청구법인이 수취한 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

00 세무서장이 청구법인에게 한 2011년 제1기 부가가치세 000 및 2011년 제2기 부가가치세 000의 각 부과처분은 <별지> 기재의 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 그 세액을 각 경정한다. [이 유]

• 가. 청구법인의 본사는 000 설립되어 000주식회사로부터 자동차 부품 생산에 필요한 철판 등 원재료를 유상사급 받아 샤시 ․ 휠 ․ 시트 등 자동차부품을 생산하고 있는 법인이고, 그 지점인 00공장(이하 “청구법인”이라 한다)은 2008.7.10. 설치되어 자동차부품 시트를 생산하던 중 2011.1.1. 자동차부품 생산에 사용하던 기계장치 일체를 0000공장에 매각하고, 공장으로 사용하던 건물을 0000공장에 임대하였다.
• 나. 00지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 0000부터 0000까지 청구법인에 대한 2008~2012사업연도 법인세통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 2011.1.1.부터 자동차부품 시트를 제조하지 않고, 부동산 임대업만 영위하고 있음에도 불구하고 자동차부품 제조 관련 매출 ․ 매입세금계산서를 수수한 것으로 보아 2011년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간에 <별지> 기재와 같이 청구법인 명의로 수취한 매입세금계산서 공급가액 000(이하 “쟁점매입세금계산서”라 하고, 매입세액을 “쟁점매입세액”이라 한다)에 대해서 그 매입세액을 불공제하여 과세하도록 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2013.9.12. 청구법인에게 부가가치세 2011년 제1기분 000 및 제2기분 000, 합계 000을 각 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 000 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 제조업에서 도매업과 부동산 임대업으로 업종이 달라진 것 이외에는 인적 ․ 물적설비가 종전과 같고, 청구법인의 사용인이 상시 주재하면서 도매업을 영위하고 있으며, 청구법인이 사업자등록을 하여 사업장임을 표현한 후 그대로 유지되고 있고, 청구법인이 주식회사 00으로부터 구입한 제품은 청구법인에서 이동이 시작되어 본사로 반출되지 않고 그대로 거래처로 반출되기 때문에 청구법인은 부가가치세법상 사업장에 해당한다. 설령, 청구법인을 사업장으로 보지 않더라도 청구법인이 위장사업장 및 위장 ․ 가공거래를 한 것이 아니고, 부가가치세 세부담에도 영향이 없으며, 청구법인이 선량한 관리자로서 의무를 다 하였기 때문에 쟁점매입세액은 공제되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인의 자동차부품 매입에 대한 계약, 주문, 대금결재 및 업무 총괄은 본사에서 이루어지고 있고, 청구법인은 직원 3명이 파견되어 부동산 임대업 관리 등 단순업무만 수행하여 제조업 관련 매입 ․ 매출에 대한 사항은 관리하지 않고 있는 것으로 조사되었으며, 청구법인은 2011년 1월부터 청구법인의 제조활동에 사용한 기계장치 등 일체를 0000공장에 매각한 후, 청구법인이 보유하여 제조활동에 사용한 공장건물을 0000공장에 임대하고, 0000 소속 생산인력도 청구법인이 아닌 0000공장으로 포괄인수되어 0000공장 제조 활동에 제공되고 있으며, 2011년 1월부터는 자동차 부품과 관련된 사업장이 사실상 폐업되어 임대 관련 업무만을 하고 있으므로 자동차부품 제조와 관련된 쟁점매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. 또한, 청구법인은 주사업장총괄납부 및 사업자단위과세제도를 신청한 사실이 없었고, 자동차부품과 관련하여 2011년 제1기 ~ 2012년 제2기 부가가치세 과세기간에 쟁점매입세금계산서를 수수할 당시에 자동차부품 제조업 부문은 사실상 폐업되어 자동차부품 거래와 관련한 어떤 행위를 한 사실이 없으므로 청구법인을 선의의 거래당사자로 보아 쟁점매입세액을 공제되어야 한다는 청구주장은 이유가 없다.

• 가. 쟁점 청구법인이 수취한 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 (2011.12.31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것) 제4조【신고 ․ 납세지】① 부가가치세는 사업장마다 신고 ․ 납부하여야 한다.

② 사업자에게 둘 이상의 사업장이 있는 경우로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사업장 관할 세무서장에게 신청한 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다.

③ 제1항에도 불구하고 제5조 제2항 및 제3항에 따라 사업자 단위로 등록한 사업자(이하 “사업자단위과세사업자”라 한다)는 그 사업자의 본점 또는 주사무소에서 총괄하여 신고․납부할 수 있다. 이 경우 그 사업자의 본점 또는 주사무소는 신고 ․ 납부와 관련하여 이 법을 적용할 때 각 사업장으로 본다.

