쟁점거래에 대하여 작성된 영업양수도계약서는 전체적으로 파일사업을 운영하기 위하여 필요한 일체의 권리와 의무를 양도한다는 내용으로, △△의 재무구조 개선을 위하여 △△의 □□사업을 청구법인에게 양도하였다는 취지로 기업공시도 하였던 점 등에 비추어, △△이 각 사업장에서 영위하던 □□사업을 청구법인에게 포괄적으로 양도하였다고 보는 것이 타당함
쟁점거래에 대하여 작성된 영업양수도계약서는 전체적으로 파일사업을 운영하기 위하여 필요한 일체의 권리와 의무를 양도한다는 내용으로, △△의 재무구조 개선을 위하여 △△의 □□사업을 청구법인에게 양도하였다는 취지로 기업공시도 하였던 점 등에 비추어, △△이 각 사업장에서 영위하던 □□사업을 청구법인에게 포괄적으로 양도하였다고 보는 것이 타당함
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점거래는 OOO의 파일사업 관련 영업 그 자체가 아닌, 청구법인이 조달 가능한 OOO억원의 범위내에서 파일사업 관련 특정 우량 자산 등을 거래한 것으로, 파일사업과 관련한 영업권 가치는 쟁점거래 대금에 전혀 반영되어 있지 아니하며, 파일사업 관련 채무의 대부분, 일부 유동자산, 인적 조직의 일부는 쟁점거래 대상에 포함되지 아니하였고, 그 결과 쟁점거래 이후로도 청구법인은 파일사업 영위에 필요한 일부 자산을 추가로 양수하였을 뿐 아니라, 양도인인 OOO도 청구법인에게 양도한 공장의 일부를 임차하여 그 곳에서 영위하던 레미콘 및 혼화제 사업을 계속하여 영위하고 있으므로, 쟁점거래는 사업의 양도가 아니라 부가가치세 과세대상 거래인 “재화의 공급”에 해당한다. 설사 쟁점거래가 파일 관련 사업의 양도에 해당된다고 하더라도, 부가가치세법 시행령 제23조 에서 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도를 “사업장별로 사업에 관한 모든 권리와 의무가 포괄승계되는 것”이라고 규정하고 있으므로 OOO이 각 사업장에서 겸영하던 3종의 사업 중 파일 사업만 이전한 쟁점거래는 위 법령 및 관련 과세관청의 실무례에 비추어 부가가치세 과세대상 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도에 해당한다고 볼 수 없다.
(2) 나아가, 쟁점거래가 부가가치세가 과세되지 아니하는 사업의 양도에 해당한다 하더라도, OOO이 늦게나마 2014.1.24. 청구법인으로부터 거래·징수한 부가가치세액을 모두 납부하였으므로, 쟁점거래 관련 매입세액은 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급받으면서 세금계산서를 발급받았으나 그 공급자가 납부세액을 모두 납부한 경우의 매입세액으로서 부가가치세법 제38조 제1항 제3호 에 따라 매출세액에서 공제되어야 한다.
(3) 그 밖에 국세청은 사전답변 및 질의회신 등을 통하여 쟁점거래와 같은 거래가 사업양도에 해당하지 아니한다는 견해를 표시하여 왔고, 청구법인이 그에 대한 신뢰를 바탕으로 한 부가가치세 지급 및 환급신청은 충분한 보호가치가 있음에도 과세관청이 이를 저버리고 쟁점거래를 사업의 양도로 보아 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하고 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.
