청구법인이 자동차검사소용 토지를 취득하여 취득세 등을 감면받은 후 그 토지상에 있는 건물 일부를 다른 용도로 사용하자, 처분청이 전체 토지면적에 다른 용도로 사용중인 건물면적 비율을 곱하여 산정한 토지면적을 추징대상으로 보아 취득세를 추징한 처분의 당부

[주 문] 처분청이2013.3.10. 청구인에게 한취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 자동차검사소 전용으로 사용되는 토지부분을 제외한 면적을 기준으로 자동차검사소용에 직접 사용하지 아니하는 토지면적을 안분하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2009.12.29. OOO(택지개발사업 완료 전 종전 OOO일원) 토지 6,620㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)에 대하여 OOO와 10년간 매매대금을 지급하기로 하는 연부계약을 체결하여 2009.12.29. 계약보증금과 2010.12.28. 1차 연부금을 지급하고 이를 과세표준으로 구지방세법제286조 규정에 따라 교통안전공단의 자동차검사소용 부동산 취득이라 하여 취득세의 100분의 50을 경감한 취득세 등을 신고 납부하였고, 2011.12.28. 2차 연부금을 납부하고지방세특례제한법제69조 규정에 따라 취득세의 100분의 50을 경감한 취득세 등을 신고 납부하였다.
• 나. 그 후, 처분청은 청구법인이 2012.10.5. 이 사건 토지상에 자동차검사소용 건축물OOO을 신축(지하2층～지상3층 연면적 9,769.17㎡, 이하 “이 사건 건축물”이라 한다)한 후, 지상3층(1,493.23㎡, 공용면적 포함 시 3,475.87㎡, 이하 “쟁점건축물”이라 한다)을 자동차검사소용이 아닌 항공시험용 사무실로 사용하고 있는 사실을 확인하고, 이 사건 토지 전체(6,620㎡)를 쟁점건축물의 사용면적비율(35.58%)로 안분하여 산정한 면적부분(2,355.39㎡)에 대하여 기 감면된 토지분 취득세 감면을 배제하고 그에 대한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 2013.3.10. 청구법인에게 부과고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.5.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 OOO인 이 사건 건축물 중 3층이 항공안전사업부문의 사무실로 사용되고 있으나, 자동차검사소의 구조상 부속토지인 이 사건 토지 중 이 사건 건축물의 바닥면적(2,711.3㎡) 외의 토지 전체가 자동차검사소용으로만 사용되는 토지에 해당하는 바, 이 사건 토지 전체에 대하여 감면대상인 자동차검사소용 토지로 보아 이 건 취득세 등은 전액 취소되어야 하며, 설령, 이 사건 토지 전체를 감면대상으로 볼 수 없다 하더라도 이 사건 토지 중 건축물의 바닥면적에 해당하는 토지를 제외한 부분은 자동차검사소 전용으로사용되고 있으므로 건축물 바닥면적에 해당하는 토지부분(2,711.3㎡)에대하여만 쟁점건축물 면적비율(35.58%)로 안분하여 추징세액을 산정하는 것이 타당함에도 이 사건 토지 전체에 대하여 쟁점건축물 면적비율(35.58%)을 안분하여 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견

(1) 마포구청장 의견 이 사건 건축물의 건축물관리대장상 대지면적이 이 사건 토지로 되어 있고, 대지면적에 대한 지상 층의 건축물 연면적 비율인 용적율이 69.94%로 나타나는 점에서 이 사건 건축물의 부속토지는 전체면적인 6,620㎡임이 분명하며, 건축물의 부속 토지는 건축물의 용도에 따라 그 부속되는 토지를 특정할 수 없는 것이므로, 이 사건 토지 전체면적에 쟁점건축물의 사용면적 비율을 안분하여 취득세 감면적용을 배제하고, 이 건 취득세를 부과한 처분은 정당하다.

