[요지] 지방세법 제130조 제3항 단서는 부동산 등기 당시에 자산재평가 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다고 규정하고 있고, 위 조항은 취득시점과 등록시점 사이에 시간적 간격이 존재하고 그 사이에 자산재평가를 하거나 감가상각을 함으로써 당초 취득세의 과세표준과 등록세의 과세표준 사이에 차이가 발생한 경우에 그 경제적 실질에 맞추어 등록세의 과세표준을 수정하려는 조항으로 보는 것이 타당하며, 이 건 선급금재평가는 청구법인이 이 건 토지를 취득한 이후 등기하기 이전에 한 재평가가 아니므로 이 건 선급금재평가차액은 등록세 과세표준에 포함되지 아니하는 것으로 보는 것이 타당함
[주 문] OOO이 2013.8.15. 청구법인에게 한 등록세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요 가.청구법인은 2009.12.30. 주식회사 OOO으로부터 물적분할되어 설립된 법인으로 2010.3.22. OOO 외 106필지 토지 283,065㎡ 등(이하 “이 건 토지”라 한다)을 OOO주식회사로부터 취득하고, 주식회사 OOO이 물적분할 전에 지급한 이 건 토지에 대한 선급금 OOO과 청구법인이 지급한 이 건 토지에 대한 대금을 합한 OOO을 과세표준으로 하여 취득세 및 등록세 등을 신고·납부하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 처분청과 청구법인이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 내용이 확인된다. (가)OOO 등기국의 등기사항일부증명서에 의하면, 청구법인은 2009.12.30. 주식회사 OOO이 분할되어 설립되었고, 토목, 건축공사업, 주택건설업 등을 목적사업으로 하고 있는 것으로 나타난다. (나) OOO(매도인)와 공OOO(매수인) 사이에 2003.2.5. 체결된 이 건 토지의 매매계약서에 의하면 공OOO은 이 건 토지 등을 OOO에 매수하고, 대금납부기한은 5년, 계약금은 매매대금의 10%, 1차 중도금은 2003.8.3., 잔금은 2008.2.3. 지급하는 것으로 기재되어 있는 사실이 확인된다. (다) 공OOO(매도인), 주식회사 OOO(매수인) 간에 2003.10.2 체결된 이 건 토지의 매매계약에 따른 매매계약 및 매수인 지위 권리의무 승계 약정계약서에 의하면, 공OOO은 주식회사 OOO과의 계약내용에 따라 이 건 토지의 매매계약을 체결하고, 주식회사 OOO은 이에 대한 매매대금을 준비하여 공OOO과 공동으로 납부한 후, 공OOO은 이 건 토지 중 3,000평의 소유권을 갖고, 주식회사 OOO은 나머지 부지의 소유권 관리를 위하여 공OOO과 주식회사 OOO의 매매계약에 따른 소유권이전이나 공OOO과 OOO의 매매계약에 대한 매수인 지위, 권리, 의무 일체를 주식회사 OOO이 지정한 날짜와 주식회사 OOO이 지정한 방법으로 주식회사 OOO에게 이행하기로 약정한다고 기재되어 있는 사실이 나타난다. (라) 대법원 전자소송 사건 기록에 의하면, OOO주식회사는 공OOO, OOO 사장을 상대로 계약자명의변경청구 등의 소송(2003가합79623)을 제기하였고, 대법원은 OOO주식회사가 승소하는 판결(대법원 2008.2.14. 선고 2007다13626 판결, 같은 뜻임)을 한 것으로 나타난다. (마) 매도자 OOO, 매수자 공OOO, 매수자 지위승계자 OOO주식회사 사이에 2009.6.4. 체결된 부동산 매매계약 인수 계약서에 의하면, OOO주식회사는 OOO와 공OOO이 체결한 이 건 토지 등의 매매계약에 있어 공OOO의 권리와 의무 전부를 승계한다고 기재되어 있다. (바) 청구법인은 주식회사 OOO이 2009.12.30. 물적분할되어 설립되었고, 주식회사 OOO은 물적분할을 하면서 주식회사 OOO이 지급한 이 건 토지에 대한 선급금을 재평가하여 평가차액을 장부에 계상하고 평가차액 OOO을 물적분할가액에 포함하였으며, 청구법인은 승계 받은 평가차액 OOO을 청구법인의 토지계정에 물적분할 평가차액으로 기재하였다. (사)OOO주식회사와 청구법인 간 2010.1.27. 체결된 이 건 토지 등의 매매계약서에 의하면, 이 계약은 OOO와 OOO주식회사가 체결한 부동산 매매계약 인수계약서에 첨부된 OOO와 공OOO 간의 부동산 매매계약서 중 이 건 토지 등의 전체를 OOO주식회사가 OOO로부터 인수하여 청구법인에게 매도하는 것을 목적으로 하고, 본 건 매매목적물의 총 매매대금은 금 OOO으로 하며, 주식회사 OOO이 공OOO을 통하여 OOO에 지급한 금 OOO은 계약금 및 중도금, 잔금 중 일부로 대체하고, 청구법인이 OOO주식회사에게 지급할 금액 금 OOO 중 금 OOO은 본 매매계약 체결시 위 잔금의 일부로 지급하고, 나머지 잔대금 금 OOO은 본건 매매 목적물에 관하여 OOO에서 OOO주식회사로, OOO주식회사에서 다시 청구법인으로 소유권 이전을 위한 순차 등기서류가 관할 등기소에 접수완료시 지급한다고 기재되어 있다. (아) OOO주식회사(갑)와 청구법인(을) 간에 2010.3.9. 체결된 추가약정서에 의하면 갑과 을의 2010.1.27. 체결된 매매계약서 제3조의 소정의 매매대금에서 금 OOO을 차감하기로 하여 동조 제1항의 총 매매대금을 금 OOO에서 금 OOO으로, 같은 조 제2항 나머지 잔대금을 금 OOO에서 금 OOO으로 변경한다고 기재되어 있다. (자) 청구법인은 2010.3.22. OOO 외 106필지 토지 283,065㎡ 등을 OOO주식회사로 부터 취득하고, 같은 날 주식회사 OOO이 물적분할 전에 지급한 이 건 토지에 대한 선급금과 청구법인이 지급한 이 건 토지에 대한 대금을 합한 OOO을 과세표준으로 하여 취득세 및 등록세 등을 신고 납부하였다. (차) 처분청은 청구법인이 법인장부에 기재되어 있는 이 건 토지의 이 건 선급금 재평가차액을 등록세 등의 과세표준에서 누락한 것으로 보아 2013.8.15. 