[요지]
(1) 청구법인은 2006.2.16.부터 2007.11.2. 사이에 쟁점연구소의 공용면적, 경비실, 위험물창고, 체력단련장, 식당 등을 신축하여 각각 기업부설연구소 부속시설로 하여 취득세 등을 면제받은 후 이들 면적의 취득일부터 4년 이내에 과학기술부장관으로부터 기업부설연구소용으로 인정받지 못하였음이 확인되므로 이들 면적은 취득일부터 4년이 경과된 시점에 추징사유가 발생한 것이고, 이 건 과세처분은 추징사유발생일부터 5년 이내에 행하여진 처분이므로 이 건 부과처분이 부과제척기간이 경과된 후에 한 처분이 라는 청구주장은 타당하지 아니함 (2) 쟁점연구소의 공용부분과 주차장용 건물, 경비실, 위험물저장창고는 기업부설연구소로 인정받지 못하였음이 확인되므로 이들 면적에 대해 취득세 등을 감면하여야 한다는 청구주장은 인정하기 어려움
[참조결정] 조심2008지0150 / 조심2012지0408 / 조심2011지0337 / 조심2013지0640
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점연구소 및 경비실과 관련된 부과처분은 부과제척기간이 경과하였으므로 이를 부과할 수 없다 할 것으로서, 청구법인은 쟁점연구소의 공용부분, 경비실, 위험물 창고, 추가매입 토지의 경우 취득 당시부터 현재까지 동일한 용도로 사용하고 있으며, 처분청의 과세논리에 따르면 이러한 부분은 취득 당시부터 기업부설연구소에 해당되지 아니하기 때문에 취득·등기일부터 30일 이내에 취득세 등을 신고납부하였어야 할 것이고 신고납부기한이 경과한 날부터 부과제척기간을 기산하면 부과제척기간이 도과되었다 할 것이고, 설령, 이러한 부동산이 기업부설연구소용으로 사용하기 위하여 취득한 부동산에 해당된다 하더라도 당해 부동산을 취득목적대로 사용하기를 포기하고 다른 용도로 사용하는 경우에는 그 다른 용도로의 사용시점에서 추징사유가 발생하였다 할 것으로서 유예기간 4년이 경과하지 아니하였다 하더라도 추징사유가 발생하였다고 보아야 할 것이므로(조심 2008지150, 2009.4.7. 참조), 청구법인이 쟁점연구소 등의 공용부분, 경비실 등을 기업부설연구소가 아닌 용도로 사용한 시점으로 보아도 당해 부분에 대하여는 취득세 등 부과제척기간이 경과하였다고 보아야 할 것이므로 이 부분은 취소되어야 할 것이다.
(2) 다음으로, 쟁점연구소의 공용부분의 경우 연구소에 직접 사용하는 부동산에 해당된다고 보아야 할 것으로서, 처분청에서는 안정행정부의 질의회신사례를 근거로 연구(실험)실의 용도로 직접 사용되는 부분만을 기업부설연구소로 보았으나 연구실의 유지·운영에 필수적으로 부수되는 공용부분도 직접 사용면적에 포함되는 것으로 해석하는 것이 타당하다 할 것으로, 어떠한 연구소용 건물도 공용부분이 없는 건물이 있을 수 없고, 조세심판원의 선결정례(조심 2012지408. 2013.5.24. 조심 2011지337, 2012.2.9.)에서도 이러한 점을 고려하여 연구소의 부대시설인 전시실, 회의실, 등을 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산으로 결정한 사례가 있으며, 쟁점연구소에 대하여 기업부설연구로로 인정을 한 OOO장은 기업부설연구소용으로 직접 사용되는 면적과 그렇지 않은 면적을 명확하게 구분하지 아니하고 연구소명, 소재지 등을 특정하여 기업부설연구소로 승인을 하였던 것으로서 쟁점연구소에 대하여는 공적으로 인정을 받은 기업부설연구소 면적이 정확하게 드러나지 않는다고 할 것이므로 기업부설연구소용으로 직접 사용되는 면적을 평가하여야 할 것으로서, 쟁점연구소의 공용부분의 경우 기업부설연구소에 필수적으로 부수되는 면적이며, 쟁점연구소의 일부를 본점으로 사용하지 아니하였다면 취득세 등의 감면대상에 해당된다 할 것인데 본점부분이 공존한다고 하여 이를 모두 제외하는 것은 부당하다.
