쟁점장비 구축 비용과 관련하여 발생한 공통매입세액을 사용면적비율로 안분계산하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] OOO세무서장이 2014.6.25. 청구법인에게 한 2014년 제1기 부가가치세 OOO원의 환급신청 거부처분은 청구법인이 2014년 제1기 과세기간에 지출한 OOO에 구축된 장비와 관련한 매입세액 OOO원에 대하여 OOO의 과세면적 및 면세면적 등의 면적과 장비 설치내역 등을 재조사하여 그 결과에 따라 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 OOO의 정보통신 및 문화산업 지원·육성 등을 위해 설립되어 입주업체에게 공간임대와 대관시설(장비포함) 대여 등 부가가치세 과세사업과 정보통신산업 및 문화산업 전문인력 양성을 위한 교육 등 면세사업을 운영하고 있는 비영리 공익법인으로, 2014년 제1기 예정 과세기간에 대한 부가가치세 신고시 문화산업시설에 관련된 공통매입세액 안분계산은 국고보조금을 산입하여 과세사업과 면세사업의 공급가액에 의해 안분계산하고, OOO 장비(이하 “쟁점장비”라 한다) 구축 관련 공통매입세액은 OOO 건물 면적 중 대관시설공간과 입주업체 임대공간을 과세대상으로, 나머지 공간은 면세대상으로 하여 면적을 기준으로 공통매입세액을 안분계산 하여 OOO원을 환급신청하였다.
• 나. 처분청은 2014.6.25. 쟁점장비의 구축과 관련한 공통매입세액에 대하여 국고보조금을 산입한 뒤 해당 과세기간의 과세사업과 면세사업의 공급가액에 의해 안분계산하여 OOO원을 청구법인에게 환급결정하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.9.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 비과세사업의 공급가액으로 간주하는 국고보조금이란 인건비, 일반관리비, 시설유지관리비, 사업비, 경영혁신비, 예비비 등 세출예산에 대응하는 세입예산의 일부로 매년 국고보조금을 지급받아야 하나, 쟁점장비 구축은 시설장비구축비(자산취득비)로만 예산이 수립되어 시설장비구축비로만 집행되었으며, 매년 지급되는 것이 아니라 2012년부터 2014년까지 2개년 장비구축기간 동안 한시적으로 시행되어진 별도의 사업이므로 비과세사업의 공급가액에 해당하는 국고보조금으로 볼 수 없는 점, 사업명은 OOO 장비구축으로 되어 있으나 실질적으로 각 대관시설에 필요한 고정식 장비가 구축되어 장비대여수입보다는 시설대관수입으로 수입이 발생하고 있으며, 구축된 장비들은 대관시설에 고정된 것으로서 장비구축성 시설보강 구축물에 해당하여 구축물의 안분계산방법을 우선 적용하여야 하는 점, OOO는 2012년에 개관하여 2014년 2월에 시설장비들이 구축완료되었는데, 2014년 1월～3월 발생한 과세공급가액이 2014년 2월에야 구축완료된 시설장비들을 투입하여 산출된 매출액이라 볼 수 없고,지방자치단체로부터 받은 보조금도 OOO의 과세가 아닌 공간에대한 보조를 한 측면이 있으므로 2014년 제1기 과세기간의 매출액으로는 매입세액의 실지귀속에 대한 과세공급가액으로 볼 수 없는 점, OOO의 과세사업(매출)과 비과세사업(국고보조금) 현황은 아래 <표1>과 같은바, 매년 과세매출이 증가하고 있으며, 부족한 자체수입을 보조해주는 측면이 있는 국고보조금은 매년 감소하고 있어 신고기간에 따라 공통매입세액을 안분계산하여 불공제하는 면세사업비율이 꾸준히 감소하는 상황임에도 향후 최소 5년동안 투입되어 과세사업이 꾸준히 발생한 쟁점장비 구축에 따른 매입세액을 2014년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 과세 공급가액과 비과세 공급가액으로만 공통매입세액을 안분계산하는 