이 건 등록세 등을 부과·고지하였다. (카) 이 건토지의 등기부등본에 의하면, 이 건 토지는 2010.1.27. 매매를 원인으로2010.3.22. 청구법인 명의로 소유권이전등기된 것으로 기재되어 있다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 이 건 토지의 선급금 재평가차액을 등록세 과세표준에 포함되는 것으로 보아 이 건 등록세 등의 부과처분을 하였으나, ① 지방세법 제130조 제1항 및 제3항에 의하면, 부동산 취득에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록 당시의 가액으로 하고, 그 등기·등록 당시의 가액이 법인장부 등에 의하여 입증되는 경우에는 사실상의 취득가액을 과세표준으로 하되, 등기·등록 당시에 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다고 규정하고 있는바, 위 조항에서 말하는 자산재평가 또는 감가상각은 취득시점과 등록시점 사이에 시간적 간격이 존재하고 그 사이에 자산재평가를 하거나 감가상각을 함으로써 당초 취득세의 과세표준과 등록세의 과세표준 사이에 차이가 발생한 경우에 그 경제적 실질에 맞추어 등록세의 과세표준을 수정한다는 취지로 해석함이 상당하다할 것(서울고등법원 2014.1.10. 선고 2013누9009 판결, 같은 뜻임)이므로 부동산 등을 취득하여 등기하기 전까지 자산재평가 또는 감가상각을 한 경우가 아니라면 이 규정을 적용할 수 없다고 보는 것이 타당한 점, ② 청구법인은 2010.3.22. 이 건 토지를 취득하여 같은 날에 등기하였으므로 이 건 토지의 취득가액과 등록세 과세표준이 다를 합리적인 이유가 없고 지방세법제130조 제3항 단서규정이 적용될 여지가 없는 점, ③ 청구법인이 주식회사 OOO으로부터 물적분할하여 설립하는 과정에서 주식회사 OOO이 취득 중이던 이 건 토지의 선급금(계약금·중도금)을 재평가하여 이를 법인장부에 계상하였다 하더라도 이는 매매계약 체결시점(2003.2.5.)과 물적분할시점(2010.12.30.)에 차이가 발생함에 따른 자산재평가를 위한 것으로 보이고 그 재평가차액이 이 건 토지의 취득가액의 일부로 지급된 것이 아닌 이상 등록세의 과세표준에 포함하기는 어려운 점 등에 비추어 이 건 토지의 등록세 과세표준은 이 건 토지의 사실상 취득가액으로 보는 것이 타당하고, 처분청이 이 건 토지의 사실상의 취득가액에 이 건 토지의 선급금 재평가차액을 포함하지 아니하는 한 이 건 토지의 선급금 재평가차액이 등록세 과세표준에 포함될 수 없으므로 처분청이 이 건 토지의 선급금 재평가차액을 등록세 과세표준에 포함되는 것으로 보아 이 건 등록세 등을 부과·고지한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률
(1) 지방세법(2010.4.12. 법률 제10252호로 개정되기 전의 것) 제111조(과세표준) ⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 그 밖의 무상취득 및 소득세법 제101조 제1항 또는 법인세법 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.
3. 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득 제130조(과세표준) ① 부동산·선박·항공기·자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록당시의 가액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 과세표준은 조례가 정하는 바에 의하여 등기·등록자의 신고에 의한다. 다만, 신고가 없거나 신고가액이 제111조 제2항 각 호의 규정에 의한 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 한다.
③ 제111조 제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조 동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다. 다만, 등기·등록 당시에 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다.
(2) 조세특례제한법(2010.3.12. 법률 제10068호로 개정되기 전의 것) 제119조(등록세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기 또는 등록에 대해서는 등록세를 면제(제13호 및 제28호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다. 이 경우 지방세법 제138조 제1항의 세율을 적용하지 아니한다.
10. 법인세법제46조 제2항 각 호(물적 분할인 경우에는 같은 법 제47조 제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기. 다만, 법인세법제46조의3 제3항(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조 제2항) 각 호의 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 감면받은 등록세를 추징한다.