(3) 청구법인이 쟁점연구소와 같은 구내에 건축한 주차장용 건축물과 그 토지, 경비실, 위험물창고의 경우 쟁점연구소와 동일한 건축물은 아니지만 전체적으로 기업부설연구소와 다른 용도로 공용으로 사용되는 부동산이라 할 것이므로 이를 안분하기 위해서는 각 용도별 전용면적에 따라 안분하여야 할 것인데도 처분청에서 기업부설연구소로 사용되는 부분의 주차장용 토지의 경우 전용면적만을 기준으로 안분하였고, 경비실과 위험물창고는 이를 전부 기업부설연구소에 해당되지 아니하는 것으로 보아 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
(1) 청구주장 (1)에 대하여 본다. 구 지방세법제282조에서 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하되, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제228조에서 법 제282조에서 “대통령령이 정하는 기업부설연구소”라 함은 토지 및 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다고 규정하고 있으며, 교육과학기술부 고시 제2009-37호(기업부설연구소와 연구개발전담부서 및 과학기술분야의 영리를 목적으로 하는 법인의 신고요령) 제2조제3항에서 “연구시설”이라 함은 설립신고를 하고자 하는 기업이 배타적으로 사용하는 건물로써 다른 부서 또는 건물과 구별되는 독립된 일정한 연구공간과 연구소ㆍ전담부서 및 영리연구법인의 연구개발활동에 직접 사용되는 연구기자재 및 부대시설을 말한다고 규정하고 있는바, 지방세법제282조에서 규정하고 있는 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산이라 함은 부동산을 취득하여 기업부설연구소를 설치하기 위한 일련의 절차를 거쳐 소정의 기간 내에 교육과학기술부장관으로부터 기업부설연구소로 인정을 받은 후, 당해 용도에 직접 사용하는 부동산을 의미한다 할 것이고, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것으로서(대법원 2002.4.12. 선고 2001두731 판결, 같은 뜻임), 청구법인은 2006년에 취득한 쟁점연구소의 공용부분, 경비실, 위험물 창고, 추가매입 토지는 취득신고 시 기업부설연구소로 감면을 받았다 하더라도 취득 당시부터 기업부설연구소로 사용하지 않았기 때문에 신고납부대상인 취득·등록세의 부과제척기간 기산일인 신고기한의 다음날부터 기산하여 5년이 경과되어 부과제척기간이 모두 경과되었기 때문에 2013년 부과처분은 취소되어야 한다고 주장하지만, 구 지방세법제282조 규정의 취득세 등 감면대상 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산이란 부동산을 취득하여 기업부설연구소를 설치하기 위한 일련의 절차를 거쳐 감면 유예기간(4년) 내에 기업부설연구소로 인정을 받은 후 당해 용도에 직접 사용하는 부동산을 의미한다고 할 것인 점, 본점과 공동으로 사용하는 공용부분이라도 연구소용으로 안분하여 직접 사용하는 부분은 4년 이내에는 언제든지 연구소 전용으로 구분하여 인정(또는 추가 인정)받을 수 있다고 할 것인 점(구 행정안전부 지방세운영과-1311, 2012.4.30. 참조), 구 지방세법 시행령제14조의2 제2항 제3호에서 비과세 또는 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 그 신고납부기한의 다음날을 지방세 부과제척기간 기산일로 규정하고 있는 점 등을 종합적으로 고려해 볼 때, 감면 유예기간(4년)까지 기업부설연구소로 인정받을 것이라는 사후 감면요건을 충족하지 못하여 추징대상이 되는 경우의 부과제척기간 기산일은 감면 유예기간이 경료된 그 신고납부기한(30일)의 다음날로 봄이 타당하다고 할 것(안전행정부 지방세운영과-279, 2013.4.12.)인 바, 청구법인의 경우 쟁점연구소 등을 감면 유예기간(4년)까지 기업부설연구소로 인정받을 것이라는 사후 감면요건 충족을 전제로 하여 감면을 받았기 때문에 추징사유 발생일은 감면유예기간 만료일인 2010.11.29.이 되는 것고, 부과제척기간 기산일은 감면 유예기간 경료 후 신고납부기한(30일)의 다음날인 2010.12.30.이 되는 것이므로 이 건 취득세 등의 부과처분은 부과제척기간이 경과된 후의 처분으로 취소되어야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.