(1) OOO은 계열사인 OOO과 OOO가 기업회생절차에 들어가기 직전 OOO의 사업 중 우량사업인 파일제조 및 공급업의 사업부분을 공개 매각하는 방법으로 구조조정을 시도하다가 실패하자, OOO가 설립한 완전자회사인 청구법인에게 OOO의 파일제조 및 공급업의 사업을 양도한 후, 청구법인의 자산과 신용을 바탕으로 자금을 조달하여 OOO의 회생자금으로 사용하였는바, 그와 같이 파일사업을 청구법인에게 양도함에 있어 어음채권·채무를 양도대상 자산과 부채에서 제외하기는 하였으나, 이는 배서의 어려움 등에 따른 것으로 사업의 동일성을 해하지 아니하는 범위내에서 일부 외상매입금 등을 양도대상에서 제외하였다고 하더라도 이는 사업을 일체로 양도함에 방해가 되지 아니하고, 쟁점거래 이후로도 양수인인 청구법인은 파일 사업 관련 기존의 대표이사 등 경영진과 직원을 그대로 유지하면서 기존의 매출처(매출액 OOO원 이상 매출처의 75%가 동일한 것으로 확인되었다)를 상대로 동일한 영업을 계속하고 있으므로 쟁점거래는 특정 사업에 관한 인적·물적 권리와 의무를 포괄적으로 양도한 것으로서 부가가치세법이 과세대상 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도에 해당된다고 볼 수 있다. 한편, 1개의 사업장에서 영위한 수개의 사업 중 일부라도 그 영업활동이 구분되어 있고 구분하여 양도하였다면 이를 사업의 양도로 볼 수 있을 것인바, 처분청 조사자가 각 사업장에 대한 현지확인을 한 결과, OOO공장·OOO공장·OOO공장은 각 사업부분별로 공장시설이 구분 가능하도록 배치되어 있었으며, 각 사업별 월별 생산량·매출수량·제조원가도 구분하여 경리되어 있었고, 각 사업별 원자재가 상이하여 원자재 매입내역도 구분 가능하고, 각 사업별 직원이 구분되어 급여도 구분 가능하므로 청구법인이 위 공장에서 영위한 수개의 사업 중 파일 제조업 및 공급업만 구분하여 양도하였다고 하더라도 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도로 인정하는데 지장이 없다. (2) 부가가치세법 제39조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제76조는 부가가치세 과세거래가 아님에도 불구하고 공급자가 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 징수하여 국고에 납부한 경우에 한하여 매입자가 이를 매입세액으로 매출세액에서 공제받을 수 있도록 정한 것이나, 쟁점거래의 공급자인 OOO이 2013년 제2기 부가가치세 예정신고기간인 2013.10.25.까지 쟁점거래 관련 매출세액을 납부하지 아니하였다가 이 건 심판청구 이후인 2014.1.24.에야 납부한 이 건의 경우, 청구법인이 쟁점거래 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 환급받을 수 없는 것이다.
(3) 청구법인은 과세관청이 쟁점거래가 부가가치세 과세대상 재화의 공급에 해당한다는 취지의 공적 견해를 표명하였다고 주장하나 이는 자의적인 해석일 뿐 과세관청은 그러한 공적 견해를 표명한 사실도 없고 이 건 처분이 과세관청의 기존 견해에 반하는 것도 아니다.
(1) 부가가치세법상 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도에 해당하는지 여부
(2) 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화를 공급한 사업자가 납부세액을 모두 납부한 경우로서 공급받는 자가 관련 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부
(3) 신뢰보호원칙 위배 여부
(1) 부가가치세법(2013.12.24. 법률 제12113호로 개정되기 전의 것) 제4조 (과세대상)부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.
1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급 제10조 (재화 공급의 특례) ⑧ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.
2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것 제39조 (공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
3. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 포함한다)을 공급받으면서 세금계산서를 발급받은 경우의 매입세액. 다만, 해당 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 납부세액을 모두 납부한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제48조 (예정신고와 납부) ① 사업자는 각 과세기간 중 다음 표에 따른 기간(이하 "예정신고기간"이라 한다)이 끝난 후 25일 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 예정신고기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하거나 시작하려는 자에 대한 최초의 예정신고기간은 사업 개시일(제8조제1항 단서에 따라 사업 개시일 이전에 사업자등록을 신청한 경우에는 그 신청일을 말한다)부터 그 날이 속하는 예정신고기간의 종료일까지로 한다.
② 사업자는 제1항에 따른 신고(이하 "예정신고"라 한다)를 할 때 그 예정신고기간의 납부세액을 부가가치세 예정신고서와 함께 각 납세지 관할 세무서장(제51조의 경우에는 주된 사업장의 관할 세무서장을 말한다)에게 납부하거나 국세징수법에 따른 납부서를 작성하여 한국은행(그 대리점을 포함한다) 또는 체신관서(이하 "한국은행등"이라 한다)에 납부하여야 한다. 제49조 (확정신고와 납부) ① 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간이 끝난 후 25일(폐업하는 경우 제5조제3항에 따른 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 제48조제1항 및 제4항에 따라 예정신고를 한 사업자 또는 제59조제2항에 따라 조기에 환급을 받기 위하여 신고한 사업자는 이미 신고한 과세표준과 납부한 납부세액 또는 환급받은 환급세액은 신고하지 아니한다.
