[요지] 청구법인이 구 사업소세의 납세의무자에 해당되는지 여부에 대하여 행정자치부장관에게 질의하자 행정자치부장관은 해당 사업장과 관련된 사업소세는 비과세 또는 면제대상으로 회신하였고, 청구법인은 이러한 질의회신을 신뢰하여 구 사업소세 등을 납부하면서 청구법인이 소유?운영하는 역사시설 등에 대하여만 이를 신고납부하였으며, 장기간 이러한 유권해석이 인정되어 오던 상태에서 처분청이 기존의 해석에 반하여 이 건 부과처분을 하는 것은 신의칙 내지 소급과세금지의 원칙에 위배되는 처분으로 보는 것이 타당함
[참조결정] 조심2008지0303
[주 문] OOO이 2013.7.25. 청구법인에게 한 2008년부터 2012년 귀속 주민세(재산분) OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) (주위적 청구) 청구법인은 구 행정자치부장관에게 질의를 하여 철도시설유지·보수업무를 수행하는 사업장의 경우 이는 OOO의 사업장으로서 비과세 및 면제대상에 해당된다는 회신을 받았고, 이러한 회신에 따라 당해 사업장에 대하여는 주민세(재산분) 등을 신고납부하지 아니하였으며, 처분청도 이에 대하여 과세하지 아니하다가 이 건 주민세 등 부과처분을 한 것은 신의성실의 원칙에 위배되는 처분일 뿐만 아니라, 청구법인과 유기적인 관계에서 철도관련 사업을 수행하는 OOO의 경우에는 국가로 의제하는 규정을 두어 비과세를 하고 있음에도 당해 공단으로부터 업무를 위탁받아 수행하는 청구법인의 경우에는 주민세를 비과세하지 아니하는 것은 과세형평에도 위배되므로 이 건 부과처분은 취소되어야 한다.
(2) (예비적 청구) 처분청은 청구법인의 OOO을 각각 하나의 사업소로 보아 지방소득세(종업원분)를 부과하였고, OOO을 하나의 사업소로 보아 주민세(재산분)를 각각 부과하였으나, 지방세법제82조와 제101조에서 사업소의 면적이 330제곱미터 이하인 경우에는 주민세 재산분을, 종업원이 50명 이하인 경우에는 지방소득세 종업원분을 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 청구법인이 철도시설유지·보수업무를 수행하는 전기사업소와 시설사업소는 역과는 별개의 사업장이고, 당해 전기·시설사업소의 경우에도 하부에 각 지역별로 독립된 전기주재소, 변전주재소, 신호소 등을 두고 있으므로 당해 주재소 등이 독립적으로 각각 별개의 사업장에 해당된다 할 것이고, 이러한 주재소 등의 경우 대부분이 면제점에 해당하는 사업장에 해당됨에도 처분청에서 이러한 주재소 등을 역별로 하나의 사업장으로 묶어서 이 건 주민세 등을 부과한 처분은 잘못이라 하겠다.
3. 심리 및 판단
① 청구법인이 국가로부터 위탁운영하는 철도시설 유지·보수업무의 경우 행정자치부장관으로부터 청구법인의 사업장에 해당되지 아니한다는 답변을 받았음에도 당해 사업장에 대한 사업주를 청구법인으로 보아 주민세 등을 부과한 처분은 신의성실의 원칙에 위배되는 처분에 해당된다는 청구주장의 당부
② 주민세(재산분) 등의 과세대상이 되는 사업소 중 일부는 면세점에 해당되므로 이러한 사업장을 포함하여 주민세 등을 부과한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부
(1) OOO이 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 후 처분청에 통보한 과세자료에 의하면 지방소득세(종업원분)의 경우 OOO을 2개의 사업장으로 보아 지방소득세를 부과하도록 하였고, OOO을 각각 독립된 사업장으로 보아 주민세(재산분)을 부과하도록 한 사실을 알 수 있다.