(2) 청구주장 (2)에 대하여 본다. 청구법인은 쟁점연구소와 본점이 공존하고 있는 바, 기업부설연구소로 인정받지 못한 쟁점공용면적은 연구소에 필수적으로 부수되는 부대시설이므로 연구소 면적과 본점면적 비율에 따라 안분하여 감면하여야 한다고 주장하나, 구지방세법 제282조에서 기업부설연구소를 취득세 등의 면제대상으로 규정하면서 면제대상의 전제요건인 기업부설연구소의 범위에 대하여는 그 시행령 제228조에 위임하고 있다고 할 것이므로 취득세 등 면제대상 기업부설연구소의 범위에 대하여는 이 법 시행령 규정에 따라야 할 것이고, 여기서 “교육과학기술부장관의 인정을 받은 것”의 의미는 기술개발촉진법 상 기업부설연구소의 인적·물적 시설의 기준을 의미한다고 할 것(대법원 2008.11.27. 선고 2006두19570 판결 참조)이므로 취득세 등의 면제대상이 되는 기업부설연구소의 범위는 교육과학기술부장관에게 인정받은 것을 한도로 봄이 타당하다고 할 것인 바, 인정받은 범위를 초과하여 본점과 공용으로 사용하는 회의실, 구내식당 및 지하주차장 등은 취득세 등의 면제대상에 해당되지 아니한다는 해석사례(구 행정안전부 지방세운영과-5828, 2011. 12.26.)에 비추어 취득세 등의 감면대상이 되는 기업부설연구소용 부동산은 부동산을 취득한 후 4년 이내에 기업부설연구소용 부동산으로 교육과학기술부장관으로부터 인정받은 면적에 한한다고 해석되어지는 점, 쟁점연구소의 공용면적은 청구법인이 교육과학기술부장관으로부터 기업부설연구소용 부동산으로 인정받지 못하였음이 확인되므로 이를 취득세 등의 감면대상으로 보기 어려운 점, 기업부설연구소로 인정받은 범위를 초과하여 본점과 공용으로 사용하는 지하주차장 등은 취득세 등의 면제대상에 해당되지 아니한 점 등을 종합하여 볼 때 처분청이 쟁점연구소의 공용면적을 취득세 등의 감면대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과고지한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(3) 청구주장 (3)에 대하여 본다. (가) 청구법인은 쟁점연구소 이외의 독립된 건축물과 주차장용 토지 등 공용으로 사용되는 부동산의 경우 이를 전용면적에 따라 안분하여야 한다고 주장하나, 구 지방세법 제282조에서 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 건축물의 부속토지는 바닥면적의 7배 이내에 한하여 취득세 등을 면제하도록 규정하고 있고, 쟁점연구소를 포함하여 한 구내에 있는 건축물의 부속토지에 대한 기업부설연구소 인정에 따른 감면 적용은 그 지상에 위치한 건축물의 용도대로 사용이 확정되는 바, 위 토지 지상에 위치한 건축물 중 기업부설연구소로 사용되는 면적비율이 OOO에 해당되기 때문에 부속토지가 기업부설연구소로 인정받지 못했다 하더라도 건축물의 이용 현황에 비례하여 부속토지 취득시 감면을 적용하게 되는 것이며, OOO의 기업부설연구소 인정 신고 요령(과학기술부고시 제2010-40호, 2010.10.1.) 