00000진흥협회장으로부터 기업부설연구소로 인정 받지 못한 면적에 대하여 재산세 면제를 배제한 처분의 당부

[참조결정] 조심2012지0751

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 1988년부터OOO 토지상의OOO을OOO주식회사 및 OOO주식회사와 공동으로 소유하고 있으면서 이를 기업부설연구소 사용중에 있고, 이와 별도로OOO 지상 OOO을 단독으로 소유하고 있다.
• 나. 처분청은 기업부설연구소 면제와 관련하여 본관연구소의 청구법인 소유면적OOO및 OOO 중 구OOO으로부터기업부설연구소로 인정받은 면적OOO을 제외한 면적은 재산세 면제대상에 해당되지 아니하는 것으로 보아 쟁점부동산과 OOO 및 그 부속토지에 대하여2008년부터 2011년까지 재산세 등 OOO원을 2013.1.9. 청구법인에게 결정·고지하였다(아래〈표1〉부과내역 참조).
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.3.5. 이의신청을 거쳐 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인을 포함한 OOO은 본관연구소를 기업부설연구소로 사용하고 있으며,OOO의 권한을 위임받아 기업부설연구소 인정행위를 수행하고 있는 OOO가 기술개발촉진법 및 교육과학기술부 고시 제2008-121호에 따라 기업부설연구소 인정시 부대시설 등이 포함되어 있음에도 기업부설연구소의 부대시설 등을 인정하지 않고 전용면적만을 기업부설연구소로 인정하고 있으며, 본관연구소 건물은 독립된 연구시설 및 연구를 수행하기 위해 필요한 부수시설(회의실, 주차장 등)로 구성되어 있기 때문에 청구법인은 OOO에 기업부설연구소 변경 신고시 공용면적을 포함하여 기업부설연구소로 인정받고자 하였으나 OOO의 거부로 전체면적이 아닌 독립된 연구 공간만을 기업부설연구소로 인정받았으며 이는 독립된 건물 전체를 사용하는 경우와 전체를 사용하지 않는 경우를 다르게 판단한 평등의 원칙에 어긋난 처분으로 OOO의 기업부설연구소 인정행위는 법률에서 위임하고 있는 재량권의 범위를 벗어난 처분으로서, 두 개의 행정처분이 연속적으로 행하여지는 경우 선행처분과 후행처분이 서로 결합하여 1개의 법률효과를 완성하는 때에는 선행처분에 하자가 있으면 그 하자는 후행처분에 승계되는 것으로(대법원 1994.1.25. 선고 93누8542 판결 참조), 구기술개발촉진법제7조 및 같은 법 시행령 제15조와 구 지방세법제282조, 같은 법 시행령 제288조는 지방세 면제라는 하나의 법률적인 효과를 구현한다 할 것이므로 이 건 재산세 부과처분은 선행처분인 OOO의 기업부설연구소 인정행위 중 면적산정에 대한 위법성을 승계한 이 건 재산세의 부과처분 역시 부당한 처분에 해당된다 할 것이므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 본관연구소 공용부분을 회의실, 주차장 등으로 연구를 수행하기 위한 부수시설로 사용하고 있음에도 OOO에서 기업부설연구소 인정면적을 연구시설면적만을 인정하는 것은 법률에서 위임한 기업부설연구소의 물적시설 기준을 축소해석한 것으로 재량권의 범위를 벗어난 위법한 것이고 이러한 위법한 처분에 근거한 지방세 부과처분도 부당하다고 주장하므로 이를 살펴보면, 지방세법제282조에서 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세와 등록세를 면제하도록 규정하고 있고,“대통령령이 정하는 기업부설연구소용”이란 구지방세법 시행령제228조에서 기술개발촉진법제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것으로 규정하고 있고,같은 법 시행령 제228조에 서는 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것 의 의미는 기술개발촉진법상 기업부설연구소의 인적·물적 시설의 기준을 의미한다고 할 것이므로, 면제대상이 되는 기업부설연구소의 범위는 OOO의 인정을 받은 것을 한도로 봄이 타당하다고 할 것으로서(대법원 2008.11.27. 선고 2006두19570 판결, 행정안전부 지방세운영과-5828, 2011.12.27. 조심 2012지751, 2012.12.18. 사례 참조), 기업부설연구소로인정받지 못한 공용면적에 대하여 재산세를 감면할 수 없다 할 것이며, 또한 선행처분인OOO의 기업부설연구소 인정행위 중 면적산정에 대한 위법이 있으므로 처분청의 재산세 부과처분도 부당하다고 주장하지만, 선행처분에 위법성이 있다고 단정할 수 없기 때문에 이에 대한청구주장도 인정할 수 없다 할 것이므로, 이 건 재산세 등 부과처분은 적법하다

