주식회사에서 유한회사로 조직변경에 따른 등록면허세 산출시 법인설립에 따른 세율(자본금의 1,000분의 4)을 적용할 것인지, 아니면 기타등기세율(건당 23,000원)을 적용할 것인지 여부

[참조결정] 조심2009지0690 / 조심2012지0684

[주 문] 처분청이 2013.6.5. 청구법인에게 한 경정청구 거분처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요 가.청구법인은 2011.12.27. 주식회사 OOO에서 유한회사OOO로 조직변경을 하는과정에서 그 설립등기에 대하여자본금인OOO을 과세표준으로 하고 지방세법 제28조 제1항제6호 가목의1)의 법인설립 등기세율(1천분의 4) 및 제2항의 중과세율을적용하여 산출한등록면허세 OOO,지방교육세OOO, 합계 OOO을 처분청에 신고납부한 후, 2013.4.24. 청구법인이 주식회사에서 유한회사로 변경한 것은 설립등기가 아니라 변경등기이므로지방세법 제28조 제1항제6호 바목에서 규정하고 있는 그 밖의 등기OOO 세율을 적용하여 줄 것을요구하며 위신고납부한 등록면허세 등에 대한 경정청구를 제기하였으나처분청은 2013.6.5. 위 경정청구를 거부하였다. 나.청구법인은 이에 불복하여 2013.7.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 구 행정안전부의 지방세법 기본통칙에 따라 주식회사에서 유한회사로의 조직변경을 새로운 법인의 설립으로 보아 자본금의1,000분의 4의 세율을 적용하여 산출한 등록면허세 등을 처분청에 신고납부하였으나, 대법원OOO에서주식회사에서 유한회사로 조직을 변경하는 것은 주식회사가 법인격의 동일성을 유지하면서조직을 변경하여 유한회사가 되는 것으로 유한회사를새로이 설립하는것으로 볼 수 없고, 신규출자가 이루어지는 거래에해당하지 아니하므로지방세법제28조 제1항 제6호 바목의 그 밖의등기의 세율인 건당OOO을 적용하여야 한다고 판결함에 따라 청구법인은 법정기한 내에초과 신고납부분에 대하여 환급을 구하는 경정청구를 한 것인 바, 과세관청의 위법한 세법의 해석이나 과세처분에까지 과세관행 존중의 원칙이 적용될 수는 없는 것임에도 처분청이 이 건 등록세 납세의무가위 대법원 판결일 이전에 성립하였다하여 청구법인의 경정청구를 거부한것은 부당하므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 이 건 심판청구는대법원 판결OOO에기초하여청구한 것으로, 이 건 등록세 등의 신고납부는 2011.12.27. 신고하고, 2011.12.28. 납부 한 후 등기를 마친 사항으로 지방세기본법제20조 제2항에 의거하여 주식회사의 조직변경에 대하여는 대법원 판결일인 2012.2.9 이후의 등기에 관하여 적용되어야 할 것이므로 이 건 등록세등의 신고납부에 대하여소급적용할 수 없는 것이므로 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 주식회사에서 유한회사로의 조직변경시 설립등기에 대한 등록세세율적용이 적법한지 여부
• 나. 관련법령

(1) 지방세기본법 제20조(해석의 기준 등) ① 이 법 또는 지방세관계법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 지방세를 납부할 의무(이 법 또는 지방세관계법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 지방세의 경우에는 이를 징수하여 납부할의무를 말한다. 이하 같다)가 성립된 소득·수익·재산·행위 또는 거래에대하여는 그 성립 후의 새로운 법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 이 법 및 지방세관계법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다.

(2) 지방세법 제24조(납세의무자) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 등록면허세를 납부할 의무를 진다.

1. 등록을 하는 자 2.면허를 받는 자(변경면허를 받은 자를 포함한다). 이 경우 납세의무자는 그 면허의 종류마다 등록면허세를 납부하여야 한다. 제28조(세율) ① 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에다음 각호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

6. 법인등기 가.상사회사, 그 밖의 영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인

1. 설립과 불입: 불입한 주식금액이나 출자금액 또는 현금 외의출자가액의 1천분의 4(세액이 7만5천원 미만인 때에는 7만5천원으로 한다. 이하 이 목부터 다목까지는 같다)

• 바. 그 밖의 등기: 건당 2만3천원

(3) 민법 제33조(법인설립의 등기) 법인은 그 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다. 제36조(법인의 주소) 법인의 주소는 그 주된 사무소의 소재지에 있는 것으로 한다. 제49조(법인의 등기사항) ① 법인설립의 허가가 있는 때에는 3주간 내에 주된 사무소 소재지에서 설립등기를 하여야 한다.