제2조 제3항에서 “연구시설”이라 함은 설립신고를 하고자 하는 기업이 배타적으로 사용하는 건물로서 다른 부서 또는 건물과 구별되는 독립된 일정한 연구공간과 연구소·전담부서 및 영리연구법인의 연구개발 활동에 직접 사용되는 연구기자재 및 부대시설을 말한다고 규정하는 있는 바 청구법인은 기업부설연구소가 공용부분으로 사용하는 부분이라고 주장하는 경비실, 위험물 창고 등의 건축물은 기업부설연구소로 인정 받지 못한 부분이며, 기업부설연구소로서 배타적으로 사용되는 건축물에도 해당되지 않기 때문에 쟁점연구소와 독립되고 기업부설연구소로 인정받지 못한 건축물에 대하여 감면대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과고지한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
3. 심리 및 판단
① 기업부설연구소용 부동산으로 취득세 등을 감면하였다가 이를 추징하는 경우 부과제척기간의 기산일 산정이 적법한지 여부
② 기업부설연구소용 건축물의 공용부분은 기업부설연구소의 일부로 보아야 한다는 청구주장의 당부
③ 기업부설연구소와 본점에 공동으로 사용되는 건물의 외부에 설치된 경비실, 위험물저장창고, 주차장용 토지를 기업부설연구소와 본점으로 사용하는 전용면적 비율에 따라 안분하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 처분청과 청구법인이 제출한 증빙자료에서 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 청구법인은 2002년에 기존연구소의 부속토지 지상에 OOO를 신축하였고, 2002.4.17. 이 중 건축물 OOO에 대해서 OOO로부터 전자재료OOO라는 명칭으로 기업부설연구소로 인정받은 사실이 기업부설연구소 인정서에서 확인된다. (나) 청구법인은 2006.11.29. 쟁점연구소를 신축(임시사용승인)하고 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면신청을 하여 취득세 등을 면제받고, 2007.11.2. 소유권 보존등기를 경료한 것으로 건축물대장과 부동산등기부등본에서 확인된다. (다) 청구법인은 2009.5.29. 기존연구소와 쟁점연구소를 합하여 OOO라는 명칭으로 각각 기업부설연구소 인정을 받았으며, 당해 인정서상 쟁점연구소의 연구소 인증면적은 OOO인 것으로 기재되어 있다(아래 〈표2〉인정현황 참조). (라) 처분청이 세무조사 후 작성한 쟁점연구소의 이용현황은 아래 〈표3〉과 같다. (마) 청구법인은 2006.11.29. 쟁점연구소를 취득하고 취득신고를 하면서 전체 면적 OOO 중 사무실로 사용하는 OOO에 대해서는 일반세율을 적용하여 산정한 세액으로 신고납부하였고, 처분청은 2008년 세무조사시 2006년 일반과세로 신고납부한 사무실 부분이 OOO으로 사실상 OOO의 본점으로 사용됨을 확인하고, 당해 본점사용면적에 대하여는 중과세율로 본점사용면적에 따라 안분한 공용면적에 대하여는 일반세율을 적용하여 취득세 등을 결정·고지하였다. (바) 처분청과 청구법인의 심판청구서상 쟁점연구소와 관련된 부과처분 내역을 보면, 아래〈표4〉와 같이 각각 세율을 적용하였던 것으로 나타난다. (사) 처분청이 쟁점연구소의 과세면적을 구분한 내역은 아래〈표5〉와 같다. (아) 청구법인이 추가로 아래와 같이 토지 및 건물, 시설물을 각각 취득하였던 것으로 나타난다. (자) 처분청은 위의 5필지 토지를 아래 〈표6〉과 같은 안분비율에 따라 일부는 감면하고, 일부는 과세한 것으로 나타난다.