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 기업부설연구소로 사용할 목적으로 취득한 부동산 중 일부를 기업부설연구소용으로 사용하지 아니함에 따라 기업부설연구소로 인정받은 면적을 초과하는 부분에 대하여 면제한 취득세를 추징한 처분이 적법한지 여부
• 나. 관련법령 등: 〈별지〉에 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 증빙자료에서 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 청구법인은 1988년부터 본관연구소를 다른 2개법인과 공유지분으로 소유하면서 당해 부동산 전체를 3개 법인이 기업부설연구소 용도로 사용하고 있으며, 청구법인은 연도별로 아래 〈표2〉와 같이 OOO로부터 기업부설연구소로 인정받은 것으로 건축물대장, OOO의 관련 공문 등에서 확인된다. (나)처분청은 기업부설연구소 재산세 면제와 관련하여, 아래 〈표3〉 및 〈표4〉와 같이 기업부설연구소 인정면적을 초과하는 부분에 대하여 재산세 등을 추징한 것으로 나타난다.

(2) 이에 대하여 청구법인은 기업부설연구소 인정업무를 위탁받아 수행하는 OOO에서 기업부설연구소로 인정할 때에 기업부설연구소로 사용하는 전용면적만을 인정면적으로 하는 것은 잘못이고 이를 근거로 한 재산세 부과처분이 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴보면, (가) 구지방세특례제한법제46조 제1항과 같은 법 시행령 제23조 제1항의 규정을 종합하면, 토지 및 건축물 등을 취득하여 4년 이내에기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고하여 인정을 받은 경우에는 취득세를 면제하되, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있는 바, (나) 위 규정에서의 재산세 면제대상이 되는 기업부설연구소라 함은 OOO으로부터 기업부설연구소로 인정받을 당시 인증받은 면적에 한정된다고 보아야 할 것으로서(조심 2012지751, 2012.12.18. 같은 뜻), 청구법인의 경우 2008년부터 2011년 재산세 과세기준일 현재 본관연구소와 OOO물 중 일부는 기업부설연구소로 인정받지 못한 사실이 관련 증빙자료에서 입증되고 있고, 이러한 인정받지 못한 면적의 경우에는 재산세 감면대상에 해당되지 아니한다고 보아야 할 것이며, (다) 청구법인은 선행처분이기업부설연구소 인정에 하자가 있으므로 후행처분인 이 건 재산세 등 부과처분이 부당하다고 주장하지만, 기술개발촉진법 시행규칙제7조 제4항과 이를 근거로 한 기업부설연구소와 연구개발전담부서 및 과학기술분야의 영리를 목적으로 하는 법인의 신고요령(교육과학기술부 고시 제2010-40호, 2010.10.1.) 제2조 및 제3조에서 “연구시설”이라 함은 설립신고를 하고자 하는 기업이 배타적으로 사용하는 건물로서 다른 부서 또는 건물과 구별되는 독립된 일정한 연구공간과 연구소·전담부서 및 영리연구법인의 연구개발활동에 직접 사용되는 연구기자재 및 부대시설을 말한다고 규정하고 있는 점에 비추어 보면,OOO가 OOO으로부터 기업부설연구소의 인정업무를 위임받아 기업부설연구소 인정서를 발급하면서 기업부설연구소의 범위를 독립된 연구시설공간만에 한정하여 인정한 것은 적법하다고 보여지므로, 기업부설연구소의 인정범위를 판단하는데 하자가 있기 때문에 이 건 부과처분이 부당하다는 청구주장은 인정할 수 없다고 하겠다. (라) 따라서, 처분청이 본관연구소와 OOO 중 기업부설연구소로 인정받지 아니한 면적에 대하여 재산세 감면대상에 해당되지 아니하는 것으로 보아 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.