13.7.26. 개정된 「부가가치세법」에 따라 수정수입세금계산서 발급을 거부한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 처분청은 청구법인이 2009.7.30. 부터 2013.4.29.까지 청구법인 자신 및 청구법인 외 OOO(주) 등의 명의로 OOO산 남성용 의류를 수입하면서 수입거래가격보다 저가로 신고하여 이에 부과될 관세 등을 포탈한 혐의로 2013.6.13. 압수수색을 실시하여 범칙조사 후 2013.9.16. 관세 등 OOO원을 과세전 통지하였다.
• 나. 이후 청구법인은 2013.11.12. 과세전 통지내역에 대해 수정신고 후 그 중 수입신고번호 OOO 외 11건(이하 “쟁점물품”이라 한다)에 대한 관세 등 제세 OOO원을 2013.11.13. 납부하고, 부가가치세 OOO원에 대한 수정수입세금계산서 발급을 신청하였다.
• 다. 처분청은 2013.11.27. 청구법인의 수정수입세금계산서 발급 신청에 대하여 2013.7.26. 개정·시행된 부가가치세법(2013.7.26. 법률 제11944호로 개정된 것, 이하 “현행 부가가치세법”이라 한다) 제35조 제2항 및 제4항, 현행 부가가치세법 부칙(2013.7.26., 제11944호로 개정된 것, 이하 “현행 부가가치세법 부칙”이라 한다) 제2조, 같은 법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정된 것, 이하 “현행 부가가치세법 시행령”이라고 한다) 제72조 제3항 제1호, 제72조 제4항에 의거 청구법인의 경우는 관세범칙조사 이후에 ‘과세표준 또는 세액의 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 수정신고하는 경우’에 해당하여 수정수입세금계산서 발급 대상이 아니라는 이유로 이를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2013.11.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 이 사건 수정수입세금계산서 발급 거부처분은 위헌으로 무효인 현행 부가가치세법 부칙 제2조에 근거하고 있다. 이 사건 수정수입세금계산서 발급 거부처분의 근거 규정은 현행 부가가치세법 제35조 제2항 제2호이나 같은 법 개정과 동시에 새로이 규정된 현행 부가가치세법 부칙 제2조(수정수입세금계산서 발급에 관한 적용례)에 “제35조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 수정신고하거나 결정ㆍ경정하는 분부터 적용한다”라고 규정함으로써 소급과세를 하도록 규정하고 있는 것이므로 위헌인 현행 부가가치세법 부칙 제2조에 의하여 발급거부처분이 적용되는 것으로 볼 수 있다. 이에 따라 이 사건 거부처분은 위법하여 무효이거나 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 현행 부가가치세법, 현행 부가가치세법 시행령 및 현행 부가가치세법 부칙에 따라 청구법인에 대한 수정수입세금계산서의 발급을 거부한 처분은 적법하다. 또한 이 사건 거부처분의 근거규정인 현행 부가가치세법 부칙 제2조는 헌법에 합치하는 규정이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인의 수정수입세금계산서 발급 신청에 대한 거부처분의 당부
• 나. 관련법령 등

(1) 부가가치세법(2013.7.26. 법률 제11944호로 개정된 것) 제35조(수입세금계산서)① 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때에는 수입된 재화에 대한 세금계산서(이하 "수입세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다.

② 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수입하는 자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 수입세금계산서(이하 "수정수입세금계산서"라 한다)를 발급하여야 한다.

1. 관세법에 따라 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 수입하는 자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고 등을 하는 경우

2. 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나 수입하는 자가 세관공무원의 관세 조사 등 대통령령으로 정하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 관세법에 따라 수정신고하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 통일상품명 및 부호체계에 관한 국제협약에 따른 관세협력이사회나 관세법에 따른 관세품목분류위원회에서 품목분류를 변경하는 경우
• 나. 합병에 따른 납세의무 승계 등으로 당초 납세의무자와 실제 납세자가 다른 경우 다.수입자의 단순착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우 부가가치세법 부칙(2013.7.26. 법률 제11944호로 개정된 것) 제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 제2조(수정수입세금계산서 발급에 관한 적용례)제35조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 수정신고하거나 결정·경정하는 분부터 적용한다.

