[요지] 처분청은 청구법인이 업종을 추가한 경우에 해당한다고 주장하고 있으나, 청구법인은 2007.5.7. 법인 설립당시 법인등기부 등본상 목적 사업으로 ‘강구조물 공사업’을 명시하고 있고, 법인 설립 후 3년 이내인 2009.5.4. 벤처기업으로 지정을 받았으며, 2012.3.9. 쟁점부동산을 취득하여 강구조물 공사업을 현재까지 계속 영위하고 있으므로 처분청이 주장하는 업종 추가에 해당한다고 볼 수 없으나, 청구법인과 개인기업 OOO가 쟁점부동산을 사업장 소재지로 하고 있고 쟁점부동산에서 개인기업 OOO가 직접 사업을 영위하고 있는 것으로 나타나므로 청구법인의 대표자이면서 개인기업 OOO의 사업주인 OOO이 사용하는 부분은 청구법인이 OOO에게 임대한 것으로 보아 직접 사용에 해당하지 않음.
[주 문] 처분청이 2013.7.11. 청구법인에게 한 취득세 49,029,230원, 농어촌특별세 1,041,180원, 지방교육세 6,800,740원, 2012년도분 재산세 208,500원, 지방교육세 41,700원, 합계 57,121,350원의 부과처분은 이 건 부동산 중 청구법인이 대표이사실로 사용하는 면적은 취득세 등의 추징대상에 해당하고 나머지 면적은 취득세 등의 감면대상으로 보아 그 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 처분개요 가.청구법인은 2007.5.7. 건설업을 목적사업으로 하고, OOO에서 설립된 법인으로 2012.2.20. 서울특별시 OOO로 본점을 이전한 후, 2012.3.9. 이 건 부동산을 취득하고, 조세특례제한법 제120조 제3항의 규정에 의거 이 건 부동산에 대한 취득세 등과 2012년도분 재산세 등의 50%를 면제받았다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인의 목적사업으로 2007.9.12. 추가등기된 강구조물 공사업은 최초의 목적사업에 있는 항목을 이중으로 등기한 오류이고, 청구법인은 창업당시부터 현재까지 최초 설립목적사업에 해당하는 전문건설업의 강구조물 공사업을 영위하고 있으므로 청구법인이 일반건설업을 영위하다가 강구조물 공사업을 추가로 등기하였다는 처분청의 주장은 잘못된 것이다.
(2) 개인사업체 OOO와 청구법인인 주식회사 OOO는 전혀 다른 별개의 회사이고, 청구법인은 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가한 것이 아니라 특허기술인 교량 강구조물의 설계 및 시공을 위하여 신규로 설립한 법인이며, 청구법인이 이 건 부동산을 단독으로 사용하고 있으므로 처분청의 이 건 과세처분은 부당하다.
(1) 청구법인 대표 정OOO은 개인사업체 OOO를 2004년도에 설립하여 토목엔지니어링 서비스업을 영위하던 중 2009.5.7. 청구법인을 설립하였고, 청구법인은 2009.5.7. 일반건설업 등을 영위하기 위하여 설립되어 2007.9.12. 강구조물공사업, 2007.10.9 토목엔지니어링사업 등의 업종을 추가등기하였으며, 2008.9.4. 개선된 교량시공방법으로 특허를 받아 2009.5.4. 벤처기업으로 확인받았는 바, 청구법인은 새로운 사업을 최초로 개시한 것이 아니라 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우에 등 해당되어 조세특례제한법 제6조 제6항 제4호의 규정에 의거 창업벤처중소기업에 해당하지 아니한다.
