영농조합법인이 조합원을 위하여 농자재를 일괄구매한 후 동 기자재에 대한 부가가치세를 환급받아 조합원에게 배분한 것에 대하여 환급대상이 아닌 것으로 보아 추징한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 농작물의 집단재배 등의 사업을 통한 조합원의 소득증대를 목적으로농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따라 2006.1.13. 설립된 영농조합법인OOO으로서 2010년 제1기부터 2011년제1기까지의 부가가치세 과세기간 중 조합원들에게 공급하기 위하여 제조업자로부터 포장재(골판지)를 일괄구입한 후 관련 세금계산서를 수취하고조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제105조의2에 의한 농어업용 기자재에 대한 부가가치세 환급을 신청하여 이를 수령하였다.
• 나. 처분청은 청구법인과 같이 직접 농사를 짓지 아니하고 그 조합원이 농사를 짓는 경우에는 위 조특법 조항이 적용되지 않는 것으로 보아 기 환급한 부가가치세 및 이자상당액을 추징하기 위하여 2014.3.10. 청구법인에게 부가가치세 2010년 제1기분 OOO원을 각 경정·고지하였다. <표> 청구법인의 농자재 구입가액 및 환급신청세액
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.5.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 영농을 규모화하고자 하는 관계당국의 장려에 따라 영농에 종사하는 조합원들이 생산정보의 공유, 공동출하 및 농업용 기자재의 공동구매 등을 위하여 만들었고, 정부에서 시행한 농산물표준규격 공동출하사업 중 농산물 포장재비 지원이 사업의 효율성 및 농민들의 구매효율화를 위하여 생산자조직을 통하여 신청하도록 변경됨에따라 동 포장재비지원을 원활히 받기 위하여 청구법인이 공동구매를 하고, 세금계산서를 수취한 후 조합원인 농민들을 위하여 부가가치세를 환급받은 것이다. 이와 같이 청구법인은 판매목적으로 포장재를 구매한 것이 아니라단순한 도관역할만을 한 것이고, 실지 구매자는 동 포장재를 직접 사용소비한 조합원들이었으며, 청구법인이 설립목적에 따라 조합원을 위하여 부가가치세 환급도 대행하였으나 실제 신청을 하고 환급을 받은 것도 경작자인 조합원이므로 기환급한 부가가치세를 추징한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 정책의 변화로 조합원들을 위해 포장재의 공동구매를 할 수 밖에 없었고 이에 따라 농·어업용 기자재에 대한 부가가치세의 환급금을 대행하여 수령하게 되었으며 이러한 절차에 있어 청구법인은 조합원으로부터 대행수수료 등 어떠한 경제적 이익이 없는 도관역할만 한 것이므로 청구법인에 대한 환급은 정당하다고 주장하나, 조특법 제105조의2는농어업용 기자재에 대한 부가가치세 환급의 대상을 농어민이 농어업에 사용하기 위하여 구입하는 기자재로 규정하고 있으므로 직접 작물재배를 하지 아니하는 청구법인은 위 부가가치세 환급을 받을 수 있는 대상이 아니며 아울러 청구법인은 환급대행자에도 해당되지 않아 청구법인의 농어업용 기자재에 대한 부가가치세의 환급신청은 부당한 것이므로 동 환급세액을 추징한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 영농조합법인이 조합원을 위하여 농자재를 일괄구매한 후 동 기자재에 대한 부가가치세를 환급받아 농자재의 실제 사용자인 조합원에 배분한 것을 추징한 처분의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 조세특례제한법 제105조의2 [농어업용 기자재에 대한 부가가치세의 환급에 관한 특례] ① 다음 각 호에 해당하는 세무서장(이하 이 조에서 "관할 세무서장"이라 한다)은 대통령령으로 정하는 농어민(이하 이 조에서 "농어민"이라 한다)이 농어업에 사용하기 위하여 구입하는 기자재(부가가치세법제3조 제4항에 따른 일반과세자로부터 구입하는 기자재만 해당한다)로서 대통령령으로 정하는 것에 대해서는 기자재를 구입한 때에 부담한 부가가치세액을 해당 농어민에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급할 수 있다. 1.·2. (생 략)

② 제1항에 따른 기자재를 공급하는 일반과세자는 그 기자재를 구입하는 농어민이 세금계산서의 발급을 요구하면부가가치세법제32조에도 불구하고 세금계산서를 발급하여야 한다.

