기존병원에 연접하여 신축된 건물이 기존 병원의 내부통로로 연결되어 있는 경우, 사실상 하나의 건물로 보아 기존병원 건물 중 수익사업에 사용되는 면적비율을 신축건물 및 그 부속토지의 취득가액에 적용하여 취득세를 추징한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 OOO에서 의료업을 영위하던 중 2010.2.2. OOO 본관과 연접한 OOO(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득한 후, 2012.1.28. 및 2012.4.8. 이 사건 토지상에 응급지원센터 건물을 신축(지하 2층, 지상 10층, 연면적 4,247.3㎡) 및 증축(연면적 27.48㎡, 이하 “이 사건 신축건물”이라 한다)하고, 지방세특례제한법제38조의 규정에 따라 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라 하여 취득세 세율에서 1천분의 20을 경감 받아 2012.2.22. 및 2012.6.22. 처분청에 OOO원을 각 신고납부하였다.
• 나. 처분청은 2013.4.16. OOO의 세무조사 결과, 이 사건 신축건물이 청구법인의 기존 병원건물인 OOO상에 소재한 본관, 신관 및 구관 3개동(이하 “이 사건 기존건물”이라 한다)과 내부통로로 상호 연결되어 사실상 1개의 건물과 같이 사용하고 있는 사실을 확인하고, 이 사건 기존건물 중 본관과 신관 내에 임대한 장례식장 및 편의점(이하 “수익사업”이라 한다) 면적비율을 이 사건 신축건물과 이 사건 토지의 취득가액에 안분하여 산정한 과세표준에 따라 산출된 OOO원(가산세 포함)을 2013.7.17. 청구법인에게 부과고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.9.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 이 사건 신축건물과 이 사건 토지는 전체가 의료업에만 사용하는 부동산이며, 이 사건 신축건물은 별도의 건축물관리대장으로 관리되어 이 사건 기존건물과는 별개의 독립된 건물임에도 불구하고, 처분청이 이 사건 기존건물 중 수익사업 면적비율을 이 사건 신축건물과 토지의 취득가액에 적용하여 취득세 등을 추징한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 이 사건 부속토지는 그 취득 시점의 현황이 이 사건 기존건물에 연접한 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득한 것으로서, 지방세법상 주택의 부속토지 등도 건물면적 비율로 산정되도록 규정하고 있고, 건물의 부속토지 면적은 건물의 면적비율로 산정하는 것이 일반원칙상 합리적이므로 이 사건 토지 중 수익사업 면적은 전체 토지면적에서 전체 건물면적 중 수익사업에 사용하는 건물면적 비율을 곱하여 산정하는 것이 타당하다고 하겠으며, 이 사건 신축건물은 처분청의 현장 조사에서 확인된 바와 같이 이 사건 기존건물과 사실상 1동의 건물로서 이 사건 신축 건물의 내원객이 이 사건 기존 건물의 각종 시설을 이용하고 있는 등 이 사건 기존 건물을 확장하여 병원전체 중 일부로서 운영되고 있는 것이므로, 이 사건 기존건물과 별개의 건물로 볼 수 없다 하겠는바, 이 사건 신축건물과 그 부속토지의 취득가액에 이 사건 기존건물 중 수익사업 면적비율을 적용하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 기존병원에 연접하여 신축된 건물이 기존 병원과 내부통로로 연결되어 있는 경우, 사실상 하나의 건물로 보아 기존병원 건물중 수익사업에 사용되는 면적비율을 신축건물 및 그 부속토지의 취득가액에 적용하여 취득세를 추징한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 구 지방세법(2009.10.9. 법률 제9791호로 개정된 것) 제287조 (국민건강증진사업자 등에 대한 감면)②의료법 제48조의 규정에 의하여 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제(특별시·광역시 및 도청소재지인 시지역에서 취득하는 부동산에 대하여는 등록세를 과세한다)하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 의료업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 의료업에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

(2) 지방세특례제한법(2010.10.27. 법률 제10417호로 개정된 것) 제38조(의료법인 등에 대한 과세특례)① 의료법 제48조의 규정에 의하여 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2012년 12월 31일까지 면제(특별시·광역시 및 도청소재지인 시지역에서 취득하는 부동산에 대하여는지방세법제11조 제1항의 세율에서 1천분의 20을 경감하는 것을 말한다)하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 2013년 1월 1일까지 면제한다. 제94조(감면된 세액의 추징)부동산에 대한 감면을 적용할 떄 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 해당용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 해당용도로 직접 사용하지 아니하고 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