(2) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정된 것) 제72조 (수입세금계산서)① 법 제35조 제1항에 따른 수입세금계산서는 법 제32조제1항에 따른 세금계산서 발급에 관한 규정을 준용하여 발급한다.

② 세관장은 관세법에 따라 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 같은 법제28조 제2항, 제38조의2 제1항·제2항, 제38조의3 제1항부터 제3항까지, 제38조의4 제1항, 제46조, 제47조 및 제106조에 따라 부가가치세를 납부받거나 징수 또는 환급하는 경우에는 법 제35조 제2항에 따라 수입자에게 수정한 수입세금계산서를 발급하여야 한다.

③ 제2항에도 불구하고 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나 수입자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 관세법에 따라 수정신고를 하는 경우에는 제4항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 수입자에게 수정한 수입세금계산서를 발급한다.

1. 관세 조사 또는 관세 범칙사건에 대한 조사를 통지하는 행위

2. 세관공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수하는 행위

3. 그 밖에 제1호 또는 제2호와 유사한 행위

④ 제3항에 따라 수정한 수입세금계산서를 발급하는 경우는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다.

1. 관세법에 따른 품목분류의 사전심사에 따라 해당 물품에 적용할 품목분류를 변경한 경우

2. 수입자의 귀책사유 없이 관세법등에 따른 원산지증명서 등 원산지를 확인하기 위하여 필요한 서류가 사실과 다르게 작성·제출되었음이 확인된 경우

3. 수입자의 단순 착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우 부가가치세법 시행령 부칙(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정된 것) 제1조(시행일)이 영은 2013년 7월 1일부터 시행한다. 다만, 부칙 제16조제30항 중 조세특례제한법 시행령 제100조의2제4항, 제100조의3제1항제4호마목, 제100조의6제2항제1호 및 같은 항 제4호 본문의 개정규정은 2015년 1월 1일부터 시행한다. 제15조(수정한 수입세금계산서에 관한 경과조치)이 영 시행 전에 세액을 수정신고하거나 결정 또는 경정하는 분에 대해서는 제72조 제2항부터 제4항까지의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

(3) 구 부가가치세법(2013.7.26. 법률 제11944호로 개정되기 전의 것) 제35조(수입세금계산서)① 관할 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때에는 수입된 재화에 대한 세금계산서(이하 "수입세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다.

② 관할 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 수정한 수입세금계산서를 발급하여야 한다. 이 경우 관할 세관장은 제54조를 준용하여 작성한 수정된 매출처별 세금계산서합계표를 해당 세관 소재지를 관할하는 세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 관세법 제38조 및 같은 법 제46조에 따라 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 경우에 해당되어 관할 세관장이 부가가치세를 징수하거나 환급하는 경우

2. 부가가치세가 징수된 수입재화가 관세법 제106조에 따라 계약 내용과 다른 물품 등에 해당하여 관할 세관장이 부가가치세를 환급하는 경우 구 부가가치세법 부칙[2013.6.7. 제11873호] 제15조(세금계산서 발급 등에 관한 경과조치)이 법 시행 전에 재화나 용역을 공급한 분 또는 재화를 수입한 분에 대하여 이 법 시행 후에 세금계산서를 발급하여야 하거나 발급할 수 있는 경우에는 이 법의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1)처분청은 청구법인의 저가신고가 단순한 착오에 기인하였거나 청구법인에게 귀책사유가 없음이 증명된 경우가 아니어서 현행 부가가치세법령에 따라 수정수입세금계산서를 발급할 수 있는 경우에 해당하지 않아 청구법인의 수정수입세금계산서 발급요청을 거부하였다. (2)청구법인이 수정신고를 한 날은 2013.11.12.로 현행 부가가치세법이 시행된 2013.7.26. 및 현행 부가가치세법 시행령이 시행된 2013.7.1. 이후인 것으로 확인된다.

(3) 현행부가가치세법 개정이유를 살펴보면, 수입하는 자가 관세 조사 등이 개시된 이후 보정ㆍ수정 또는 경정신청하거나 세관장이 세액을 경정하는 때에 단순 착오 등 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우에 부가가치세 수정수입세금계산서를 발급하도록 하여 성실한 신고를 유도하기 위하여 <표1>과 같이 개정한 것으로 확인된다. <표1> 현행 부가가치세법 법률 제11873호 개 정 내 용 제35조(수입세금계산서) ① 관할세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때에는 수입된 재화에 대한 세금계산서(이하 “수입세금계산서”라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다.

