청구법인이 기업부설연구소로 사용할 목적으로 취득한 부동산 중 일부를 기업부설연구소용에 사용하지 아니한 것으로 보아 기 면제한 취득세를 추징한 처분의 당부

[참조결정] 조심2013지0499 / 조심2011지0948

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2011.3.7. OOO를 유상승계 취득한 후 기업부설연구소용 부동산으로 감면신청을 하여 처분청으로부터 취득세 등을 면제받았다.
• 나. 처분청은 2013.6.21. 쟁점연구소에 대한 현지조사 결과 청구법인이 쟁점연구소의 건축물 중 일부(418.84㎡, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 기업부설연구소용이 아닌 사무실 등의 용도로 사용하고 있는 사실을 확인하고 쟁점부동산은 면제한 취득세 등의 추징대상에 해당되는 것으로 보아 쟁점연구소의 취득가액을 쟁점부동산의 면적비율에 따라 안분한 가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산정한 OOO원(가산세 포함)을 2013.9.3. 청구법인에게 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.10.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2002.4.1. 설립된 법인으로 본점과 공장 소재지는 OOO이고, 기업부설연구소용으로 사용하기 위하여 쟁점연구소를 취득하였으며, 현재 쟁점연구소에는 연구원 및 연구지원인력이 상주해 있는 상태로서, 처분청은 이에 대하여 연구소내에 대표이사 집무실이 있고 일부 사무요원이 근무하고 있다는 사유로 주된 연구기기가 설치되어 있는 면적만 면제대상으로 보고 나머지 면적을 면제대상에서 제외한 것인바, 쟁점연구소는 취득 후 감면신청을 할 때 제출한 자료와 현재의 사용 현황이 동일하며, 쟁점연구소의 설계실이나 제품실험실, 연구제품 전시실, 연구원 회의실 등 사무요원과 연구원들이 공동으로 사용하는 시설의 경우 이를 최소한 안분하여 과세여부를 판단하여야 할 것인데도, 처분청에서 연구시설이 설치된 공간만을 기업부설연구소로 인정하여 나머지 면적에 대하여 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 취득세 감면신청 당시와 현재의 연구소 운용상황이 변함이 없으며 기업부설연구소의 설계실이나 제품 실험실, 연구제품 전시실, 연구원 회의실을 연구소와 무관하다고 판단하고 주된 연구시설이 있는 공간만 연구소로 인정하는 것은 부당하므로 연구 업무와 일반 업무에 공동으로 사용된 부분은 안분하여과세해야 한다고주장하고 있으나, 지방세특례제한법에서 감면대상을 규정하며, 교육과학기술부장관으로부터 권한 위탁을 받은 한국산업기술진흥협회장에게 기업부설연구소로 신고하고 인정받은 면적으로 한정하고 있고, 같은 법 시행령 제23조의 규정에 의하면 법 제46조 제1항에서 “대통령령이 정하는 기업부설연구소”라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말하는 것으로 규정하고 있고, 교육과학기술부장관이 고시한 기업부설연구소와 연구개발전담부서 및 과학기술분야의 영리를 목적으로 하는 법인의 신고요령제2조 제3항에서 연구소 인정면적은 다른 부서 또는 건물과 구별되는 독립된 연구공간과 연구소의 연구개발활동에 직접 사용되는 연구기자재 및 부대시설을 말한다고 하고, 다른 부서와 구분할 수 있도록 벽면전체를 독립된 공간으로 구분하여 별도의 출입문을 갖추고 연구개발 이외의 용도로 활용할 수 없다고 규정하고 있는 점을 고려하면, 취득세 등의 감면대상이 되는 기업부설연구소용 부동산은 부동산을 취득한 후 4년 이내에 기업부설연구소용 부동산으로 교육과학기술부장관으로부터 인정받은 면적에 한한다고 해석되어지므로 감면대상 기업부설연구소 면적은 교육과학기술부장관에게 인정을 받은 것을 한도로 봄이 타당하다고 할 것인 바, 인정받은 범위를 초과하는 공용면적은 실제로 기업부설연구소의 공용면적으로 사용된다 하더라도 취득세 등의 면제대상에 해당된다고 보기는 어렵다 할 것이므로, 청구법인의 경우와 같이 회의공간, 토론공간, 휴식공간, 대표이사 업무공간 등 연구개발활동과 직접 연관이 없는 사무실 용도로 사용되고 있는 쟁점부동산은 감면대상으로 볼 수는 없다 할 것이므로(조심 2013지499, 2013.10.17. 및 조심 2011지948, 2012.6.15., 같은 뜻임), 처분청이 연구소용 부동산에 대하여 기업부설연구소로 인정받은 면적을 초과하는 쟁점부동산과 그 부속토지에 대하여 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 기업부설연구소로 사용할 목적으로 취득한 부동산 중 일부를 4년이 경과하기 이전에 기업부설연구소용으로 사용하지 아니함에 따라 기업부설연구소로 인정받은 면적을 초과하는 부분에 대하여 면제한 취득세를 추징한 처분이 적법한지 여부
• 나. 관련 법령 등: 〈별지〉기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 증빙자료에서 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 청구법인은 2002.3.25. 설립되었으며, 본점소재지는 OOO이고, 2011.5.18. OOO에 지점을 두고 있는 사실이 법인등기부 등본에서 확인된다. (나) 청구법인은 2010.10.11. 쟁점연구소에 대하여 (재)OOO와 분양대금을 OOO원으로 하여 분양계약을 체결하여 2011.3.7. 분양대금을 지급하고 이를 취득한 후 처분청에 기업부설연구소용으로 감면신청을 하여 감면을 받은 사실이 분양계약서 등에서 확인된다. (다) 청구법인은 당초 2010.3.18. 한국산업기술진흥협회로부터 OOO를 기업부설연구소로 인정받은 사실이 기업부설연구소인정서OOO에서 확인되며, 2011.4.12. 쟁점연구소에 대하여 기업부설연구소 인정서OOO를 재교부 받은 사실이 확인된다. (라) 청구법인이 제시한 쟁점연구소의 내부현황을 보면, 대표이사실, 회의실, 연구원사무실, 기획팀장 외 2인의 사무인력이 근무하는 공간, 실험테스트실, 대회의실, 휴게실, 탕비실 등이 설치되어 있는 것으로 나타난다. (마) 청구법인이 2013.6.18. 한국산업기술진흥협회에 제출한 변경신고서에서 기업부설연구소 연구공간으로 기재한 면적이 51.67㎡인 것으로 기재되어 있다. (바) 처분청이 2013.6.21. 쟁점연구소에 대하여 현지조사를 하고 작성한 출장복명서에는 기업부설연구소로 인정받은 면적 51.67㎡을 제외한 면적이 추징대상이라고 기재되어 있고, 그 조사결과에 따라 기업부설연구소 면적과 그 공유면적 42.74㎡를 합산한 94.41㎡를 제외한 쟁점부동산 418.84㎡에 대하여 취득세 등을 추징한 것으로 나타난다.

