고리에 지나지 않는 것으로, OOO의 매출액을 증액하여 수정신고한 것은 OOO의 면세공급분을 OOO의 과세공급분으로 변동시킨 것일 뿐 당초 매입처로부터 식육원재료를 매입하였다는 사실은 변함이 없으므로, 처분청이 OOO과 OOO 간의 계산서가 사실과 다르고, 그 매입사실이 확인되지 않는다고 하여 쟁점의제매입세액공제를 부인한 처분은 실질과세원칙에 비추어 부당하다.
(2) 청구인이 수정신고하면서 기재한 추가매입금액이 다소 과다한 측면이 존재하는 것은 사실이나, 앞의 (1)에서 상술한 바와 같이 OOO이 원재료 매입처로부터 식육원재료를 매입하였다는 사실은 변함이 없으므로 쟁점의제매입세액의 전액을 부인한 처분은 부당하고, 최소한 당초 부가가치세 신고 시 매출액 대비 식육원재료 매입액의 점유비인 41.47%에 해당하는 의제매입금액에 해당하는 의제매입세액은 공제함이 타당하다.
(1) 청구인은 동일한 소재지에서 OOO(과세사업)과 OOO(면세사업)의 사업자등록을 각각 하고 사업을 영위하면서 OOO 고객에 대한 신용카드결재 시 OOO의 매출로 결제한다는 현장정보를 근거로 OOO의 신용카드매출전표 등 매출내역을 시간대별로 분석한 결과, OOO의 매출이 과소신고된 것으로 분석되어 수정신고를 권장하는 안내문을 발송하였는바, 이에 대하여 청구인은 OOO의 매출과소신고 사실을 인정하고 수정신고하면서 매출과소신고금액에 대응하는 식육원재료 매입액인 쟁점매입계산서(5매 OOO원)를 제출하였으나, 이는 수정신고시 추가로 소급하여 교부받은 계산서로 사실과 다른 계산서로 공제받을 수 없는 것이라 할 것이며, 또한 면세사업과 과세사업의 사업장을 운영하는 자가 과․면세사업장 간의 식육원재료의 반출내역 및 거래내역 등 실제 사용량을 확인할 수 있는 증명서류 없이 단지 매출과소신고금액에 대응하는 식육원재료 매입액을 임의적으로 과소매출액의 90%로 추정하여 산정한 매입액의 실지매입사실이 확인된다고 볼 수 없으므로 쟁점의제매입세액의 공제를 부인하여 과세한 처분은 정당하다. (2) 부가가치세법 기본통칙 17-62-6(공제하지 아니한 의제매입 세액의 구제방법) 제3항에 의거『발급받은 계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 해당 계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인된 경우의 계산서는 의제매입세액을 공제할 수 있는 계산서로 본다』라는 것에 근거하여 실질적으로 쟁점의제매입금액에 상당하는 식육원재료를 매입하였다고 주장하나 실제 반출내역 및 거래사실 등 면세농산물을 공급받은 것으로 볼 만한 증명서류의 제출이 없는 점에서 최소한 과거실적에 의한 매입비율을 적용하여 추정한 매입액에 의한 의제매입세액을 공제하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.
(1) 청구인은 OOO는 면세사업인 정육점과 동 정육점으로부터 매입한 육류를 소비자에게 공급하는 OOO인 과세사업을 하면서 OOO원에 상당하는 OOO의 매출을 면세사업인 OOO로 계상하여〈표1〉과 같이 2010년 제2기부터 2012년 제2기까지 부가가치세 과세표준을 신고하였음에 처분청과 청구인간에 다툼이 없다. 〈표1〉당초 OOO의 부가가치세 신고내역 (OO: OO)
(2) 처분청은 청구인의 2012년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고내용을 분석하여 OOO의 매출액 OOO원이 신고누락한 것으로 나타남에 따라 2013년 5월 청구인에게 수정신고권장 안내문을 발송하였는바, 청구인은 매출액 OOO원이 과세사업인 OOO의 신고누락금액임을 인정하고, 2013.6.11. OOO의 2010년 제2기부터 2012년 제2기 부가가치세 과세기간에 대한 매출액을 증액하여 수정신고하면서 이에 대응하는 식육원재료 매입금액을〈표2〉와 같이 매출누락액의 90%를 적용한 OOO원으로 산정한 후 동 매입액과 관련된 계산서를 소급하여 교부받고 이와 관련된 쟁점의제매입세액을 공제하는 것으로 하여 각 해당 과세기간의 부가가치세를 수정신고하였으나, 처분청은 식육류의 실지 매입사실이 확인되지 않고, 더 나아가 쟁점매입계산서가 사실과 다른 것이라고 하여 청구인의 경정청구를 거부처분하였으며, 이에 따르면 청구인의 OOO의 2010년 제2기부터 2012년 제2기까지의 부가가치세 신고 관련 부가가치율은〈표3〉과 같다. 〈표2〉수정신고시 추가신고한 내역 〈표3〉수정신고의 결과로 감소된 부가가치율 내역 (OO: OO)
(3) 청구인은 과세사업장인 OOO의 과세기간 2010년 제2기부터 2012년 제2기까지 부가가치세 과세표준 신고시 면세사업장인 OOO로부터 육류매입 관련 계산서 30매 OOO원을 교부받고 의제매입세액공제신고서와 함께 매입처별계산서합계표를 제출하여 공제받은 바 있고, 이 건 수정신고시에는 OOO로부터 추가적으로〈표4〉의 쟁점매입계산서(5매 OOO원)를 교부받아 쟁점의제매입세액을 공제신고하면서 제출하였으나 교부받은 시기가 공급시기를 경과한 후 소급하여 교부받은 사실과 이에 대한 매입처별게산서합계표 또는 신용카드매출전표 등 수취명세서를 제출하지 아니하였음은 당사자 사이에 대하여 다툼이 없고, 이 건 심판청구 심리일 현재까지 쟁점의제매입금액에 상당하는 식육류를 OOO이 실지 매입한 것으로 볼 만한 증명서류를 제출하지 못하고 있다. 〈표4〉청구인이 수정신고시 제출한 계산서 내역 (OO: OO) (4)부가가치세법제17조【납부세액】제3항에서 “사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물(이하 면세농산물등 이라 한다)을 원재료로 하여 제조·가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다”고 규정하고 있고, 제4항에서 “제3항의 규정은 사업자가 제18조 및 제19조의 규정에 의한 신고와 함께 대통령령이 정하는 바에 따라 면세농산물 등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 사업장 관할세무서장에게 제출하는 경우에 한하여 이를 적용한다.”고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제62조【의제매입세액계산】제3항에서 “법 제17조 제3항의 규정에 의한 매입세액의 공제를 받고자 하는 사업자는 법 제17조 제4항의 규정에 따라 매입처별계산서합계표 또는소득세법제163조 또는법인세법제121조의 규정에 의하여 교부 받는 영수증(제조업을 영위하는 사업자가 농·어민으로부터 면세농산물 등을 직접 공급받는 경우에는 재정경제부령이 정하는 의제매입세액공제신고서와 관계증빙서류)을 관할세무서장에게 제출하여야 한다”고 규정하고 있다.