② 관할 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 수정한 수입세금계산서를 발급하여야 한다. 이 경우 관할 세관장은 제54조를 준용하여 작성한 수정된 매출처별 세금계산서합계표를 해당 세관 소재지를 관할하는 세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 관세법 제38조 및 같은 법 제46조에 따라 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 경우에 해당되어 관할 세관장이 부가가치세를 징수하거나 환급하는 경우

2. 부가가치세가 징수된 수입재화가 관세법 제106조에 따라 계약 내용과 다른 물품 등에 해당하여 관할 세관장이 부가가치세를 환급하는 경우 제35조(수입세금계산서) ① 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때에는 수입된 재화에 대한 세금계산서(이하 “수입세금계산서”라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다.

② 세관장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 수입하는 자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 수입세금계산서(이하 “수정수입세금계산서”라 한다)를 발급하여야 한다.

1. 관세법에 따라 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하기 전에 수입하는 자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고 등을 하는 경우 2.세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하거나 수입하는 자가 세관공무원의 관세 조사 등 대통령령으로 정하는 행위가 발생하여 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 관세법에 따라 수정신고하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 통일상품명 및 부호체계에 관한 국제협약에 따른 관세협력이사회나 관세법에 따른 관세품목분류위원회에서 품목분류를 변경하는 경우
• 나. 합병에 따른 납세의무 승계 등으로 당초 납세의무자와 실제 납세자가 다른 경우
• 다. 수입자의 단순착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 등 대통령령으로 정하는 경우

③ 제2항에 따라 수정수입세금계산서를 발급한 세관장은 제54조를 준용하여 작성한 수정된 매출처별 세금계산서합계표를 해당 세관 소재지를 관할하는 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 수입세금계산서 또는 수정수입세금계산서의 작성과 발급 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 종전에는 수입자가 스스로 수정신고를 하거나 경정청구를 하였는지와 관계없이 관할 세관장이 부가가치세를 징수하거나 환급하는 경우에는 모두 수정한 수입세급계산서를 발급함으로써, 스스로 수정신고를 앞으로는 수입자가 보정신청, 수정신고 또는 경정청구를 하여 세관장이 세액을 납부받거나 징수 또는 환급한 경우 등에만 수정한 수입세급계산서를 발급하는 것을 원칙으로 하되, 수입자가 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 관세법에 따라 수정신고 또는 경정청구를 하거나 세관장이 과세표준 또는 세액을 결정하거나 경정하는 경우에는 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우 등에 한정하여 수정한 수입세급계산서를 발급하도록 하기 위하여 현행 부가가치세법 시행령을 개정한 것으로 확인된다. (5)위 사실관계 및 제시증빙과 관련법령 등을 종합하여 쟁점에 대하여 살펴본다. 청구법인은 2009.7.30.부터 2013.4.29.까지 청구법인 자신 및 청구법인 외 OOO(주) 등의 명의로 쟁점물품을 수입하면서 수입거래가격보다 저가로 신고하여 이에 부과될 관세 등을 포탈한 혐의로 과세전 통지를 받은 후 수정신고하였으므로 저가신고가 단순한 착오에 기인하였거나 청구법인에게 귀책사유가 없음이 증명된 경우로 보기 어려우므로 현행 부가가치세법령에 따라 수정수입세금계산서를 발급할 수 있는 경우에 해당하는 것으로 보기 어려운 점, 청구법인이 수정신고를 한 날은 2013.11.12.이므로 현행 부가가치세법이 시행된 2013.7.26. 및 현행 부가가치세법 시행령이 시행된 2013.7.1. 이후이므로 청구법인의 수정신고 후 수정수입세금계산서발급 신청에현행 부가가치세법령이 적용된다고 볼 수 있는 점등을 종합적으로 고려해 보면, 처분청이청구법인의 수정수입세금계산서 발급 신청에 대한 거부처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 관세법 제131조와 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.