(2) 청구법인이 개인사업체 OOO에게 임대한 부분도 취득세 등의 추징대상에 해당한다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래의 사실이 확인된다. (가)법원행정처 등기정보중앙관리소가 2013.7.8. 발행한 청구법인의 등기사항 전부증명서에 의하면, 청구법인은 2007.5.7. OOO를 본점소재지로 하고, 상호를 주식회사 OOO로 하며, 목적사업을 일반건설업, 강구조물 공사업, 실내 건축공사업, 전문건설업 등으로 하여 설립되었고, 2007.9.20. 상호를 주식회사 OOO로 변경등기하였으며, 2007.9.12. 강구조물 공사업을, 2007.10.8. 토목엔지니어링사업 일체를 목적사업에 추가등기 하였고, 2007.10.8. OOO로 본점을 이전한 것으로 기재되어 있다. (나) 서울지방법원 등기국에서 2013.4.11. 열람한 청구법인의 등기사항일부증명서에 의하면, 청구법인은 2012.2.20. 서울특별시 OOO로 본점을 이전한 것으로 기재되어 있다. (다) 기술보증기금 이사장이 2009.5.4. 발행한 청구법인의 벤처기업확인서에 의하면 청구법인은 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조의 규정에 의한 벤처기업임을 확인하고 유효기간은 2009.5.4.부터 2011.5.3.까지로 기재되어 있다. (라) 기술보증기금 이사장이 2011.7.4. 발행한 청구법인의 벤처기업확인서에 의하면 청구법인은 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조의 규정에 의한 벤처기업임을 확인하고 유효기간은 2011.5.4.부터 2013.5.3.까지로 기재되어 있다. (마) 청구법인(매수인)과 주식회사 OOO 간 2012.1.20. 체결된 이 건 부동산의 매매계약서에 의하면 청구법인은 이 건 부동산을 OOO에 매수하고, 잔금은 2012.3.9. 지급하는 것으로 기재되어 있다. (바) 청구법인은 이 건 부동산을 취득하고 취득세 등과 2012년도분 재산세 등의 50%를 감면받은 것으로 확인된다. (사) 처분청은 청구법인이 법인을 설립한 후 다른 업종을 추가하여 청구법인이 창업벤처중소기업에 해당하지 아니하고, 청구법인이 이 건 부동산을 창업벤처중소기업 용도로 사용하지 아니한 것으로 보아, 이 건 부동산의 취득가액 OOO을 과세표준으로 하고, 대도시내로 법인본점 전입에 따른 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO과 기 감면한 2012년도분 재산세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO을 2013.7.11. 부과고지하였다. (아) 개인사업체 OOO의 2004년도부터 2012년도까지 매출처별 세금계산서 합계표에 의하면, 개인사업체 OOO의 2007년까지의 사업장 소재지는 서울특별시 OOO으로 기재되어 있고, 2008년도부터의 사업장 소재지는 서울특별시 OOO로 기재되어 있으며, 연도별 매출현황은 아래 <표 1>과 같이 기재되어 있다. OOOOO OOOOO OOOO OOOOO OOOO(OO: O) (자) OOO세무서장이 2013.5.9. 처분청에 보낸 부가가치세 신고내역 회신OOO 문서에 의하면 서울특별시 OOO의 2012년도 부가가치세 신고내역을 아래 <표 2>와 같이 회신한다고 기재되어 있다. OOOOO OOOOO OOOOO OOOO(OO: O) (차) 처분청이 제출한 2013.4.12. 현재 개인사업자 OOO의 사업자등록증에 의하면, 상호는 OOO, 대표자는 정OOO, 사업장소재지는 서울특별시 OOO, 개업년월일은 2004.4.1., 업태는 서비스, 종목은 토목엔지니어링으로 기재되어 있다. (카) 처분청이 제출한 청구법인의 사업자등록증에 의하면, 상호는 주식회사 OOO, 대표자는 정OOO, 사업장소재지는 서울특별시 OOO, 개업년월일은 2007.5.16., 업태는 서비스, 제조업, 건설업, 종목은 토목엔지니어링, 광고물, 광고물안내표지판, 강구조물 공사업 등으로 기재되어 있다. (타) 처분청이 제출한 이 건 부동산의 사진 등에 의하면 이 건 부동산의 출입구에 OOO라고 되어 있고 이 건 부동산은 사무실로 사용하는 것으로 보여진다. (파) 청구법인은 이 건 부동산을 직접 사용하고 있다고 주장하며 이 건 부동산에 근무하고 있는 청구법인 직원명단OOO을 제출하였다. (하) 청구법인이 2012.7.10. OOO세무서장에게 신고한 원천징수이행상황신고서에 의하면, 원천징수의무자는 청구법인, 사업장 소재지는 서울특별시 OOO, 간이세액자 12명, 일용근로자 63명 등 93명에게 OOO을 지급하고 소득세 등을 원천징수한 것으로 기재되어 있다. (거) 청구법인이 2013.1.10. OOO세무서장에게 신고한 원천징수이행상황신고서에 의하면 간이세액자 12명, 일용근로자 51명 등 총 64명에게 OOO을 지급하고 소득세 OOO을 원천징수한 것으로 기재되어 있다. (너) 청구법인이 2013.3.31. OOO세무서장에게 신고한 법인세 과세표준 및 세액신고서에 의하면 법인명은 청구법인, 소재지는 서울특별시 OOO로 기재되어 있고, 법인세 총부담세액 OOO을 신고한 것으로 기재되어 있다. (더) 청구법인이 2012.4.25. OOO세무서장에 신고한 2012년 1기 부가가치세 예정신고서에 의하면 상호는 청구법인, 사업장 주소는 서울특별시 OOO, 업태는 건설업 외, 종목은 강구조물공사, 매출세액 OOO, 매입세액 OOO, 납부(환급)세액 OOO으로 기재되어 있다. (러) 청구법인이 2012.11.27. OOO세무서장에 신고한 2012년 2기 부가가치세 확정신고서에 의하면 상호는 청구법인, 사업장 주소는 서울특별시 OOO, 업태는 건설업 외, 종목은 강구조물공사, 납부(환급)세액 OOO으로 기재되어 있다. (머) 청구법인이 2013.4.25. OOO세무서장에 신고한 2013년 1기 부가가치세 예정신고서에 의하면 상호는 청구법인, 사업장 주소는 서울특별시 OOO, 업태는 건설업 외, 종목은 강구조물공사, 매출세액 OOO, 매입세액 OOO, 납부(환급)세액 OOO으로 기재되어 있다. (버) OOO 서울특별시회 회장이 2013.10.24. 발행한 2012년도 건설공사 실적확인원에 의하면 상호는 청구법인, 사업장소재지는 서울특별시 OOO, 건설공사 실적에 강구조물 7건 OOO을 계약한 것으로 기재되어 있다..