(5) 위 관련법령과 사실관계를 종합하여 살피건대, 청구인이 임의적으로 매출신고누락금액의 90% 비율을 매출액 대비 매입비율이라 하여 동 비율을 매출신고누락금액에 곱하여 매입금액을 산정하였으나 동 금액에 상당하는 식육류 매입사실이 확인되지 아니할 뿐만 아니라 달리 이를 입증할 서류를 제시하지 못하고 있다. 또한,부가가치세법상 의제매입세액 공제는 부가가치세 예정신고 또는 확정신고시 면세농산물을 공급받은 사실을 증명하는 서류, 즉 매입처별계산서합계표나 영수증을 관할 세무서장에게 제출하는 경우에 한하여 적용하는 것이며, 예정 또는 확정신고시에 공제하지 아니한 의제매입세액은 수정신고시나 경정결정시 당해 계산서나 영수증 등을 의제매입세액공제신고서와 함께 제출하는 경우에 한하여 인정된다 할 것이고, 같은 법 제17조 제3항 및 제4항의 규정에 의하면，사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물(이하 ’면세농산물 등’이라 함)을 원재료로 하여 제조·가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우에는 사업자가 부가가치세의 예정신고 및 확정신고와 함께 대통령령이 정하는 바에 따라 면세농 산물 등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 사업장 관할 세무서장에게 제출하는 경우에 한하여 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액(의제매입세액)으로서 공제할 수 있는 것이나，이 경우 대통령령이 정하는 바에 따라 면세농산물 등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 제출하지 아니하였다면 의제매입세액 공제를 받을 수 없는 것이며(대법원 2002.11.8. 선고 2001두4849 판결, 같은 뜻임), 여기서 “대통령령이 정하는 바에 따라 면세농산물 등을 공급받은 사실을 증명하는 서류”라 함은 매입처별계산서합계표 또는 신용카드매출전표 등 수취명세서를 말하는 것이므로{ 부가가치세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것) 제62조 제3항}, 의제매입세액의 공제 여부는 위 규정에서 정한 요건을 갖추었는지 여부에 따라 객관적으로 정하여지는 것이므로，납세의무자가 위 규정에서 정한 서류(즉，매입처별계산서합계표 또는 신용카드매출 전표 등 수취명세서)가 아닌 다른 서류를 제출한다고 하더라도 그와 같은 사실만을 가지고 의제매입세액의 공제요건을 충족한 것으로 볼 수는 없다. 이 사건에서 청구인이 매입하였다고 주장하는 식육류에 대하여 거래당시 매입계산서나 영수증 등을 교부 받지 않은 사실 및 매입처별계산서합계표 또는 신용카드매출전표 등 수취명세서를 제출하지 아니하였음은 당사자 사이에 다툼이 없으므로 청구인이 다른 증빙 서류를 구비하였는지 여부와 관계없이 청구인이 주장하는 위 매출신고누락금액에 대응하는 매입금액은 의제매입세액의 공제요건을 갖추지 못한 것이고, 쟁점매입계산서를 교부받은 시기도 육류를 공급받았다고 주장하는 과세기간이 경과한 후에 소급하여 발행한 것을 수취한 것으로 나타나고 있는 점 등으로 볼 때, 처분청이 쟁점의제매입세액의 공제를 부인하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없다. 또한, OOO이 원재료 매입처로부터 식육원재료를 매입하였다는 사실은 변함이 없으므로 쟁점의제매입세액의 전액을 부인한 처분은 부당하고, 최소한 당초 부가가치세 신고 시 매출액 대비 식육원재료 매입액의 점유비인 41.47%에 해당하는 의제매입금액에 해당하는 의제매입세액은 공제함이 타당하다고 주장하나, 실제 식육류의 거래사실 등 면세농산물을 공급받은 것으로 볼 만한 증명서류의 제출하지 못하고 있어 최소한 과거실적에 의한 매입비율을 적용하여 추정한 매입액에 상당하는 의제매입세액을 공제하여야 한다는 주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.