(2) OOO 의견 일반적으로 건축물의 부속토지를 감면대상 면적과 감면 배제 면적으로 안분하여 산정할 때에는 건축물의 사용용도에 따라 전체 토지면적을 건축물 용도별 면적으로 안분하여 산정하여야 하지만, 이 사건 토지의 경우에는, 자동차검사소의 특성상 이 사건 토지 6,620㎡ 중이 사건 건축물의 바닥면적 2,711.3㎡를 제외한 나머지 토지(3,908.7㎡)부분은자동차 검사를 위한 진입로, 대기로 및 퇴출로 등으로만 사용되고 있으며, 자동차 검사차량 이외에는 진입 및 사용할 수 없는 배타적인 구조로서 이 사건 건축물 3층의 항공안전사업부문은 전혀 사용 및 접근이 불가능하므로 건축물 바닥면적에 해당하는 토지부분(2,711.3㎡)에 쟁점건축물 면적비율(35.58%)을 안분한 부분만을 감면대상에서 제외하는 것이타당하다(대법원 2007.10.25. 선고, 2006두736 판결 참조).

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 자동차검사소용 토지에 대한 취득세 감면 후 건물일부를 다른용도로 사용하여 추징하는 경우,자동차검사 전용으로만 사용되는 부분에 대하여추징대상에서 제외하는 것이 타당한지 여부
• 나. 관련법령

(1) 구 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제286조【자원 및 환경보호사업자 등에 대한 감면】① 교통안전공단법에 따라 설립된 교통안전공단이 동법 제6조제6호의 규정에 의한 사업용 부동산을 취득하는 경우 및 자동차관리법 제44조의 규정에 의한 지정을 받아 자동차검사업무를 대행하는 자동차검사소용 부동산을 취득하는 경우에는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 경감된 취득세와 등록세를 추징한다.

(2) 지방세특례제한법 제69조【교통안전 등을 위한 감면】교통안전공단법에 따라 설립된 교통안전공단이 같은 법 제6조제6호의 사업을 위한 부동산을 취득하는 경우 및 자동차관리법 제44조에 따른 지정을 받아 자동차검사업무를 대행하는 자동차검사소용 부동산을 취득하는 경우에는 2012년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감한다.

(3) 교통안전공단법 제6조【사업】공단은 다음 각 호의 사업을 수행한다.

6. 자동차의 성능 및 안전도에 관한 시험·연구

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 이 사건 토지를 연부취득한 후,지방세특례제한법제69조 규정 등에 의거 자동차검사소용 부동산이라 하여 연부 계약금 및 1차, 2차 연부금에 대한 취득세 50%를 감면받았고, 이 사건 토지에 OOO인 이 사건 건축물을 신축한 후 항공시험용 사무실로 사용되는 쟁점건축물(3층)을 제외한 나머지 건축물에 대하여 취득세 50%를 감면받았다.

(2) 처분청은 청구법인이 이 사건 건축물의 신축 이후 쟁점건축물 을 자동차검사소용으로 사용하고 있지 않은 이상, 그 부속토지인 이 사건 토지 전체 중 쟁점건축물 면적 비율이 자동차검사소용으로 사용되고 있지 않는 것으로 판단하고, 이 건 취득세 등을 부과고지하였다.

(3) 청구법인의 이 사건 건축물OOO에 대한 층별 사용현황은 아래 표와 같다. (단위: ㎡) 층 별 면 적 사용내역 비 고 지하 1～2층, 옥탑 5,139.37 주차장, 식당, 방재실, 기계실, 발전기실 등 지상 1층～2층 3,136.57 자동차검사소용 사무실 지상 3층 1,493.23 항공사업부문 사무실 쟁점건축물 합 계 9,769.17㎡

(4) 이 사건 건축물의 건축물대장에는 대지면적이 이 사건 토지 면적(6,620㎡)으로 기재되어 있다.

(5) 청구법인이 제출한 이 사건 토지 및 이 사건 건축물이 나타난 OOO 사진과 자동차검사소 전체 평면배치도를 보면, 이 사건 토지 중 이 사건 건축물 바닥면적(2,711.3㎡)과 쟁점건축물의 출입구 부분을 제외한 토지가 자동차검사용 차량의 진입로, 대기차로, 검사차로, 퇴출로 및 검사소검사장 전용으로 사용중인 것으로 나타난다.

