종교단체가 토지를 취득한 후 담임목사 명의로 교회를 신축하여 소유권보존등기를 한 경우 취득세 비과세 대상으로 볼 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요 가.청구법인이 2010.6.25. OOO, 2010.9.27. 같은 동 841-1 토지 90㎡ 및 건물 59.85㎡(이하 “제2부동산”이라 한다), 2011.2.23. 같은 동 841-5 토지 90㎡ 및 건물 59.22㎡ 중 1/2지분(이하 “제3부동산”이라 한다)를 매매로 유상승계취득하고 2011.3.8. 같은 동 841-2 토지 90㎡ 및 건물 59.3㎡ 중 1/2지분(이하 “제4부동산”이라 한다), 같은 동 841-3 토지 90㎡ 중 1/2지분(이하 “제5부동산”이라 한다), 같은 동 841-5 토지 90㎡ 및 건물 59.22㎡ 중 1/2지분(이하 “제6부동산”이라 한다), 같은 동 841-6 토지 90.1㎡ 및 건물 59.3㎡(이하 “제7부동산”이라 하고, “제1부동산”, “제2부동산”, “제3부동산", "제4부동산”, “제5부동산”, "제6부동산“, ”제7부동산“을 모두 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 증여로 취득한 후 지방세법 제107조 및 제127조 제1항의 규정과 지방세특례제한법 제50조 제1항에 의한 종교단체가 그 사업에 사용하기 위한 부동산으로 보아 취득세 및 등록세를 비과세 또는 감면받았다.

• 나. 처분청은 청구법인이 OOO 토지에 담임목사 명의로 건축물 763.63㎡를 2011.11.2. 신축취득한 사실을 확인하고 쟁점부동산이 종교단체의 종교용 부동산에 해당하지 않는다고 보아 제1부동산과 제2부동산의 취득가액OOO에 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 규정을 적용하여 산출한 세액에 같은 법 제121조 및 제151조의 규정을 적용하여 산출한 가산세를 포함하여 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO과 제3부동산, 제4부동산, 제5부동산, 제6부동산, 제7부동산의 취득가액OOO에 지방세법 제11조 제1항 제2호 및 제7호의 규정을 적용하여 산출한 세액에 같은 법 제21조 제1항의 규정을 적용하여 산출한 가산세를 포함하여 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 2012.9.10. 부과고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2013.3.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 교회건물 신축목적으로 취득하여 지상 건축물을 철거한 후, 담임목사OOO 명의로 2011.3.25. 쟁점토지에서 신축허가를 받아 2011.6.2. 착공신고를 하여 2011.11.2.지상 4층의건축물을 신축취득한 후, 2011.11.7. 신축취득한 건축물에 대한 취득신고 및취득세를 납부하였으므로 쟁점부동산이 종교단체가 직접 사용하는 부동산에 해당되지 않는다고 보아 기 면제된 취득세와 등록세를 추징하였으나, 청구법인은 쟁점토지는 교회명의로 되어 있고, 신축건축물 중 1층 카페부분을 제외한 2～4층을 실질적으로 교회 예배당으로 사용하고 있으므로 비록 건물을 담임목사 개인명의로 취득하였다 하더라도 등기인과 상관없이 실질적으로 교회당으로 사용을 하면 취득세 등을 감면하는 것이 실질과세원칙에 부합되는 바, 지방세법 제107조의 ‘종교 및 제사를 목적으로 하는 단체’에 대한 취득세 등의 감면 규정은 해당 부동산이 그 용도에 직접 사용하였을 경우 감면을 하는 것임에도 건축물에 대한 명의가 교회로 되어 있지 않다 하여 그 부속토지까지 감면대상에서 제외하는 것은 조세의 기본원칙인 실질과세원칙에 맞지 않으므로 부당하다.
