쟁점부동산을 토지수용 등으로 인한 대체취득에 따른 취득세 면제 대상으로 볼 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 본점 이외에 별도로 OOO 토지상에 공장용 건축물을 신축하여 OOO를 운영하고 있었고, 당해 사업소의 부동산은 박OOO 명의로 등기되어 있던 상태에서 당해 OOO의 공장관련 부동산과 구축물 등이 OOO 택지사업지역에 편입됨에 따라 청구법인과 박OOO은 각각 보상금을 수령하였다.
• 나. 청구법인은 2008.6.10. 경기도 OOO 및 지상 건축물 85.3㎡를 유상 승계취득한 후, 그 취득가액 OOO을 과세표준으로 하여 산정한 세액에서 주택의 유상취득에 따란 감면규정을 적용하여 취득세 등의 100분의 50을 감면받아 취득세 등을 신고·납부하였다.
• 다. 그 후, 청구법인은 2010.5.7. 쟁점토지상의 기존건물을 철거하고 쟁점토지상에 건축물 397.98㎡(지상2층, 제1종 근린생활시설, 이하 “쟁점건축물”이라 한다)을 신축하고서, 쟁점건축물의 신축가액 OOO을 과세표준으로 하여 산정한 취득세 등 합계 OOO을 2010.6.7. 신고·납부하였다.
• 라. 처분청은 2012.6.1. 쟁점건축물에 대한 현지확인 결과 청구법인이 쟁점건축물의 2층(198.99㎡)을 본점용으로 사용하고 있으며,쟁점토지와 기존건물의 취득의 경우 토지수용 등으로 인한 대체취득 감면대상에 해당하는사실을 확인하고, 쟁점토지와 쟁점건물의 취득가액에서수용된 부동산 등의 보상금을 공제한 쟁점건물의 본점사용면적 비율에 따라 안분한 가액(OOO OOOO OOO,OOO,OOOO, OOO OOOO OOO,OOO,OOOO)을 과세표준으로 하고, 중과세율을 적용하여 산정한 세액에서 기 납부세액을 차감한취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 2012.11.6. 청구법인에게 경정·고지하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2013.2.8. 이의신청을 거쳐 2013.7.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 경기도 OOO에 본점을, 경기도 OOO에 OOO를 각각 두고 사업을 영위하던 중 OOO 부지가 OOO 택지개발사업지역에 편입되어 OOO 부지 및 건축물, 생산설비 등에 대하여 보상금을 청구법인의 대주주 박OOO과 청구법인 명의로 각각 수령하였으나, OOO는 당초 청구법인이 그 취득자금을 모두 부담하여 이를 취득한 후 청구법인의 자산으로 계상하여 매년 감가상각을 하였고, 청구법인의 대주주인 박OOO이 OOO와 관련하여 지급받기로 한 보상금OOO도 청구법인 명의의 예금계좌로 이를 지급받아 회계처리를 한 상태인바, 실질과세의 원칙에 비추어 박OOO 명의로 취득한 OOO 부동산의 경우 실질적으로 청구법인의 자산인 사실이 법인장부 등에 의하여 입증되고 있고, 당해 자산의 양도와 관련된 양도소득세의 경우에도 박OOO의 양도소득이 아닌 청구법인의 법인소득으로 법인세 과세표준 신고를 하였음에도, 처분청이 이를 인정하지 아니하고 박OOO 명의로 등기된 덕정사업소 관련 자산에 대한 쟁점보상금을 쟁점토지와 건물의 취득세 과세표준에서 공제하지 아니한 채 중과세 과세표준을 산정하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 OOO와 관련된 박OOO 명의의 자산에 대하여, 당해 자산은 청구법인의자금으로 취득하였고, 청구법인의 장부에 이를 자산으로 계상하여 공시하였으며, 당해 자산이 수용됨에 따라 그 보상금도 청구법인이 수령하였으므로 실질과세 원칙에 따라 청구법인이 대체취득 부동산의 취득가액에서 이를 공제하여야 한다고 주장하지만, 실질과세 원칙이라 함은 과세대상이 되는 재산이나 소득 등의 사실상 귀속자가 따로 있을 때 경제적 실질에 따라 사실상 귀속자를 납세의무자로 보아 지방세 관계법령을 적용하는 것으로, 물건의 소유 관계에 있어서 실질을 따지기 위해서는 취득세 납세의무가 누구에게 성립하였는지 살펴보아야 할 것인 바, 박OOO은 2000.6.20. 