④ 제1항의 사업장의 범위는 대통령령으로 정한다. 제5조【등록】① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다.

② 제1항에도 불구하고 둘 이상의 사업장이 있는 사업자는 사업자 단위로 해당 사업자의 본점 또는 주사무소 관할 세무서장에게 등록할 수 있다.

③ 제1항에 따라 등록한 사업자가 사업자 단위로 등록하려면 사업자단위과세사업자로 적용받으려는 과세기간 개시 20일 전까지 등록하여야 한다. 제10조【거래 장소】① 재화가 공급되는 장소는 다음 각 호에 해당하는 곳으로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화의 이동이 시작되는 장소 제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항 제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액.(단서 생략)

2. 제16조 제1항 ․ 제2항 ․ 제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액.(단서 생략) (2) 부가가치세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23595호로 일부개정되기 전의 것) 제4조 【사업장의 범위】③ 제1항 및 제2항에 규정하는 사업장 이외의 장소도 사업자의 신청에 의하여 추가로 사업장으로 등록할 수 있다.(단서 생략)

④ 사업장을 설치하지 아니한 경우에는 사업자의 주소 또는 거소(사업장을 설치하지 아니하고 법 제5조 제1항 및 제2항에 따른 등록을 하지 아니한 경우에는 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 당시의 사업자의 주소 또는 거소를 말한다)를 사업장으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 조사종결보고서 및 부가가치세 경정결의서 등 심리자료에 의하면, 아래와 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 2008.7.10. 지점으로 설치되어 자동차부품 시트를 생산하던 중 2011.1.1. 자동차부품 생산에 사용하던 기계장치 일체를 특수관계자인 0000공장(본사의 100% 자회사)에 매각하고, 2011.1.1. 공장으로 사용하던 건물을 0000공장에 임대한 후, 부동산 임대업을 추가하였고, 청구법인이 자동차부품 관련 2011년 제1기 ~ 2012년 제2기 부가가치세 과세기간까지 세금계산서 수수 당시에 자동차부품 제조업 부문은 사실상 폐업되어 자동차부품 거래와 관련한 어떤 행위를 한 사실이 없다. 또한, 청구법인과 본사는 주사업장총괄납부 및 사업자단위과세사업자를 신청한 사실이 없어 사업장별로 부가가치세 신고 및 납부를 하고 있다. (나) 0000공장은 2011.1.1. 청구법인으로부터 자동차부품 생산 관련 기계장치 일체를 취득하고, 공장건물을 임차보증금 없이 월세 000에 임차한 후, 같은 날 00의 지점으로 설치되었으며, 청구법인의 2011년 제2기부터 2012년 제1기 부가가치세 과세기간까지의 매입세금계산서 수취 내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> (다) 0000공장은 2011년 1월 청구법인으로부터 기계장치 일체 및 공장 근로자를 포괄 승계받았고, 공장건물을 임차한 후, 자동차부품을 생산하여 2011년 1월부터 2012년 1월까지 청구법인에게 000 상당의 매출세금계산서를 발급하다가, 2012년 2월부터 2012년 12월까지 본사에 000 상당의 매출세금계산서를 발급하였다. 0000공장은 청구법인의 완전자회사(100% 지분)로서 청구법인에게 매출세금계산서를 발급한 것이 잘못된 것임을 확인하고, 2012년 2월부터 청구법인의 본사에 매출세금계산서를 발급한 것으로 조사되었다. 따라서, 조사청은 아래 <표2>와 같이 청구법인 0000공장으로부터 수취한 2011년 및 2012년 1월분 매입세금계산서는 사실과 다른 매입세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하였고, 2012년 2월부터 수취한 세금계산서는 정당한 세금계산서로 인정하였다. <표2> (라) 매입처인 주식회사 00000은 청구법인의 협력업체로서 2011년 제1월부터 2012년 2월까지 자동차부품 원자재 000 상당액을 청구법인에게 사급매출하면서 세금계산서를 발급하였고, 2012년 3월부터 2012년 12월까지 000 상당액을 본사에 사급매출하고 세금계산서를 발급하였는 바, 조사청은 아래 <표3>과 같이 00000이 자동차부품 제조업을 영위하지 않은 청구법인에 발급한 000의 사급자재 수취액에 대하여 사실과 다른 매입세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하였다. <표3> (마) 자동차부품 매입에 대한 계약, 주문, 대금결재 및 업무총괄은 본사에서 이루어지고 있고, 청구법인은 직원 3명이 파견되어 부동산 임대업 관리 등 단순업무만 수행하고 있으며, 제조업 관련 매입 ․ 매출에 대한 사항은 관리하지 않았다. (바) 청구법인이 제시한 부가가치세 집행기준 17-0-5는 공장사업장이 실제 존재하고 재화가 공장 사업장에서 실제 사용 ․ 소비되는 경우에 본사가 아닌 공장 사업장에서도 매입세액 공제를 적용받을 수 있다는 것으로 이 건의 사실관계와 동일한 사례가 아니다. 이 건의 경우 청구법인이 자동차 부품 생산과 관련한 생산설비를 0000공장에 매각하여 자동차부품을 생산하는 공장사업장을 더 이상 영위하지 않고 있음에도, 자동차부품 제조 관련 매출 ․ 매입 세금계산서를 수수한 것에 대하여 과세를 한 것인바, 실제 존재하는 공자사업장에서 재화가 실제 사용 ․ 소비되는 경우에 본사가 아닌 공장 사업장에서도 매입세액공제를 적용받을 수 있다는 부가가치세 집행기준과는 다른 사례이다. (사) 처분청의 청구법인에 대한 부가가치세 환급현지확인 조사결과를 보면, 2011.1.1. ~2011.12.31. 기간 동안 청구법인에 일반환급세액 000 발생하여 부가가치율이 저조하다는 사유로 부가가치세 환급세액이 적정한지 여부를 확인하기 위한 현지확인 조사 건으로, 처분청은 현지확인시 기계장치 매각, 공장건물 임대 등 사실관계를 확인하지 아니하고, 매입과표가 적정하다는 전제하에 0000000공장 000, 000000 000, 000000 000 합계 000 본사에서 세금계산서를 발급한 것을 부인하고 청구법인을 공급자로하여 부가가치세를 경정하여 결국 아래 <표4>와 같이 가산세 상당액 000 추징하였다 <표4>