• 나. 처분청 의견 지방세법상 실질과세규정은 새로운 효력을 창설하는 기능을 하는 것이 아니라 세법운영상의 원론적 의미를 선언적·확인적으로 규정하는 일반규정이므로 지방세법 각 조항에서 규정하는 세목별 과세객체의 개념과 납세의무자의 범위 규정이 “실질과세”여부의 판단기준이 되어야 하는 것을 의미한다 할 것이고 취득세의 경우는 그 과세객체를 “과세대상 물건의 취득행위”라 하고 그 취득행위 자체에 담세력을 인정하여 과세하는 조세이므로 취득세에서 “실질”이란 “취득행위”자체를 의미하고, 또한, 청구법인이 쟁점부동산 취득 당시 종교단체의 종교용 부동산으로 취득세 등을 감면받은 것은 그 자체로 감면요건이 충족된 것이 아니라 유예기간 3년 이내에 청구법인 교회가 건축물을 신축하여 종교용으로 직접 사용할 것을 전제로 감면받은 것이며, 쟁점부동산 감면요건의 완성은 건물이 신축된 후, 그 해당 용도에 직접 사용하는지의 여부에 따라 결정되어진다 할 것이므로 신축 건축물과 쟁점부동산 토지 등을 별개로 보아 감면규정을 적용할 수는 없다. 즉, 지방세법 제107조 제1호와 제127조 제1항 제1호, 같은 법 시행령 제79조 제1항 제1호에서 취득세 등이 비과세되는 요건은 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 용도에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라고 규정하고 있고 “직접 사용”이라 함은 부동산 소유자가 그 부동산의 사용권을 행사하는 것으로서 직접 사용의 주체는 소유권자가 되고 그 객체는 해당 부동산이 되며 사용 용도는 그 해당사업이 되는 것이므로, 신축 건축물을 청구법인 교회가 아닌 담임목사 명의로 소유권보존등기를 한 이상, 그 소유권은 그 개인에게 귀속된 것으로 비록 사실상의 용도가 교회라고 하더라도 신축 건축물과 쟁점부동산은 종교단체가 해당 용도에 직접 사용하는 부동산으로 볼 수 없다 할 것이어서 처분청에서 기 감면받은 쟁점부동산의 취득세 등을 부과고지한 이 건 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 종교단체가 토지 취득후건축물을 담임목사 명의로 신축취득하여 소유권보존등기를 한 경우, 취득한 토지 및 건축물이 종교용에 직접 사용하는 부동산에 해당되는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 제출자료 및 청구법인의 항변서 등에는 다음과 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구법인은 2010.6.25. OOO 중 1/2지분과 무허가 건물 59.3㎡를 OOO에 취득하여 2010.6.28. 취득신고를 한 후, 2010.9.27. OOO 및 그 지상 건물 59.85㎡를 OOO에 취득하고 2010.9.28. 취득신고를 하였고, 2011.2.23. OOO 토지 90㎡ 및 그 지상 건물 59.22㎡ 중 각 1/2지분을 OOO에 취득하고 같은 날 취득신고를 하였다. (나) 청구법인은 2011.3.8. OOO 및 그 지상건물 59.3㎡ 중 각 1/2지분을 무상거래(증여)로 취득하고 OOO을 과세표준으로 하여 취득신고를 하였고, 2011.3.8. OOO 토지 90㎡ 및 그 지상건물 59.3㎡ 중 각 1/2지분, OOO 토지 90㎡ 중 1/2지분, OOO 토지 90㎡ 및 그 지상건물 59.22㎡ 중 각 1/2지분, OOO 토지 90.1㎡ 및 그 지상 건물 59.3㎡를 무상거래(증여)로 취득하여 OOO을 과세표준으로 하여 취득신고를 하였다. (다) 청구법인은 2011.3.14. OOO를 841-1로 합병하고, 2011.3.25. OOO에 다음과 같이 건축허가를 받았다.

