쟁점건물 개축공사 후 노인요양병원으로 운영한 부분과 관련한 매입세액을 불공제한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 OOO. ‘노인요양 재가복지 등’을 목적으로 설립된 법인(설립당시 법인명은 ‘OOO 유한회사’였고, OOO ‘유한회사 OOO’으로 법인명을 변경한 후, OOO. 현재 법인명인 ‘유한회사 OOO’으로 변경하였다)으로 OOO 외2필지 소재 상업용 건물 2개 동(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 취득하여 2012년 제1기～2013년 제1기 부가가치세 과세기간동안 건물개축공사를 하고 시설투자조기환급 신청을 하여 부가가치세 환급을 받은 후 1개 동은 노인요양병원으로 운영하고 있다.
• 나. 처분청은 청구법인이 운영하는 노인요양병원은 부가가치세 면제사업임에도 청구법인이 매입세액공제를 받은 것으로 보아 면세사업에 관련된 매입세액을 불공제하여, OOO 청구법인에게 부가가치세 합계 OOO을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 노인요양병원을 영위할 목적으로 쟁점건물을 취득한 후 개축공사에 필요한 자금을 대출받기 위하여 당시 대표이사 OOO과 직원 OOO 등이 유한회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)과 형식상 공사계약서를 작성하여 신용보증기금에 제출하였고, 실제 공사는 OOO과 OOO가 직접 시공하였다. 현재 청구법인의 대표이사인 OOO은 OOO에게 사업자금을 대여한 후 요양원사업이 부진하여 대여자금을 회수할 수 없게 되어 청구법인을 인수하게 되었으며, OOO과 OOO 및 OOO 대표이사 OOO이 가담하여 부가가치세를 환급받아 개인적으로 사용한 사실을 법인인수 후 알게 되었다. 따라서, 처분청은 OOO이 허위로 발급한 전표와 계산서 등에 근거하여 청구법인에게 한 이 건 부가가치세는 위법한 부과처분이므로 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 처분청은 청구법인의 쟁점건물 개축공사와 관련한 부가가치세 환급액에 대하여 면세관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세 경정한 것이며, 청구인이 주장하는 허위발급 전표, 계산서에 의하여 부과처분한 사실이 없으므로 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점건물 개축공사 후 노인요양병원으로 운영한 부분과 관련한 매입세액을 불공제하여 한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제26조[재화 또는 용역의 공급에 대한 면세]

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 1.～4. (생 략)

5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액 (이하 생 략)

(2) 부가가치세법제39조[공제하지 아니하는 매입세액]

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1.～6. (생 략)

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 (이하 생 략) (3) 부가가치세법 시행령 제35조 [면세하는 의료보건 용역의 범위] 법 제26조 제1항 제5호에 따른 의료보건 용역은 다음 각 호의 용역(의료법 또는 수의사법에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다. 1.～13. (생 략)

14. 노인장기요양보험법 제2조제4호 에 따른 장기요양기관이 같은 법에 따라 장기요양인정을 받은 자에게 제공하는 신체활동·가사활동의 지원 또는 간병 등의 용역 (이하 생 략)

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 제출한 심리자료를 보면, 청구법인은 쟁점건물을 취득한 후 OOO 수급인은 OOO로 하고, 공사대금은 OOO, 공사시간은 OOO로 하는 개축공사 도급계약을 체결하여 개축공사를 완공한 후 OOO에게 쟁점건물 일부에 노인복지시설 설치신고를 한 사실이 나타난다. (2) 청구법인은 쟁점건물의 개축공사와 관련하여 2012년 제1기～2013년 제1기 부가가치세 과세기간동안 공사관련 매입세액을 포함하여 부가가치세 환급신고를 하였고, 이에 대하여 처분청은 노인요양병원관련 분을 안분하여 매입세액을 불공제하고 아래 <표>와 같이 부가가치세 경정하였다. <표> 쟁점건물 공사관련 부가가치세 환급 및 경정세액

(3) 이상의 관련 법령과 사실관계를 종합하여 살피건대, 청구법인은 전 대표이사 OOO과 직원 OOO 등이 OOO과 형식상 공사계약서를 작성하였고 실제 공사는 OOO과 OOO가 직접 시공하였으므로 허위로 발급한 전표와 계산서 등에 근거한 이 건 부가가치세 경정처분은 위법하다고 주장하나, 청구법인이 쟁점부동산을 취득하여 개축공사를 한 후 일부 건물에 대하여 부가가치세 면세사업인 노인요양병원을 운영한 사실이 나타나고, 전 대표이사의 행위 또한 특별한 사정이 없는 한 청구법인의 행위로 귀속되므로 청구법인을 쟁점건물의 개축공사와 관련한 부가가치세 환급금의 귀속자로 볼 수 밖에 없는 점에 비추어 보면, 청구주장은 받아들이기 어렵다. 따라서 청구법인이 환급받은 부가가치세 중 면세 관련 매입세액에 대하여 과세한 처분청의 이 건 처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. (문서 마지막에 아래 마크가 나타나도록 부탁드립니다)