(2) 이에 대하여 청구법인은 쟁점연구소 중 연구기기가 설치된 면적에 대하여만 이를 기업부설연구소로 인정하고 나머지 연구소 직원과 사무직원이 공동으로 사용하는 부분에 대하여는 이를 안분하지 아니하는 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 지방세특례제한법제46조 제1항과 같은 법 시행령 제23조 제1항의 규정을 종합하면, 토지 및 건축물 등을 취득하여 4년 이내에기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고하여 인정을 받은 경우에는 취득세를 면제하되, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. (나) 청구법인의 경우 쟁점연구소를 취득한 후 처분청으로부터 취득세 등을 면제받았고, 취득일로부터 2년이 경과한 시점에서 처분청이 현지조사를 한 결과 쟁점연구소의 일부를 대표이사실, 사무실 등 연구소용이 아닌 용도로 사용하고 있는 사실이 확인되고 있고, 기업부설연구소로 인정받은 면적도 51.67㎡에 불과하므로 인정받은 면적을 초과하는 부분은 기업부설연구소용 부동산으로서 취득세 감면대상에 해당되지 아니한다고 보아야 하므로 공통으로 사용하는 건축물 부분을 안분하여야 한다는 청구주장은 인정하기 어렵다 하겠다. (다) 따라서, 처분청이 쟁점부동산 중 기업부설연구소로 사용하지 아니하는 부분에 대하여 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.