(2) 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구법인은 취득 당시부터 기업부설연구소로 사용하지 아니한 쟁점연구소 공용면적, 경비실, 위험물 창고 등의 경우 당초 신고납부기한의 경과일이나 실제 다른 용도로 사용일부터 추징사유가 발생한 것으로 보아 부과제척기간이 경과하였다고 주장하므로 이를 살펴보면, 지방세법제30조의4 제1항에서 지방세는 부과할 수 있는 날부터 납세자가 사기 그 밖의 부정한 행위로 지방세를 포탈하거나 환부 또는 경감받은 경우에는 10년, 납세자가 법정신고기한내에 소득세 또는 법인세의 과세표준신고서를 제출하지 아니하여 해당 주민세 소득세할 또는 법인세할을 부과할 수 없는 경우에는 7년, 그 이외의 경우에는 5년이 경과할 때까지 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다고 규정하고, 같은 법 제282조에서는 대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하되 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제228조는 “법 제282조에서 대통령령이 정하는 기업부설연구소라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다”라고 규정하고 있는 바, 기업부설연구소용 부동산에 대하여는 ① 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우(이하 “추징사유①”이라 한다)와 ② 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기업부설연구소로 인정을 받지 못한 경우(이하 “추징사유②”라 한다)에 기면제한 취득세 및 등록세의 추징사유가 발생하는 것이라 하겠으며, 추징사유②의 경우 4년의 유예기간이 경과하기 전까지는 연구소로 인정을 받을 가능성이 있으므로 연구소로 인정받지 아니하고 4년의 유예기간이 경과함으로써 비로소 추징사유에 해당되는 것이라 하겠다(조심 2013지640, 2014.1.22., 같은 뜻임). 청구법인의 경우 2006.11.29. 쟁점연구소를 신축하여 본점으로 사용하는 부분에 대하여는 취득세를 납부하고, 기업부설연구소로 사용하는 부분에 대하여는 취득세를 면제받았으며, 2006.2.16.부터 2007.11.2. 사이에 이러한 건물 이외에 OOO 등을 신축하여 각각 기업부설연구소 부속시설로 보아 취득세 등을 면제받았고, 처분청은 이에 대하여 청구법인이 당해 건축물들을 취득일부터 4년의 기간이 경과할 때까지 기업부설연구소로 인정받지 못하였으므로 4년이 경과한 시점을 기준으로 5년이 경과하기 이전인 2013.5.2.에 당초 감면을 취소하고 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다 하겠다.
(3) 쟁점②·③에 대하여 살펴본다. 청구법인은 쟁점연구소의 공용부분과 주차장용 건물, 경비실, 위험물 창고 등의 공용부분의 경우 기업부설연구소에 필수적으로 부수되는 면적이므로 이를 본점으로 사용하는 면적과 기업부설연구소 면적으로 안분하여야 한다고 주장하나, 지방세법제282조에서 기업부설연구소를 취득세 등의 면제대상으로 규정하면서 면제대상의 전제요건인 기업부설연구소의 범위에 대하여는 같은 법 시행령 제228조에 위임하고 있고, 같은 법 시행령 제228조에서는 기술개발촉진법 제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것이라고 규정하고 있으므로 취득세 등의 감면대상이 되는 기업부설연구소용 부동산은 부동산을 취득한 후 4년 이내에 기업부설연구소용 부동산으로 교육과학기술부장관으로부터 인정받은 면적에 한한다고 보아야 할 것으로서, 쟁점연구소의 공용부분과 주차장용 건물, 경비실, 위험물저장창고에 대하여 기업부설연구소로 인정을 받지 아니한 이상 이를 본점과 기업부설연구소 면적에 따라 안분하여야 한다는 청구주장도 인정하기 어렵다 하겠다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.