② 전항의 등기사항은 다음과 같다.

1. 목적

2. 명칭

3. 사무소

4. 설립허가의 연월일

5. 존립시기나 해산사유를 정한 때에는 그 시기 또는 사유

6. 자산의 총액

7. 출자의 방법을 정한 때에는 그 방법

8. 이사의 성명, 주소

9. 이사의 대표권을 제한한 때에는 그 제한 제77조(해산사유) ① 법인은 존립기간의 만료, 법인의 목적의 달성또는 달성의 불능 기타 정관에 정한 해산사유의 발생, 파산 또는설립허가의 취소로 해산한다.

② 사단법인은 사원이 없게 되거나 총회의 결의로도 해산한다 제85조(해산등기) ① 청산인은 파산의 경우를 제하고는 그 취임후3주간 내에 해산의 사유 및 연월일, 청산인의 성명 및 주소와 청산인의대표권을 제한한 때에는 그 제한을 주된 사무소 및 분사무소 소재지에서 등기하여야 한다.

② 제52조의 규정은 전항의 등기에 준용한다. (4)상법 제169조(의의) 본법에서 회사라 함은 상행위 기타 영리를 목적으로 하여 설립한 사단을 말한다. 제170조(회사의 종류) 회사는 합명회사, 합자회사, 주식회사와 유한회사의 4종으로 한다. 171조(회사의 법인성, 주소) ① 회사는 법인으로 한다.

② 회사의 주소는 본점소재지에 있는 것으로 한다. 제172조(회사의 성립) 회사는 본점소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다. 제227조(해산원인) 회사는 다음의 사유로 인하여 해산한다.

1. 존립기간의 만료 기타 정관으로 정한 사유의 발생

2. 총사원의 동의

3. 사원이 1인으로 된 때

4. 합병

5. 파산

6. 법원의 명령 또는 판결 제289조(정관의 작성, 절대적 기재사항) ① 발기인은 정관을 작성하여 이에 다음의 사항을 기재하고 각 발기인이 기명날인 또는 서명하여야 한다.

1. 목적

2. 상호

3. 회사가 발행한 주식의 총수

4. 1주의 금액

5. 회사의 설립시에 발행하는 주식의 총수

6. 본점의 소재지

7. 회사가 공고를 하는 방법

8. 발기인의 성명·주민등록번호 및 주소 제317조(설립의 등기) ① 주식회사의 설립등기는 발기인이 회사설립시에 발행한 주식의 총수를 인수한 경우에는 제299조와 제300조의규정에 의한 절차가 종료한 날로부터, 발기인이 주주를 모집환 경우에는 창립총회가 종결한 날 또는 제314조의 규정에 의한 절차가 종료한날로부터 2주간 내에 이를 하여야 한다.

② 제1항의 설립등기에 있어서는 다음의 사항을 등기하여야 한다. 1.제289조 제1항 제1호 내지 제4호, 제6호와 제7호에 게기한 사항

2. 자본의 총액

3. 발행주식의 총수, 그 종류와 각종주식의 내용과 수 3의2. 주식의 양도에 관하여 이사회의 승인을 얻도록 정한 때에는그 규정 3의3. 주식매수선택권을 부여하도록 정한 때에는 그 규정 3의4. 지점의 소재지 4.회사의 존립기간 또는 해산사유를 정한 때에는 그 기간 또는 사유

5. 개업전에 이자를 배당할 것을 정한 때에는 그 규정

6. 주주에게 배당할 이익으로 주식을 소각할 것을 정한 때에는 그 규정

7. 전환주식을 발행하는 경우에는 제347조에 게기한 사항

8. 사내이사, 사외이사, 그 밖에 상무(常務)에 종사하지 아니하는 이사, 감사의 성명과 주민등록번호

9. 회사를 대표할 이사의 성명·주민등록번호 및 주소

10. 수인의 대표이사가 공동으로 회사를 대표할 것을 정한 때에는그 규정

11. 명의개서대리인을 둔 때에는 그 상호 및 본점소재지

12. 감사위원회를 설치한 때에는 감사위원회 위원의 성명 및 주민등록번호

③ 주식회사의 지점설치 및 이전시 지점소재지 또는 신지점소재지에서 하는 등기에 있어서는 제2항 제1호·제4호·제9호 및 제10호의 규정에 의한 사항을 등기하여야 한다.