(6) 처분청은 이 사건 건축물의 바닥면적 등을 제외한 토지가 자동차검사소 전용으로 사용되는 점에 대하여는 달리 이견이 없는 것으로 나타난다.

(7) 위 사실관계와 관련법령을 종합하여 살펴본다. (가) 청구법인은 이 사건 토지 중 이 사건 건축물의 바닥면적 외의 토지 전체가 자동차검사소 전용으로 사용되므로, 이 사건 토지 전체에 대하여 자동차검사소용 토지로 보아 취득세를 감면하여야 하고, 설령, 이 사건 토지 전체를 감면대상으로 볼 수 없다 하더라도 자동차검사소 전용으로사용되는 토지에 대하여는 취득세 감면대상으로 보아야 한다는 주장이므로 이에 대하여 본다. (나) 지방세특례제한법제69조에서교통안전공단법에 따라 설립된 교통안전공단이 자동차관리법 제44조에 따른 지정을 받아 자동차검사업무를 대행하는 자동차검사소용 부동산을 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 50을 경감하도록 규정하고 있다. (다) 재산세 경감대상토지의 면적산정방법과 관련으로 ‘감면대상 사업용에 직접 사용하는 토지’의 산정방법에 관하여는 당해 감면대상 사업용으로 사용되는 토지는 당연히 여기에 포함됨을 전제로 하여, 우선 감면대상 사업용도와 다른 용도로 함께 사용되고 있는 건축물의 바닥면적은 그 건축물 연면적 중 감면대상 사업 용도로 사용되는 면적의 안분비율에 의한 부분이 감면대상에 사용되는 것으로 보아야 하고, 다음으로 건축물 바닥면적을 제외한 부속토지의 경우에는 ‘특정 건축물의 전용성’ 여부를 따져, 특정 건축물에 전용되는 부분은 위와 같은 방법으로 감면대상 사업에 사용되는 면적 부분을 산정하고, 특정 건축물에 전용되지 아니하는 부분은 토지상의 전체 건축물 연면적 중 감면대상 사업용도로 사용되는 면적의 안분비율에 의하여 산정하는 것이 재산세의 과세 및 감면에 관한 일반 법리(종합토지세 면제대상토지의 면적산정에 관한 대법원 1995.4.28. 선고 94누13527 판결 등 참조) 등에 비추어 살펴볼 때, 합리적이고 타당한 것이라 하겠다(대법원 2007.10.25. 선고 2006두736 판결 참조). (라) 청구법인 OOO인 이 사건 토지의 경우, 이 사건 건축물의 건축물대장상에 이 사건 토지면적 전체(6,620㎡)가 대지면적으로 기재된 것이 나타나지만, 청구법인이 제출한 이 사건 토지 및 이 사건 건축물이 나타난 사진과 전체 평면배치도를 살펴보면, 이 사건 토지 중 이 사건 건축물의 바닥면적과 쟁점건축물의 출입구 일부를 제외한 토지가 자동차검사용 차량의 진입로, 대기차로, 검사차로, 퇴출로 및 검사소검사장 전용으로 사용중인 사실을 알 수 있는 바, 이 사건 토지 중 자동차검사소 전용으로 사용되는 토지부분에 대하여는 그 전용성을 인정하여지방세특례제한법제69조규정에 따라 자동차검사소용에 직접 사용하는 토지로 보아 취득세를 경감하고, 그 나머지 토지 부분에 대하여는 이 사건 건축물 면적 중 쟁점건축물에 해당하는 면적에 따라 안분한 토지 금액을 산정하여 감면대상에서 제외하는 것이 합리적이라고 하겠다. (마) 따라서, 처분청이 자동차검사소 전용으로 사용되는 토지부분을 포함한 이 사건 토지 전체에 대하여 자동차검사소용에 직접 사용하지 아니하는 쟁점건축물의 면적에 따라 안분하여 이 건 취득세를 부과한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.