사회복지법인이 취득세 등을 감면받은 후 유예기간 내 그 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 존재하는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2007.10.31. OOO를 사회복지법인의 중증장애인 거주시설 신축용도로 취득하고, 쟁점토지의 취득이 (구)지방세법(2007.12.31. 일부개정 전, 이하 같다) 제107조 제1호, 같은 법 제127조 제1항 제1호 및 (구)농어촌특별세법(2009.3.18. 일부개정 전, 이하 같다) 제4조 제12호의 “공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득(등기)”라 하여 취득세 등을 비과세 받았다.
• 나. 처분청은 2012.12.10. 쟁점토지에 대한 이용실태조사를 실시한 결과, 청구법인이 그 취득일부터 유예기간인 3년 이내에 그 용도에 직접 사용하지 아니한 것을 확인하고, (구)지방세법 제107조 본문, 같은 법 제127조 제1항 단서의 규정에 따라 취득세 OOO, 등록세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 2013.2.13. 청구법인에게 부과고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.5.16. 이의신청을 거쳐 2013.8.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 지적‧자폐성 1급 장애인을 자녀로 둔 7명의 부모들이 2002년 설립한 사회복지법인으로, 어려운 여건에서 중증장애인 생활시설 설립을 위하여 2007.10.31. 쟁점토지를 취득하게 되었으며, 그 후 사업비 확보를 위하여 부단히 노력한 결과 2011.10.25. 건축허가 후 2013.4.18. 중증장애인 부모들의 오랜 염원이었던 OOO 중증장애인요양시설을 개원하게 되었다. 관계자들과 수많은 만남을 통하여 사회복지시설 설립의 당위성과 중증장애인 부모들의 어려움을 호소하였음에도 토지매입 후 3년 이후에 사업이 확정되었는 바, 관계당국의 장애인복지시설 설립계획이 확정되었을 때 비로소 관련서류를 구비하여 예산을 신청하는 것이기 때문에 국고사업의 절차상 관계당국의 사업계획이 없는 상태에서는 기초자치단체를 통한 사업계획서 제출이나 예산신청 자체가 이루어질 수 없는 상황이었다. 법무사를 통하여 등기할 당시 청구법인이 비영리법인이기 때문에 당연히 세금감면 혜택이 있는 줄 알았고, 유예기간이 있다는 것도 알지 못했던 바, 국고보조금으로 당초 목적사업을 충실히 수행한 청구법인으로서는 이와 같은 세금부과를 납득하기가 어렵다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 사업비 확보를 위하여 부단히 노력하였음에도 국고보조금 지원이 늦어져 유예기간 내 착공할 수 없었다고 주장하고 있으나, 청구법인으로서는 쟁점토지를 취득함에 있어 당초 취득목적인 장애인 거주시설을 설립하는데 필요한 준비기간, 국고보조사업의 경우 국고보조금이 교부되는 시기, 쟁점토지에 중증장애인 거주시설을 신축하는 데에 법령상‧사실상 장애가 있는지 여부를 충분히 검토하여 취득하고 유예기간 내에 중증장애인 거주시설을 신축하였어야 함에도 이를 위한 진지한 노력을 다하지 못하였으므로 취득세 등을 추징한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 사회복지법인이 취득세 등을 감면받은 후유예기간 내그 사업에직접 사용하지못한정당한 사유유무
• 나. 관련법령(<별지>에 기재)
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 “사회복지사업법 및 장애인복지법의 규정에 의한 장애인의 재활 및 보호에 관한 사업 수행으로 장애인 복지 증진에 기여”함을 목적으로 하여 2002.6.28. 설립된 사회복지법인으로(사회복지법인 설립허가증, 등기사항전부증명서), 2007.10.31. 쟁점토지를 지OOO으로부터 매매로 취득하고, 쟁점토지의 취득이 “공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득(등기)”라 하여 취득세 등을 비과세 받았다.

(2) 건축허가 수리 통보, 건축허가 변경사항 통보, 건축허가 취소처분 통지 등에 의하면, 쟁점토지의 전 소유자인 지OOO은 쟁점토지에 대하여 2006.2.20. 처분청으로부터 건축물 용도를 “창고시설”로 하여 건축허가를 받았고, 청구법인은 쟁점토지를 취득하기 직전인 2007.10.22. 건축물 용도를 “창고시설”에서 “노유자시설(장애인작업장)”로, 건축주를 지OOO에서 청구법인으로 변경하였는데, 처분청은 2010.11.17. 청구법인이 쟁점토지에 대하여 건축허가를 받고 2년이 경과하도록 착공하지 아니하였다 하여 건축허가를 취소한 것으로 나타난다.

