의료법인이 부동산을 취득하여 1년 이내에 의료업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구법인은 2011.12.8. OOO인(이하 “증여자들”이라 한다)으로부터 OOO(건축물 1,420.386㎡ 및 대지권 261.91㎡, 이하 “쟁점부동산”이라한다)를 출연받아 취득한 후 지방세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제38조 제1항의 규정에 의거 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당된다는 사유로 감면신청을 하여 처분청으로부터 취득세 등을 면제받았다.
• 나. 그 후, 처분청은 2012.11.6. 현지 확인 결과 쟁점부동산 중 301호·302호·306호는 공실상태이고, 308호는 목욕장으로 사용되고 있는 사실을 확인하고 청구법인이 쟁점부동산을 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 의료업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아, 그 신고가액OOO을 과세표준으로 하고 지방세법제11조 제1항 제7호 나목의 표준세율(4%)과 같은 법 제13조 제2항에 따른 중과세율(4%)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 합계 OOO원(가산세 포함)을 2013.1.4. 청구법인에게 결정·고지하였다.
• 다. 청구법인이 이에 불복하여 2013.1.21. 이의신청을 제기하자 OOO는 청구법인이 무상 취득한 쟁점부동산에 대한 취득세 과세표준을 시가표준액이 아닌 신고가액으로 한 것과 세율을 적용함에 있어서 65/1000을 적용하여야 함에도 80/1000의 세율을 적용한 것은 잘못이라고 보아 당초 부과처분은 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 합계OO,OOO,OOO원으로 경정하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2013.7.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 증여자들은 2009.9.2. 쟁점부동산 중 306호 및 308호를 경락으로 취득하고 이를 목욕탕으로 사용하고 있는 점유자OOO를 상대로 명도소송을 제기하여 승소하였으나 그 집행과정에서 목욕탕의 사업주가 OOO로 변경됨에 따라 집행을 하지 못하였고, 그 후 추가로 쟁점부동산 중 310호·303호를 취득한 후 쟁점부동산의 실질적인 점유자인 OOO과 여러 차례 협의를 거쳐 쟁점부동산의 목욕탕시설을 철거하기로 하는 시설분리합의를 하였으나 OOO은 이를 이행하지 아니하였고, 이러한 상태에서 청구법인이 쟁점부동산을 출연받아 그 중 308호에 대하여 명도소송을 제기하여 승소하였지만 소송이 진행중인 상태에서 다시 OOO가 목욕탕의 일부를 제3자에게 임대하여 임차인이 사업자등록을 함에 임차인을 상대로 승계집행문을 송달하는 등의 사정으로 쟁점부동산을 유예기간내에 사용하지 못하였던 것이고, 이러한 명도소송과정에서 OOO이 아무런 임대권한이 없는 OOO가 임대한 부동산에 대하여 그 임차인의 사업자등록을 수리함에 따라 명도가 지연된 행정관청의 귀책사유가 있는 점을 감안하면, 청구법인이 점유자들의 불법적인 부동산 명도방해로 인하여 쟁점부동산의 일부를 명도받지 못하여 쟁점부동산을 유예기간내에 취득목적대로 사용하지 못한 것에는 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것이므로 이 건 부과처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점부동산 중 308호에 대한 불법 점유자들의 명도거부로 인하여 쟁점부동산을 유예기간 내에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하므로 이를 살펴보면, 쟁점부동산의 증여자들인 OOO 등은 306호와 쟁점 308호를 명도받기 위하여 법원에 OOO을 상대로 건물인도명령 신청을 하여 2009.10.26. 인용결정을 받았음에도 308호는 인도집행을 하지 못하고 있다가 2011.8.3. OOO과308호를 제외한 나머지 3개호에 대하여만 철거를 위한 시설분리 합의를 한것으로 나타나는데, 증여자들 중 1인인 OOO은 청구법인의 이사장이므로 청구법인이 2011.12.8. 쟁점부동산을 취득할 당시 308호에 대한 분쟁은 충분히 예견할 수 있었던 사항이라고 보여지며, 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 후 즉시 308호를 명도를 받기 위한 일련의 노력을 다하였어야 함에도 5개월 이상 경과한 2012.5.17.에서야 법원에 건물명도 소송을 제기하였고, 취득 당시 쟁점부동산 중 308호를 제외한 나머지 3개호는 사용할 수 있는 상태였음에도 유예기간이 경과한 2013.1.23.에도 현지조사결과 3개호실을 공실상태로 방치하고 있었음이 처분청의 출장복명서에서 확인되고 있으며, 쟁점부동산은 장기간 공사기간이 소요되는 건축물의 신축이 아닌 기존 건물을 리모델링 공사만 하면 언제라도 의료시설 개설이 가능한 경우로 보여짐에도 이를 방치하였고, OOO이 불법 점유자들에게 사업자등록증을 발급해 주었기 때문에 308호의 명도가 지연되었다는 청구주장의 경우에도 2013. 