③ 제1항에 따라 환급을 받으려는 농어민은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조에서 "환급대행자"라 한다)를 통하여 환급을 신청하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 자는 사업장 관할 세무서장에게 직접 환급을 신청할 수 있다. 1.농업협동조합법에 따른 조합 2.수산업협동조합법에 따른 조합 3.엽연초생산협동조합법에 따른 엽연초생산협동조합

④ 환급대행자는 환급을 신청한 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 관할 세무서장에게 이를 알려야 한다.

1. 농어민이 아닌 것으로 판단되는 경우

2. 농어민의 경작면적, 시설규모 등을 고려할 때 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 환급을 신청한 것으로 판단되는 경우

⑤ 관할 세무서장은 제1항에 따라 부가가치세액을 환급받은 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 환급받은 부가가치세액과 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당 가산액을 부가가치세로 추징한다.

3. 농어민에 해당하지 아니하는 자가 제1항에 따른 부가가치세액을 환급받은 경우

⑥ 관할 세무서장은 환급대행자가 제4항에 따른 통보를 하지 아니함에 따라 제5항 제3호가 적용되는 경우에는 환급받은 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 그 환급대행자로부터 가산세로 징수한다.

(2) 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정 제2조 [영세율 적용대상 농어민 등의 범위] ①조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제105조 제1항 제5호 각 목 외의 부분에 따른 농민이란통계법제22조에 따라 통계청장이 고시하는 "한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)상의 농업 중 작물재배업·축산업 또는 작물재배 및 축산복합농업에 종사하는 자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "농민"이라 한다)를 말한다. 다만, 한국표준산업분류상 시설작물재배업 중 기획재정부령으로 정하는 업종에 종사하는 자를 제외한다."

1. 개인 2.농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따라 설립된 영농조합법인과 농업회사법인. 다만, 법 제105조 제1항 제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 공급받아 직접 사용하거나 소비하는 경우만 해당한다.

3. 축산업을 주업으로 하는 법인으로서 당해 사업연도 개시일을 기준으로 당해 법인의 총발행주식 또는 총출자지분의 3분의 2 이상을 다음 각 목의 1에 해당하는 자가 출자하고 있는 법인. 이 경우 사업연도중에 출자지분의 변경으로 다음 각 목의 1에 해당하는 자의 출자지분이 총발행주식 또는 총출자지분의 3분의 2 이상이 되는 경우에는 당해 출자지분변경일을 기준으로 한다. 가.·나. (생 략) 4.농업협동조합법에 의한 조합 및 중앙회. 다만, 가축용 사료를 공급받거나 농작업대행 또는 임대용으로 제3조 제3항에 따른 농업기계를 공급받는 경우만 해당한다.

5. 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 농민에게 위탁하여 가축을 사육(이하 이 호에서 "위탁사육"이라 한다)하거나 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 농민과 계약을 체결하여 가축 및 사료를 공급하여 가축을 사육(이하 이 호에서 "계약사육"이라 한다)하는 축산업을 주업으로 하는 법인으로서 농림수산식품부장관이 고시하는 계열화사업자. 다만, 계열화사업자가 위탁사육 또는 계약사육에 사용하기 위하여 가축용 사료를 공급받는 경우만 해당한다. 6.축산법에 의하여 농림수산식품부장관이 지정한 비영리가축검정기관. 다만, 가축검정용 사료를 공급받는 경우에 한한다. 7.사립학교법에 따른 학교법인. 다만, 사립학교의 축산실습농장에 가축용 사료를 공급받는 경우만 해당한다. 제6조 [부가가치세 환급대상 농어민의 범위] ① 법 제105조의2 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 농어민"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "농어민"이라 한다)를 말한다.

1. 제2조 제1항 제1호부터 제3호까지 및 제6호에 따른 농민 1의2.농업협동조합법에 따른 조합 및 중앙회. 다만, 농업용 무인헬리콥터를 공급받는 경우만 해당한다.

2. 제2조 제4항의 규정에 의한 어민(동항 제3호중수산업협동조합법에 의한 수산업협동조합과 수산업협동조합중앙회를 제외한다)

3. 삭제 <2007.2.28.> 제8조 [관할 세무서장에게 직접 환급신청할 수 있는 자의 범위] 법 제105조의2 제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 자"란 제6조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자 중부가가치세법·소득세법또는법인세법의 규정에 따라 사업자등록을 한 개인 또는 법인을 말한다. 제9조 [환급신청 및 환급절차] ① 법 제105조의2 제2항의 규정에 따라 기자재를 공급하는 일반과세자는 동조 제1항의 규정에 의한 기자재를 판매하고 세금계산서를 교부하는 경우에는 당해 기자재의 품목과 수량을 각각 구분하여 표시하여야 한다.

