청구법인이 쟁점토지를 유예기간내에 영농 목적으로 사용하지 못한 정당한 사유가 존재하는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2009.12.8. OOO(이하 “전체토지”라 한다)를 매매로 취득한 후 구지방세법제266조 제7항 제1호의 규정에 의하여 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 창업후 2년 내에 취득하는 부동산에 해당된다는 사유로 취득세 등 감면신청을 하여 처분청으로부터 취득세 등을 면제받았다.
• 나. OOO는 2012.7.11. 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과 전체토지 중 일부OOO는 영농OOO에 사용하고 있으나 이러한 면적을 제외한 나머지 면적 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)는 영농에 직접 사용하고 있지 아니한 것으로 보아 이를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점토지의 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산정한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 등록세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 합계 OOO원을 2012.11.12. 청구법인에게 결정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2009.4.28. 친환경생태농업을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로서 2009.10.12. 목적사업을 영위하기 위하여 임야 및 수원지가 포함된 전체토지를 취득하였으며, 전체토지를 취득하기 전에 처분청을 방문하여 취득세 등 감면여부에 대하여 상담한 결과 사업계획서의 제출을 요구받고 OOO에 쟁점토지의 지형 및 지질, 수목현황, 향후 재배작물 등에 대한 조사를 의뢰하여 그 조사결과에 따라 쟁점토지를 5개 구역으로 구분하여 5개 연도에 걸쳐 연차적으로 야생약초, 녹차, 황철나무 등을 조성하고자 하는 사업계획서를 제출하여 취득세 등을 면제받고 현재 계획대로 사업을 진행중에 있는데, 처분청에서는 OOO의 세무조사결과에 따라 유예기간 이내에 영농에 사용하지 아니한 쟁점토지에 대하여 면제한 취득세 등을 추징하였는바, 청구법인이 전체토지를 취득하여 영위하고자 하는 영농사업은 산림자원을 훼손하지 아니하고 그대로 보존하면서 장뇌삼, 야생약초 등을 재배하고자 하였던 것으로서 이러한 특수작물은 재배기간이 장기간 소요되며, 사전에 생태분석, 시험재배 등 사전적 영농활동이 요구되고, 전체토지는 그 면적이 OOO로서 상당히 넓은 임야이기 때문에 이를 일시에 개발한다는 것은 물리적으로 불가능한 실정이었으므로 당초 사업계획에 따라 연차적으로 이를 개발하고자 생태조사를 거쳐 장뇌삼을 식재하고, 친환경 녹차씨의 파종, 황칠나무의 식재 등 사업을 연차적으로 지속적으로 추진하고 있으며, 청구법인은 2010.4.10. OOO과 유기농산물에 대한 공급계약을 체결하는 등 계속하여 당초 사업계획대로 사업을 추진하고 있는 실정으로서, 전체토지의 넓이가 상당하며, 친환경농법으로 특수작물을 재배하고자 하는 목적사업의 특수성, 전체토지를 취득한 이후 지속적으로 사업을 추진하고 있는 사정 등을 종합하면, 청구법인은 전체토지를 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 전체토지를 모두 목적사업에 사용하지 못한 것으로 보아야 하므로 이는 정당한 사유가 있는 경우에 해당된다고 보아야 할 것이며, 또한, 청구법인이 쟁점토지를 취득하기 이전에 처분청에 상담을 하고 5개년도에 걸쳐 쟁점토지를 개발하기로 하는 사업계획서를 제출하여 취득세 등을 감면받았음에도, 그 후 처분청에서 유예기간 1년 이내에 쟁점토지 전부를 영농에 사용하지 아니하였다는 사유로 전체토지 중 1년 이내에 영농에 사용한 면적 OOO를 제외한 쟁점토지에 대하여 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 신의성실의 원칙에 위배되어 부당하므로 이 건 부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 전체토지를 취득한 후 면적이 너무 넓어 1년 이내에 농업용으로 사용하는 것이 불가능하였기 때문에 단계적으로 농업용으로 사용하기 위해 연차계획을 수립하여 진행하고 있으며 자체 계획대로일부OOO는 농업용으로 사용하고 있는데 쟁점토지에 대하여 고유목적대로 사용하지 않는다 하여 감면세액을 추징함은 부당하다고 주장하나, 구지방세법제266조 제7항에서는 농업법인이 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 창업후 2년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하면서 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세와등록세를 추징토록 규정하고 있으며, 당해 규정에서의‘정당한 사유’라 함은 법령에의한금지·제한 등 그 법인이 마음대로할 수 없는 외부적인 사유는물론고유업무에 사용하기 위한 정상적인노력을 다하였음에도 시간적여유가없어 유예기간을 넘긴 사유를 의미하는 바(대법원 2003. 12. 12. 선고2003두9978 판결), 청구법인은 전체토지의 면적이 넓어 1년 이내에 농업용으로 사용하는 것은 불가능하여 단계적으로 농업용으로 사용하기 위해 연차계획을 수립 진행하고 있기에 일부OOO만 사용하고 쟁점토지를 사용하지 못했다고 주장하고 있으나, 청구법인이 단계적으로 농업용으로 사용하기 위한 연차계획을 증빙자료를 제시하지 못하고 있을 뿐만아니라, 이는 법령에 의한 금지·제한 등청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유가 아닌 목적사업의 운영에대한 사전준비의 부족 등 법인 자체적인 내부사정에 불과한 것이므로정당한 사유에 해당되지 않는다고 할 것이므로 처분청이 유예기간 이내에 농업용에 사용하지 아니한 쟁점토지에 대하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 영농을 목적으로 임야 등을 취득한 후 이를 유예기간 이내에 목적사업에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법률 (1)지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제266조(농어민관련사업 등에 대한 감면)⑦농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 항에서 “농업법인”이라 한다) 및 같은 법 제16조에 따른 영어조합법인이 영농·영어·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각호의1에서 정하는 바에 의하여 지방세를 감면한다. 다만, 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세와 등록세를 추징한다. 1.농업법인이 영농에 사용하기 위하여 창업 후 2년 이내에 취득하는 부동산에대하여는 취득세와 등록세를 면제한다.