(2) 청구법인은 쟁점매입세금계산서가 정상 세금계산서라고 하면서 아래와 같은 논거와 증빙 등을 제시하였다. (가) 청구법인의 사업자등록 및 운영 현황은 아래와 같다.

1. 청구법인은 시트 등 자동차용 부품을 제조하는 법인으로 2008.7.10. 청구법인을 개설하고 사업자등록 후 자동차용 시트를 생산하였다.

2. 2011.1.1. 청구법인에서 사용하던 생산설비를 00에 양도하였고, 00에서 생산한 제품을 납품받아 거래처에 판매하였으며, 당시 생산에 필요한 원 ․ 부자재는 청구법인이 조달하고 생산인력은 0000으로부터 공급받아 제품을 생산했으며, 이 건 처분과 관련된 원재료 및 제품의 인도 ․ 출하는 운반의 편의 등을 고려하여 본사가 아니라 청구법인에서 이루어졌다. (나) 00이 씨트를 생산하기 전인 2010.12.31.까지는 청구법인이 원 ․ 부자재를 조달하고, 생산인력은 0000(사업주: 000)이 공급하였으며, 아래 <표5>와 같이 직원 3명(000은 청구법인에 상주하였고, 000 ․ 000은 수시로 품질관리 및 자재관리 업무 담당)이 청구법인에 대한 생산독려 ․ 품질관리 ․ 출하관리와 판매를 맡고, 나머지 업무는 본사에서 하였다. 2011.1.1.부터는 00이 청구법인의 생산시설을 임차하고 생산주체가 되었으나, 청구법인이 하던 원 ․ 부자재 조달을 00이 하게된 것 이외에는 종전과 같았다. 즉 아래 <표6>과 같이 청구법인의 직원은 그대로 근무하면서 같은 일을 하고 인력공급은 여전히 0000이 수행하였으나, 다만 생산주체가 청구법인에서 00으로 바뀜으로 인해 청구법인의 업종은 제조에서 도매 및 부동산임대업으로 바뀌었다. <표5> <표6> (다) 부가가치세 집행기준 17-0-5에 따라 청구법인에서 인도받은 원재료 거래와 관련된 쟁점매입세금계산서를 청구법인 명의로 발급받고 매입세액을 공제받은 것은 적법하므로, 적어도 매입세액 불공제 및 매입세금계산서 관련 가산세 부과처분은 취소되어야 한다. (라) 부가가치세는 사업장마다 신고 ․ 납부하도록 부가가치세법제4조에 규정되어 있고, 이 규정에서 사업장이라 함은 특별한 경우를 제외하고는 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소를 말한다고 규정되어 있는바, 이러한 규정에 비추어 청구법인의 2011년 이전이나 이후 모두 청구법인에 사용인이 상시 주재하여 생산에서 매출까지의 업무를 행하여 왔기 때문에 청구법인은 사업장이 맞다고 할 것이다. (마) 부가가치세법 시행령제4조 제3항에 의하면, 사업장 이외의 장소도 사업자의 신청에 의하여 추가로 사업장으로 등록할 수 있도록 규정되어 있고, 청구법인은 2008년에 자동차부품을 생산하는 제조업으로 사업자등록을 한 이후 부동산 임대업을 업종 추가한 것 이외에는 그 사업자등록이 그대로 유지되고 있으며, 세금계산서도 청구법인 명의로 수수하였다. 