청구법인은 소유권이전등기를 경료한 후에 매매계약상 약정한 조건이 성취되어 쟁점매입세금계산서를 교부받고 잔금을 지급하면서 사실상 쟁점부동산을 사용ㆍ수익한 점 등에 비추어 소유권이전등기 경료일을 쟁점부동산의 공급시기로 보아 과세한 처분은 잘못임
청구법인은 소유권이전등기를 경료한 후에 매매계약상 약정한 조건이 성취되어 쟁점매입세금계산서를 교부받고 잔금을 지급하면서 사실상 쟁점부동산을 사용ㆍ수익한 점 등에 비추어 소유권이전등기 경료일을 쟁점부동산의 공급시기로 보아 과세한 처분은 잘못임
OOO세무서장이 2014.2.17. 청구법인에게 한 2012년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
(1) 청구법인은 2011.12.20. OOO과 쟁점부동산 양수·도계약(조건성취를 잔금지급조건으로 한 특약 첨가)을 체결하고 2011.12.21. 계약금 OOO원을 지급함과 동시에 소유권이전등기를 하였으나, 소유권 이전등기 후에도 계약서상 특약내용의 기존 임차인들의 퇴거 및 폐기물 정리가 완료되지 아니하여 쟁점부동산을 사용할 수 없는 상황이었으며, OOO은 기존 임차인의 퇴거 및 폐기물 정리가 완료됨을 양자간에 문서를 통해 확인한 시점인 2012.4.12.에 쟁점부동산의 공급시기로 판단하여 쟁점매입세금계산서를 교부하였다. (2)부가가치세법제9조 및 같은 법 시행령 제21조 제1항 제3호에서는 재화의 공급시기는 부동산의 경우(즉, 재화의 이동이 필요하지 않을 경우) 재화가 이용가능하게 되는 때가 원칙이고, 조건부 판매의 경우 그 조건이 성취되어 재화의 판매가 확정되는 시점을 공급시기로 규정하고 있으며, 부가가치세 집행기준 9-21-1(부동산 양도에 따른 공급시기)에서는 부동산을 양도하는 경우의 공급시기는 “해당 부동산이 이용가능하게 되는 때”이며, “이용가능하게 되는 때”란 원칙적으로 소유권이전등기일을 말하지만, 잔금의 미지급 등으로 소유권이전등기일 이후에도 사용ㆍ수익할 수 없는 사실이 객관적으로 확인되는 때에는 실제로 “사용ㆍ수익이 가능한 날”이라고 규정하고 있는바, 이에 따르면 부동산의 공급시기는 동 부동산의 매입자가 동 부동산을 사용·수익할 수 있는 날이 원칙이며, 사용·수익할 수 있는 날에 대하여 객관적 확인이 불가할 때에는 소유권이전등기일로 보는 것이라고 관련 판례 및 다수의 조세심판원 결정사례에서 사용·수익 가능일을 원칙적으로 부동산을 명도받기로 한 때로 해석하고 있으나, 계약상 부동산의 사용시점을 특약한 경우에는 그 약정한 시기를 사용·수익 가능일로 판단하고 있고(대법원 2007.5.10. 선고 2007두5585 판결, 대법원 1989.3.28. 선고 88누1745 판결, 조심 2008중2471, 2008.11.3., 국심 2006중3217, 2006.12.19. 외 다수), ‘사용·수익일의 특정’이란 소유권이전 여부와 무방하게 양도인이 어느 시점까지 부동산을 사용하고 어느 시점 이후부터 양수인이 부동산을 사용한다는 뜻을 내포함으로 족한 것인바, 사업영위 준비과정의 면허획득·등록 절차 등은 부동산의 사용가능시기 판단에 영향을 미칠 수 없는 것이며(국심 2007중2228, 2007.10.24.), 특히 양수자가 부동산의 사용·수익일 이전 소유권을 이전받고, 부동산을 담보신탁하여 차입을 발생시키거나 또는 근저당권을 설정하여 부동산의 담보가치를 활용했다 하더라도 이를 사용·수익의 범주에 포함하지 않는 것이므로(국심 2005서2201, 2006.8.11., 조심 2010서1991, 2010.10.19.), 쟁점부동산의 공급시기는 사실상 명도일 또는 계약상에 특약된 사용·수익일을 기준으로 판단하여야 할 것인바, 처분청은 사용·수익에 대한 객관적 증거 없이 신탁사실 및 사업준비 사실 등 본질과 무관한 정황적 증거만을 제시하고 있으나, 2011.11.20. 청구법인과 OOO 간에 체결된 쟁점부동산의 매매계약서 및 합의서의 주요 내용을 보면, 2012.2.20. 