(2) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조(농업회사법인 및 어업회사법인의 설립 등) ① 농업의 경영이나 농산물의 유통·가공·판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.

② 농업회사법인을 설립할 수 있는 자는 농업인과 농업생산자단체로 하되, 농업인이나 농업생산자단체가 아닌 자도 대통령령으로 정하는 비율 또는 금액의 범위에서 농업회사법인에 출자할 수 있다.

③ 수산업의 경영이나 수산물의 유통·가공·판매를 기업적으로 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 어업회사법인(漁業會社法人)을 설립할 수 있다.

④ 어업회사법인을 설립할 수 있는 자는 어업인과 어업생산자단체로 하되, 어업인이나 어업생산자단체가 아닌 자도 대통령령으로 정하는 비율 또는 금액의 범위에서 어업회사법인에 출자할 수 있다.

⑤ 농업회사법인 및 어업회사법인의 해산명령에 관하여는 제16조제4항을 준용한다.

⑥ 농업회사법인 및 어업회사법인의 설립·출자, 부대사업 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑦ 농업회사법인의 농업생산자단체 조합원이나 준조합원 가입에 관하여는 제17조제3항을 준용하고 어업회사법인의 어업생산자단체 조합원이나 준조합원 가입에 관하여는 제17조제4항과 제5항을 준용한다.

