법인으로 보는 단체로 승인받은 사실이 없는 청구교회를 거주자로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구교회는 2011.12.27. OOO(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 OOO에 거래가액 OOO원에 양도하고 양도소득세를 신고하지 않았다.
• 나. 처분청은 청구교회가 주무관청에 승인을 받지 아니하여국세기본법제13조에 따른 법인으로 보는 단체에 해당되지 아니하므로 거주자로 보아 2014.1.15. 청구교회에게 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정․고지하였다.
• 다. 청구교회는 이에 불복하여 2014.3.31. 이의신청을 거쳐 2014.5.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구교회 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구교회 주장 쟁점부동산을 취득하여 청구교회의 고유목적사업인 선교활동에 2011년 양도시점까지 사용하였으므로 쟁점부동산의 양도에 대하여 양도소득세를 과세하는 것은 부당하다. 처분청은 양도당시 청구교회가 개인으로 보는 단체(사업자등록번호: 401-89-)이므로 거주자로 보아 과세하는 것이 정당하다고 주장하나, 청구교회가 2003.9.5. 법인으로 보는 단체(401-82-)의 사업자등록을 폐업하고 개인으로 보는 단체(401-89-)로 사업자등록을 한 것은 2003년 9월경에 과세당국에서 각 교회에 서면으로 ‘개인으로 보는 단체’로 변경하라는 통지가 있어 세법에 정통하지 않은 교회의 대표자로서 과세당국의 안내에 따라 개인으로 보는 단체로 사업자등록을 한 것이다. 개인으로 보는 단체(401-89-)의 사업자등록 개업일은 폐업한 법인으로 보는 단체(401-82-)의 개업일인 2000.5.12.로 같고, 이는 기존의 사업자를 폐업하고 새롭게 사업자등록한 별개의 단체가 아니라 단지 실질은 그대로이면서 형식(사업자등록번호)만 바뀐 것이다. 또한, 청구교회의 고유목적사업, 청구교회의 소속OOO, 쟁점부동산을 본래의 선교활동에 사용하는 것에 아무런 변동이 없고, 청구교회의 쟁점부동산 부지 구입시점(2002.11.12.)과 교회건물신축시점(허가일 2003.8.14.)에 위 사실관계에서 보듯이 청구교회는 법인으로 보는 단체에 해당되었다. 그리고, 쟁점부동산의 매각대금은 채무를 변제하고OOO(401-82-60)와 합병비용(교회신축대금)에 사용하였으며, 이후 합병한 OOO와는 교회의 사정으로 인하여 분리를 하고 새로운 교회부지를 구입하고 건물을 신축하기 전에 OOO를 임차하여 새로운 교회(401-82-69*)를 운영하고 있다. 쟁점부동산의 매각결정 및 매각대금 사용은 당회의 철저한 관리와 결정을 따르는바, 대표자OOO의 사적인 결정이나 대금의 사용은 불가한 상황이다.
• 나. 처분청 의견 청구교회는 재단법인 OOO에 소속된 교회로 쟁점부동산이 양도일 현재까지 고유목적사업에 직접 사용하던 고정자산으로서 양도소득세 과세대상이 아니라고 주장하나, 2000.5.12. 비영리법인으로 등록하여 운영하다 2003.9.5. 비영리법인을 폐업신고 후 2011.12.27. 양도일 현재까지 개인으로 보는 단체에 해당되는 고유번호(401-89-*, OOO)를 부여받아 운영하다가 쟁점부동산을 양도한 것으로 확인된다. 또한, 쟁점부동산의 등기부등본에 기재된 OOO는 부동산등기를 위하여부동산등기법에 따른 시장(구청장), 군수로부터 부동산등기용 등록번호를 부여받은 경우로국세기본법제13조 및 같은 법 시행령 제8조에 따라 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되었거나 법령에 의하여 주무관청에 단체로 등록한 경우에 해당하지 아니하여 법인으로 보는 단체로 볼 수 없다. 위와 같이 개인으로 보는 단체인 청구교회가 양도한 쟁점부동산에 대하여 처분청이 양도소득세를 고지한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구교회를 소득세법상의 거주자로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제13조 [법인으로 보는 단체]