② 농·어민은 법 제105조의2 제3항의 규정에 의한 환급대행자(이하 "환급대행자"라 한다)를 통하여 환급을 받고자 하는 경우에는 제7조의 규정에 의한 기자재의 구입일이 속하는 분기말 또는 그 다음 분기말의 다음달 10일까지 기획재정부령이 정하는 농·어업용기자재부가가치세환급대행신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 기획재정부령이 정하는 자에게 신청하여야 한다.

1. 세금계산서

2. 다음 각목의 규정에 의한 농·어민 확인서(매년 최초로 환급을 신청하는 경우에 한한다)

• 가. 제2조 제1항 제3호 및 제6조 제1항 제3호의 법인인 경우에는 국세청장이 고시하는 바에 따라 교부하는 농·어민확인서
• 나. 개인인 경우에는 통·이장 또는 어촌계장의 확인을 받은 농·어민확인서(환급대행자의 조합원인 경우에는 제외한다) 제10조 [이자 상당 가산액의 추징] ① 법 제105조의2 제5항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당 가산액"이란 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이자 상당 가산액 = 법 제105조의2 제1항에 따라 환급받은 부가가치세액 × 환급받은 날부터 추징세액의 고지일까지의 기간(일) × 3/10,000 (3)농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조 [영농조합법인 및 영어조합법인의 설립] ① 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하·유통·가공·수출 등을 공동으로 하려는 농업인 또는농어업·농어촌 및 식품산업 기본법제3조 제4호에 따른 농업 관련 생산자단체(이하 "농업생산자단체"라 한다)는 5인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인(營農組合法人)을 설립할 수 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 청구법인에 대한 현장확인 복명서(2013년 12월) 등의 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가)처분청은 영농조합법인을 통한 부가가치세 부당 사후환급 혐의에따라 청구법인에 대한 조사를 실시하여, 영농조합법인이 직접 농업에 종사한 경우 부가가치세 사후환급 품목을 구입할 때 부담한 부가가치세를 환급할 수 있는 것이지만, 청구법인은 개업이후 직접 농업에 종사하지 아니하고, 그 조합원이 농사를 지었다는 이유로 사후환급 신청대상에 해당하지 않는 것으로 보아 환급하였던 부가가치세액OOO과 그 이자상당 가산액을 추징하였다. (나) 청구법인 대표이사는 2013.12.13. 처분청에 “2010년～2011년도에 청구법인은 조합원인 농민들이 직접 경작한 고구마를 포장하기 위한 고구마포장지(박스)를 일괄구입하여 조합원들에게 공급하여 주고 청구법인 명의로 세금계산서를 교부받아 직접 세무서에 환급을 신청하였다”는 취지의 확인서를 제출하였는바,청구법인은 농지를 보유하고 있지 아니하며, 조합원들이 개별적으로 소유한농지에서 고구마를 경작하고 있고, 청구법인은 구입한 포장재에 대한 세금계산서를 수취하고, 수수료 없이 다시 조합원들에게재판매하고 있었다.

(2) 청구법인이 제시한 증빙은 다음과 같다. (가) 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서 및 농가별 포장재 공급내역서 등을 보면,청구법인이 공급업체로부터 포장재(고구마 BOX)를 공급받아, 이를조합원(고구마 재배농가)에 배분한 내역이 기재되어 있다. (나) 2010년 및 2011년도 국립농수산물품질관리원의 농산물표준규격 공동출하사업 추진요령, 보조금 지급내역 등을 보면,

1. 위 사업은 ① 산지 생산자조직의 농산물 표준규격 공동출하를유도하여 농산물을 규격상품화함으로써 품질향상 및 농가소득증대를 도모하고② 농산물의 포장화·규격화를 통한 물류표준화 촉진으로수송·적재의 효율성 제고 및 유통비용 절감을 목적으로 포장재비 등을 지원하는 것이며,

