[요지] 청구법인은 2010.11.23. 이 건 부동산 취득 후 의료용 모니터 생산을 위해 시설물공사, 시설장치, 기계장치, 차량, 금형 등에 필요한 경비를 지출하였고, 청구법인의 손익계산서에 2011.1.1.부터 2011.12.31.까지 청구법인의 제품매출액이 OOO으로 나타나는 점, 처분청이 제출한출장 결과 보고서(2012.12.24.)및 현장사진은 유예기간 경과 이후인 2012.12.24. 현지출장하여 확인한 결과이므로 유예기간 내 이 건 부동산을 청구법인이 직접 사용하지 않고 타인에게 임대하였다고 보기 어려운 점 등을 고려할 때, 청구법인이 이 건 부동산을 취득하여 그 취득일(등기일)부터 2년 이내에 직접 사용하지 아니하거나 임대하였다고 보기 어려워 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있음
[주 문] 처분청이2013.3.10. 청구법인에게 한 취득세 OOO, 등록세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요 가.청구법인은 2010.11.23. OOO와 그 지상 공장용 건축물 3,973㎡(이상 4필지의 토지와 건축물을 합하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 경매로 취득하고, 이 건 부동산이 (구)조세특례제한법(2010.12.27. 일부개정 전, 이하 같다) 제120조 제3항의 창업중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 취득하는 사업용 재산이라 하여 취득세 등을 감면받았다. 나.처분청은 2012.12.24. 지방세 감면법인 실태조사에서 이 건 부동산 중 청구법인이 ㈜OOO과 체결한 임대차계약상의 임대면적 2,644㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대하여 청구법인이 이를 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 임대한 것으로 보아, 쟁점부동산의 취득가액 OOO을 과세표준으로 하여 취득세 OOO, 등록세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 2013.3.10. 청구법인에게 부과고지하였다. 다.청구법인은 이에 불복하여 2013.6.7. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 의료용 모니터를 제조하는 법인이며, 모니터 제조공장은 단순히 제조라인으로만 사용되는 것은 아니고 제조를 위해서는 반드시 부품창고, 자재창고, OOO, 완제품창고 등 다양한 용도로 사용되어지는데, 청구법인은 2010.11.23. 쟁점부동산 소재 공장을 인수하여 기존의 도자기공장시설을 철거하고 동 공장건축물을 의료용 모니터 생산을 위한 조립라인 및 제품검사, 자재창고 및 완제품 창고, OOO으로 구분하여 사용하였다. 그 후, 청구법인은 그동안의 연구개발 성과로 대구대학교 내에 부설연구소를 설립하게 되었고, 또한 경기도 OOO에 수도권 고객들을 지원하기 위한 새로운 사무실을 개설하여 2012년 11월부터 자재와 장비를 대구대학교와 성남의 사무실로 이전하였다. 그리고, 연구소 설립 및 사무실 이전에 따라, 이 건 부동산의 빈 공간을 ㈜OOO에 임대를 하게 되었는데, 임대 시작일은 창업 후 2년이 경과한 이후인 2013.2.1.이며, 임대료 역시 2013.2.1.부터 받기로 약정하였다. 그런데, 처분청은 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 이후 만 2년이 경과한 시점에서야 본 공장을 방문하였고, ㈜OOO이 물건을 입고하는 장면만 보고서 그동안 청구법인이 공장을 해당사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보고 취득세 등을 추징한 것이다.
(2) 그러나, 지난 2년간 청구법인이 구매한 자재수량, 재고수량, 그리고 출하를 위한 제품 등을 보면 쟁점부동산은 실제로 그 공간이 생산라인, 자재창고, 완제품창고로 사용되었음을 알 수 있다. 따라서, 쟁점부동산 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용하였다고 하면서 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다.
(2) 또한, 청구법인은 유예기간 동안 사용한 후에 쟁점부동산을 임대하였다고 주장하지만, 처분청 담당공무원이 유예기간의 경과시점인 2012.12.24. 쟁점부동산의 직접 사용 여부에 대한 현장 확인 결과, 청구법인은 당시 쟁점부동산을 ㈜OOO에 임대하기 위하여 관련시설을 설치하는 등 임대준비만 하고 있었다. 그리고, 청구법인이 쟁점부동산을 사업용에 직접 사용하였다는 증빙으로 제시하고 있는 근거자료도 단순 제품구매 목록인 점 등을 고려하면 쟁점부동산을 유예기간 내에 사용하였다는 청구법인의 주장은 신빙성을 인정할 수 없다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인은 반도체 제조장비 및 부품 제조업, 의료장비 개발, 제조, 판매 및 수출입업 등을 목적사업으로 하여 2010.10.13. 설립된 법인으로, 2010.11.23. 이 건 부동산을 경매로 취득한 다음 (구)조세특례제한법 제120조 제3항의 “창업중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 취득하는 사업용 재산”으로 하여 취득세 등을 감면받았다(이 건 부동산의 등기사항전부증명서).
(2) 청구법인은 2011.5.3. 이 건 부동산에 시설물공사비로 OOO을 지출하였다고 하면서 전자세금계산서(2011.5.3.)를 제출하였고, 지난 2년간 출하를 위한 제품을 보면 실제로 공간을 생산라인, 자재창고, 완제품창고로 사용하였음을 알 수 있다고 하면서 의료용 모니터 생산을 위한 자재구매 일자 및 거래처 내역 및 2011.1.1.부터 2011.12.31.까지의 청구법인의 제품매출액이 OOO으로 나타나는 손익계산서를 제출하였다.