이전까지 쟁점부동산의 양도자인 OOO이 쟁점부동산을 사용하면서 관리책임 및 전기사용료 등을 부담하며, 기존 입주자의 퇴거 및 주변정리 등도 OOO이 책임지고 2012.2.20.까지 완료하되, 쟁점부동산의 매매대금 중 잔금은 매입자인 청구법인이 동 조건사항을 완료한 것으로 확인한 시점부터 3일 이내에 지급하도록 약정하고 있어, 청구법인은 계약상 쟁점부동산을 2012.2.20. 이전까지는 사용 자체가 불가한 상황이었던바, 쟁점부동산의 공급시기를 2012.4.12.로 봄이 합리적이다. (3)부가가치세법제17조 제2항 제2호 및 같은 법 시행령 제60조 제2항 제3호에서는 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 경우에는 매입세액공제가 가능한 것으로 규정하고 있는바, 2012.4.12.을 적절한 공급시기로 볼 수 없다 하더라도, 2012.2.20. 까지 청구법인이 쟁점부동산을 사용할 수 없었음에는 이론의 여지가 없을 것인바, 최소한 공급시기는 2012.2.20. 이후에서 2012.4.12. 사이로 보는 것이 타당하므로, 비록 쟁점매입세금계산서가 공급시기를 경과하여 2012.4.12. 발행되었다 하더라도, 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 것이므로 매입세액공제는 가능한 것으로 봄이 타당하다.
(1) 부동산의 공급시기에 대하여부가가치세법제9조 제1항 제2호 “재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때”라고 규정하고 있으므로, 재화의 이동이 필요하지 않는 부동산의 공급시기는 “해당 건물이 이용가능하게 되는 때”이며, 이 경우 “이용가능하게 되는 때”란 원칙적으로는 소유권이전등기일을 말하는 것이며, 예외적으로 매매잔금 미지급금 등의 사유로 매매당사자 간 특약에 의하여 해당 부동산에 대해 잔금지급일 이전까지 사용ㆍ수익 등 이용을 제한하고 있는 경우에는 실제로 사용ㆍ수익이 가능한 날을 공급시기로 보는 것으로, 여기서 “이용가능”이란 계약당사자가 계약상의 내용을 이행함으로써 그 재화를 매입하는 자가 소유권을 주장할 수 있는 경우이거나 판매자의 승낙하에 매입자가 이용을 개시하는 경우라 할 수 있다.
(2) 청구법인은 OOO이 쟁점부동산을 사용하고 있어 사용·수익에 제한을 받았다고 주장하나, 합의서 내용에 따르면 2011.12.20. 이후부터 2012.2.20.까지 청구법인은 쟁점부동산에 대하여 양도법인이 무상사용하도록 임대료에 대하여 명시하고 있고, 부가가치세 집행기준 9-21-1에 따르면 “부동산을 양도하는 경우의 공급시기는 해당 부동산이 이용가능하게 되는 때”이며, “이용가능하게 되는 때”란 원칙적으로 소유권이전등기일 이고 특약에 따라 소유권이전등기일 이후에도 해당부동산을 사용·수익할 수 없는 사실이 객관적으로 확인 되는 때에만 특약조건이 성취한 날을 실제 사용·수익하는 날로 해석하고 있는바, 매매계약서에 의하면 청구법인에게 사용을 제한하는 내용은 전혀 없으며, 청구법인은 2011.12.21. 소유권이전등기 경료 후 신한은행과 2011.12.28. 부동산신탁을 하는 부동산담보신탁계약의 위탁자로서 계약하였는바, 청구법인과 OOO이 2011.12.27. “부동산신탁계약서”를 체결한 후 신탁등기를 2011.12.28. 완료한 신탁내용을 살펴보면, 위탁자 청구법인·수탁자 OOO·우선수익자를 5개 법인으로 지정하였고, 청구법인은 “부동산담보신탁계약서” 제10조(신탁부동산 보전관리 등)에 따라 ‘위탁자는 신탁부동산을 사실상 계속 점유사용하고, 신탁부동산에 대한 보존·유지·수선 등 실질적인 관리행위...’라고 약정되어 있어 청구법인에게 신탁재산의 관리의무가 있는바, 청구법인이 쟁점부동산을신탁법에 따라 OOO에 신탁하면서 OOO(주) 외 4개 법인으로부터 OOO원을 차입하고 동 신탁계약 및 특약조건에 따라 신탁부동산에 대한 사용·수익 및 처분의 실질적 통제권을 인계하는 등 쟁점부동산을 이용한 교환가치의 상당 부분을 실지로 사용하였다 할 것이다(서울고등법원 2009.12.9. 선고 2008누37284 판결).