② 사업자는 제1항에 따른 신고(이하 "확정신고"라 한다)를 할 때 다음 각 호의 금액을 확정신고 시의 납부세액에서 빼고 부가가치세 확정신고서와 함께 각 납세지 관할 세무서장(제51조의 경우에는 주된 사업장 소재지의 관할 세무서장을 말한다)에게 납부하거나 국세징수법에 따른 납부서를 작성하여 한국은행등에 납부하여야 한다.
1. 제59조제2항에 따라 조기 환급을 받을 환급세액 중 환급되지 아니한 세액
2. 제48조제3항 본문에 따라 징수되는 금액 (2) 부가가치세법 시행령(2014.1.1. 대통령령 제25057호로 개정되기 전의 것) 제4조(사업장의 범위) ① 법 제4조제1항의 사업장은 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소로 한다. 다만, 다음 각 호의 사업에 있어서는 해당 호에 따른 장소를 사업장으로 한다.
2. 제조업에 있어서는 최종제품을 완성하는 장소. 다만, 따로 제품의 포장만을 하거나 용기에 충전만을 하는 장소와 개별소비세법 제10조의5 에 따른 저유소는 제외한다. 제23조(재화의 공급으로 보지 아니하는 사업 양도) 법 제10조제8항제2호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 사업장별(상법에 따라 분할하거나 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 구분하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(법인세법 제46조제2항 또는 제47조제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우, 조세특례제한법 제37조제1항 각 호의 요건을 갖춘 자산의 포괄적 양도의 경우 및 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 그 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.
3. 해당 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령으로 정하는 것 제76조(면세되는 공급에 세금계산서를 발급한 경우) 법 제39조제1항제3호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우를 말한다.
1. 사업자가 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 포함한다)을 공급하면서 발급한 세금계산서의 매출세액을 포함하여 법 제37조에 따라 계산한 해당 과세기간에 대한 납부세액을 법 제48조 및 제49조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하고 납부하였을 것
2. 해당 재화 또는 용역을 공급한 사업자가 그 재화 또는 용역의 공급에 대하여 법 제32조제7항에 따른 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서를 발급하지 아니할 것
(3) 국세기본법 제15조(신의·성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제18조 (세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.
(1) OOO과 청구법인이 쟁점거래를 하게 된 경위는 다음과 같다. (가) OOO은 2002.12.12. 재무구조 개선 및 사업구조 재편계획을 발표하고 2013년 4월경 OOO이 영위하던 사업 중 파일사업 부분의 공개 매각을 시도하였으나 가격협상이 결렬되자, OOO의 자회사인 OOO가 설립한 청구법인에게 OOO의 파일사업 관련 유무형자산·부채·인허가·임직원·계약관계·장부·도면·서류 등 일체를 OOO원의 범위내에서 조정하여 양도하기로 하는 내용으로 ‘영업양수도계약(2013.7.15.)’을 체결(쟁점거래)한 다음, OOO과 청구법인은 청구법인이 OOO의 영업을 양수하여 파일사업을 영위하기 위하여 영업양수도거래를 하였다고 공시하였다. (나) 그 후, 청구법인은 OOO과 2013.8.2. 파일사업 영위에 필요한 범위내에서 위 양수도대상 자산과 직원을 추가하는 것으로 ‘영업양수도계약의 변경계약’을, 2013.8.5. 양수도대상의 순자산가액 변경을 반영하여 대금을 OOO원으로 감액하는 것으로 ‘변경 합의’를 하고 그 영업양수도대금을 지급하는가 하면, 2013.8.31. 양수도대상 자산의 장부가액 초과액 OOO원을 추가로 지급하기로 하는 내용의 ‘재고자산 정산합의’를 하고 그 정산액을 지급하기도 하였고, 이와 관련하여 청구법인은 그 부가가치세도 지급하는 것으로 처리하였다고 소명하였다. (다) 한편, 청구법인은 2013.9.10. OOO으로부터 파일 사업에 필요한 유형자산 OOO원(공급가액) 상당을 추가로 매수하기도 하였다. (라) 청구법인은 쟁점거래를 부가가치세 과세대상 재화의 거래로 보고 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2013.9.25. 처분청에 2013년 제2기(거래기간 2013.7.1.～2013.8.31.)분 부가가치세 월별조기환급 신청을 하였으나 처분청으로부터 이를 환급받지 못하였고, OOO은 2013.10.25. 쟁점거래를 부가가치세 과세대상 재화의 공급으로 보고 2013년 제2기분 부가가치세 예정신고를 하였다. (마) OOO과 OOO는 쟁점거래 이후인 2013.9.30과 2013.10.1. 각 관할법원에 기업회생절차개시신청을 하였다.
