[요지] 청구법인은 2011.1.17. 쟁점부동산을 지식산업센터 사업용(제조업)으로 사용하기 위해서 취득하였으나, 쟁점부동산을 제조업이 아닌 일반 사무실의 용도로 사용하고 있는 것으로 나타나므로 지식산업센터용으로 사용한다고 볼 수 없음
[요지] 청구법인은 2011.1.17. 쟁점부동산을 지식산업센터 사업용(제조업)으로 사용하기 위해서 취득하였으나, 쟁점부동산을 제조업이 아닌 일반 사무실의 용도로 사용하고 있는 것으로 나타나므로 지식산업센터용으로 사용한다고 볼 수 없음
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요 가.청구법인은 2011.1.17. OOO 토지 41.27㎡ 및 건축물(전용면적) 162.80㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 분양받아 취득한 후, 2011.2.23.OOO(2011.6.2. 조례 제4200호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제7조 제2항의 지식산업센터 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 부동산에 해당하는 것으로 보아 처분청으로부터 취득세 등을 감면받았다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인이 제출한 연구개발 현황보고서와 개발완료보고서를 통해 연구개발이 일부 이루어진 것이 나타나고 있고, 2012년부터 연구용 시약 제조에 따른 매출이 극미하게 발생하나 점차 증가하고 있으며, 청구법인이 송부한 동영상을 통해 연구 및 제품을 생산을 하고 있는 것이 보이고 있으므로, 연구개발실과 일부면적(냉동·냉장물품보관실을 연구개발실로 사용한 안분면적)에 대해서는 청구법인의 주장이 일부 인정된다.
(2) 하지만,청구법인이 제출한 부가가치세 신고서에 따르면 2011년, 2012년도 매출액의 대부분이 연구용 시약 도·소매로 나타나고 있고, 청구법인의 법인 등기사항일부증명서 내 본점 소재지가 이 건 부동산으로 확인되고 있는바, 처분청의 출장복명서에 따른 사무실, 사장실 및 회의실로 사용하고 있는 쟁점부동산에 대해서는 연구·개발을 목적으로 직접 사용하였다고 보기는 어렵다 할 것이다.
3. 심리 및 판단
(1) 처분청과 청구법인이 제출한 증빙자료에 의하면 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 청구법인은 이 건 부동산을 본점으로 하고,연구용 시약 및 기자재 도소매업, 과학기자재 제조 및 도소매업, 유전공학 연구용시약 제조 가공업, 연구 용역사업, 산학연협동을 위한 교육훈련 연수사업, 의약품 제조업 등을 목적사업으로 하여 2011.1.14. 설립되었다. (나) 청구법인은 지식산업센터 분양자인 OOO와 이 건 부동산의 분양계약을 체결하여 2011.1.17. 이를 취득하였으며, 2011.2.23. 이 건 부동산을 지식기반산업[연구 및 개발, 자연과학(생물학)]에 사용한다고 하여 처분청으로부터 취득세 등을 감면받았다. (다) 처분청은 청구법인이 감면 업종에 직접 사용하고 있는지 여부에 대하여 2013.1.15.부터 2013.1.17.까지의 기간 동안 이 건 부동산에 현지 출장하여 이를 확인·조사하였으며, 처분청은 청구법인이 이 건 부동산에서 감면 업종인 연구용 시약 제조업과 상품 도·소매업을 동시에 영위하고 있으므로 세부적인 내용을 추가 조사한 후 과세여부를 결정하고자 감면 세액의 추징을 유보한 사실이 처분청의 지식산업센터 조사 및 조치계획 보고서에 의하여 확인된다. (라) 청구법인의 2011년도, 2012년도 부가가치세 신고서 및 법인세 수입금액조정명세서에 의하면, 청구법인은 2011년도 연구용 시약 제조(감면 업종) 실적이 없는 것으로 나타나고 있으며, 2012년도에는 연구용 시약 제조 매출액 비율 OOO, 상품 도·소매 매출액 비율이 OOO인 사실이 아래 <표1>과 같이 확인된다. (마) 처분청은 위 부가가치세 신고서 등을 근거로 청구법인이 이 건 부동산을 지식산업센터용(감면신청업종: 지식기반산업 - 자연과학(생물학) 연구 및 개발)에 직접 사용하지 아니하고 연구용시약 도·소매업을 영위하는 것으로 보아 취득세 과세예고를 하였으며, 2013.7.19. 