청구교회가 쟁점부동산 양도일 현재 국세기본법제13조 제2항에 따라 법인으로 보는 단체로 승인을 받지 아니하여 청구교회는 1거주자로 보이는 점 등에 비추어 이 건 과세처분은 잘못이 없음
청구교회가 쟁점부동산 양도일 현재 국세기본법제13조 제2항에 따라 법인으로 보는 단체로 승인을 받지 아니하여 청구교회는 1거주자로 보이는 점 등에 비추어 이 건 과세처분은 잘못이 없음
심판청구를 기각한다.
(2) 처분청은 쟁점건물 중 2층 부분의 기준시가 산정시 취득당시의 구조지수는 경량철골조에 대한 0.5를 적용하고, 양도당시의 구조지수는 조립식패널조에 대한 0.8을 적용하였는바, 처분청이 청구교회의 양도소득이 발생한 이후인 2008년부터 기준시가 산정시 새로이 반영된 조립식패널조에 대한 구조지수를 적용하여 양도당시의 기준시가를 산정한 뒤 이를 토대로 하여 환산취득가액을 산정한 것은 국세기본법제18조 제2항에서 규정한 소급과세금지원칙을 위반한 것이다.
(3) 청구교회의 쟁점부동산 취득가액이 확인되지 않으므로 소득세법제97조 제1항 제1호 가목의 단서에 따라 그 취득가액을 기준시가로 산정하여야 하고, 소득세법제100조 제1항에서 취득당시의 기준시가를 취득가액으로 적용하면 양도가액도 기준시가를 적용하도록 규정하고 있으므로, 청구교회의 쟁점부동산 양도차익을 그 기준시가의 차액으로 산정하여야 함에도 처분청은 양도가액은 실지거래가액을 적용하고 취득가액을 환산가액으로 산정하였는바, 이는 처분청이 소득세법제97조 제1항 제1호 가목의 단서 및 나목, 같은 법 제100조 제1항, 같은 법 제114조 제7항, 같은 법 시행령 제164조 제4항 및 제5항, 같은 령 제176조의2 제2항 제2호를 모두 위반한 것이므로 처분청의 이 건 부과처분은 위법하다.
(1) 청구교회는 종교법인 산하의 종파에 소속되어 있으나 회계 등 모든 운영이 독립적으로 운영되는 개별교회이고, 교회의 재산은 교인들의 총유에 속하며 교인들은 교회활동의 목적범위 내에서 교회재산을 사용․수익할 수 있다 할 것이므로 재단법인이 설립된 경우를 제외하고는 사단으로 보아야 하며(대법원 2013.3.28. 선고 2012두29165 판결 등, 같은 뜻임), 비영리법인은 청산시 잔여재산을 다른 비영리법인이나 국가 등에 기부하여야 하는 반면, 개인교회는 이러한 의무가 없어 잔여재산을 임의로 처분하여 소유할 수 있으므로, 개인과 달리 비영리법인의 고유목적사업용 자산의 처분이익에 대하여는 법소정 요건을 충족시 비과세하는 것이며, 청구교회가 지방자치단체장으로부터 부동산등기용 등록번호를 부여받은 것은 국세기본법제13조 제1항 제1호에서 규정한 주무관청에의 등록에 해당하지 아니하고, 청구교회는 쟁점부동산 양도일 현재 국세기본법제13조 제2항에 따라 법인으로 보는 단체로 승인을 받지 아니하였으므로, 처분청이 청구교회를 1거주자로 보아 쟁점부동산에 대한 양도소득세를 과세한 처분은 적법하다.
