「조세특례제한법」 제99조의3에 따른 감면소득의 범위

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 OOO 소재 무허가주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 재건축한 OOOOO OOO OOO OOOO OOOOO OOOO OOOO호 (이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2002.8.31. 취득하여 소유하다가 2008.1.9. 쟁점주택을 OOO원에 양도한 후, 조세특례제한법제99조의3의 규정에 따라 쟁점주택의 양도에 따른 양도소득세 OOO원을 전액 감면대상으로 신고하였다.
• 나. 그 후 처분청은 쟁점주택의 양도소득금액 중 종전주택 취득일(1997.5.8.)부터 쟁점주택의 취득일(2002.8.31.) 전일까지 발생한 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3 제1항에서 규정한 감면 대상에 해당되지 않는다고 보아 2013.6.11. 청구인에게 쟁점주택의 양도에 따른 2008년 귀속 양도소득세 OOO원(이하 “이 건 양도소득세”라 한다)을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.9.9. 이의신청을 거쳐 2014.1.9. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1)조세특례제한법제99조의3 제1항에서 쟁점주택과 같은 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 전액 감면하되 그 취득일로부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 쟁점주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 감면 대상 소득으로 한다고 규정하고 있을 뿐 종전주택의 보유기간에 발생한 양도소득금액에 대하여는 별도로 규정하고 있지 않음에도 처분청이 조세특례제한법 시행령제40조 제1항 산식에서 분모의 “취득 당시의 기준시가”를 “쟁점주택의 취득 당시 기준시가”가 아닌 “종전주택의 취득 당시 기준시가”로 보아 종전주택 보유기간 중 발생한 양도소득금액에 대하여 양도소득세를 과세한 처분은 위법하다.

(2) 설령, 종전주택의 보유기간 중 발생한 양도소득은 감면대상에 해당되지 않는다고 하더라도 처분청은 법률의 위임 없이 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 산식을 사용하여 종전주택 보유기간 중 발생한 양도소득을 산출하였는바, 이는 위법하다고 할 것이다.

• 나. 처분청 의견 (1)조세특례제한법제99조의3 제1항에 따른 양도소득세를 감면함에 있어 그 감면대상소득은 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 한정하여야 할 것으로서 그 감면대상 소득금액을 산출하기 위하여 조세특례제한법 시행령제40조 제1항 산식에서 분모의 “취득 당시의 기준시가”를 “종전주택의 취득 당시 기준시가”로 보아 감면대상 소득금액을 산출한 것이고, 청구인의 주장과 같이 감면대상 소득을 산출하는 경우 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 취득할 때까지 발생한 양도소득도 감면대상에 포함되는바, 이는 감면대상소득금액을 지나치게 확대한 것이므로 받아들이기 어렵다.

(2) 감면대상 소득금액을 계산함에 있어서 조세특례제한법 시행령제40조 제1항을 준용한 것은조세특례제한법제99조의3 제1항의 입법 취지를 감안하여 감면되는 양도소득세를 합리적으로 산정하기 위한 것이므로 조세특례제한법 시행령」제40조 제1항을 준용하여 종전주택보유기간 중 발생한 양도소득을 산출한 것은 적법하다고 할 것이다.

• 가. 쟁 점 종전주택 보유기간 중 발생한 양도소득금액이조세특례제한법제99조의3에서 규정한 감면 대상에 해당되는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1997.5.8. 종전주택인 OOO 소재 무허가주택의 건물을 취득한 후, 종전주택이 OOO지구 주택재개발사업부지에 포함됨에 따라 주택재개발사업에 조합원으로 참여하여 청산금 OOO원을 납부하고 2002.8.31. 쟁점주택을 취득하였다. 그 후 청구인은 쟁점주택의 취득일부터 5년 이후인 2008.1.9. 쟁점주택을 OOO원에 양도한 후, 당해 양도소득세는조세특례제한법제99조의3 제1항의 규정에 의거 전액 감면대상이라고 보아 감면세액에 대한 농어촌특별세 OOO원만 신고․납부하였다

(2) 한편 국세청은 2009.1.20. 쟁점주택과 같이 신축주택을 그 취득일부터 5년 이후에 양도하는 경우 그 감면대상이 되는 소득금액은 쟁점주택 취득일부터 5년 이내에 발생한 양도소득금액에 한정될 뿐 종전주택의 보유기간 중에 발생한 양도소득금액은 감면대상 소득금액에서 제외된다는 취지의 지침을 관할 세무서에 통보하였다.

(3) 쟁점주택과 종전주택의 취득 당시 기준시가와 양도당시의 기준시가 및 조세특례제한법 시행령제40조 제1항에서 규정한 산식은 아래와 같다. <종전주택과 쟁점주택의 기준시가> (OO: O) <감면대상 양도소득금액 산출을 위한 산식> 양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)

(4) 청구인은 위 산식 분모와 분자의 “취득 당시의 기준시가”를 동일하게 쟁점주택의 취득 당시(2002.8.31.)의 기준시가인 OOO원으로, 분모의 “취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가”와 “양도당시의 기준시가”도 각각 OOO원으로 하여 쟁점주택의 양도소득금액 전액이 감면대상 소득금액(감면대상 소득비율 100%)에 해당된다고 보아 양도소득세 OOO원을 전액 감면 신청한 것으로 보인다.

(5) 그러나 처분청은 위 산식에서 분모의 “취득 당시의 기준시가”를 종전주택 취득(1997.5.8.)당시 기준시가인 OOO원으로, 분자의 “취득 당시의 기준시가”는 쟁점주택의 취득 당시 기준시가인 OOO,OOO,OOO원으로, 분모의 “양도 당시의 기준시가”와 분자의 “취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가”는 동일하게 OOO원으로 보아 감면대상 소득비율을 43.54%로 결정하고, 이를 양도소득금액 OOO원에 적용하여 감면대상소득금액 OOO원을 구한 후, 청구인이 쟁점주택을 취득일부터 5년이 경과한 후 양도하였으므로 양도소득금액 OOO원에서 감면대상소득금액 OOO원과 양도소득 기본공제 OOO원을 직접 차감하여 산출한 OOO원을 쟁점주택의 양도소득세 과세표준으로 보아 이 건 양도소득세를 산출하였다. (6)조세특례제한법제99조의3 제1항 본문 및 제2호에서 거주자가 자기가 건설한 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득 중 2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하되 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제40조 제1항은 “당해 부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있다.

(7) 살피건대,조세특례제한법제99조의3 제1항의 규정은 신축주택 양도에 따른 양도소득금액 중 그 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액만이 감면 대상인 것이 명확하므로 종전주택 보유기간 중 발생한 양도소득금액은 감면대상이 아닌 것으로 보아야 할 것인바, 신축주택의 양도에 따른 감면대상 소득금액을 계산하는 조세특례제한법 시행령제40조 제1항 산식에서 분모의 “취득당시의 기준시가”는 종전주택의 취득 당시 기준시가이고, 분모의 “취득당시의 기준시가”는 쟁점주택의 취득 당시 기준시가를 말하는 것으로 보는 것이조세특례제한법제99조의3의 입법취지에 부합된다고 볼 때, 처분청이 위와 같이 감면대상 소득금액을 계산한 것은 타당하다고 할 것이다(조심 2012서2934, 2012.8.22. 외 다수 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.