[요지] A법인은 2008.6.25. B법인의 주식 67.64%를 취득하여 과점주주가 되었으나, A법인의 자산이 2008.6.30. 현재 140,649,656,182원으로 1,000억원 이상이고, 이 중 주식가액 합계액이 127,319,237,039원으로 A법인의 총 자산의 50%이상이므로, A법인은 2008.6.25. B법인의 주식을 취득함으로써 B법인의 과점주주가 됨과 동시에 B법인의 지주회사가 되었다고 보는 것이 타당하여 과점주주 취득세 면제대상에 해당하며, 또한, A법인은 2008.7.30. 등 3회에 걸쳐 B법인의 주식을 추가로 취득하였으나, B법인 주식의 추가 취득은 지주회사가 자회사의 주식을 취득하는 경우에 해당하여 과점주주 취득세 면제대상에 해당하는 점 등을 종합할 때, 처분청이 A법인이 과점주주 취득세 면제대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 청구법인에게 과점주주 취득세 등을 과세한 처분은 잘못임
[주 문] OOOO OOOO(OOOOO)이 2013.7.10. 청구법인에게 한 취득세OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분 개요 가.청구법인은 2008.5.7. 자본금 100%OOO를 출자하여 OOO 주식회사(이하 “A법인”이라 한다)를 설립하였고, A법인은 2008.6.25.부터 2008.10.2.까지 4회에 걸쳐 OOO 주식회사(이하 “B법인”이라 한다) 주식 95.44%OOO를 취득하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래의 사실이 확인된다. (가)법원행정처 등기정보중앙관리소가 2008.9.25. 발행한 A법인의 등기사항 전부증명서에 의하면 A법인은 2008.5.7. OOO를 본점소재지로 하고, 유압기기, 증기 및 산업기계의 제조 및 판매 등을 목적사업으로 하여 설립되었음이 확인된다. (나) OOO이 2008.5.9. 발행한 A법인의 사업자등록증에 의하면 A법인은 2008.5.7. 사업의 종류를 금융, 종목을 지주회사로하여 사업자등록을 하였음이 확인된다. (다) OOO이 2008.6.30. 발행한 B법인의 사업자 등록증에 의하면 B법인은 1978.1.1. 개업하였고, OOO에 본점소재지를 두고 있으며, 산업용열식기건조기 등의 제조업 등을 영위하는 것으로 기재되어 있고, 2008.6.25. 상호를 OOO 주식회사에서 OOO 주식회사로 변경한 것으로 기재되어 있다. (라) A법인은 2008.6.25.부터 2008.10.2.까지 4회에 걸쳐 B법인의 주식 95.44%OOO를 취득하였으며, 이 사실에 대해서는 처분청과 청구법인간 이견이 없다. (마) A법인(양수인)와 OOO 주식회사(양도인) 간 2008.6.25. 체결된 거래종결합의서에 의하면 A법인은 OOO 주식회사 주식 OOO주를 OOO원에 취득하는 거래를 2008.6.26.에 종결하는 합의서를 작성한 것으로 기재되어 있다. (바) A법인은 2008.9.12.까지 취득한 B법인의 주식을 취득하고, 과점주주 취득세 OOO원을 신고납부하였다. (사) A법인은 2008.10.17. 과점주주 취득세 등의 감면신청을 하였고, 처분청이 제출한 감액결정결의서에 의하면 처분청은 A법인에게 과점주주 취득세 등을 감액결정하였음이 확인된다. (아) 청구법인은 2010.7.1. A법인과 B법인을 흡수합병하였다 (자) OOO는 2013년 5월 청구법인에 대해 세무조사를 실시한 후, 처분청에 환급한 과점주주 취득세 등을 부과토록 통보하자, 처분청은 2013.7.10. 청구법인에게 과점주주 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원을 부과고지하였다. (차) A법인의 2008.5.7. 현재 대차대조표에 의하면 자산은 OOO원으로 기재되어 있고, A법인의 2008.6.30. 현재 대차대조표에 의하면 자산은 OOO원으로, 지분법 적용 투자주식 OOO원으로 기재되어 있다.
