기업부설연구소 인정면적이 기업부설연구소인정서에 기재된 소재지의 연면적을 초과한 것에 대하여 기 면제된 취득세 등을 추징한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인, OOO는 공동소유하고 있는 OOO(이하 “이 건 토지”라 한다) 및 그 지상 건축물 25,760㎡에 2008.10.17. 건축물 4개동OOO을 증축하였고, 청구법인은 2008.11.10. 이 건 건축물 중 소유 지분 19,863.38㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)에 대하여 구 지방세법(2008.9.26. 법률 제9133호로 개정된 것, 이하 같다) 제282조에 따라 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산으로 감면 신청하여 취득세 등을 면제받은 후, 2009.11.16. OOO로부터 이 건 토지 중 7,999.399㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고 같은 사유로 쟁점토지의 OOO에 대하여는 취득세 등을 면제받고, 과세대상에 해당하는 22.49%에 대한 취득세 등 OOO원을 신고납부하였다.
• 나. 청구법인은 쟁점건축물 19,863.38㎡ 중 17,889.3㎡(이하 “연구소인정면적”이라 한다)에 대하여 구 기술개발촉진법 시행령(2008.2.29. 법률 제8852호로 개정된 것, 이하 같다) 제15조 제1항에 따른 기업부설연구소로 2010.6.24. 인정받은 것으로 보아, 연구소인정면적을 제외한 1,904.81㎡에 대하여는 2012.11.16. 취득세 등 OOO원을 신고납부하였다.
• 다. 처분청은 연구소인정면적 중 쟁점연구동에 해당하는 면적(13,327.7㎡, 이하 “연구동인정면적”이라 한다)이 기업부설연구소인정서상의 소재지인 OOO의 건축물대상상 연면적(10,250.88㎡, 이하 “연구동연면적”이라 한다)을 초과하는 사실을 확인하고, 초과면적(3,076.82㎡, 이하 “쟁점면적”이라 한다)은 취득세 면제대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아, 쟁점면적 및 그 부속토지(쟁점토지 중 쟁점면적 비율)에 대하여 OOO원(가산세 포함)을 2013.6.24. 부과고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2013.9.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 적법한 절차에 의하여 OOO(이하 OOO이라 한다)이 연구소인정면적을 기업부설연구소로 인정한 이상, 연구소인정면적은 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산으로서 법률상 유효하다 할 것이고, 따라서 쟁점면적 역시 취득세 등의 면제요건을 갖추었다 할 것인데도, 처분청은 협회장이 기업부설연구소로 인정한 면적을 부인하고 이를 임의적‧자의적으로 축소하여 처분청이 인정한 면적 이외에는 기업부설연구소에 해당하지 아니한다고 일방고지한 후, 쟁점면적에 대하여 취득세 등을 부과고지하였는 바, 이는 명백히 기업부설연구소 인정 권한이 없는 처분청이 인정면적을 축소한 것으로 이 건 취득세 등의 부과처분은 당연무효라 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 협회장이 통보한 문서상 청구인의 연구소 건물형태에 13,327.7㎡라고 기재되어 있으나, 기업부설연구소인정서의 소재지에는 OOO으로 기재되어 있으며 쟁점연구동의 건축물대장상OOO까지의 면적은 총 10,250.88㎡인 점, 협회장에게 기업부설연구소 신고시 인정받고자하는 부분에 대하여는 도면을 제출하여야 함에도 청구법인은 쟁점면적에 대한 도면을 제출하지 않은 점, 쟁점연구동 내 청구인 지분의 공용면적은 총 4,766.46㎡인데 반해 청구인이 인정받았다고 주장하는 쟁점면적은 3,076.82㎡로 차이가 나는 점, 쟁점면적에 대해 쟁점연구동 내 구체적인 위치나 내용에 대한 자세한 설명이 없는 점 등에 비추어, 쟁점면적을 쟁점연구동의 공용면적으로서 기업부설연구소로 인정받은 것으로 보기는 어렵다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 기업부설연구소 인정면적이 기업부설연구소인정서상의 소재지로 기재된 건축물 해당층의 연면적을 초과한 경우 그 초과면적에 대하여 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 확인된다. (가) 협회장은 2010.6.24. 청구법인에게 기업부설연구소 변경신고에 따른 수리결과를 통보하면서 쟁점건축물 중 17,889.3㎡를 연구소 면적으로 명시하였는바, 첨부된 “기업부설연구소인정서”의 주요내용은 아래와 같다. (나) 위 연구소인정면적 중 시험동인정면적이 4,561.6㎡라는 사실에 대해서는 청구법인과 처분청 모두 이견이 없으나, 쟁점연구동에 대하여 기업부설연구소로 인정받은 면적은, 청구법인은 연구소인정면적 중 시험동인정면적을 제외한 13,327.7㎡라고 주장하고, 처분청은 기업부설연구소인정서상의 소재지인 쟁점연구동의 OOO까지의 연면적 10,250.88㎡라고 의견을 제시하고 있다. (다) 일반건축물대장상 쟁점건축물 면적 및 청구법인 지분은 아래 <표1>과 같다. (라) 처분청은 2013.1.31. 협회장에게 쟁점건축물에 대한 기업부설연구소 인정면적 등과 관련한 자료요청을 하였고, 협회장은 2013.2.15. 이에 대하여 회신하였는바, 그 내용은 아래 <표2>와 같다. (마) 청구법인은 OOO와의 기업부설연구소 인정면적 협의과정에서 쟁점연구동의 공용면적 중 일부면적이 인정면적에 포함되었다고 주장하면서 아래 <표3>의 세부내역을 제출하였다. (바) 협회 담당자와의 통화 결과, 쟁점건축물의 기업부설연구소 인정 신청시 쟁점연구동의 OOO까지의 도면만 제출되었고, 쟁점건축물과 관련하여 기업부설연구소로 등록‧인정되어 관리되고 있는 면적은 총 17,889.3㎡이며, 쟁점연구동의 공용면적의 일부가 포함되었는지 여부에 대해서는 관련자료 및 근거가 부족하여 확인이 어려운 것으로 보인다.