2. 이 중 포장재비지원은 2010년부터 국고보조금 신청액 OOO원 미만은 지원대상에서 제외되었고, 2011년부터는 개별농가는 지원을 받을 수 없게 되는 등 생산자조직을 통하여 지원을 신청하도록 변경된 것으로 나타나는바, 청구법인은 OOO으로부터2010.7.22.～2011.12.22.까지 4차례에 걸쳐 포장재비 지원금(보조금) 합계 OOO원을 수령하였다. (다) 청구법인 법인등기부등본 및 사업자등록증 등을 보면,청구법인은 농작물의 집단재배, 공동작업, 공동출하, 유통정보 공유, 공동저장 및 농자재의 공동구입 등의 사업을 경영하여 조합원의 소득증대를 도모할 목적으로 2006.1.13. 설립되었고, 2006.2.28. 개업하여 작물재배 및 농산물 도소매업을 영위하는 것으로 2006.2.9. 사업자등록하였다. (라) 청구법인 대표이사는 조세심판관회의(2014.7.2.)에 출석하여, 고령의 고구마 경작농민을 조합원으로 하는 청구법인의 실무자(총무)가 업무의 편의를 위하여 개별 농민들의 보조금 지원요청 금액을 취합·신청하고, 청구법인 명의로 세금계산서를 교부받은 후 이에 의하여 부가가치세 환급을 신청하였던 것으로서, 2013년 중에야 실제 경작자인 농민들이 세금계산서를 교부받아 부가가치세의 환급을 신청하여야 한다는 사실을 알게 되어 조합원들이 OOO을 통해서 환급을 신청하고 있다는 취지의 진술을 하였다. (마) 청구법인이 제출한 OOO의 2013년 OOO 브랜드 포장재 지원사업 계획 통보 및 보조금 교부 신청 안내 공문OOO 등에 의하면 다음의 사실이 나타난다.

1. OOO는 청구법인도 속해있는 OOO(이하 “협회”라 한다)를 통하여 OOO 브랜드화사업의 일환으로 포장재 지원사업OOO을 추진하였고,

2. 협회에서는 각 회원별로 할당된 보조금 범위 안에서 포장재의 주문을 받아 포장재 제작업체에 발주하여 농가에 납품하게 하고, 세금계산서는 협회를 거쳐 개별 농가에 발급되는 방식으로 위 사업 관련 업무를 수행하였으나, 2013년 제2기 부가가치세 신고 과정에서 청구법인이 그 이전 과세기간에 이와 달리 포장재 관련 세금계산서를 고구마 경작농민이 아닌 청구법인 명의로 발급받아온 사실을 인지하여 이를 청구법인에게 알린 결과, 포장재 관련 세금계산서가 청구법인이 아닌 실제 고구마 경작농민에게 발급되고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 농산물 포장재비 지원사업의 효율적 집행을 위해 신청자를 생산자조직으로 변경한 정부정책의 변경에 따라서 그 조합원들을 위하여 포장재를 단순히 공동구매하고, 환급을 대행할 것일 뿐이므로 이 건 과세처분이 부당하다고 주장하나, (가) 조특법 제105조의2 제1항 및 같은 조 제3항과농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정제2조 제1항 등에서 농업 중 작물재배업·축산업 또는 작물재배 및 축산복합농업에 종사하는 농민이 농업에 사용하기 위하여 구입하는 기자재를 구입한 때에 부담한 부가가치세액을 해당 농어민에게 환급할 수 있으며, 환급을 받으려는 농민(이 건과 같이부가가치세법·소득세법등의 규정에 따라 사업자등록을 아니한 경우)은농업협동조합법에 따른 조합,수산업협동조합법에 따른 조합,엽연초생산협동조합법에 따른 엽연초생산협동조합(이하 “환급대행자”라 한다)을 통하여 신청하도록 규정하고 있으며, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 중 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다(대법원 2011.1.27. 선고 2010도1191 판결, 같은 뜻임). (나) 청구법인은 경지를 보유한다든지, 작물재배업·축산업 또는 작물재배 및 축산복합농업 등 농업에 종사한 사실 자체가 없으므로 청구법인이 포장재를 일괄구입한 후 수취한 세금계산서의 매입세액을 환급받을 수 없는 것이며,농업협동조합법에 따른 조합 등 법령에서 규정한 환급대행자에도 해당하지 아니하는 것으로 보인다. 따라서, 청구법인이 스스로를 위하거나 그 구성원인 조합원을 위하여서든 이 건 세금계산서의 매입세액을 환급받을 수 없다 할 것이므로 처분청의 이 건 과세 처분은 잘못이 없다 하겠다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.