것은 합리적이지 아니한 점, 부가가치세법 시행령 제81조에 명시되어 있지 아니한 건물과 구축물에 대한 규정을 처분청 임의대로 판단하여 지방세법 제6조를 적용하여 OOO 구축장비가 구축물에 해당되지 않는 것으로 보는 것은 근거없이 관련 규정을 적용한 것으로서 하자있는 행정행위에 해당하는 점 등에 비추어 OOO 장비구축에 대한 공통매입세액 안분계산은 면적비율로 계산하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인의 공익적 활동 중에는 부가가치세가 비과세되는 영역이 없다고 보기 어려우며, 그 중 비과세사업의 규모를 공급가액으로 환산하기 매우 어려운 점을 감안하면 고유목적사업에 사용하기 위한 국고보조금을 비과세사업의 공급가액으로 간주하여 공통매입세액을 안분계산하는 방법이 가장 현실적이고 합리적이며, 국고보조금을 고려하지 아니하고 공통매입세액을 안분계산하는 경우에는 과세사업의 매출과 관련이 없는 부분까지 매출세액에서 공제됨으로써 그만큼 부당하게 세액을 공제받는 결과를 초래하게 되는 점, 장비구축을 OOO 건물의 대관시설공간 및 입주업체 임대면적을 과세면적으로 하고, 나머지 면적은 면세면적으로 하여 면적기준으로 안분계산하는 것은 합리적인 공통매입세액 안분계산 방법으로 보기 어렵고, 쟁점장비는 과세사업 및 비과세사업에 사용되므로 비과세영역까지 고려하여 안분계산하는 것이 타당한 점, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업 등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에 면적비율을 우선 적용하는 것이나 장비구축은 과세사업과 면세사업 등에 제공할 예정면적을 구분할 수 없으므로 부가가치세법 시행령 제81조 제4항의 단서규정을 적용할 수 없고, 제1항 및 제4항은 과세 및 면세 공급가액이 모두 있는 경우에는 공급가액을 우선 적용하도록 규정하고 있는 점, OOO는 추가장비가 설치되기 전부터 같은 사업부문에서 발생한 장비사용료에 대한 과세공급가액이 있으며, 고유목적사업을 수행하는데 필요한 경비로 보조되는 국고보조금이 운영수입을 보전해주는 성격이 있으므로 이를 반영하여 과세공급가액 및 국고보조금액에 의하여 2014년 1기 예정 부가가치세 신고시 예정공급가액 기준으로 안분계산하고, 확정신고시 확정된 공급가액 기준으로 공통매입세액 안분계산을 하는 것이 타당한 점, 청구법인은 2008년 제2기부터 2013년 제1기까지의 부가가치세 과세기간까지는 공통매입세액에 대하여 사용면적기준으로 안분계산하였고, 국고보조금을 합산한 공급가액을 기준으로 수정신고하였는데, 2014년 제1기의 경우에만 사용면적비율로 안분계산하기 곤란한 점, “구축물”이란 토지에 부착하여 설치되는 건물 이외의 구조물, 토목설비나 공작물을 말하는 것으로 단순히 대관공간에 영상장비를 부착하였다고 하여 장비가 구축물이 되는 것은 아니며, 쟁점장비는 지방세법 제6조의 건축물 및 같은 법 시행령 제6조의 건축물에 부속되는 시설물에도 해당하지 않으므로 구축물로 볼 수 없는 점, 청구법인은 구입한 모든 장비에 대하여 건축물 등의 기준내용연수가 아닌 업종별 자산의 기준내용연수를 적용하여 회계처리하는 등 쟁점장비를 구축물이 아닌 정보서비스업을 위한 개별자산으로 인식한 점 등에 비추어 쟁점장비에 대한 공통매입세액을 공급가액 기준으로 안분계산한 것은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점장비의 구축과 관련된 비용에 대하여 사용면적비율로 공통매입세액을 안분계산하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 2014년 제1기 예정 과세기간에 대한 부가가치세 신고내역은 아래 <표1>과 같다.