⑧ 농업회사법인 및 어업회사법인에 관하여 이 법에서 규정한 사항 외에는 상법중 회사에 관한 규정을 준용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 증빙자료에서 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 청구법인은 2009.4.28. 농수축산물의 생산, 유통, 가공, 판매 등을 목적사업으로 하여 법인설립등기를 한 것으로 법인등기부등본에서 확인된다. (나) 청구법인은 2009.10.22. OOO와 전체토지OOO에 대하여 매매대금을 OOO원으로, 잔금지급일을 2009.12.21.로 하여 매매계약을 체결하고, 계약서상 잔금지급일 이전인 2009.12.8. 잔금을 지급하고 이를 취득한 것으로 매매계약서 등에서 나타난다. (다) OOO는 2009년 12월에 청구법인의 의뢰에 따라 전체토지에 대한 지형 및 지질, 기후, 수목 및 동·식물상황 등에 대한 조사를 실시하고, 전체토지를 5개구역으로 구분하여 순차적으로 이를 개발하는 것을 제안한 것으로 조사결과보고서에서 나타난다. (라) 청구법인이 당초 전체토지에 대하여 감면신청을 하면서 제출하였다는 사업계획서에는 전체토지를 아래와 같이 개발할 계획인 것으로 기재되어 있으며, 관련 항공사진이 첨부되어 있다. (마) 청구법인은 2010.4.10. OOO과 유기농산물 공급계약을 체결하였으며, 그 계약서 제2조에서 유기농산물이란 “청구법인이 생산하는 유기농산물은 무농약 재배를 통하여 생산되는 농작물로서 유기농 장뇌삼, 유기농 황칠나무, 약초생산물 등을 지칭한다.”고 약정하고 있다. (바) 청구법인은 2010.4.19. 전체토지 중 쟁점토지를 제외한 토지에 대하여 장뇌삼재배를 목적으로 산지전용신고를 하여 처분청이 이를 수리한 것으로 관련공문OOO에서 확인된다. (사) 청구법인이 작성하여 OOO에 제출한 것으로 기재되어 있는 영농일지에는 청구법인이 2010.3.21.～2012.4.12. 사이에 장뇌삼 이식작업, 녹차종자 파종작업, 잡목관리, 유기농 영농관련 견학 및 학습, 황칠나무 묘목 식재 등의 내용이 기재되어 있고, OOO는 2012.12.13. 전체토지 중 OOO에 재배된 황칠나무와 인삼에 대하여 친환경농산물인증서를 교부한 사실이 있는 것으로 나타난다. (아) 청구법인은 2011.5.20. 전체토지가 유기농 생태농업에 적합한지 여부에 대하여 OOO에게 견학의뢰를 하여 OOO 소재 관련농장을 방문한 것으로 제출된 증빙자료에서 나타난다. (자) 청구법인은 2012.12.11. OOO로부터 토양오염물질 검사결과 통보를 받은 사실이 있고, 2013.1.30. OOO에 황칠나무 재배예정지에 대한 토양조사를 의뢰한 사실이 관련 문서에서 나타난다. (차) 청구법인은 2013.1.10. 전체토지에 대한 식재적응성 조사를 실시하여 조사보고를 받은 사실이 있는 것으로 제출된 식재적응성검토서에서 나타난다. (카) 청구법인은 2013.1.9. 처분청에 OOO에 황칠나무를 식재하는 것으로 내용으로 하여 산림경영계획인가 신청을 하여 인가를 받은 사실이 관련 공문에서 확인된다.

(2) 이에 대하여 청구법인은 전체토지의 넓이, 청구법인이 추구하는 영농방법 등에 비추어 쟁점토지를 5개년 계획에 따라 사용하기 위하여 순차적으로 지속적인 노력을 하고 있고, 쟁점토지 취득 당시 감면신청을 할 때에 이러한 사업계획서를 처분청에 제출하여 감면을 받았음에도 유예기간 1년 이내에 쟁점토지 전부를 목적사업에 사용하지 아니하였다는 사유로 면제한 취득세 등을 추징한 처분이 부당하다고 주장하므로 이를 살펴본다. (가) 구지방세법제266조 제7항에서는 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 창업후 2년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하면서 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세와등록세를 추징토록 규정하고 있으며, 당해 규정에서의‘정당한 사유’라 함은 법령에의한금지·제한 등 그 법인이 마음대로할 수 없는 외부적인 사유는물론고유업무에 사용하기 위한 정상적인노력을 다하였음에도 시간적여유가없어 유예기간을 넘긴 사유를 의미한다 할 것으로서(대법원 2003.12.12. 선고2003두9978 판결 참조), (나) 청구법인의 경우 전체토지를 취득한 이후에 지질 및 생태조사, 산지전용신고 등을 하고 쟁점토지를 취득 목적대로 사용하고자 한 점은 인정되지만 이러한 지질 및 생태조사 등은 쟁점토지를 취득목적대로 사용하기 위한 준비작업에 불과하다고 할 것으로서 이러한 사전준비작업으로 인하여 유예기간을 도과할 수 밖에 없었다는 사유는 청구법인이 사전에 충분히 대비할 수 있었던 사정에 불과하다고 할 것이고, (다) 청구법인은 전체토지를 유예기간 이내에 영농에 사용하지 못한 사유가 면적이 넓고, 영농방법의 특수성 등으로 인하여 물리적으로 불가능하였다고 주장하나, 이러한 사유도 청구법인이 전체토지를 취득하기 이전에 예측할 수 없었던 특수한 사유에 해당되지 아니한 이상 단순히 영농면적이 넓고 영농방법의 특수성이 있다고 하여 쟁점토지 전부를 유예기간 이내에 취득 목적대로 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 경우에 해당된다고 인정하기는 어려워 보인다. (라) 따라서, 처분청이 전체토지 중 유예기간 이내에 영농에 사용하지 아니한 쟁점토지에 대하여 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.