(2) 처분청은 현지확인조사를 하여 사업장의 시설이 사업별로 구분가능하게 배치되어 있고 매출액·매출원가 등을 사업별로 구분하여 회계처리 하는 등으로 청구법인의 각 사업장에서 영위한 사업 중 파일사업이 구분가능하며, 청구법인의 그 대표이사는 OOO 건재부분의 대표이사 및 파일사업 총괄본부장으로 재직하던 자이고, 청구법인 매출처의 대부분이 기존 매출처와 동일한 점을 감안할 때, 청구법인이 쟁점거래를 통해 OOO의 파일사업의 동일성을 유지한 채 양수하여 영위한 것으로 보이므로 일부 어음 관련 자산·부채를 거래대상에서 제외하였다 하여 쟁점거래를 부가가치세 과세대상 재화의 공급으로 보기는 어렵다고 판단하고 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 2013.12.27. 청구법인에게 이 건 부가가치세를 과세하였다.
(3) OOO는 2013년 12월경 법원의 허가를 받아 2014년 4월경 청구법인의 주식 100%에 대한 매각공고를 하였으며, 현재 그 매각절차가 진행 중이다.
(4) OOO은 쟁점거래에 대한 매출세액을 포함하여 2014.1.24. 2013년 제2기분 부가가치세 OOO을 납부하였다.
(5) OOO과 청구법인 사이에 2013.7.15. 작성된 ‘영업양수도계약’은 아래와 같다.
○○○
(6) 위 양도양수계약에 따른 양도양수대상(변경된 계약 반영)은 아래 [표2]와 같다.
○○○
(7) 위 양수도 대상 자산 등의 목록을 보면, 회계기간, 회계사업장OOO, 조직OOO별로 계정분류가 세분화되어 계정번호가 부여되어 있으며, 양수도 전후 종업원별 수행업무를 보면 OOO 소재 OOO 본사의 관리인력(기획예산, 영업관리, 총무인사, 회계)을 제외한 실무 인력은 사업별로 구분이 되어 있고 그 중 파일사업부분에 근무하던 직원에 대한 고용관계는 청구법인이 승계한 것으로 되어 있다.