경기도 OOO를 취득하고, 2005.4.25. 그 지상에 건축물 2개동을 신축하여, 당해 부동산이 OOO 택지개발사업에 의하여 수용되는 시점까지 공부상 소유자로 등록되어 있는 사실이 관련 자료에서 확인되고 있는 점, 처분청의과세자료에서 청구법인이 당해 부동산에 대하여 취득세 및 재산세 등을신고납부 하거나 부과처분을 받은 사실이 없는 점, 청구법인이 종전 자산을 법인장부에 계상하고 외부기관에 공시하였다고는 하나 법인장부는 거래관계가 명백히 입증되는 경우에 한하여 채택되는 증빙자료인 것이지 취득행위 자체를 입증하는 자료로 확대해석하기 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 박OOO 명의의 OOO 부동산이 사실상 청구법인의 자산이라 단정하기는 어렵다고 판단되며, 법령에서 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산이 매수 또는 수용된 자가 대체취득하는 부동산에 대하여 취득세를 비과세한다고 규정한 바, 박OOO은 종전 자산을 사용·수익·처분할 수 있는 권리의 주체로서 보상금을 지급 받았고, 박OOO과 청구법인은 각각의 권리와의무를 갖는 개별적인 주체로서 양자를 동일한 인격체로 보기 어려운 이상,박OOO이 수령한 쟁점보상금을 청구인의 대체취득에 따른 종전 부동산 등의 가액에 포함할 수는 없다 하겠으므로 이 건 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 대주주에게 명의신탁한 부동산이 수용되고 그 수용보상금을 청구법인이 수령하여 부동산을 대체취득한 경우 취득세를 면제할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령: 별첨
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 증빙자료에서 다음과 같은 내용이 확인된다. (가)청구법인은 경기도 OOO를 본점으로 하고, 광산업 및 기타광업, 운송 및 도소매업, 레미콘 제조 및 판매업, 보관 및 창고업 등을 목적사업으로 하여 1985.7.2. 설립된 법인이다. (나) 건설교통부장관은 2007.3.30. OOO 택지사업에 대하여 사업인정고시OOO를 하였다. (다) 일반건축물대장 및 등기사항전부명세서 등 관련 자료에 따르면, 박OO은2000.6.20. 경기도 OOO를 취득하여 위 지상에 건축물 2개동(연면적 389.16㎡, 지상1층, 제2종근린생활시설)을 2005.4.25. 신축 취득하였던 것으로 기재되어 있다. (라) OOO이 2012.10.8. 발급한 토지 등 수용사실확인서에 따르면, 박OOO은 총 보상금으로 OOO을, 청구법인은 OOO을 각각 보상받았으며, 처분청은 그 중 취득세 과세대상 물건과 관련된 보상금은 아래 〈표1〉과 같은 것으로 조사하였다. OOOOOOOOO OOOO OOOOO OO OOOO (마) 청구법인이 제출한 2005사업연도 건물계정별원장의 기재내역에서 OOO와 관련된 취득가액은 아래 〈표2〉와 같이 법인장부에 계상되어 있는 것으로 나타난다. OOOOOOOOO OO OOOOO OOOO (OO: O) (바) 청구법인이 제출한 감가상각비 명세서와 대체전표에서 청구법인은 OOO의 부동산 등이 수용된 것과 관련하여 부동산과 구축물 등이 수용됨에 따라 보상금과 관련 자산의 감가상각비 누계액에 대한 회계처리를 한 것으로 나타난다. (사) 청구법인이 제출한 청구법인의 OOO의 거래내역에서, 2008.2.1. OOO로부터 OOO, 2010.6.29. 박OOO으로부터 OOO이 각각 입금된 사실이 확인된다. (아) 청구법인은 2008.6.10. 쟁점토지의 그 지상주택을 취득한 후 2010.5.7. 지상 주택을 철거하고, 쟁점토지상에쟁점건축물을 신축하였던 것으로 건축물대장에서 나타난다. (자) 처분청은 2012.6.1. 쟁점건축물에 대하여 현지출장하고 작성한 출장복명서에는 쟁점건축물에 대하여 그 지상 1층은 신축 후 현재까지(2년 이상) 임대용으로 미사용 상태이고, 2층은 실제 본점사무소로 사용하고 있으므로, 본점사무소용 부동산에 대한 취득세 중과세 추징대상에 해당된다는 조사내용이 기재되어 있다.