(2) 구 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제6조 제2항의 규정에 의하면 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업(이하 "벤처기업"이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2012년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항의 규정에 의하면 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다고 규정하면서 그 제3호에서 건설업을 규정하고 있으며, 같은 조 제6항의 규정에 의하면 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다고 규정하면서 그 제4호에서 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우를 규정하고 있다. 또한, 같은 법 제119조 제2항의 규정에 의하면 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기에 대하여는 등록면허세를 면제한다고 규정하면서 그 제1호에서 창업중소기업의 법인설립 등기[창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 4년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다]를 규정하고 있다. 아울러, 같은 법 제120조 제3항의 규정에 의하면 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제하되 다만, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있고, 같은 법 제121조의 규정에 의하면 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업에 직접 사용하는 사업용 재산(건축물 부속토지인 경우에는 대통령령으로 정하는 공장입지기준면적 이내 또는 대통령령으로 정하는용도지역별 적용배율 이내의 부분만 해당한다)에 대해서는 창업일부터5년간 재산세(지방세법 제111조에 따라 부과된 세액을 말한다. 이하 같다)의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있다.
(3) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 쟁점사항에 대하여 살펴보면, ① 법원행정처 등기정보중앙관리소가 2013.7.8. 발행한 청구법인의 등기사항 전부 증명서에 의하면 청구법인은 설립당시 강구조물 공사업을 목적사업으로 하고 있었고, 법인설립이후 현재까지 강구조물 공사업을 영위하였음이 청구법인이 강서세무서장에게 신고한 부가가치세 신고서, 대한전문건설협회 서울특별시회 회장이 발행한 건설공사 실적확인원 등에 의해 확인되므로 청구법인이 비록 착오로 법인설립당시 목적사업으로 기재되어 있는 강구조물 공사업을 다시 목적사업으로 기재하였다 하더라도 청구법인이 업종을 추가한 경우로 보기는 어려운 점, ② 청구법인은 법인설립 이후 3년 이내에 벤처기업으로 확인받은 사실이 확인되고, 처분청이 청구법인을 창업벤처기업으로 볼 수 없는 다른 증빙서류를 제출하지 아니한 점, ③ 청구법인은 2012.3.9. 이 건 부동산을 취득하고, 이 건 부동산을 청구법인과 개인기업 OOO의 사업장으로 사용하고 있음이 개인기업 OOO의 사업자등록증, 개인기업 OOO가 OOO세무서장에게 신고한 부가가치세 신고내역 등에 의해 확인되어 청구법인은 이 건 부동산의 일부를 개인기업 OOO와 같이 사용하고 있다고 보여지고, 개인기업 OOO는 대표자 정OOO 1인이 근무하고 있는 사실이 확인되므로 이 건 부동산 중 개인기업 OOO가 사용하는 면적은 개인기업 대표자 정OOO이 사용하는 면적으로 보는 것이 타당한 점 등을 종합하여 볼 때 청구법인은 강구조물 공사업을 영위하기 위하여 법인을 설립한 후 3년 이내에 벤처기업으로 확인 받아 강구조물 공사업을 영위하고 있는 사실이 확인되고, 청구법인이 업종을 추가한 경우 등에 해당하지 아니하여 창업벤처중소기업에 해당하는 것으로 보는 것이 타당하며, 청구법인이 벤처기업으로부터 확인받은 날로부터 4년 이내에 취득한 이 건 부동산 중 청구법인이 직접 사용하는 면적은 취득세 등의 감면대상으로 보는 것이 타당하나, 청구법인이 개인기업 OOO에게 사용케 한 면적은 청구법인이 2년 이상 직접 사용하지 아니하고 다른목적으로 사용한 경우에 해당하여 추징대상으로 보는 것이 타당하므로처분청의 이 건 과세처분은 청구법인이 개인기업 OOO에게 사용케 한 면적만을 추징대상으로 하여 경정되어야 할 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로지방세기본법제123조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.