(8) 쟁점거래가 사업의 양도가 아니라는 청구법인의 주장의 상세한 논거는 다음과 같다. (가) OOO은 3개의 각 사업장OOO에서 레미콘·혼화제·파일 제조업의 3종의 사업을 공장시설·직원 등이 엄격히 구분되지 않는 상태로 통합적으로 운영하였기 때문에 청구법인이 파일사업 관련 자산을 구분하여 양수하는 것은 불가능하였으므로 각 사업장의 토지 및 건물 등 부동산 전부를 모두 인수한 다음 OOO에게 종전처럼 레미콘 및 혼화제 등 2개 사업을 영위할 수 있도록 각 공장의 일부를 다시 임대하였는바(청구법인은 위 임대료에 대하여 임대수입금액 신고를 하였다), 하나의 사업장에서 영위한 수개의 사업부분 중 일부의 사업부분을 구분하여 양도할 수 있을 정도로 사업부분이 구분되어 있지 아니하였다. (나) 양수도목록의 영업권은 OOO이 ㈜OOO을 합병하는 과정에서 인식한 영업권(양수가액과 자산부채의 차액)으로, 쟁점거래시 새로이 평가한 OOO의 파일 사업에 대한 것이 아닌바, 사업양도의 경우 영업과정에서 생긴 노하우·거래관계 등 일체의 무형자산을 영업권이라는 명목으로 평가하여 이전하는 것이 일반적인데 청구법인의 쟁점거래 시에는 그와 같은 영업권 가액을 평가하여 양수도가액에 반영하지 아니하였으므로 쟁점거래는 사업양도가 아니다. (다) 쟁점거래대금이 OOO원, 양수대상 자산가액이 OOO원으로 각 정해졌으므로 파일사업 관련 부채는 그 차액 상당인 OOO만을 인수하는 것으로 정하였으며, 영업과 관련하여 가장 중요한 외상매입금과 지급어음채무 전부가 인수 대상에서 제외된 점은 쟁점거래가 사업양도가 아닌 자산거래라는 점을 보여주는 것이다. (라) OOO의 관리직 임직원OOO은 2가지 이상의 사업부분을 함께 관리하거나 순환보직으로 각 사업부분을 담당하였고, 각 공장의 직원도 사업별로 분리 가능할 정도로 직무가 사업별로 구분되어 있지 아니하는 등 각 사업부분별 고용관계가 구분되지 아니하고 혼재되어 있었으므로 쟁점거래로 OOO의 파일사업의 인적 조직을 그대로 이전한 것이 아니라 일정한 조직 재편작업을 거친 직원의 고용관계만 이전된 것이다.
(9) 먼저, 쟁점(1)에 대하여 살펴본다. (가) 부가가치세법(2013.12.24. 법률 제12113호로 개정되기 전의 것) 제10조 제8항 제2호 및 같은 법 시행령(2014.1.1. 대통령령 제25057호로 개정되기 전의 것) 제23조에서 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도라 함은 사업용 재산을 비롯한 물적·인적 시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 말하는 것이다(대법원 2001.10.26. 선고 2000두7520 판결, 같은 뜻임). (나) 다음과 같은 점을 종합하면, OOO이 각 사업장에서 영위하던 파일사업을 청구법인에게 포괄적으로 양도하였다고 인정함이 실질에 부합한다.
1. 쟁점거래에 대하여 작성된 영업양수도계약서는 전체적으로 파일사업을 운영하기 위해 필요한 일체의 권리와 의무(유·무형자산, 부채, 계약관계, 고용관계, 인허가, 지적재산권 등)를 양도한다는 내용이고, OOO·OOO·청구법인은 OOO의 재무구조 개선 등을 위하여 OOO의 파일사업을 청구법인에게 양도하였다는 취지로 기업공시도 하였으며, 쟁점거래 이후 OOO은 OOO의 파일사업을 이어나갔던 반면 OOO은 파일사업을 더 이상 영위하지 아니하였다. 2) 부가가치세법 시행령 제23조 에 미수금·미지급금을 양도대상에서 제외하더라도 사업양도에 해당할 수 있다고 규정되어 있는 취지에 비추어 볼 때, 양도·양수인이 양도대금의 확정을 위해 일부 어음채권·채무 등을 양도대상에서 제외하더라도 사업을 영위하는데 필수불가결한 자산(그와 관련한 부채를 포함한다)·부채·직원·계약관계·지적재산권·노하우 기타 권리의무 전부를 이전하였다면 사업의 동일성을 유지하면서 이전한 것으로 인정할 수 있을 것이다.
3. 하나의 사업장에서 영위한 수개의 사업 중 하나의 사업부분만 다른 사업부분과 구분하여 사업의 동일성을 유지하면서 양도할 수 있다면 그와 같은 거래도 부가가치세가 과세되지 아니하는 사업의 양도로 볼 수 있을 것인바, 이 건의 경우 쟁점거래 대상 자산목록을 보면 OOO은 사업장별 뿐 아니라 사업부분별로 구분하여 경리하고 있고, 처분청은 청구법인의 각 사업장에 대한 현지 확인 시 사업별로 시설이 구분 가능하게 배치되어 있는 사실을 확인하였다고 하고 있으며, OOO은 파일사업부분의 공개매각을 추진하다가 결렬되자 OOO가 설립한 청구법인과 쟁점거래를 하게 된 것이고 현재는 OOO가 청구법인의 공개매각을 다시 추진하고 있는 점 등에 비추어 OOO의 각 사업장에서 겸영하던 수개의 사업 중 파일사업부분만 별도로 양도할 수 있었던 정도로 각 사업부분은 구분 가능하였던 것으로 보인다.