(2) 이에 대하여 청구법인은 OOO의 토지와 공장용 부동산은 청구법인이 대주주 박OOO에게 명의신탁하였던 부동산이고 당해 부동산이 수용되자 그 보상금을 청구법인이 수령하였으므로 실질과세의 원칙에 비추어 청구법인이 대체취득한 쟁점토지와 건축물의 취득가액에서 이를 공제하여야 한다고 주장하므로 이를 살펴본다. (가)구 지방세법제109조 제1항 및 제2항과 제127조의2 제2항의 규정을 종합하면, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률등 관계법령의 규정에 의하여 토지등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산이 매수 또는 수용되거나 철거된 자가 계약일 또는 당해 사업인정고시일 이후에 대체취득할 부동산등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년이내에 이에 대체할 부동산을 취득한 때에는 취득세와 등록세를 비과세하되, 부재부동산 소유자의 경우에는 제외하도록 규정하고 있다. (나) 조세법률주의 원칙상 비과세요건이나 감면요건을 막론하고 엄격하게 해석하여야 할 것으로서, 대체취득 부동산에 대한 취득세 비과세 요건을 충족하였는지 여부를 판단하기 위해서는 수용 등을 할 수 있는 지위에 있는 자에게 부동산 등이 매수 또는 수용된 경우로서 부재부동산 소유자에 해당되지 아니하여야 할 것인데,명의신탁 부동산의 경우 대외적으로는 수탁자가 완전한 권리를 취득하고 유효한 처분행위도 할 수 있는 것이므로 박OOO 명의로 등기된 OOO의 토지 등의 경우 그 수용보상금의 법률상 수령권한이 있는 자는 청구법인이 아닌 박OOO이라 할 것이므로, 박OOO이 대체취득 부동산을 취득하는 경우에 한하여 대체취득 비과세 요건을 충족하였는지 여부를 판단하여야 할 것으로 보여지고, (다) 비록, 청구법인이 명의신탁한 부동산으로서 실질적으로 보상금을 수령한 자가 청구법인이라 하더라도 그러한 사실은 청구법인과 박OOO 내부간에 영향을 미칠 수 있을 뿐으로서, 명의신탁관계에 있는 부동산이 수용되어 그 보상금을 명의신탁자인 청구법인이 수령하였다 하여 직접적으로 청구법인이 대체취득 비과세 대상에 해당된다고 볼 수는 없다고 보여진다. (라) 따라서, 처분청이 쟁점토지와 건축물에 대하여 대체취득에 따른 취득세 등의 비과세를 배제하고 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 관 련 법 령