1.23. 쟁점부동산이 소재한 건물 3층의 4개호실(308호, 303호, 305호, 309호)에서 목욕장이 운영되는 것으로 조사되고 있으므로, OOO이 실제 영업이 이루지는 건물에 대한 사업자등록을 수리한 것이 청구법인으로 하여금 308호를 명도받지 못하게 하는 직접적 장애사유로 보기 어려운 점 등을 감안하면, 청구법인이 쟁점부동산을 유예기간 내에 취득 목적에 직접 사용하지 못한 주된 사유로 주장하는 308호의 명도지연은 쟁점부동산을 취득하기 전부터 존재하였던 장애사유이며, 이를 해소하기 위한 적극적인 노력을 다한 것으로 볼 수 없기 때문에 정당한 사유가 있다는 청구주장을 인정하기는 어렵다 하겠으므로, 처분청에서 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 의료법인이 의료업에 사용하기 위하여 부동산을 증여받았으나 당해 부동산의 불법점유자들의 명도거부 및 방해로 인하여 유예기간 이내에 의료업에 사용하지 못한 것이므로 정당한 사유가 있다고 보아야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령

(1) 지방세특례제한법 제38조(의료법인 등에 대한 과세특례) ① 의료법제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2012년 12월 31일까지 면제(특별시·광역시 및 도청소재지인 시 지역에서 취득하는 부동산에 대하여는 지방세법 제11조제1항의 세율에서 1천분의 20을 경감하는 것을 말한다)하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 지방세법 제146조제2항에 따른 지역자원시설세를 2012년 12월 31일까지 면제한다. 제94조(감면된 세액의 추징 등) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 해당 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세를 추징한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에서 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인은 2011.11.25. OOO을 본점소재지로 하여 의료법인 설립허가를 받고, 2012.12.8. 목적사업을 의료기관(요양병원)의 설치·운영 등으로 하여 법인설립등기를 한 사실이 법인등기부등본 등에 나타된다. (나) 증여자들은 2011.7.20. 청구법인을 설립하기 위하여 기본재산으로 쟁점부동산을, 보통재산으로 현금 및 예금 OOO원을 출연하여 청구법인을 설립한 것으로 기부출연신청서 등에서 나타난다. (다) 쟁점부동산이 소재한 건축물은 지하4층, 지상8층의 건축물로서 그 중 3층의 경우 2004.5.17. 제1종근린생활시설(목욕탕)으로 용도가 기재되어 있다가, 2013.8.30. 쟁점부동산에 대하여 의료시설(요양병원)으로 용도가 변경된 것으로 건축물대장에 기재되어 있다. (라) 증여자들은 2009.9.2. 쟁점부동산 중 306호·308호를 경락으로, 2011.1.11. 301호·302호를 매매로 각각 취득한 사실이 부동산등기부등본에 나타난다. (마)2008.11.28. 쟁점부동산의 점유자인 OOO은 쟁점부동산을 포함한 상가 3층 전체에 대하여 목욕장으로 영업신고를 하였고, 당해 목욕탕의 영업자가2009.3.9. OOO으로 각각 순차적으로 변경되었으며,OOOOO의 사업자등록 내역에서는 OOO가 2009.12.21. 사업자등록OOO을 하였고, 2012.7.25. OOO이사업자등록을 한 것으로 나타난다. (바) 증여자들은 2009.9.2. 쟁점부동산 중 306호·308호를 취득한 후 2009.10.23. OOO을 상대로 부동산 인도명령을 신청OOO을 제기하여 2009.10.26. OOO으로부터 “OOO은 청구인에게 동 건물을 인도하라”는 결정을 받았고, 2011.2.7. 그 집행문을 송달받았다. (사) 증여자들은 2011.8.3. 쟁점부동산의 실제 점유자인 OOO과 2011.8.29.까지 3개호(308호 제외)에 대하여 목욕장 시설을 철거하고, 그 공사비로 OOO원을 지급하기로 하는 내용의 시설분리 합의를 하였던 것으로 시설분리에 따른 정산합의서에서 나타난다. (아) 청구법인은 2012.4.13. OOO에게 OOO 등이 쟁점부동산을 불법으로 무단 점유하여 OOO를 운영(전기료 체납으로 2012.4.11. 단전으로 운영이 중단)하고 있다며 사업자등록OOO의 말소를 구하는 민원을 제기하였고 동 사업자등록은 2012.4.25. 말소되었다. (자) 청구법인은 2012.5.17. 건물명도가 이루어지지 아니한 308호에 대하여 OOO를 상대로 법원에 건물명도 신청OOO을 하였고 이에 법원은 2012.10.10. “OOO는 청구인에게 308호를 인도하라”는 결정을 받았고, 2012.11.5. 그 집행문을 송달받았으며, 이러한 명도소송과 관련하여 청구인과 OOO가 법원에 제출한 답변서에 나타나는 쟁점 308호 등의 점유 경위 등은 다음과 같다.