(10) 다음으로, 쟁점(2)에 대하여 살펴본다. (가) 부가가치세법 제39조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제76조는 부가가치세 과세거래가 아님에도 불구하고 공급자가 세금계산서를 발급하여 부가가치세법에서 정한 바에 따라 부가가치세를 징수하여 국고에 신고·납부한 경우에 한하여 매입자가 이를 매입세액으로 매출세액에서 공제받을 수 있다고 규정하고 있고, 부가가치세법제48조 제1항 및 제2항은 사업자는 각 과세기간 중 예정신고기간(제2기분 예정신고기간: 7월1일부터 9월30일까지)이 끝난 후 25일 이내에 각 예정신고기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하고 납부하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제49조 제1항 및 제2항은 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간이 끝난 후 25일까지 납세지 관할 세무서장에게 신고하고 납부하여야 한다고 규정하고 있다. (나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점거래가 부가가치세 과세대상 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도에 해당함은 위 (9)에서 본 바와 같고, OOO은 쟁점거래를 부가가치세 과세대상 거래인 것으로 보고 2013년 제2기 부가가치세 예정신고기한내에 신고만 하고 그 세액을 납부하지 아니하다가 이 건 심판청구 이후인 2014.1.24.에야 납부하였는바, 부가가치세법제48조에서 정한 바에 따라 예정신고기간이 종료된 후 25일 내에 부가가치세를 납부하지 아니하였으므로 청구법인은 부가가치세법 제39조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제76조에 따라 쟁점거래 관련 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점거래 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(11) 마지막으로, 쟁점(3)에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 과세관청이 하나의 사업장에서 영위한 수개의 사업 중 하나의 사업부분만 양도하는 경우는 부가가치세 과세대상 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도에 해당하지 아니한다는 취지로 공적 견해표명을 하였고 이를 믿은 청구법인의 신뢰는 보호받아야 한다고 주장하며 국세청장의 ‘질의회신’ 사례, ‘국세심사결정’ 사례, ‘국세심판’ 사례 등(부가 46015-2087, 1998.9.15. 등)을 제시하고 있다. (나) 국세기본법 제15조 는 ‘납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 하고，세무공무원이 그 직무를 수행할 때에도 또한 같다’라고 하여 신의성실의 원칙에 관하여，같은 법 제18조 제3항은 ‘세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다’고 하여 과세관행 존중의 원칙에 관하여 각 규정하고 있다. 일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙 내지 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위한 요건으로는，첫째 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고，둘째 과세관청의 견해 표명이 정당 하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며，셋째 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고，넷째 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는 것이다(대법원 2006.5.26. 선고 2003다18401 판결，대법원 1988.9.13. 선고 86누101 판결，대법원 1985.4.23. 선고 84누593 판결 등, 같은 뜻임). 그리고 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 위 각 규정에서 정하는 신의칙 내지 비과세의 관행이 성립되었다고 하려면 장기간에 걸쳐 어떤 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라，과세관청 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시될 것임을 요하며(대법원 1993.7.27. 선고 90누10384 판결 등, 같은 뜻임)，그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 입증책임은 그 주장자인 납세자에게 있다(대법원 2002.10.25. 선고 2001두1253 판결 등, 같은 뜻임). (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 질의회신 사례 등을 제시하며 과세관청이 쟁점거래와 같은 거래는 사업양도에 해당하지 아니한다는 공적 견해를 표시하여 왔고 청구법인은 이에 따라 부가가치세 환급신청을 한 것이라고 주장하나, 과세관청이 개별 사안의 질의에 대하여 한 회신이나 행정심판례 등으로는 청구주장과 같은 공적 견해를 표시하였다고 보기 어렵다 하겠다. 따라서 처분청이 쟁점거래를 사업의 양도로 보고 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제한 이 건 처분이 과세관청의 공적 견해 표명에 반한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.