현장 확인 등을 통해 이 건 부동산 중 연구개발실(전용면적 9.92㎡) 및 냉동·냉장물품 보관실(전용면적 1.77㎡)로 사용하고 있는 부동산을 제외한 쟁점부동산에 대하여 기 과세면제한 취득세 등을 추징하였다. (바) 청구법인은 이 건 부동산에서 바이오산업에서 사용되는 연구용시약, 발병 진단에 사용되는 진단키트 등을 개발·판매하는 용도로 사용하였다고 주장하며 아래 <표2>와 같이 제품 개발완료보고서와 OOO과 청구법인 사이에 2013.3.6. 체결한 기술이전계약서를 제출하고 있으며, 청구법인이 제출한 증빙에 따르면,청구법인의 연구부서에서 OOO 등 바이오산업에서 사용되는 연구용시약, 발병 진단에 사용되는 진단키트 등을 개발한 것으로 나타나고 있고,OOO이 개발한 OOO을 함유하는 당뇨병 예방 또는 치료용 조성물”의 소유권이 청구법인에게 이전OOO된 내용이 확인된다.
(2) 청구법인은이 건 부동산을 연구용 시약 개발 등 지식기반산업시설 용도로 사용하고 있음에도 제조업, 지식기반사업 등에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 기 과세 면제한 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다고 주장하는 반면, 처분청은 이 건 부동산 중제조시설로 사용하는 면적이 극히 일부에 불과하고(이에 대하여는 기 감면), 대부분의 시설을 도·소매를 위한 사무실과 회의실로 사용하고 있으므로 기 감면한 취득세 등을 추징하는 것은 적법하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) OOO제7조 제2항에 의하면, 중소기업자가 산업집적 활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 제조업, 지식기반산업, 정보통신산업 등의 사업 또는 벤처기업을 영위할 목적으로 지식산업센터 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 지식산업센터용 부동산에 대하여는 취득세를 면제하되, 그 취득한 날부터 1년 이내에 정당한 사유없이 해당 사업 또는 벤처기업용에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. (나) 지식산업센터용 부동산을 최초로 분양받아 이를 취득한 후 1년 이내에 제조업, 지식기반산업, 정보통신산업 등의 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 기 과세면제한 취득세 등을 추징하는 것인바, 처분청의 2차례에 걸친 현장조사 결과 청구법인이 쟁점부동산을 제조시설이 아닌 사무실, 회의실 등 사실상 법인의 본점 업무용 부동산으로 이용하고 있는 사실이 확인되고 있는 점, 청구법인의 2011년도 내지 2012년도 부가가치세 신고서 및 법인세 수입금액조정명세서에 의하면, 이 건 부동산 취득일부터 1년 이내인 2011년도에 연구용 시약 제조(감면 업종) 실적이 없는 점으로 미루어 부동산을 취득한 날부터 1년 이내에 제조업 등의 용도에 직접 사용한 경우로 보기 어려울 뿐만 아니라, 2012년도의 경우에도 상품매출액(도·소매)이 대부분OOO을 차지하고 있고, 제품매출액은 OOO에 불과한 것으로 조사된 점, 청구법인이 취득한 이 건 부동산 중 제조시설로 확인되는 연구개발실 9.92㎡, 냉동·냉장물품보관실 1.77㎡ 등 11.69㎡(전용 면적) 부분에 대하여는 처분청이 취득세 감면을 인정하고, 그 나머지인 쟁점부동산에 대하여만 기 감면한 취득세 등을 추징한 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점부동산을 제조시설에 직접 사용하지 아니하고 도·소매업을 위한 사무실과 회의실로 사용하고 있는 것으로 보아 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.