1. 청구인의 답변서의 내용에서 쟁점 308호는 OOO이 임차하여 목욕장 영업을 해오던 것으로, 증여자들은 임의경매에 의한 매각결정 이 후 OOO에 대한 부동산 인도명령 결정을 얻어 쟁점 308호의 인도집행을 하려고 하였으나 사업자 명의가 OOO(피고)로 변경되어 인도집행을 못하였으며, 증여자들은 OOO가 불법으로 점유하고 있는 상태에서 쟁점 308호를 취득하였다고 답변한 내용이 나타난다.

2. OOO의 답변서 내용에서 OOO은 신축당시 소유자로부터 3층 전체에 대한 사우나시설공사OOO를 의뢰받고 그 공사를 완료하였으나 의뢰자의 부도로 공사대금OOO을 변제받지 못함에 따라 유치권행사 차원에서 3층전체를 점유한 후 사업자등록 및 영업신고를 하고 목욕장 영업을 하고 있는 것으로, OOO과 동업자인 OOO는 정당한 점유자이며, 공사대금을 변제받지 못한 상태에서 어떠한 보상도 하지 아니한 채 무작정 쟁점 308호를 인도하라는 것은 부당하다고 주장한 내용이 나타난다. (차) 청구법인은 위 판결에 근거하여 부동산인도 강제집행 신청을 하였고, 이에 법원 집행관은 2012.11.12. OOO에게 건물인도 고지를 집행하고자 하였으나,OOO이 사업자등록증OOO을 제시하며 공동 점유 중이라고 구술하므로집행하지 못한 것으로 나타난다. (카) 처분청의 세무공무원이 2012.11.6. 현지출장을 하고 작성한 출장복명서에는 쟁점부동산 중 3개호실은 공실상태라고 출장복명하였고 2013.1.23. 다시 출장하여 촬영한 사진(301호, 302호, 306호)을 보면 기존 시설이 철거된 공실로 확인된다. (타) 청구법인은 2013.8.30. 처분청에 쟁점부동산을 소재지로 하여 의료시설개설 허가를 신청하여 2013.9.6. 그 허가증을 교부받았다.

(2) 이에 대하여 청구법인은 불법적으로 쟁점부동산을 점유한 자의 명도지연과 이러한 명도지연과 관련한 행정기관의 귀책사유 등에 비추어 청구법인이 쟁점부동산을 유예기간 내에 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 한다고 주장하므로 이를 살펴보면, (가)지방세특례제한법제38조 제1항 및 같은 법 시행령 제94조에서의료법제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하되, 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 해당 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있으며, (나)여기서 '정당한 사유'라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 하고, 부동산 취득 당시 1년 이내에 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용할 수 없는 법령상 사실상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황 하에서 부동산을 취득하였고, 취득 후 1년 이내에 당해 부동산을 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령·사실상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상 사실상의 장애사유는 당해 부동산을 그 업무에 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유가 될 수 없다고 할 것으로서(대법원 1998.11.27.선고 97누5121 판결, 대법원 1998.7.10.선고 98두7626 판결 등 참조), (다) 쟁점부동산의 종전 소유자들은 쟁점부동산 중 306호와 308호를 경락으로 취득한 후 3층 전체를 점유하여 목욕탕 영업을 하고 있는 OOO을 상대로 명도소송을 제기하여 2009.10.26. 승소판결을 받았음에도 명도가 전혀 진행되지 아니한 상태에서 쟁점부동산을 청구법인에게 의료법인의 기본재산으로 출연하여 청구법인이 이를 취득한 점에서 청구법인이 쟁점부동산을 모두 의료업에 사용하기 위해서는 새로이 명도소송을 진행하여야 한다는 장애사유가 있음을 알 수 있었다고 보아야 할 것이므로, (라) 청구법인이 이러한 사실상의 장애사유를 유예기간내에 해소하여 쟁점부동산을 당초 목적대로 의료업에 사용하기 위하여는 취득 즉시 명도소송을 제기하는 한편, 점유이전금지가처분등기를 하는 등의 조치를 취하였어야 할 것인데, 청구법인은 쟁점부동산 취득 후 5개월이 경과할 무렵에서야 쟁점부동산 중 308호에 대하여 OOO를 상대로 명도소송을 제기하였고, 당해 소송에서 승소한 이후에도 OOO가 점유 일부를 OOO에게 이전함에 따라 이를 집행하지 못한 것이므로 이는 청구법인에게도 쟁점부동산을 명도받기 위하여 충분한 주의를 기울이지 아니한 귀책사유가 있다고 보여지며, (마) OOO의 사업자등록 수리나 처분청의 목욕탕업 허가가 청구법인이 쟁점부동산을 모두 명도받아 의료업에 사용하는데 중대한 장애사유가 되었다고 보기는 어렵다고 보여지며, 쟁점부동산 중 명도소송을 제기한 308호 이외의 부동산 만으로는 의료업에 사용이 불가능하였다고 볼 수 있는 아무런 근거를 제시함이 없이 이를 전부 사용하지 아니한 것을 쟁점부동산을 의료업에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였다고 보기 어렵다 하겠다. (바) 따라서, 처분청에서 청구법인이 쟁점부동산을 유예기간 이내에 정당한 사유없이 취득 목적대로 사용하지 아니하였다고 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.