(2) 청구교회가 쟁점건물의 취득할 당시인 OOO에는 그 주구조가 경량철골조이었다가 OOO쟁점건물의 2층이 조립식판넬구조로 변경된 사실이 건축관리대장에 나타나므로, 청구교회가 쟁점건물을 취득 및 양도할 당시의 현황에 따라 처분청이 구조지수를 각각 적용하여 취득 및 양도당시의 기준시가를 산정한 것은 적법하며, 이를 세법의 소급적용으로 보아야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없다. (3) 청구교회는 쟁점부동산의 취득 및 양도당시의 기준시가를 취득 및 양도가액으로 적용하여야 한다고 주장하나, 처분청이 소득세법제96조 및 같은 법 제100조 제1항에 따라 양도가액을 실지거래가액으로 하고, 취득당시 실지거래가액 등이 확인되지 아니하므로 환산가액을 취득가액 으로 적용하여 청구교회에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 적법하다.
① 청구교회를 소득세법상 1거주자로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부
② 처분청이 쟁점건물의 양도당시 구조지수를 적용하여 양도당시의 기준시가를 산정한 것이 세법의 소급적용에 해당한다는 청구주장의 당부
③ 쟁점부동산의 양도차익을 양도당시와 취득당시의 기준시가의 차액으로 산정하여야 한다는 청구주장의 당부
(2) 처분청은 당초 청구교회의 쟁점부동산의 양도가액을 OOO원으로 하고, 환산취득가액을 OOO원으로 산정하여 OOO 청구교회에게 2013년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정․고지하였다가 청구인이 OOO 심판청구를 제기한 이후에 처분청이 적용한 쟁점건물의 용도지수 등에 오류가 있다는 청구주장을 일부 받아들여 환산취득가액을 OOO원으로 재산정하여 OOO 위의 양도소득세 중 OOO원을 감액경정하였다.
(3) 처분청이 청구교회의 쟁점부동산의 환산취득가액을 재산정한 내역은 다음과 같다. (가) 쟁점건물의 기준시가 재산정 내역 (나) 쟁점건물의 건축물관리대장을 보면, 쟁점건물의 주구조는 경량철골조로 되어 있고, OOO쟁점건물의 2층 105㎡를 조립식판넬로 정정한 것으로 나타나며, OOO 쟁점건물의 용도가 1층은 교회에서 노인복지시설로 변경되고, 2층은 교회에서 사무소(184.83㎡)로 변경된 것으로 나타난다. (다) 쟁점부동산의 환산취득가액 재산정 내역 OOO
(4) 청구교회가 제출한 부동산등기용 등록번호 등록증명서 등을 보면, OOO에게 OOO 부동산등기용 등록번호 부여신청을 하여 등록번호OOO 부여 받은 것으로 나타난다.
(5) 청구교회의 OOO 변경된 정관의 주요 부분을 보면, 제5조에 본 교회 회원은 세례교인으로 한다고 되어 있고, 제6조는 본 교회 업무를 처리하기 위하여 재직회를 둔다고 되어 있으며, 그 각호에 재직 회원의 의장 및 구성원, 권한, 결의요건 및 방법 등이 규정되어 있고, 제10조에 본 교회의 재산의 관리 및 처분은 재직회의 결의에 의하여 담임목사가 관장한다고 되어 있다.
(6) 청구교회의 OOO 실무재직회 회의록을 보면, 쟁점부동산을 OOO에게 OOO원에 매각하기로 결의하고 동 회의록에 담임목사 OOO 외 명예장로 OOO 날인한 것으로 나타난다.
(7) 청구교회는 OOO 처분청으로부터 수익사업을 하지 않는 비영리법인 및 국가기관 등 본점에 대한 고유번호증OOO 교부받았고, 그 하단의 유의사항을 보면 이 고유번호증의 부여로 인해 민법 기타 특별법에 의한 법인격이 부여되는 것이 아니라고 기재되어 있다.