④ 제181조 내지 제183조의 규정은 주식회사의 등기에 준용한다. 제517조(해산사유) 주식회사는 다음의 사유로 인하여 해산한다.

1. 제227조 제1호, 제4호 내지 제6호에 정한 사유 1의2. 제530조의2의 규정에 의한 회사의 분할 또는 분할합병 제549조(설립의 등기) ① 유한회사의 설립등기는 제548조의 납입또는 현물출자의 이행이 있은 날로부터 2주간내에 하여야 한다.

② 제1항의 등기에서 다음의 사항을 등기하여야 한다.

1. 제179조 제1호·제2호 및 제5호에 규정된 사항과 지점을 둔 때에는 그 소재지

2. 제543조 제2항 제2호와 제3호에 게기한 사항

3. 이사의 성명·주민등록번호 및 주소. 다만, 회사를 대표할 이사를 정한 때에는 그 외의 이사의 주소를 제외한다.

4. 회사를 대표할 이사를 정한 때에는 그 성명 5.수인의 이사가 공동으로 회사를 대표할 것을 정한 때에는 그 규정

6. 존립기간 기타의 해산사유를 정한 때에는 그 기간과 사유

7. 감사가 있는 때에는 그 성명 및 주민등록번호

③ 유한회사의 지점설치 및 이전시 지점소재지 또는 신지점소재지에서 하는 등기에 있어서는 제2항 제1호 및 제3호 내지 제6호에 규정된 사항을 등기하여야 한다.

④ 제181조 내지 제183조의 규정은 유한회사의 등기에 준용한다. 제604조(주식회사의 유한회사에의 조직변경) ① 주식회사는 총주주의 일치에 의한 총회의 결의로 그 조직을 변경하여 이를 유한회사로할 수 있다. 그러나 사채의 상환을 완료하지 아니한 경우에는 그러하지아니하다.

② 전항의 조직변경의 경우에는 회사에 현존하는 순재산액보다 많은 금액을 자본의 총액으로 하지 못한다. 제606조(조직변경의 등기) 주식회사가 제604조의 규정에 의하여 그 조직을 변경한 때에는 본점소재지에서는 2주간, 지점소재지에서는 3주간내에 주식회사에 있어서는 해산등기, 유한회사에 있어서는 제549조 제2항에 정하는 등기를 하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1)처분청과 청구법인이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 사실을알 수 있다. (가)OOO 주식회사OOO가 2008.3.12. 설립되었고, 청구법인은2011.12.27.처분청에 1,000분의 4의 세율을 적용하여 산출한 이 건 등록세등을 신고납부한 후, 2011.12.28. 유한회사 OOO로 조직변경하고, 위 주식회사의 해산 등기를 경료하였다. (나) 한편,2012.2.9.주식회사에서 유한회사로 조직변경 등기는 그 밖의 등기 OOO을 적용한다는내용의 대법원판결OOO이 있었고, 청구법인은2013.4.24. 위 신고납부분 등록세에 대한 경정청구를 제기하였다. (2)주식회사의 해산등기와 유한회사의 설립등기를 하는 것은 유한회사의 등기기록을 새로 개설하는 방편일 뿐이고, 주식회사가 해산하고유한회사가 설립되기 때문이 아니며,또한, 이러한 조직변경이 있더라도신규출자가 이루어지지 아니하는 것이어서주식회사의 조직변경에 따른 유한회사의 설립등기는 그 밖의 등기OOO 적용대상으로 보아야 할 것OOO이다. (3)따라서,청구법인의 조직변경에 대하여지방세법제28조 제1항제6호 바목의 그 밖의등기의 세율인 건당OOO을 적용하는 것이, 지방세기본법 제20조 제2항의 소급과세금지원칙에 위배된다고 볼 수 없고, 같은 조 제3항이나 같은 법기본통칙20-2가위법한 세법의 해석이나 부적법한 과세처분을 구제하기 위한 것으로 볼 수 없음에도 처분청이대법원 판결일 이전에 이 건 등록면허세 납세의무가 성립하였다 하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이있는 것으로판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에의하여 주문과 같이 결정한다.