(2) 청구법인의 OOO은 2010.7.27. 관할의 각 OOO가 소재하는 지방자치단체에 주민세(재산분)를 비과세면적과 과세면적을 구분하고, 과세면적에 대하여 100분의 50을 감면한 세액으로 주민세(재산분)를 납부한 것으로 확인된다.
(3) 청구법인의 OOO의 조직은 아래〈그림〉과 같으며, 시설사업소와 전기사업소의 하부에 별도로 지역별로 주재소 등이 설치되어 있는 것으로 나타난다.
(4) 청구법인은 법인설립 이후 철도시설 유지·보수업무와 관련하여 구 행정자치부장관에게 다음과 같은 내용으로 질의를 하여 회신을 받은 것으로 관련 공문OOO에서 확인된다.
(5) 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구법인은 국가로부터 위탁받은 업무인 OOO 유지·보수업무와 관련된 사업장에 대하여 행정자치부장관이 실질적인 사업주가 청구법인이 아닌 국가이므로 주민세 등 비과세 대상에 해당된다고 회신하였으며, 이에 따라 처분청도 청구법인 설립 이후 이에 대하여 과세 하지 아니하다가 이 건 주민세 등을 부과한 처분은 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하므로 이를 살펴보면, 지방세기본법제18조에서는 “납세자와 세무공무원은 신의에 따라 성실하게 그 의무를 이행하거나 직무를 수행하여야 한다.”고 규정하고 있고, 같은 법 제20조 제3항에서는 “이 법 및 지방세관계법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다.”고 규정하고 있는 바, 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하여 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한할 것이며(대법원 2009.10.29. 선고, 2007두7741 판결 같은 뜻임), 지방세기본법제20조 제3항에서의 비과세관행을 적용하기 위해서는 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 할 것으로서(대법원 2003.9.5. 선고 2001두7855 판결 같은 뜻임), 청구법인의 경우를 보면,철도산업기본법이 2003.10.30. 제정되었고, 청구법인은 2005.1.1.당해 법률 제21조 제3항에 근거하여 기존의 OOO 관련 조직을 전환하여 설립된 법인으로서, 청구법인의 설립으로 인하여 기존에 OOO이 수행하던 국가 소유인 철도시설의 유지·보수업무를 청구법인이 국가로부터 위탁받아 수행하고 있으며, 이러한 국가소유의 철도시설의 유지·보수업무와 관련된 사업장의 경우 청구법인이 구 사업소세의 납세의무자에 해당되는지 여부에 대하여 행정자치부장관에게 질의하자 행정자치부장관은 당해 사업장의 실질적인 사업주는 국가로 보아야 한다는 내용으로 회신하였고, 청구법인은 이러한 질의회신을 신뢰하여 구 사업소세 등을 납부하면서 청구법인이 소유·운영하는 역사시설 등에 대하여만 이를 신고납부하였으며, 처분청도 이에 대하여 청구법인 설립 후 이 건 부과처분이 있기 이전까지 과세를 하지 아니하였던 상태로서, 이와 같이 기존에 국가조직인 OOO이 수행하던 업무를 청구법인이 새로이 설립되면서 위탁형태로 수행하게 됨에 따라 주민세 등(구 사업소세)의 과세문제가 발생되고 이에 대하여 지방세법령을 관장하는 행정자치부장관이 당해 업무와 관련된 사업장에 대하여는 비과세대상이라고 해석하여 이러한 해석이 계속하여 정당한 것으로 인정되어 왔던 것으로 보여지고, 장기간 이러한 유권해석이 인정되어 오던 상태에서 처분청이 이 건 부과처분을 하는 것은 신의칙 내지 소급과세금지의 원칙에 위배되는 처분으로 보는 것이 타당하다고 보아야 할 것이므로 처분청이 철도시설의 유지·보수와 관련된 사업장에 대하여 이 건 주민세 등을 부과한 처분은 잘못이라고 판단된다.
(6) 쟁점①에 대한 청구주장이 이유가 있다고 보아 이를 인용하는 이상, 쟁점②는 심리의 실익이 없으므로 이를 생략한다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세기본법제123조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.