(2) 구 조세특례제한법제120조 제6항의 규정에 의하면 다음 각호의 1에 해당하는 사유로 인하여 지방세법 제22조 제2호의 규정에 의한 과점주주에 해당하게 되는 경우 당해 과점주주에 대하여는 동법 제105조 제6항의 규정을 적용하지 아니한다고 규정하면서 그 제8호에서 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 지주회사(금융지주회사를 포함한다)가 되거나 지주회사가 동법 또는 금융지주회사법에 의한 자회사의 주식을 취득하는 경우를 규정하고 있다. 또한, 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(2009.1.30. 법률 제9357호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1호의2의 규정에 의하면 "지주회사"라 함은 주식(지분을 포함한다. 이하 같다)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 자산총액이 대통령령이 정하는 금액이상인 회사를 말하되, 이 경우 주된 사업의 기준은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있다. 아울러, 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령(2009.5.6. 대통령령 제21480호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항의 규정에 의하면 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제2조 제1호의2 전단에서 "자산총액이 대통령령이 정하는 금액 이상인 회사"란 다음 각 호의 회사를 말한다고 규정하면서 그 제1호에서 해당 사업연도에 새로이 설립되었거나 합병 또는 분할·분할합병·물적분할(이하 "분할"이라 한다)을 한 회사의 경우에는 각각 설립등기일·합병등기일 또는 분할등기일 현재의 대차대조표상 자산총액이 1천억원 이상인 회사를 규정하고 있고, 그 제2호에서 제1호 외의 회사의 경우에는 직전 사업연도 종료일(사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일) 현재의 대차대조표상의 자산총액이 1천억원 이상인 회사를 규정하고 있으며, 같은 조 제2항의 규정에 의하면 법 제2조 제1호의2 후단에 따른 주된 사업의 기준은 회사가 소유하고 있는 자회사의 주식(지분을 포함한다. 이하 같다)가액의 합계액(제1항 각 호의 자산총액 산정 기준일 현재의 대차대조표상에 표시된 가액을 합계한 금액을 말한다)이 해당 회사 자산총액의 100분의 50이상인 것으로 한다고 규정하고 있다.
(3) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살펴보면, 처분청은 A법인이 과점주주 취득세 면제대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 과점주주 취득세 등을 과세하였으나, ① 위 규정을 종합하면 주식을 취득함으로써 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 지주회사가 되거나, 지주회사가 동법에 의한 자회사의 주식을 취득하는 경우에는 과점주주 취득세 등을 면제토록 규정하고 있고, 지주회사란 주식소유를 통하여 국내회사 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 설립등기일 또는 직전연도 사업연도 종료일(사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일) 현재 대차대조표상 자산총액이 1,000억원이상인 회사를 말하며, 주된 사업이 되는 기준은 회사가 소유하고 있는 주식가액 합계액이 해당회사 자산총액의 50%이상인지 여부를 기준으로 판단하는 점, ② A법인은 2008.6.25. B법인의 주식 67.64%를 취득하였고, A법인의 2008.6.30. 현재 대차대조표에 의하면 자산은 OOO원으로 1,000억원이상이고, 이 중 투자주식 가액은 OOO원으로 A법인의 총 자산의 50%이상인 사실이 확인되므로 A법인은 2008.6.25. B법인의 주식을 취득함으로써 B법인의 과점주주가 됨과 동시에 B법인의 지주회사가 되었다고 보는 것이 타당하여 과점주주 취득세 면제대상에 해당되는 점, ③ A법인은 2008.7.30. 등에 B법인의 주식을 추가로 취득하여 과점주주 주식소유비율이 증가하여 과점주주 취득세 납세의무가 성립하였으나, B법인 주식의 추가 취득은 지주회사가 자회사의 주식을 취득하는 경우에 해당하여 과점주주 취득세 면제대상에 해당하는 점 등을 종합하여 볼 때 처분청이 A법인이 과점주주 취득세 면제대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 청구법인에게 과점주주 취득세 등을 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세기본법제123조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.