쟁점건물을 의료업에 직접 사용하는 부동산으로 볼 수 있는지 여부

[참조결정] 조심2010지0299

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2012.2.3. OOO를취득한 후지방세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정되기 전의것, 이하 같다) 제38조 제1항의 규정에 의하여 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 처분청에 감면신청을 하여 취득세를 면제받았다.
• 나. 그 후, 처분청은 2013.2.28. 세무조사결과 청구법인이 전체부동산 중 가동 건축물(지상 3층, 연면적 702㎡)의 지상 1층 234㎡는 임대하여 임차인이 OOO라는 휴게음식점으로 사용하고 있고, 지상 2층과 지상 3층은 공실이며, 나동 건축물(108㎡)은 철거하여 주차장으로 사용하고 있음을 확인하고, 가동건축물과 그 부속토지(252㎡, 이하 가동건축물과 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)의 경우 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년 이내에 의료업에 사용하지 아니하였기 때문에 취득세 추징대상에 해당되는 것으로 보아 쟁점부동산의 취득가액에서 휴게음식점으로 임대한 건물의 취득가액(기 신고납부함)을 공제한 금액OOO을 과세표준으로 하여 산정한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 2013.4.12. 청구법인에게 결정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.7.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 전체부동산을 취득한 후 가동 건축물의 경우 임차인이 휴게음식점영업을 하고 있고, 당해 휴게음식점 영업은 청구법인의 정관상 목적사업에 포함되어 있으므로 고유업무에 사용하고 있는 것으로 보아야 할 것이므로 이 부분에 대하여 처분청이 고유업무에 사용하지 아니하는 부동산이라는 사유로 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점부동산 중 임대한 부분인 지상1층의 경우 청구법인의 정관 제3조 제9호 가목 및 법인등기사항전부증명서에 규정된 고유목적사업인 휴게음식점으로 사용하고 있으므로 취득세를 부과한 것은 부당하다고 주장하지만, 지방세특례제한법제38조 제1항에서의 “의료업에 직접 사용”이라 함은 당해 부동산을 환자의 치료 등에 직접 사용하는 경우를 말한다 할 것이므로OOO, 쟁점부동산을 휴게음식점으로 사용하거나 공실로 방치하고 있는 이상 이를 의료업에 직접 사용하는 부동산이라 보기 어렵고, 또한 의료업제49조 제1항에서 휴게음식점영업을 의료업무가 아닌 부대사업으로 규정하고 있음을 볼 때OOO 쟁점부동산의 휴게음식점 부분은 의료업에 직접 사용하는 부동산으로 볼 수 없다 하겠으므로, 처분청이 쟁점부동산에 대하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 의료법인인 청구법인의 정관상 목적사업에 휴게음식점 영업이 등재되어 있는 상태에서 부동산을 취득하고 그 중 일부를 임대하여 임차인이 이를 휴게음식점으로 사용하고 있는 경우 의료법인의 고유업무에 사용하는 부동산으로서 취득세 면제대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령: 별첨
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 증빙자료에서 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 청구법인은 2006.5.15. OOO를 주사무소 소재지로 하여 설립된 법인으로서, 의료기관의 설치운영 등과 함께 휴게음식점영업 등을 목적사업으로 등재하고 있는 것으로 법인등기부등본에서 확인된다. (나)청구법인이 제출한 정관(2013.5.16.기준)에서도 “휴게음식점영업, 일반음식점영업, 제과점영업, 위탁급식영업”이 포함되어 있다. (다) 청구법인은 2012.2.3. 이OOO과 쟁점부동산에 대하여 매매대금을 OOO으로 하여 매매계약을 체결하고, 2012.2.6. 청구법인 명의로 소유권이전등기를 한 것으로 매매계약서 및 부동산등기부등본에서 나타난다. (라) 전체부동산 중 건축물의 경우 가동 건축물은 연면적 702㎡이고, 철골조 구조로서, 자동차관련시설(매매장) 및 근린생활시설로 용도가 등재되어 있고, 나동 건축물은 연면적 108㎡이고, 경량철골조 구조로서 제2종근린생활시설 용도로 건축물대장에 각각 등재되어 있다. (마) 쟁점부동산 중 가동 건축물의 지상1층을 OOO가 2013.2.11.부터 이를 OOO라는 상호로 휴게음식점 영업장소로 사용하고 있는 것으로 영업신고증, 사업자등록증에서 나타난다. (바) 처분청에서2013.2.28.과 2013.3.19. 쟁점부동산에 현지 출장한 후 작성한 조사복명서상 조사내용은 다음과 같다.

1. 청구법인은 2012.2.3. OOO를 취득하고, 같은 날 지방세특례제한법 제38조제1항(의료법인등에 대한 과세특례)로 취득세 OOO을 감면 받았다.

2. 처분청은 2013.2.28 취득세 감면 1차 유보기간경과 후(취득일로부터 1년내 의료업에 직접 사용) 현장 조사시 가동 건물1층을 커피숍으로 사용 및 가동 2,3층은 공실로 방치되어 있어 취득일로부터 1년내 의료용으로 직접 사용하지 아니하고 있어 해당 부분에 대하여 감면받은 취득세를 자진신고 납부토록 안내하였다.