(2) 쟁점장비 구축 등과 관련된 공통매입세액 정산내역은 아래 <표2>와 같다.

(3) 청구법인이 제시한 2014년 제1기 예정 부가가치세 과세기간 중 쟁점장비 구축관련 매입내역을 보면, OOO장비구축 교육장 인테리어 공사, 촬영스튜디오 시설보강 관련 물품 구매, 공동제작실 인프라구축 비용 지급, 촬영장 환경개선공사 대금지급, 촬영스튜디오 시설보강 관련 물품 구매, 디지털콘텐츠 보호 및 추적관리시스템 HBA 카드 구매, 스튜디오 고소작업대 구매, 디지털콘텐츠제작 인프라 구축 대금 지급, 카메라트래킹 사전시각화시스템 구축 대금지급, 음향제작시스템 구축 대금 지급, 자이로방식 모션캡쳐시스템 구매, 영상편집시스템 성능보강 및 안정화사업 등으로 OOO원의 매입액이 발생한 것으로 나타난다.

(4) 청구법인이 제시한 증빙은 아래와 같다. (가) OOO 장비구축비 보조금 교부결정통지 및 협약체결 공문(문화산업과-1674, 2012.3.17.)을 보면, 쟁점장비구축비에 대하여 OOO원을 교부결정통지한 것으로 나타난다. (나) OOO 과세 및 면세 등 면적을 보면, OOO는 OOO로 부지 9,298㎡, 건축연면적 14,286㎡에 지하 1층 지상 10층의 OOO 2개의 건물로 설립된 건물로서, 총면적 14,286.52㎡에서 과세면적(대관시설 및 임대면적)은 7,156.5㎡, 면세 등 면적은 7,130,02㎡이고, 과세면적은 OOO 2,258.25㎡, OOO 건물의 입주업체 임대공간 4,898.25㎡로서 상세내역은 아래 <표3>과 같다. (다) 2012년 3월부터 2014년 2월까지 쟁점장비 구축내역과 관련하여 OOO 교육장 구축 계획(2013.11.15.) 등을 보면, 쟁점장비 구축내역은 워크스테이션, 음향 및 영상설비, 책상, 일체형 PC, 쇼파, 칸막이, 빔프로젝터, 네트워크, 백업장비, 소프트웨어, 영사기, 난방기, 냉방기, 스튜디오 LED조명, 자주식 고소작업리프트, 스튜디오 크로마 확장, 책상, 정수기, 냉장고, 디지털콘텐츠 보호 및 추적관리시스템, VFX제작 스튜디오, 음향제작시스템, 초고화질 촬영시스템, 렌더팜 네트워크 및 전문 소트프웨어, 모션캡쳐시설 등으로 나타난다. (라) OOO 안내 카다로그를 보면, 종합촬영스튜디오, 영상시사실, 영상편집실 및 촬영장비, 모션캡쳐시스템, 사전시각화장비 등의 사용료가 게시되어 있고, 애니메이션, 게임 등 관련 기업이 입주하여 있는 것으로 나타난다.

(5) 청구법인은 2014.12.10. 개최된 조세심판관회의에 출석하여 쟁점장비가 설치된 OOO는 OOO 2개의 건물로 구분되어 있고, 과세면적(대관면적 및 임대면적)은 OOO의 입주업체 임대면적으로서, 면세 등 면적과 구분되므로 실지귀속이 확인된다는 취지 등으로 의견진술하였다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점장비가 구축물에 해당하지 아니하는 등 공급가액을 기준으로 안분계산하여야 한다는 의견이나, 부가가치세법 시행령 제81조 제1항은 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업 등에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 면세사업 등과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 안분계산하도록 규정하고 있는 바, 청구법인이 제시한 자료에 의하면 OOO 총면적 14,286.52㎡에서 과세면적(대관시설 및 임대면적)은 7,156.5㎡, 면세면적 등의 면적은 4,898.25㎡로 구분되어 있고, 청구법인은 이에 따라 공통매입세액을 안분하여 부가가치세를 신고하였음을 주장하는 점 등에 비추어 과세면적과 면세면적 등의 면적이 구분된다면 실지귀속에따라 공통매입세액을 안분계산할 수 있는 것으로 볼 수 있다 할 것이다. 다만, 청구법인이 제시한 증빙만으로는 그 내역이 명확히 확인되지 아니하므로 처분청이 OOO의 과세면적 및 면세면적 등의 면적과 장비 설치내역 등을 재조사하여 그 결과에 따라 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부 개정된 것) 제26조 [재화 또는 용역의 공급에 대한 면세]① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

6. 교육 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 제39조 [공제하지 아니하는 매입세액]① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 제40조 [공통매입세액의 안분]사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 “공통매입세액 안분기준”이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. 제41조 [공통매입세액 재계산]감가상각자산에 대하여 공통매입세액의 안분계산에 따라 매입세액이 공제된 후 공통매입세액 안분기준에 따른 비율과 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때는 그 재계산한 과세기간)에 적용되었던 공통매입세액 안분기준에 따른 비율이 5퍼센트 이상 차이가 나면 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부세액 또는 환급세액을 다시 계산하여 제49조에 따른 해당 과세기간의 확정신고와 함께 관할 세무서장에게 신고ㆍ납부하여야 한다. (2)부가가치세법 시행령(2013.6.228. 대통령령 제24638호로 전부 개정된 것) 제81조 [공통매입세액 안분 계산]① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. 면세사업등에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 총공급가액

④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율 2.총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율 3.총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율

⑤ 제4항 단서에 따라 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 계산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항 제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제82조 제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다. 제82조 [공통매입세액의 정산]사업자가 제81조 제4항에 따라 매입세액을 안분하여 계산한 경우에는 해당 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업등의 공급가액, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고할 때에 다음 각 호의 계산식에 따라 정산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율, 총사용면적에 대한 면세 또는 비과세 사용면적의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

(3) 지방세법 제6조 [정의] 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

2. “부동산”이란 토지 및 건축물을 말한다.

3. “토지"란 측량·수로조사 및 지적에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)의 등록대상이 되는 토지와 그 밖에 사용되고 있는 사실상의 토지를 말한다. 4.“건축물"이란 건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물(이와 유사한 형태의 건축물을 포함한다)과 토지에 정착하거나 지하 또는 다른 구조물에 설치하는 레저시설, 저장시설, 도크(dock)시설, 접안시설, 도관시설, 급수·배수시설, 에너지 공급시설 및 그 밖에 이와 유사한 시설(이에 딸린 시설을 포함한다)로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.