[요지] 청구법인은 2012.6.8. 쟁점①부동산을 취득하고 직접 사용하지 아니하고, 법인격이 다른 00대학교 산학협력단이 쟁점①부동산을 사용하고 있는 것으로 나타나고, 청구법인이 2009년～2012년 재산세 과세기준일 현재 쟁점②부동산을 직접 사용하지 아니하고, 법인격이 다른 00대학교 산학협력단이 쟁점②부동산을 창업보육센터로 사용하고 있는 사실이 나타나므로 이는 청구법인이 쟁점부동산을 학교용으로 직접 사용한 것으로 보기 어려움
[요지] 청구법인은 2012.6.8. 쟁점①부동산을 취득하고 직접 사용하지 아니하고, 법인격이 다른 00대학교 산학협력단이 쟁점①부동산을 사용하고 있는 것으로 나타나고, 청구법인이 2009년～2012년 재산세 과세기준일 현재 쟁점②부동산을 직접 사용하지 아니하고, 법인격이 다른 00대학교 산학협력단이 쟁점②부동산을 창업보육센터로 사용하고 있는 사실이 나타나므로 이는 청구법인이 쟁점부동산을 학교용으로 직접 사용한 것으로 보기 어려움
[참조결정] 조심2012지0122
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 학교법인 산하의 산학협력단이 형식상 청구법인과는 별도의 법인으로 설립되었다 하더라도 산학협력단은 OOO 학교규칙에 의하여 산학연협력에 관한 업무를 관장하는 학교의 부속기관으로서 OOO의 설립목적을 분명히 수행하고 있고, 산학협력단은 OOO의 부속기관이고 창업보육센터는 산학협력단의 소속임에 비추어 OOO와 산학협력단은 모두 동일한 조직에 해당한다 할 것이므로, 쟁점1부동산은 청구법인이 교육 사업을 위해 사용하는 교사에 해당한다 할 것임에도 청구법인이 쟁점1부동산을 학교 사업에 직접 사용하지 아니하고 산학협력단에 임대한 것으로 보아 기 감면한 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다.
(2) 설사, 청구법인이 쟁점1부동산을 산학협력단에 임대한 것으로 본다 하더라도 지방세특례제한법제60조 제3항 제1호에 따라 창업보육센터사업자의 지정을 받은 자가 창업보육센터용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 재산세의 100분의 50을 경감하는 것이므로 쟁점1부동산에 대한 취득세 등을 면제하여야 하고, 쟁점2부동산에 대한 재산세 등을 경감하여야 한다.
(2) 청구법인의 경우는 중소기업청장으로부터 1998.6.22. OOO 창업보육센터 명칭으로 창업보육센터 사업자 지정을 받았으나, 창업보육센터의 운영을 청구법인과는 그 법인격이 다른 학교법인 산하의 산학협력단으로 하여금 위탁하여 운영하게 하거나 임대한 사실이 확인되므로 쟁점1·2부동산에 대하여 취득세 면제 대상 및 재산세 경감(100분의 50) 대상으로 보기는 어렵다.
3. 심리 및 판단
(1) 학교법인이 취득한 부동산을 학교법인 산하의 산학협력단이 사용하는 경우 학교용도에 직접 사용하는 부동산으로 보아 취득세 등을 감면할 수 있는지 여부 (2)쟁점1·2부동산을 창업보육센터사업자의 지정을 받은 자가창업보육센터용으로 직접 사용하는 부동산으로 볼 수 있는지 여부
(1) 처분청과 청구법인이 제출한 증빙자료에 의하면 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 청구법인은 대한민국의 교육이념에 입각하여 교육을 목적으로 OOO를 설치·경영하고자 OOO을 주사무소 소재지로 하여 1964.2.10. 설립되었다. (나) OOO 산학협력단은 산학교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률에 의하여 설립하며 OOO 건학이념과 대학이념에 입각하여 산업교육을 진흥하고 산학협력을 촉진함으로써 산업사회의 요구에 부응하는 창의력 있는 산업인력을 양성하고 산업발전에 필요한 지식·기술을 개발·보급·확산하여 국가와 지역사회 발전에 이바지함을 목적으로 OOO을 주사무소 소재지로 하여 2004.3.16. 설립되었으며, 산학협력계약의 체결 및 이행, 산학협력사업과 관련한 회계의 관리, 지적재산권의 취득 및 관리에 관한 업무 등을 수행하고 있다. (다) 청구법인의 OOO는 1998.6.22. 중소기업창업 지원법제6조 제1항의 규정에 따라 중소기업청장으로부터 아래 <표2>와 같이 창업보육센터사업자로 지정된 사실이 확인되고 있지만, OOO 산학협력단은 창업보육센터사업자로 지정된 사실은 확인되지 아니한다. (라) OOO 산학협력단OOO은 창업보육센터의 관리·운영자의 지위에서 입주기업과 “창업보육센터 입주협약”을 체결하였으며, 2013년말 현재 주식회사 OOO 업체가 쟁점 1·2부동산의 창업보육센터에 입주하여 이를 보육실 등의 용도로 사용하고 있는 사실이 확인된다. (마) 청구법인은 2012.6.8. 쟁점1부동산을 아래 <표3>과 같이 신축하여 취득한 후, 2012.7.24. 처분청으로부터 취득세 등을 면제 받았으며, 청구법인은 지방세 감면신청서에 쟁점1부동산의 취득 목적을 “지방세특례제한법 제41조 (학교법인 취득 부동산)”로 기재하여 감면을 신청한 사실이 나타난다. (바)2013.2.26. OOO의 쟁점1·2부동산에 대한 조사 결과서에 의하면, “쟁점1·2부동산(창업보육센터)을 관리(임대)하고 있는 OOO 산학협력단은 법인등기부등본 상 학교법인 OOO과법인등록번호 및 명칭을 달리하고 있는 등 동일한 법인체로 인정하기 어려우므로 비록 산학협력단이 창업보육센터용으로 건축물을 관리(임대)하고 있다고 하더라도 감면대상으로 보기는 어렵다 할 것임”이라고 기재되어 있는 사실이 확인된다.