○ 건 축 주: 김OOO

○ 허가번호: 2011-OOO

○ 주 용 도:제1,2종 근린생활시설(소매점,종교시설,사무소),단독주택

○ 규 모: 지상4층 1개동 (라) 2011.6.2. 청구법인은 OOO에 신축공사에 대한 착공신고를 다음과 같이 하였다.

○ 건 축 주: 김OOO

○ 착공예정일: 2011.6.1. (마) 2011.11.7. 청구법인은 OOO에 신축건물 취득신고를 다음과 같이 하였다.

○ 건 축 주: 김OOO

○ 사용승인: 2011.11.2.

○ 취득물건: 지상4층 연면적 796.78㎡ 건물 신축

○ 취득가액: OOO (바) 2012.7.3. 처분청은 현지출장하여 다음사항을 확인하였다.

○ 출장목적: 해당용도 사용확인

○ 확인사항

• OOO로 명칭 변경

• 1층 커피숍, 2층 예배당, 3층 교육관, 4층 담임목사사택 사용 (2)청구법인은 쟁점토지가 교회명의로 되어 있고, 신축건축물 중 1층 카페부분을 제외한 2～4층을 실질적으로 교회 예배당으로 사용하고 있으며 비록 건물을 담임목사 개인명의로 취득하였다 하더라도 등기명의인과 상관없이 실질적으로 교회당으로 사용하면 취득세 등을 감면하는 것이 실질과세원칙에 부합되는 것인 바, 건축물에 대한 명의가 교회로 되어 있지 않다 하여 그 부속토지까지 감면대상에서 제외하는 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다. (가) 지방세법제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호, 같은 법 시행령 제79조 제1항 제1호,지방세특례제한법제50조 제1항에서종교를 목적으로 하는 단체가 종교용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산 및 그 부동산에 대한 등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과하지 아니하지만수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 취득세 및 등록세를 부과하도록 규정하고 있다. (나) 청구법인의 경우 2010.6.25.부터 2011.3.8.까지쟁점부동산을 교회건물 신축목적으로 취득하여 지상 건축물을 철거한 후, 2011.3.25. 건축허가를 받아 2011.6.2. 착공신고를 하여 2011.11.2.지상 4층의건축물을 신축취득하고 2011.11.7. 신축취득한 건축물이 개인명의OOO로 소유권보존등기를 한 것이므로 감면대상이 아니라고 보아 취득세를 신고납부하였으며, 쟁점부동산의 경우도 종교단체 명의로 등기를 하였다가 2011.3.8. 개인명의OOO으로 소유권이전등기를 한 사실이 제출된 부동산등기부 등 관련자료에서 확인되고 있는 바, 청구법인은 쟁점부동산을 종교단체 명의로 취득하였다가 개인명의로 등기를 이전한 후 건물을 신축하여 개인명의로 소유권보존등기를 한 것이어서 신축건축물은 취득세 등 비과세(감면)요건인 종교를 목적으로 하는 단체가 취득한 부동산에 해당되지 아니하므로 비과세(감면)대상에서 제외된다 하겠고 그 부속토지로 사용하는 쟁점부동산 역시 종교용으로 취득한 부동산으로 보기는 어렵다 하겠다. (다) 또한, 청구법인은 쟁점부동산 소유자와 관계없이 종교용에 사용하고 있으면 감면대상이라고 보는 것이 실질과세원칙에 부합된다고 주장하지만,지방세법상 실질과세규정은 새로운 효력을 창설하는 기능을 하는 것이 아니라 세법운영상의 원론적 의미를 선언적으로 규정하는 일반규정인 바, 지방세법령 각 조항에서 규정하는 세목별 과세객체의 개념과 납세의무자의 범위 규정이 “실질과세”여부의 판단기준이 되어야 하는 것을 의미한다 할 것이고, 취득세의 경우는 그 과세객체를 “과세대상 물건의 취득행위”라 하고 그 취득행위 자체에 담세력을 인정하여 과세하는 조세이므로 취득세에서 “실질”이란 “취득행위”자체를 의미하는 것이며, “직접 사용”이라 함은 부동산 소유자가 그 부동산의 사용권을 행사하는 것으로서 직접 사용의 주체는 소유권자가 되고 그 객체는 해당 부동산이 되며 사용 용도는 그 해당사업이 되므로, 신축 건축물을 청구법인 교회가 아닌 담임목사 명의로 소유권보존등기를 한 사실이 입증되는 이상, 건축물의 취득자 및 소유자는 취득세 등의 비과세 대상인 단체가 아닌 개인 소유의 건축물이기 때문에 쟁점부동산은 종교단체가 그 해당 용도에 직접 사용하는 것으로 볼 수 없는 것이므로 비과세(감면)요건을 충족하지 못하기 때문에 취득세 등을 부과고지한 이 건 처분은 실질과세원칙에 위배되는 것이 아니라 하겠다. (라) 따라서, 쟁점부동산을 종교단체명의로 등기하였다가 개인명의로 이전등기하고 건축물을 신축하여 개인명의로 보존등기한 후 쟁점부동산을 그 부속토지로 사용하기 때문에 종교단체가 종교용에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산이 아니라고 보아 취득세 등을 부과고지한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 관 계 법 령

(1) 지방세법(법률 제10221호, 2010.3.31. 전부개정되기 전의 것) 제107조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 제127조(용도구분에 의한 비과세)①다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세 부과한다. 1.제사·종교·자선·학술·기예기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기 제186조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각 호에 규정하는 재산(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 당해 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 당해 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 그러하지 아니하다. 1.제사·종교·자선·학술·기예그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 대통령령이 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산. 이 경우 그 사업에 직접 사용할 건축물을 건축중인 경우와 건축허가후 행정기관의 건축규제조치로 인하여 건축에 착공하지 못한 경우의 그 건축예정 건축물의 부속토지는 이를 그 사업에 직접 사용하고 있는 것으로 본다. (2)지방세법 시행령(대통령령 제22395호, 2010.9.20. 전부개정되기 전의 것) 제79조(비영리사업자의 범위)①법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체 제94조(비영리사업자의 범위)①법 제127조 제1항 제1호본문에서 “대통령령으로 정하는비영리사업자”라함은 제79조의 규정에 의한비영리사업자를 말한다. 제136조(수익사업의 범위 등) ②법 제186조 제1호에서“대통령령이정하는비영리사업자”라함은 제79조의 규정에 의한비영리사업자를 말한다. (3)지방세특례제한법(법률 제10470호, 2011.3.29. 일부개정되기 전의 것) 제50조(종교 및 제사 단체에 대한 면제)①종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.

② 제1항의 단체가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대하여는 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및지방세법제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 면제하지 아니한다.