(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 쟁점①에 대하여 살피건대, 교회는 일반적으로 예배를 목적으로 하는 교인들로 구성된 사단으로서의 성격을 가지고, 교회의 재산은 교인들의 총유에 속하며 교인들은 각 교회활동의 목적범위 내에서 총유권의 대상인 교회재산을 사용․수익할 수 있다 할 것이므로(대법원 1999.7.7. 선고 97누17261 판결 등, 같은 뜻임), 청구교회를 법인격 없는 재단이 아니라 사단으로 봄이 타당한 점, 부동산등기법에 따라 시장․군수로부터 부동산등기용 등록번호를 부여받은 것은 국세기본법제13조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 주무관청에의 등록에 해당하지 아니하는 것으로 보이는 점, 청구교회가 쟁점부동산 양도일 현재 국세기본법제13조 제2항에 따라 법인으로 보는 단체로 승인을 받지 아니하였던 점 등에 비추어 처분청이 청구교회를 1거주자로 보아 쟁점부동산에 대한 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. (나) 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구교회가 쟁점건물을 취득 및 양도할 당시의 현황에 따라 처분청이 구조지수를 각각 적용하여 취득당시와 양도당시의 기준시가를 산정한 것이 세법의 소급적용에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (다) 쟁점③에 대하여 살피건대, 소득세법제96조 제1항에서 제94조 제1항 각호에 따른 자산의 양도가액은 그 실지거래가액에 따른다고 규정하고 있고, 같은 법 제96조 제2항에서 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 2006.12.31.까지 양도하는 경우에는 그 자산의 양도가액은 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 그 자산의 양도당시의 기준시가에 따른다고 규정하고 있으며, 같은 법 제97조 제1항 제1호 가목에서 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액을 취득가액으로 하되 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가를 취득가액으로 하도록 규정하고 있고, 같은 법 제100조 제1항에서 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액․감정가액․환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액․감정가액․환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다고 규정하고 있는바, 청구교회가 쟁점부동산을 양도한 시기가 OOO이고, 양도당시 실지거래가액이 확인되므로, 양도가액을 실지거래가액에 따라야 하고, 그러할 때에는 취득가액도 실지거래가액에 따라야 하며, 실지취득가액에 환산가액 등도 포함되는 점 등에 비추어 처분청이 청구교회의 쟁점부동산 양도가액으로 실지거래가액을, 취득가액으로 환산가액을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 국세기본법 제13조(법인으로 보는 단체) ① 법인(법인세법 제1조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.
1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것
2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것
② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.
1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것
2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것
3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다. (2) 소득세법 제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 따른다.
② 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 그 자산의 양도 당시의 기준시가에 따른다.
1. 제89조 제1항 제3호에 따른 고가주택의 기준에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다)인 경우
2. 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 부동산을 취득할 수 있는 권리인 경우
3. 제104조 제3항에 따른 미등기양도자산인 경우
4. 취득 후 1년 이내의 부동산인 경우
5. 거짓 계약서의 작성, 주민등록의 거짓 이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득하거나 양도하는 경우로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 경우
6. 양도자가 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 증명서류와 함께 제110조 제1항에 따른 확정신고기한까지 납세지 관할 세무서장에게 신고하는 경우
7. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산인 경우
8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지인 경우
9. 그 밖에 해당 자산의 종류, 보유기간, 보유 수(數), 거래 규모 및 거래방법 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 취득당시의 기준시가 양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 × ------------------------------------------- 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 양도당시의 기준시가(제164조 제8항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가
결정 내용은 붙임과 같습니다. [요지내용] 교회는 일반적으로 예배를 목적으로 하는 교인들로 구성된 사단으로서의 성격을 가지고 교회의 재산은 교인들의 총유에 속하며 교인들은 각 교회활동의 목적범위 내에서 총유권의 대상인 교회재산을 사용ㆍ수익할 수 있다 할 것이므로 청구교회를 법인격 없는 재단이 아니라 사단으로 봄이 타당하고, 부동산등기법에 따라 시장ㆍ군수로부터 부동산등기용 등록번호를 부여받은 것은 국세기본법제13조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 주무관청의 등록에 해당하지 아니하는 것으로 보이며, 청구교회가 쟁점부동산 양도일 현재 국세기본법제13조 제2항에 따라 법인으로 보는 단체로 승인을 받지 아니하여 청구교회는 1거주자로 보이는 점 등에 비추어 이 건 과세처분은 잘못이 없음