(3) 청구법인과 양도법인이 체결한 계약서상 청구법인이 매매대금 OOO원 중 계약금으로 90%에 해당되는 OOO원을 지급하면서 제시한 조건을 보면, 계약서 제3조(매도인의 의무 및 대금지급 조건) 제2항에서 “청구법인이 부동산에 대한 소유권의 완전한 행사를 제한하는 모든 권리제한사항 일체에 대하여 말소 또는 말소에 필요한 모든 서류 및 비용과 그 권리의 하자 및 부담 등이 제거되어 완전한 소유권을 청구법인이 취득할 수 있도록 조치한 후 관련 서류를 소유권 이전서류와 함께 제공하여 한다” 라고 약정하고, 또한 “양도법인은 계약금 수령과 동시에 청구법인에게 소유권 이전서류를 교부한다”로 기재되어 있으며, 제3항에서는 “임차권에 대해서는 양도법인이 계약금으로 입주자 (주)OOO의 임차보증금을 전액 지불하여야 한다”라고 약정하고 있을 뿐만 아니라 2011.12.20. 청구법인·양도법인·임차인OOO간에 작성한 동의서를 살펴보면, 2012.2.20.까지 모든 시설을 다른 장소로 이전 및 임대 초기상태의 원상복구를 완료하기로 하고, 만약 2012.2.20. 이전까지 시설이전완료가 미집행 된 경우에는 청구법인에서 임의적으로 자체 처분하는 데 동의한다는 동의서를 작성하였기에 임차인들은 소유권을 제한하는 점유권이나 임차권 없이 단지 OOO에 대하여 임차보증금에 대한 채권만 남게 된 것이고, 청구법인으로서는 쟁점부동산에 대하여 소유권자의 지위에서 배타적 권리행사가 가능하였던 것이다.
(4) 청구법인은 양도법인의 기존 임차인 퇴거와 폐기물 처리가 완료되는 때까지 사용·수익이 제한되어 있다는 주장에 대하여 살펴보면, 양도법인이 임차인의 퇴거 및 폐기물 처리를 책임지도록 하고 있을 뿐 국세통합시스템 조회결과에 따르면 임차인 중 (주)OOO은 2011.8.11에 경상북도 OOO로 이전하였고, (유)OOO는 임차 면적이 1,000㎡로 쟁점부동산의 건물 연면적 5,035.85㎡ 중 일부에 그치고 있어 청구법인이 쟁점부동산을 용도에 맞게 사용·수익하는데 제한이 있었다고 할 수 없으며, 또한 OOO으로부터 2011.12.28.폐기물관리법에 따라 폐기물종합재활용업허가에 관한 권리·의무를 승계(2012.1.2. 변경완료) 받아 청구법인에게 폐기물의 처리권한이 이전되어 쟁점부동산에 대한 사용·수익이 제한되었다고 볼 수 없으며, 쟁점부동산에 존재하는 폐기물은 청구법인이폐기물처리법제25조 제8항에 따라 허가증을 다른 사람에게 빌려줄 수 없어 청구법인이 적법하게 폐기물을 처리해야 할 의무가 있는 것이고, 또한, 전기사용료 등의 공과금을 OOO이 부담하여 쟁점부동산의 관리·책임이 OOO에게 있다고 주장하나 공과금 등은 임차인의 위치에 있는 OOO이 당연히 부담해야하는 사항으로 사실상 임대차관계의 연장으로 볼 수 있으며, 2011.12.21. 전기공급자인 OOO에 쟁점부동산의 전기사용자를 청구법인으로 변경하여 전기를 공급받을 권리를 행사하여 이후의 전기사용에 대한 부가가가치세도 공제받는 등 쟁점부동산을 사용하는데 제한을 받은 사실은 없다.