① 법인(법인세법제1조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 1.주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

③ 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체는 그 신청에 대하여 관할 세무서장의 승인을 받은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간이 끝난 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는소득세법에 따른 거주자 또는 비거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다. (2) 국세기본법 시행령 제8조 [법인으로 보는 단체의 신청·승인 등]

① 법 제13조 제2항에 따라 승인을 받으려는 법인(법인세법제1조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다)의 대표자 또는 관리인은다음 각호의 사항을 적은 문서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소

6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정

② 관할 세무서장은 제1항에 따라 법인 아닌 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일 이내에 신청인에게 통지하여야 한다.

③ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체에 대해서는 승인과 동시에 부가가치세법 시행령제12조 제2항에 따른 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 해당 단체가 수익사업을 하려는 경우로서 법인세법 제111조 에 따라 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체가 법 제13조 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되었을 때에는 관할 세무서장은 지체 없이 그 승인을 취소하여야 한다.

(3) 소득세법제2조 [납세의무]

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개인은 이 법에 따라 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.

2. 비거주자로서 국내원천소득(國內源泉所得)이 있는 개인

③ 국세기본법제13조 제1항에 따른 법인 아닌 단체 중 같은 조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 외의 법인 아닌 단체는 대통령령으로 정하는 바에 따라 국내에 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소 를 둔 경우에는 거주자로, 그 밖의 경우에는 비거주자로 보아 이 법을 적용한다. 제168조 [사업자등록 및 고유번호의 부여]

⑤ 사업장 소재지나 법인으로 보는 단체 외의 사단·재단 또는 그 밖의 단체의 소재지 관할 세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 고유번호를 매길 수 있다.

1. 종합소득이 있는 자로서 사업자가 아닌 자

2. 비영리민간단체 지원법에 따라 등록된 단체 등 과세자료의 효율적 처리 및 소득공제 사후 검증 등을 위하여 필요하다고 인정되는 자

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실들이 확인된다 (가) 쟁점부동산의 양도소득세 고지내용은 다음〈표1〉과 같다. 〈표1〉양도소득세 고지내용 (나) 국세통합전산망에서 확인되는 청구교회의 사업자등록현황은 다음 〈표2〉와 같다. 〈표2〉사업자등록현황 (다) 청구교회의 2011.2.27. 작성된 당회의록, 2011.6.5. 작성된 당회의록 및 2011.12.26. 작성된 당회의록에는 쟁점부동산은 교회건물로서 청구교회의 예배장소 및 부속토지로 사용되었고, 쟁점부동산의 양도 및 처분에 관한 의결은 재단법인 청구교회의 대표자인 목사와 장로로 구성된 청구교회의 당회에서 결정되었음이 확인되며, 소속증명서상 청구교회는 재단법인 OOO유지재단 산하 OOO로 나타난다. (라) 청구교회의 쟁점부동산 매각자금 사용처는 2012.3.2. 현재 양도금액 OOO원 중 지출금액은 OOO원으로 주된 사용처는 새성전 및 주차장부지 구입비 OOO원, 쟁점부동산 근저당권 담보대출금 상환 OOO원으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구교회는 기존의 사업자를 폐업하고 새롭게 사업자등록한 별개의 단체가 아니라 단지 실질은 그대로이면서 형식(사업자등록번호)만 바뀐 것이므로 양도소득세 과세대상에서 제외되어야 한다고 주장하나, 쟁점부동산의 양도당시 청구교회는국세기본법제13조 제1항의 규정과 같이 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 단체인 사실이 확인되지 아니하고, 같은 조 제2항의 규정과 같이 관할 세무서장에게 신청하여 법인으로 보는 단체로서 승인을 받은 사실도 확인되지 않는 점, 청구교회의 사업자등록번호가 당초 비영리법인번호에서 개인고유번호로 변경된 것이 과세당국의 행정지도에 의해서 행하여졌다고 주장하나 이와 관련한 객관적 증빙의 제시가 없는 점 등에 비추어 청구교회를소득세법상 거주자로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. (문서 마지막에 아래 마크가 나타나도록 부탁드립니다)