(3) 지방세법 시행령(2012.1.26. 대통령령 제23535호로 개정된 것) 제13조(취득 당시의 현황에 따른 부과)부동산, 차량, 기계장비 또는 항공기는 이 영에서 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 해당 물건을 취득하였을 때의 사실상의 현황에 따라 부과한다. 다만, 취득하였을 때의 사실상 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재 현황에 따라 부과한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2010.2.2. 이 사건 토지를 취득하고, 2010.2.5. 구지방세법 제287조 제2항의 규정에 따라 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라 하여 OOO원을 처분청으로부터 감면받았다.

(2) 청구법인은 이 사건 토지상에 2012.1.28. 과 2012.4.8. 이 사건 신축건물을 신·증축하고, 지방세특례제한법제38조의 규정에 따라 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세 율에서 1천분의 20을 경감 받고, 2012.2.22. OOO원을 신고납부하였다.

(3) 처분청이 산정한 이 사건 기존건물의 용도별 사용면적과 이 건 취득세 등 추징에 따른 과세표준 산정내역은 다음과 같다. (가) 본관, 구관 및 신관의 전체 연면적 합계는 20,038.15㎡, 병원 의료시설용에 직접 사용하는 면적은 19,392.11㎡, 수익사업 면적은 946.04㎡(신관 지하 1～2층 내 장례식장 및 본관 1층 내 편의점)로 산출하였다. (나) 이 사건 기존건물의 수익사업 면적비율을4.7212%(수익사업 면적 946.04㎡ / 이 사건 기존건물의 연면적 합계 20,038.15㎡ × 100)로 산정한 후 이 사건 토지 및 신축건물의 각 취득가액OOO에 위 수익사업 면적비율을 각각 적용하여 과세표준을 산정하였다.

(4) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료를 보면, 다음과 같이 나타난다. (가) 청구법인의 이 사건 토지 취득 관련 이사회 회의록(2009.12.5.)을 보면, 향후 부족한 병실증축, 주차난 해소를 위한 주차타워 증설 등과 그에 따른 환자 편의제공을 위한 공간 확보 등을 위하여 증축할 계획으로 연접대지인 이 사건 토지를 취득한 것으로 나타난다. (나) 병원건물별 배치도와 내·외부 촬영사진 등에서 나타난 이 사건 기존건물 및 신축건물의 내부 간 연결상태와 이용현황을 보면, 아래와 같이 3개동(구관, 신관, 본관) 간 통행이 가능한 상태에서 이 사건 신축건물을 신축하면서 본관과 연결(1층～6층)시켜 총 4개동 상호 간에 통행이 가능하도록 되어 있다. (다) 이 사건 신축건물은 위와 같이 이 사건 기존건물과 유기적으로 연결되어 있으면서, 청구법인 OOO 내 진료지원센터(응급실, 신장내과, 중환자실, 혈액투석실, 중앙검사실, 병리과) 및 경리과, 전산실 등의 사무실로 사용되고 있으며, 건축물관리대장상 별개의 건물로 등재되어 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 이 사건 신축건물이 이 사건 기존건물과는 별개의 독립된 건물이므로 이 사건 기존건물 중 수익사업 면적비율을 안분하여 취득세 등을 부과한 것이 부당하다고 주장하나, 청구법인의 이 사건 토지 취득 관련 이사회 회의록, OOO 전체 건물 배치도, 병원 내·외부 촬영사진 등에 나타난 건물 상호간 연결상태 및 그 이용현황을 종합해 보면, 청구법인은 이 사건 기존건물 3개동(구관, 신관, 본관) 내부에 각 연결통로를 설치하여 병원을 운영하던 중 병원의 규모를 확대하고자 이 사건 토지상에 이 사건 신축건물을 건축하면서 본관(1층～6층)과 연결되도록 시공하여 이 사건 기존건물 및 신축건물 내 병실 등의 의료시설과 사무시설, 편의시설, 장례식장 등을 사실상 하나의 건물과 같이 사용하고 있는 점에서 이 사건 신축건물은 기존 건물 3개동을 증축·확장하여 병원전체 중 일부로서 운영되는 것으로 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 이 사건 신축건물이 이 사건 기존건물과는 별개의 독립된 건물이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠다. 따라서, 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.