(3) 청구법인은 이 건 부동산을 취득하여 기존에 설치되어 있던 도자기공장시설을 철거한 후 의료용 모니터 생산을 위한 조립라인 및 제품검사, 자재창고 및 완제품 창고, OOO으로 구분하여 사용하였다고 하면서 부동산 취득 전후의 현장사진들을 각각 제출하였다.
(4) 처분청은, 처분청 소속 세무공무원이 유예기간 경과 직후인 2012.12.24. 이 건 부동산에 현지출장한 결과, 청구법인이 이 건 부동산 중 일부(쟁점부동산)를 제조공장 용도로 직접 사용하지 아니하고 ㈜OOO에 임대한 사실을 확인하였다고 하면서 출장 결과 보고서(2012.12.24.) 및 현장사진들을 각각 제출하였다. (5)한편, 이 건 심판청구에 대한 조세심판관회의 의견진술시처분청 세무담당공무원OOO은 청구법인의 이 건 부동산 취득 후 1년이 경과한 시점인 2011년 10월 ~ 11월 중에 지방세 감면기업체 현지조사 계획에 따라 청구법인을 방문한 결과 위 2012.12.24. 현지출장 내역과 마찬가지로 이 건 부동산은 제조시설 없이 미사용(공실) 상태였지만 조세특례제한법상 유예기간(2년) 이내이었기 때문에 별도 조치 없이 현장확인 후 종결하였고 출장보고서도 작성하지 아니하였다고 진술하였다.
(6) 청구법인이 제출한 부동산 임대차 계약서(2012.10.30.)에 의하면, 청구법인은 2012.10.30. ㈜OOO에게 보증금은 OOO, 차임은 월 OOO, 임대기간은 2013.2.1.부터 2015.1.31.까지(24개월)로 하여 쟁점부동산을 임대한 것으로 나타난다.
(7) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) (구)조세특례제한법 제119조 제3항 및 제120조 제3항에 의하면, 창업중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대해서는 취득세 및 등록세를 면제하되, 다만, 취득일(등기일)부터 2년 이내에 해당 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있다. (나) 살피건대, 청구법인이 제출한 전자세금계산서(2011.5.3.)에 의하면 청구법인은 2011.5.3. ㈜OOO에 이 건 부동산에 시설물공사비로 OOO을 지급한 것으로 나타나고, 청구법인의 재무상태표에 의하면, 2011.12.31. 현재(제2기) 청구법인의 유형자산은 기계장치 OOO, 차량운반구 OOO, 비품 OOO, 시설장치 OOO, 금형 OOO으로 나타나며, 청구법인의 손익계산서에 의하면, 2011.1.1.부터 2011.12.31.까지의 청구법인의 제품매출액이 OOO으로 나타나는 점, 청구법인이 이 건 부동산을 취득하여 기존에 설치되어 있던 도자기공장시설을 철거하고 의료용 모니터 생산을 위한 조립라인 및 제품검사, 자재창고 및 완제품 창고, OOO으로 구분하여 사용하였다고 하면서 제출한 부동산 취득 전후의 현장사진들에 의하면 청구법인이 쟁점부동산을 생산라인 등으로 직접 사용하였다는 주장이 일응 신빙성이 있다고 보여지는 점, 처분청이 제출한 출장 결과 보고서(2012.12.24.) 및 현장사진은 유예기간 경과 이후인 2012.12.24. 현지출장하여 확인한 결과이므로 유예기간 내 쟁점부동산을 제조공장 용도로 직접 사용하지 아니한 근거자료로 보기는 어렵다고 판단되는 점, 처분청은 유예기간 2년이 경과하기 전, 즉, 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 후 1년이 경과한 시점인 2011년 10월 ~ 11월 중에 지방세 감면기업체 현지조사 계획에 따라 청구법인을 방문하여 이 건 부동산이 제조시설 없이 미사용(공실) 상태였음을 확인하였다는 입장이나 이에 대한 별도의 근거자료는 존재하지 아니하는 점, 부동산 임대차 계약서 등에 의하면, 청구법인이 ㈜OOO과 임대차계약을 체결한 것은 유예기간 경과 전인 2012.10.30.이나 임대차기간은 2013.2.1.부터 2015.1.31.까지(24개월)로서, 실제 임대를 시작한 날은 유예기간 경과 후인 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 쟁점부동산을 취득하여 그 취득일(등기일)부터 2년 이내에 이를 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 임대하였다고 보기는 어려운 것으로 판단된다. (다) 따라서, 청구법인이 쟁점부동산을 그 취득일(등기일)부터 2년 이내에 이를 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 임대한 것으로 보아 취득세 및 등록세 등(가산세 포함)을 부과고지한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조, 제65조 제1항제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련법령 (구)조세특례제한법(2010.12.27. 일부개정 전) 제119조(등록세의 면제 등)③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기에 대해서는 등록세를 면제한다. 다만, 제1호의 경우 등기일부터 2년 이내에 해당 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.
1. 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 관한 등기 제120조(취득세의 면제 등) ③ 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.