① 쟁점매입세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보고 과세한 처분 당부
② 쟁점부동산의 공급시기를 2012.2.20.로 보아 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보는 경우, 동일한 과세기간 내에 발급된 것이므로 매입세액불공제한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부
제9조【거래시기】① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호에 규정하는 때로 한다.
2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때 제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 제17조【납부세액】② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 2.제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 필요적 기재사항 이라한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 부가가치세법 시행령 제21조【재화의 공급시기】ⓛ 법 제9조 제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 다음 각 호에 따른다.
1. 현금판매ㆍ외상판매 또는 할부판매의 경우에는 재화가 인도되거나 이용가능하게 되는 때
(1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 2011.12.19. 개업하여 OOO을 영위하는 법인으로, 국세통합시스템에서 확인되는 2011년 제2기부터 2012년 제1기까지의 부가가치세 신고내용은 아래〈표1〉과 같으며, OOO은 기존 임차인의 퇴거 및 폐기물 정리가 완료됨을 양자간에 문서를 통해 확인한 시점인 2012.4.12.에 쟁점부동산의 공급시기로 보아 쟁점세금계산서를 교부하고, 2012년 제1기 확정분 부가가치세 신고시 쟁점매입세금계산서의 매입세액OOO을 매출세액에서 공제하여 환급신고한 것으로 확인된다. (나) 쟁점부동산 내역은 아래〈표2〉와 같이 공장용지 3필지 25,411㎡ 및 공장건물 5,268.85㎡로 나타나고 있으며, 2011.12.20. 청구법인은 OOO과 쟁점부동산 양수·도 계약을 아래〈표3〉과 같이 체결 및 동 계약의 이행을 완료한 것으로 나타나고 있고, 쟁점부동산의 양수·도계약과 관련된 거래대금은 아래〈표4〉와 같이 2012.4.17. 잔금 OOO원을 지급한 것으로 나타나고 있다. (다) 2011.12.20. 청구법인과 OOO 간의 쟁점부동산 양·수도 관련 합의서를 보면, OOO은 2012.2.20. 이전까지 현재 쟁점부동산 내에서 사업을 영위하되 임대료는 없고, 전기안전관리자는 기존 OOO이 계약한 동일조건으로 동일인과 청구법인이 재계약하며, 2012.2.20. 이전까지 발생되는 쟁점부동산의 파손 및 안전문제 등 제반사항에 대하여는 OOO이 법적책임을 지며, 쟁점부동산 매매잔금 지급 시 안전관리자 비용·전기사용료·폐기물처리비 등을 정산하기로 약정하였고, 2012.4.12. 청구법인과 OOO 간의 확인서를 보면, 청구법인과 OOO은 쟁점부동산에 대하여 2011.12.20.자에 OOO원에 매매계약을 체결하여 2011.12.20.부터 2011.12.21.기간까지 OOO원을 수령하고, 세금계산서는 잔금 지불 시 부가가치세 부분을 반영하여 일괄발행하기로 하였으며, OOO은 위 약정내용과 같이 2011.12.21.부터 2012.2.20.까지 쟁점부동산을 무상사용하면서 발생된 비용인 전기사용료 OOO원과 안전관리 대행수수료 OOO원을 매매잔금 OOO원에서 차감하고 나머지를 정산지급한 것으로 확인된다. (라) OOO의 동의서를 보면, 2012.2.20. 이전까지 쟁점부동산상 모든 시설(물품 등)을 이전완료하며, 약정기간까지 시설이전 미완료시 청구법인에게 임의 자체처분 동의한다고 기재되어 있으며, 청구법인이 제출한 2012년 2월 당시 현장 사진을 보면 기존 임차인들의 폐기물이 그대로 적체되어 있는 것으로 나타나고 있고, 2012.4.12. OOO과 기존 임차인 간의 부동산임대관계 종결 확인서를 보면, OOO이 임대차 부지를 2011.12.20. 