(3) 그 후, 청구법인은 2011.10.24. 건축물 용도를 “노유자시설(기타장애인복지시설)”로 하여 다시 건축허가를 받았고[「건축허가사항 통보OOO], 쟁점토지를 취득한 날부터 4년 6개월이 경과한 후인 2012.4.27.에서야 건축물 착공신고필증을 교부받았으며, 2013.4.17. 건축물 사용승인을 받아 해당 건축물을 “OOO 중증장애인요양시설”로 운영하고 있는 것으로 나타난다.

(4) 청구법인은 2010.4.29. 처분청 사회복지과에 2011년도 장애인생활시설 신축기능보강사업 계상신청을 하여 처분청은 2010.5.17. 보건복지부장관OOO에게 중증장애인자립생활시설 관련 2011년도 국고보조사업 예산 계상 신청을 하였고, 보건복지부가 2010.12.31. 처분청에 2011년도 장애인생활시설 기능보강사업 국고보조금 지원대상 확정통보를 함에 따라, 처분청은 2011.11.9. 청구법인에 대한 2011년도 장애인생활시설 기능보강사업 보조금 교부결정을 하고 청구법인에게 보조금 OOO을 교부하였다.

(5) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) (구)지방세법 제107조는 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과하지 아니하되, 다만, 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세 및 등록세를 부과한다고 규정하고 있는 바, (나) 비과세 또는 감면 부동산을 목적사업에 사용하지 못한 정당한 사유 여부를 판단함에 있어서는 부동산의 취득 목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애 정도, 당해 법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여야 할 것이다OOO. (다) 청구법인은 국고보조금 지원이 늦어져 유예기간 내 착공할 수 없었다고 주장하나, 청구법인으로서는 당초 쟁점토지를 취득함에 있어 취득목적인 장애인 거주시설을 설립하는데 필요한 준비기간, 국고보조사업의 경우 국고보조금이 교부되는 시기, 쟁점토지에 중증장애인 거주시설을 신축하는 데에 법령상‧사실상 장애가 있는지 여부를 충분히 검토하여 취득하였어야 함에도 이와 같은 사정들을 충분히 고려하지 아니한 과실이 있다고 할 것인 점, 국고보조금 지원이 늦어져 착공이 늦었다는 사정은 청구법인의 내부적인 자금사정에 불과하다고 할 것인 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 유예기간내에 쟁점토지를 당해 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유를 인정하기는 어렵다고 할 것이다. (라) 따라서, 처분청이 (구)지방세법 제107조 본문, 같은 법 제127조 제1항 단서의 규정에 따라 청구법인에게 이 건 취득세 및 등록세 등을 부과고지(추징)한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련법령

(1) (구)지방세법(2007.12.31. 일부개정 전) 제107조 (용도구분에 의한 비과세)다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 제127조 (용도구분에 의한 비과세)① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

(2) (구)지방세법 시행령(2007.12.31. 일부개정 전) 제79조 (비영리사업자의 범위)① 법 제107조제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각호의 자를 말한다.

3. 사회복지사업법의 규정에 의하여 설립된 사회복지법인 제94조 (비영리사업자의 범위등)① 법 제127조제1항제1호 본문에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

(3) (구)농어촌특별세법(2009.3.18. 일부개정 전) 제4조 (비과세)다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다. 12.기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령이 정하는 것

(4) (구)농어촌특별세법 시행령(2009.2.4. 일부개정 전) 제4조 (비과세)⑥ 법 제4조제12호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 감면을 말한다.

5. 지방세법 제106조제2항, 제107조제1호·제2호 및 제5호, 제109조, 제126조제2항, 제127조제1항제1호 내지 제3호, 제127조의2제2항, 제266조제2항(농어촌정비법에 의하여 국가 또는 지방자치단체의 농업생산기반정비계획에 따라 취득·소유하는 농업기반시설용 토지와 그 시설물에 한한다), 제268조의2, 제269조제5항, 제270조제1항·제4항, 제271조제3항, 제272조제1항·제2항·제5항, 제274조, 제275조, 제278조제1항, 제282조, 제284조제1항(항공법에 의하여 면허를 받은 정기항공운송사업에 직접 사용하기 위하여 2002년 12월 31일까지 취득하는 항공기에 한한다), 제287조, 제288조제1항·제2항 및 제4항, 제289조제4항·제6항 및 동법 시행령 제96조제3호 및 제5호의 규정에 의한 감면