(1) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제109조(토지수용등으로 인한 대체취득에 대한 비과세) ① 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률·국토의 계획 및 이용에 관한 법률·도시개발법 등 관계법령의 규정에 의하여 토지등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자(괄호 생략)에게 불동산(선박·어업권 및 광업권을 포함한다. 이하 이 조에서 “부동산등”이라 한다)이 매수 또는 수용되거나 철거된 자(괄호 생략)가 계약일 또는 당해 사업인정고시일(관광진흥법에 의한 조성계획고시일 및 농어촌정비법에 의한 개발계획고시일을 포함한다)이후에 대체취득할 부동산등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날(괄호 생략)부터 1년이내에 이에 대체할 다음 각 호의 구분에 따른 지역에서 부동산등을 취득한 때(건축중인 주거용불동산을 분양받는 경우에는 분양계약을 체결한 때를 말한다)에는 그 취득에 대한 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 새로 취득한 부동산등의 가액의 합계액이 종전의 부동산등의 가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여는 취득세를 부과하며, 초과액의 산정기준과 방법등은 대통령령으로 정한다.

1. 농지 외의 부동산등

• 가. 매수·수용·철거된 부동산등이 소재하는 특별시·광역시·도 내의 지역
• 나. 가목 외의 지역으로서 매수·수용·철거된 부동산등이 소재하는 시·군·구와 연접한 시·군·구 내의 지역
• 다. 매수·수용·철거된 부동산등이 소재하는 특별시·광역시·도와 연접한 특별시·광역시·도 내의 지역. 다만, 소득세법 제104조의2제1항의 규정에 따른 지정지역은 제외한다.

② 제1항의 규정에 불구하고 제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 취득한 경우와 대통령령이 정하는 부재부동산 소유자가 부동산을 대체취득하는 경우에는 취득세를 부과한다. 제112조(세율) ③ 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역안에서 대통령령이 정하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축 또는 증축하는 경우와 그 부속토지에 한한다)을 취득하는 경우와 동법 동조의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지·유치지역 및 국토의 계획 및 이용에 관한 법률의 적용을 받는 공업지역을 제외한다)안에서 공장을 신설 또는 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 공장을 신설 또는 증설하기 위하여 2003년 12월 31일까지 취득하는 사업용 과세물건(동법에 의한 외국인투자비율에 해당하는 과세물건에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다. 제127조의2(대체취득등기에 대한 비과세) ② 제109조의 규정에 의하여 취득세가 비과세되는 부동산등의 등기·등록에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 제138조(대도시 지역내 법인등기등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 “대도시”라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 불동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

3. 대도시에서 법인의 설립(휴면법인을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

(2) 지방세법 시행령 제79조의3(수용시의 초과액 산정기준) ① 법 제109조제1항 단서의 규정에 의한 초과액의 산정기준과 방법은 다음 각호와 같다.

1. 부동산등의 대체취득이 법 제111조제5항 각호의 규정에 의한 취득에 해당하는 경우에는 대체취득한 부동산등의 사실상의 취득가격에서 매수·수용·철거된 부동산등의 보상금액을 감한 금액을 그 초과액으로 한다.

2. 부동산등의 대체취득이 법 제111조제5항 각호의 규정에 의한 취득외의 취득에 해당하는 경우에는 대체취득한 부동산등의 시가표준액(법 제111조제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액을 말한다. 이하 같다)에서 매수·수용·철거된 부동산등의 매수·수용·철거 당시의 시가표준액을 감한 금액을 그 초과액으로 한다.

② 법 제109조제2항에서 “대통령령이 정하는 부재부동산 소유자”라 함은 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 등 관계법령의 규정에 의한 사업고시지구내에 매수·수용 또는 철거되는 부동산 등을 소유하는 자로서 다음 각호에 규정하는 지역에 계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 하지 아니하거나 1년전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 한 경우에도 사실상 거주 또는 사업을 하고 있지 아니한 거주자 또는 사업자(법인을 포함한다)를 말한다. 이 경우 상속으로 부동산등을 취득하는 때에는 상속인과 피상속인의 거주기간을 합한 것을 상속인의 거주기간으로 본다.

1. 매수 또는 수용된 부동산등이 전·답·과수원 및 목장용지(이하 이 조에서 “농지”라 한다)인 경우에는 그 소재지 구·시·군 및 그와 연접한 구·시·군 또는 농지의 소재지로부터 20킬로미터이내의 지역

2. 매수·수용 또는 철거된 부동산등이 농지가 아닌 경우에는 그 소재지 구(도농복합형태의 시에 있어서는 동지역에 한한다. 이하 이 호에서 같다)·시(구를 두지 아니한 시를 말하며, 도농복합형태의 시에 있어서는 동지역에 한한다. 이하 이 호에서 같다)·읍·면 및 그와 연접한 구·시·읍·면지역 제84조의2(본점 또는 주사무소의 사업용 부동산) ③ 법 제112조제3항에서 “대통령령이 정하는 법인의 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산”이라 함은 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사·합숙소·사택·연수시설·체육시설등 복지후생시설과 향토예비군 병기고 및 탄약고를 제외한다)을 말한다.