청구법인에게 부동산 매매계약을 체결함에 따라 매수자가 해당 부동산에 대하여 완전한 소유권 행사를 할 수 있도록 OOO 간의 임대차계약 관련 모든 사항이 종결되었고, 임대보증금 포함 모든 대금 정산이 완료되었음을 확인하는 것으로 기재되어 있다. (마) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,부가가치세법제9조 제1항 제2호에서 “재화가 공급되는 시기에 대하여 재화의 이동이 필요하지 아니하는 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때”라고 규정하고 있는바, 공급받은 재화가 부동산인 경우에는 원칙적으로 그 부동산을 명도받은 때(소유권이전등기일)가 실지로 사용할 수 있는 때라 할 수 있으나, 매매계약을 체결함에 있어 그 부동산의 사용시점을 특약하였다면 그 약정한 시기가 그 재화를 실지로 사용·수익할 수 있게 되는 때라 할 것(조심 2010서1991, 2010.10.19., 같은 뜻임)이고, 거래상대방으로 하여금 사실상 소유자로서 당해 부동산에 대한 배타적인 이용 및 처분을 할 수 있도록 그 점유를 이전하였다면부가가치세법상 재화의 공급에 해당하는 것(대법원 2006.10.13. 선고 2005두2926 판결, 대법원 2007.5.10. 선고 2007두5585 판결, 같은 뜻임)이나, 조건성취가 완료된 후 잔금을 지급하기로 약정하였고, 이날에 비로소 청구법인이 쟁점부동산을 실질적으로 사용ㆍ수익이 가능한 경우에는 이 때를 거래시기로 보아야 할 것(조심 2008중2471, 2008.11.3., 같은 뜻임)으로, 이 건의 경우 청구법인은 제조업이고, 쟁점부동산을 양도한 법인은 부동산임대업으로, 청구법인이 제조업을 수행하기 위하여 쟁점부동산을 매매계약한 후 계약금으로 매매대금의 90%OOO를 주고 소유권이전등기한 후, 나머지 10%는 기존임차인의 퇴거 종료 및 폐기물의 처리 완료를 조건으로 하고 2012.2.20.까지 종전과 같이 양도법인이 제세금을 부담 및 쟁점부동산을 사용하기로 하면서 위 조건이 성취되었을 때 잔금OOO을 주기로 함으로써 매매계약서상 조건부로 약정되어 있는 점, 처분청이 과세근거로 삼은 것 중 하나인 폐기물처리와 관련된 인·허가는 사업준비과정에서 리모델링 등을 위하여 사업장을 일시적으로 사용해야만 하는 특수성으로 인하여 청구법인이 사업장으로 사용하려는 것을 확정하기 위한 것일 뿐 폐기물 인·허가와 쟁점부동산의 공급시기와는 관련이 없다고 보이는 점, 처분청은 청구법인이 담보신탁한 사실을 근거로 사용·수익하였다고 하나, 쟁점부동산의 소유권이전등기일 현재 매매잔금이 남아 있으며, 소유권이전일 및 2012.2.20. 현재 매매조건인 쟁점부동산상 기존임차인의 퇴거 및 폐기물의 처리가 완료되지 아니한 것으로 보이므로 청구인이 쟁점부동산에 대한 소유권이전등기를 하였다 하여 청구인이 쟁점부동산을 사용ㆍ수익할 수 있는 것으로 보이지 아니하는 점, 실제 2012.2.20.까지도 조건이 성취되지 않아 새로이 위 조건을 완료하라고 최후 통보하였고, 결국 2012.4.12.에 이르러서야 조건이 성취됨에 따라 쟁점매입세금계산서를 교부받고 잔금을 주면서 청구법인이 실질적으로 쟁점부동산을 사용·수익하게 된 사실이 인정되는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점부동산의 공급시기를 소유권이전등기시점인 2011.12.21.로 보고 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라 하여 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하지 않고 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
(2) 다음으로, 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리를 생략한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.