(2) 구 지방세법 제282조, 구 지방세법 시행령 제228조, 구 기술개발촉진법 제7조 제2호 및 구 기술개발촉진법 시행령 제15조 제1항에토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에10인 이상의 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서, 구 과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 과학기술부장관의 인정을 받는 기관으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정되어 있고, 구 기술개발촉진법 시행규칙(2006.7.5. 과학기술부령 제88호로 개정된 것) 제7조 제2항, 제3항 및 제4항에 기업부설연구소로 인정을 받으려는 자는 신고서에 연구사업개요서 1부, 연구소의 조직 및 직원 현황 1부, 연구시설명세서 1부, 연구실 안전환경 조성에 관한 법률 제13조 제2항에 따라 작성한 안전 및 유지관리비 내역서, 연구실 안전환경 조성에 관한 법률 제14조 제1항에 따라 가입한 보험의 가입증명서를 첨부하여 제출하여야 하고, 협회장은 신고를 받고 기업부설연구소로 인정하는 때에는 기업부설연구소인정서를 교부하여야 하며, 기업부설연구소의 신고에 관하여그 밖의 필요한 사항은 과학기술부장관이 따로 정하여 고시한다고 규정되어 있으며, 구 기업부설연구소법인의신고요령(2008.8.1. 교육과학기술부고시 제2008-121호로 개정된 것) 제2조 제3항에서 "연구시설"이라 함은 설립신고를 하고자 하는 기업이 배타적으로 사용하는 건물로써 다른 부서 또는 건물과 구별되는 독립된 일정한 연구공간과 연구소·전담부서 및 영리연구법인의 연구개발활동에 직접 사용되는 연구기자재 및 부대시설을 말한다고 규정하면서, 같은 고시 제6조 제1항에서는 "독립된 일정한 연구공간"은 다른 부서와 구분할 수 있도록 벽면전체를 독립된 공간으로 구분하여 별도의 출입문을 갖추고 연구개발 이외의 용도로 활용할 수 없다고 규정하고 있다.

(3) 이 건은 협회장이 청구법인에게 보낸 기업부설연구소 변경신고에 따른 수리결과 공문에 기재된 연구소인정면적(17,889.3㎡)에서 시험동의 인정면적(4,561.6㎡)을 제외한 연구동인정면적(13,327.7㎡)을 취득세 및 등록세 면제대상으로 보아야 할지, 아니면 협회장이 교부한 기업부설연구소인정서상의 소재지인 연구동연면적(10,250.88㎡)만을 면제대상으로 보아야 할지가 쟁점이므로, 이에 대하여 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다 할 것(대법원 1998.3.27. 선고 97누20090 판결, 같은 뜻임)인 바, 청구법인은구 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 제2항에 따라 협회장에게 기업부설연구소 신고서를 제출하면서 쟁점연구동 9층부터 11층까지의 도면만을 제출한 점, 협회장은 같은 규칙 같은 조 제3항에 따라 기업부설연구소인정서를 교부하면서 소재지를 쟁점연구동 9층부터 11층으로만 기재한 점, 쟁점연구동의 공용면적의 일부가 기업부설연구소로 인정받았다는 사실을 입증할 수 있는 객관적인 자료의 제시가 없는 점 등에 비추어 연구동연면적만을 취득세 및 등록세 면제대상으로 보는 것이 타당하다 할 것이다. (나) 따라서, 쟁점면적을 취득세 면제대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 쟁점면적 및 그 부속토지(쟁점토지 중 쟁점면적 비율)에 대하여 이 건 취득세 및 등록세 등을 부과고지한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.