따라서, 청구법인은 청구법인의 신청에 의하여 사업장으로 등록되어 있다고 보아야 하고 등록된 사업장을 사업장으로 보지 않은 이유가 없다. (바)부가가치세법상 재화가 공급되는 장소는 재화의 이동이 필요한 경우에 재화의 이동이 시작되는 장소로 청구법인은 사용인이 항상 주재하고, 그 사용인에 의하여 본사를 거치지 않고(본사로 반출하지 않고)직접 거래처에 재화를 공급하는 시스템이므로 청구법인을 사업장으로 봄이 타당하다. (사) 처분청은 2012년 5월 청구법인에 대한 부가가치세 현지 확인조사를 실시하여 청구법인에서 수수할 세금계산서를 본사에서 수수하였다고 하여 부가가치세 000 추징한 사실이 있고, 처분청의 현지확인 대상연도는 2011년으로 이 건과 같이 생산설비를 임대한 이후로서 동일 관서에서 본사 수수 세금계산서를 부인하고 부가가치세를 추징한지 불과 1년만에 동일한 유형의 거래에 대하여 청구법인의 세금계산서를 부인하고 본사에서 세금계산서를 수수하여야 한다고 과세처분을 하였는바, 이는 처분청도 기준을 잡지 못하고 있는 점에서 보면, 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보는 것은 타당하지 아니하다. (아) 본사와 00이 2010.12.29. 맺은 임대차계약서의 주요 내용은 아래와 같고, 청구법인의 일부만 임대하였으며, 나머지 부분은 창고용지 등으로 활용하였다.

1. 임대인은 본사이고 임차인은 00이며, 임대차 물건은 0000이고, 용지면적 33,058.2㎡ 중 임대용지 면적은 2,786㎡이며, 건축면적 4,116㎡ 중 임대건축면적은 2,786㎡이다

2. 임차인은 임대차물건을 임차인의 제조공장 용도로 사용하기 위해 임차하고, 임대인의 서면 동의 없이 임대차물건을 타 용도에 사용할 수 없다.

3. 임대차물건에 대한 임대차 기간은 2011.1.1.부터 2013.12.31.까지로 한다.

4. 월 임대료는 매월 000의 임대료를 임대인에게 지급하기로 한다.

5. 임차인은 임대물의 유지관리에 필요한 관리유지비를 부담하여야 하고, 월 관리유지비는 제반비용에 대하여 실비 정산하기로 하며, 임대인은 관리유지비 당월 분을 당월 말일까지 임차인에게 청구하고, 임차인은 익월 10일까지 임대인에게 지급하기로 한다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인의 일부만 임대한 것으로 임대차계약서에 나타나고, 나머지 부분은 창고용지 등으로 활용된 것으로 보아 청구법인이 계속하여 사업을 영위한 것으로 보이는 점, 생산설비 임대 후 제조만 자체생산에서 실질적인 외주생산으로 바뀐 것에 불과하므로 청구법인을 매입의 주체인 사업장으로 볼 수 있는 점, 생산주체가 청구법인에서 00으로 바뀜으로 인해 청구법인의 업종이 제조업에서 사실상 도매업(부동산 임대업 추가)으로 변경된 것으로 볼 수 있는 점, 자체생산에서 외주생산으로 변경된 이후에도 청구법인의 자체 관리인력이 3명으로 크게 변화가 없는 점, 처분청도 2012년 5월 청구법인에 대한 부가가치세 현지확인조사를 실시하여 청구법인에서 수수할 세금계산서를 본사에서 수수하였다고 하여 부가가치세를 추징한 사실이 있는 점 등에 비추어 생산제품의 실질적인 매입에 대한 주관을 본사가 아닌 청구법인에서 이루어진 것으로 봄이 타당하다 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구법인이 발급받은 제조 관련 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.