3. 청구법인은 2013.3.4. 감면 부동산 중 가동 702㎡중 2,3층(468㎡)은 방치한 것이 아니라 의료기 보관 창고였는데 리모델링 준비로 잠시 비워두었으며 나동은 취득과 동시에 철거하여 주차장으로 사용하고 있다며 가동 건물1층 커피숍 234㎡부분을 2013.2.1.에 임대하였다며 해당부분만을 자진신고 납부하였다.

4. 처분청에서는 2013.3.19. 재차 현장을 방문하여 OOO 차장에게 가동 2,3층은 의료용으로 사용한 것을 인정하더라도 가동 1층 커피숍은 의료용으로 인정할 수 없으므로 건물뿐만 아니라 해당 토지부분도 최초 감면받은 면적(600㎡)에서 안분하여 2013. 4. 4.일까지 자진신고납부하도록 안내하고 미신고납부시 4월에 가산세포함 하여 추징함을 통보하였다.

(2) 이에 대하여 청구법인은 정관상 목적사업에 휴게음식점 영업이 포함되어 있으므로 임차인이 휴게음식점으로 사용하는 부동산의 경우 의료법인이 고유업무에 사용하는 부동산으로서 취득세 면제대상에 해당되는 것으로 보아야 한다고 주장하므로 이를 살펴보면, (가) 지방세특례제한법제38조 제1항에서 의료법제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2012년 12월 31일까지 면제하고, 같은 법 제94조 본문 및 제1호에서는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제한 취득세를 추징하도록 규정하고 있고, 의료법제49조 제1항 제7호에서는 의료법인이 의료사업 이외에 부대사업으로 할 수 있는 사업으로 휴게음식점영업을 규정하고 있다. (나) 지방세특례제한법제38조 제1항에서 취득세 면제대상으로서 “의료법인이 의료업에 직접 사용하는 부동산이라 함은 의료법에 의한 의료인의 진료행위와 직·간접적으로 관련이 있는 용도로 사용되는 부동산을 의미한다고 보아야 할 것이고, 의료법제49조 제1항에서 의료법인이 부대사업으로 휴게음식점을 영위할 수 있도록 규정하고 있다 하더라도 그러한 부대사업이 의료행위와 직·간접적으로 관련되었다고 보기 어려운 이상 이를 의료업에 사용하는 부동산으로 보기는 어렵다고 보여진다. (라) 따라서, 처분청이 청구법인의 휴게음식점 영업장용 부동산에에 대하여 청구법인이 이를 정당한 사유없이 유예기간 이내에 의료업에 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 관 련 법 령

(1) 지방세특례제한법(2003.1.1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것) 제38조(의료법인 등에 대한 과세특례) ① 의료법제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2012년 12월 31일까지 면제(특별시ㆍ광역시 및 도청소재지인 시 지역에서 취득하는 부동산에 대하여는 지방세법제11조제1항의 세율에서 1천분의 20을 경감하는 것을 말한다)하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 지방세법 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 2012년 12월 31일까지 면제한다. 제94조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 의료법 제49조(부대사업) ① 의료법인은 그 법인이 개설하는 의료기관에서 의료업무 외에 다음의 부대사업을 할 수 있다. 이 경우 부대사업으로 얻은 수익에 관한 회계는 의료법인의 다른 회계와 구분하여 계산하여야 한다.

1. 의료인과 의료관계자 양성이나 보수교육

2. 의료나 의학에 관한 조사 연구

3. 노인복지법제31조제2호에 따른 노인의료복지시설의 설치·운영 4.장사 등에 관한 법률제25조제1항에 따른 장례식장의 설치·운영

5. 주차장법 제19조제1항에 따른 부설주차장의 설치·운영

6. 의료업 수행에 수반되는 의료정보시스템 개발·운영사업 중 대통령령으로 정하는 사업

7. 그 밖에 휴게음식점영업, 일반음식점영업, 이용업, 미용업 등 환자 또는 의료법인이 개설한 의료기관 종사자 등의 편의를 위하여 보건복지부령으로 정하는 사업

② 제1항제4호·제5호 및 제7호의 부대사업을 하려는 의료법인은 타인에게 임대 또는 위탁하여 운영할 수 있다.

③ 제1항 및 제2항에 따라 부대사업을 하려는 의료법인은 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 미리 의료기관의 소재지를 관할하는 시·도지사에게 신고하여야 한다. 신고사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

(3) 의료법 시행규칙 제60조(부대사업) 법 제49조제1항제7호에서 “보건복지부령으로 정하는 사업”이란 다음 각 호의 사업을 말한다.

1. 휴게음식점영업, 일반음식점영업, 제과점영업, 위탁급식영업

2. 소매업 중 편의점, 슈퍼마켓, 자동판매기영업

3. 산후조리업

4. 이용업 및 미용업

5. 의료기기 임대ㆍ판매업. 다만, 의료법인이 직접 영위하는 경우는 제외한다.

6. 안경 조제ㆍ판매업

7. 은행업

8. 숙박업, 서점 등 시ㆍ도지사가 의료기관 이용의 편의를 위하여 필요하다고 공고하는 사업