영유아보육시설 용도로 공동주택을 취득하여 취득세를 면제 받았으나 유예기간 내에 매각하여 취득세 추징사유가 발생한 경우 주택거래에 대한 취득세 감면규정을 적용할 수 있는지 여부

[주 문] OOO이 2013.10.14. 청구인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 합계 OOO 공동주택(건물 84.92㎡, 토지 54.4㎡, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 취득한데 대하여, 지방세특례제한법(2011.5.19. 법률 제10654호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제40조의2에서 취득세 등의 감면대상으로 규정하고 있는 주택의 취득으로 하여 100분의 50을 경감한 취득세 등을 처분청에 신고납부한 후, 이 건 부동산 취득일부터 1년 이내에 영유아보육시설로 직접 사용함을 이유로 2011.12.20. 처분청으로부터 취득세 등을 면제받고, 기 신고납부한 취득세 등은 환급받았다.

• 나. 처분청은 청구인이 이 건 부동산을 2년 이상 해당 용도에 직접 사용하지 아니하고 2013.4.8. 매각한 사실을 확인하고 면제하였던 이 건 부동산의 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 합계 OOO원(가산세 포함)을 2013.10.14. 청구인에게 부과고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.10.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 당초 이 건 부동산을 취득하면서 주택에 대한 감면을 적용받아 취득세를 납부한 후, 영유아보육시설에 대한 감면을 신청하여 납부세액을 환급 받았으나, 유예기간(2년) 내에 이 건 부동산을 매각함에 따라 영유아보육시설에 대한 감면에서 배제하여 환급한 세액을 추징한 것은 수긍할 수 있으나, 당초 이 건 주택 취득시 적용받은 주택거래에 대한 감면까지도 적용하지 아니하고 이 건 취득세 등을 과세한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 이 건 부동산은 청구인이 취득 할 당시 사실상 현황이 OOO에 의해 운영되는 영유아보육시설이었고, 청구인 또한 이 건 부동산을 취득하여 주거의 용도로 사용하지 아니하였는 바, 지방세법 시행령 제13조에 의거 이 건 부동산은 취득당시의 현황이 주택이 아님이 분명함에도 불구하고 공부상 등재현황이 주택이라는 이유만으로 주택거래에 대한 취득세 감면을 적용해 달라는 청구인의 주장은 받아들일 수 없고, 지방세특례제한법 제96조에서 동일한 과세대상에 대하여 둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우에도 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용하여 중복감면을 배제하도록 하면서 예외적으로 중복감면이 되는 규정을 열거하여 극히 제한적으로 적용 하고 있고, 이미 감면요건을 충족하여 처분청에서 적법한 감면처분을 한 이상 감면처분을 해제 할 수 있는 해제조건으로서의 추징요건이 발생하였다 하더라도 기존의 감면처분이 무효가 아니므로 다시 취득시점으로 소급하여 새로운 감면규정을 적용할 수는 없는 것이므로 이 건 취득세 등의 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 영유아보육시설 용도로 공동주택을 취득하여 취득세를 면제 받았으나 유예기간 내에 매각하여 취득세 추징사유가 발생한 경우 주택거래에 대한 취득세 감면을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구인이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 처분청은 2005.12.5. 이 건 부동산에 가정보육시설 인가증을 교부하였고, 청구인은 2011.2.25. 어린이집(명칭: OOO 어린이집, 이하 “이 건 어린이집”이라 한다)으로 사용하던 이 건 부동산을 취득한 후, 처분청에 주택거래에 대한 감면(100분의 50)을 신청하여 취득세 등의 100분의 50을 처분청에 신고납부하였다. (나) 청구인은 2011.12.14. 이 건 부동산의 취득일부터 1년 이내에 이 건 부동산에 설치된 이 건 어린이집의 대표자를 청구인으로 변경하여 운영함에 따라 처분청에 이 건 부동산에 대하여 영유아보육시설에 대한 취득세 등의 면제신청을 하여 기 신고납부한 취득세 등을 환급받았다. (다) 청구인은 2013.4.8. 이 건 부동산을 청구인이 2년 이상 어린이집 용도에 직접 사용하지 않고 OOO에게 매각하였고, 이 건 부동산의 등기부등본 등에는 건물내역이 공동주택(아파트)로 기재되어 있다.

(2) 조세의 감면은 당해 과세대상의 납세의무 성립시에 소정의 감면요건을 충족하였는지에 따라 그 적용여부가 결정되는 것이고, 동일한 과세대상에 대하여 조세를 감면할 근거규정이 둘 이상 존재하는 경우에 어느 하나의 감면규정에 정한 감면요건이 충족되고 그 규정에 따른 감면에 대해서는 추징규정이 없거나 추징사유가 발생하지 아니하였다면 나머지 다른 감면규정에 부속된 추징사유가 발생하여 그 규정에 따른 추징처분은 가능하게 되었다고 하더라도 원래의 감면사유가 여전히 존재하는 이상 추징처분을 하는 것은 허용되지 않는다고 할 것(대법원 2012.1.27. 선고 2010두26414 판결)이다.

(3) 살피건대, 청구인이 이 건 부동산을 취득할 당시에 이 건 부동산은 공부상 주택으로 등재되어 있었고, 이 건 어린이집은 주택에 설치된 가정보육시설로서 이 건 부동산을 어린이집으로 사용하고 있었다 하여 지방세특례제한법 제40조의2에서 규정하고 있는 주택에 해당되지 아니한다고 보기는 어려운 바, 청구인이 이 건 부동산을 취득한 후, 2년 이상 영유아보육시설로 직접 사용하지 아니하고 매각하여 같은 법 제94조에서 규정하고 있는 추징사유가 발생하였다 하더라도 같은 법 제40조의2에서 규정하고 있는 주택거래에 대한 감면이 유지되는 이상, 주택거래에 대한 취득세 감면까지 배제 되는 것은 아님에도 처분청이 이 건 부동산에 대하여 취득세 등을 추징하면서 동 조항을 적용하지 아니한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.