(2) 청구법인은 청구법인과 학교법인 산하의 산학협력단은 모두 대학의 장의 지도·감독을 받는 동일한 조직이므로 산학협력단이 창업보육센터로 사용하고 있는 부동산은 학교법인이 학교경영에 직접 사용한 것이고, 스스로에게 위탁하거나 임대한 것으로 볼 수 있으므로 지방세기본법제17조 실질과세원칙에 따라 취득세 등을 면제하여야 한다고 주장하는 반면, 처분청은학교법인이 취득한 부동산을 별도의 법인인 산학협력단이 사용하는 것은 학교용도에 직접 사용하는 것으로 보기 어렵고, 산학협력단이 창업보육센터업자로 지정 받지 아니한 이상 취득세 면제 및 재산세 등의 경감(100분의 50) 대상으로 보기 어렵다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 먼저, 학교법인이 취득한 쟁점1·2부동산을 학교법인 산하의 산학협력단이 사용하는 경우 이를 학교용도에 직접 사용하는 부동산으로 볼 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다.
1. 지방세특례제한법제41조 제1항에서 고등교육법에 의한 학교가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하되, 다른 용도로 사용하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고, 그 제2항에서는 학교 등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제하되, 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 면제하지 아니하는 것으로 규정하고 있다.
2. 위의 규정에서 학교를 운영하는 자가 해당 사업에 사용한다 함은 당해 부동산을 취득한 자가 이를 교육사업 자체에 직접 사용하는 것을 의미하는 것이고, 학교법인이 설치·경영하는 학교의 교지, 체육관 등과 같이 당해 부동산의 사용용도가 학교법인의 교육사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다 할 것이며(감사원 심사결정 제2010-107호, 2010.11.4., 같은 뜻임), 강의실, 교수연구실, 대학본부, 학생기숙사, 강당 등과 같이 해당 건축물의 사용용도가 대학의 구성원으로서 필요불가결한 존재인 학생 및 교직원의 교육 및 연구활동에 직접 사용되는 것에 한하는 것으로 보아야 할 것이다(대법원 1992.9.22. 선고, 92누7315 판결, 같은 뜻임).
3. 살피건대, 청구법인과 청구법인 산하의 산학협력단은 법률의 규정에 따라 정관으로 정한 목적의 범위 내에서 각각 권리와 의무의 주체가 되는 것으로서 법인등기부등본상에 각각 법인등록번호, 명칭 및 목적사업을 달리 하고 있고, 임원, 예산, 결산 등에 있어 정관에 따라 독립적으로 운영되고 있어 청구법인과 산학협력단을 동일한 법인체로 인정하기 어렵다 할 것(조심 2012지122, 2012.12.13., 같은 뜻임)인바, 청구법인과는 그 설립취지나 목적 등이 다른 별도의 법인에 해당하는 산학협력단이 청구법인이 취득한 쟁점1·2부동산을 창업보육센터용으로 직접 사용한다 하더라도 학교법인이 학교 용도에 직접 사용하는 부동산으로 인정하기는 어렵다 할 것이므로 처분청에서 쟁점1·2부동산에 대하여 기 과세면제한 취득세 및 재산세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점1·2부동산을 창업보육센터사업자의 지정을 받은 자가 창업보육센터용으로 직접 사용하는 부동산으로 볼 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다.
1. 지방세특례제한법제60조 제3항 제1호에서는 창업보육센터사업자의 지정을 받은 자가 창업보육센터용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 재산세의 100분의 50을 경감하도록 규정하고 있다.
2. 이상의 사실관계에서 보는 바와 같이 청구법인의 OOO는 1998.6.22. 중소기업청장으로부터 OOO 창업보육센터 명칭으로 창업보육센터 사업자 지정을 받은 사실이 확인되는 반면, 청구법인 산하의 산학협력단은 창업보육센터 사업자로 지정받은 사실이 없을 뿐만 아니라, 청구법인의 경우 창업보육센터의 운영을 청구법인과는 그 법인격이 다른 산학협력단으로 하여금 위탁하여 운영하게 하거나 임대한 사실이 확인되므로 쟁점1·2부동산을 창업보육센터사업자의 지정을 받은 자가 창업보육센터용으로 직접 사용하는 부동산으로 보기는 어렵다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.