[요지] 청구법인의 법인등기부 및 정관상의 목적이 ㅇㅇㅇ 및 기독교 선교와 관련된 역사를 연구하고, 그 성과를 널리 보급하여 기독교 문화의 창달과 선교에 기여하기 위한 것으로 나타나며, 청구법인의 조직 또한 연구원 및 ㅇㅇㅇ 등으로 구성되어 있으며, 2011년 예산집행 현황도 경상경비를 제외한 거의 대부분의 예산이 학술연구활동에 지출된 것으로 나타나는 점, 매월 학술발표회를 개최하고, 공개강연회 및 학술 심포지엄을 개최하는 점, ㅇㅇㅇ 3권을 비롯한 연구총서(20종), 자료총서(43종), 인물총서(4종), 번역총서(10종) 및 논문집(375호) 등의 연구실적이 있는 점 등을 종합하여 살펴볼 때 청구법인은 기독교 역사관련 학술의 연구와 발표를 그 주된 업무로 하는 단체로서 종교단체가 아닌 학술연구단체로 보는 것이 타당함
[주 문] 처분청이 2012.12.20. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 민법 제32조 및 문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙 제4조의 규정에 의하여 1995년 7월 4일 등록된 비영리 종교단체로서 관할 세무서에는 종교단체 관련 공익법인으로 등록되어 있고, 지정기부금 대상 비영리 법인이며, 청구법인의 정관 및 법인등기부등록 상 목적사업이 한국교회 및 기독교 선교와 관련된 역사를 연구하고, 그 성과를 널리 보급하여 기독교 문화의 창달과 선교에 기여함을 목적으로 하고 있고, 청구법인의 임원 및 직원의 대다수가 개신교 목사와 신학관련 교수 등으로 구성되어 있으며, 후원금의 대부분이 회원(목사, 교수, 신학생 등) 및 후원교회로부터 모집하고 있고, 청구법인의 주요활동 내역은 가. 한국교회사 자료를 조사 및 수집, 정리, 연구 보관, 나. 연구활동 및 연구발표회, 세미나 개최, 다. 공개강연회, 학술 심포지엄 개최, 라. 연구성과물 및 자료집 출판, 보급, 라. 연구성과물 및 자료집 출판, 보급, 마. 한국기독교사 연구자 양성 등인 바, 기독교 예배는 반드시 특정 장소, 특정 시간에 특정한 형식으로만 이루어지는 것이 아니고, 오히려 외형적인 의식보다는 가정, 학교, 직장 등 삶의 현장 속에서 교리의 의미를 깨우치는 것이 더 중요하며, 학술발표회를 비롯한 각종 행사를 하기 전에 기도 및 예배형식을 취하기도 하고, 선교 또한 반드시 특정 조직과 특정 형식에 의하여 이루어질 것을 요구하지 아니하며, 청구법인은 개별교회가 수행하기 어려운 한국 기독교의 선교 역사 연구 활동을 수행하여 기독교 문화의 창달과 선교에 기여하고 있고, 한국 기독교 선교와 관련된 역사를 연구하여 그 연구 성과를 각종 세미나, 행사, 출판 및 한국 기독교 유적지 방문 등을 통해 사람들에게 널리 전파함으로써 기독교의 교리와 가치관의 보급과 교화를 도모한 것으로 이는 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업을 추진하고 있으며, 서울특별시장으로부터 법인설립허가를 받을 당시 정관상 설립목적이 종교 활동에 있음을 명백히 하고 있고 목적사업으로도 선교를 위하여 한국교회 및 기독교 선교와 관련된 역사를 연구하고 이를 강연회, 학술 심포지엄 또는 책자로 통하여 널리 알리고 있으므로 청구법인은 종교단체로 보는 것이 타당하다.
(2) 청구법인은 기독교 선교와 관련된 역사를 연구하여 그 연구 성과를 널리 전파함을 목적으로 하는 비영리 공익법인으로서 이 건 부동산의 사용용도는 세미나실, 서고 및 자료실 등으로 회원 및 일반인에게 공개되어 있고, 그 사업에 사용이라 함은 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 하므로 이 건 부동산 중 임대부분을 제외한 부분은 종교용도에 직접 사용되고 있음에도 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.
(1) 종교를 목적으로 하는 단체라 함은 정기적인 예배, 찬양집회, 기도와 신앙교육 등을 목적으로 하는 단체를 말하는 것이고, 종교를 목적으로 하는 단체에 해당 하는지 여부는 당해 단체의 설립 취지나 목적, 목적사업, 실제의 운영형태 등을 전체적으로 고려하여 종교사업과의 관련성 정도에 따라 판단하여야 하는 바, 청구법인의 경우를 살펴보면 법인등기 목적과 정관의 목적이 한국교회 및 기독교 선교와 관련된 역사를 연구하고, 그 성과를 널리 보급하여, 기독교 문화의 창달과 선교에 기여함을 목적으로 하고 있음을 알 수 있고, 정관의 주된 사업내용을 보면 1. 한국교회 및 기독교 선교와 관련된 역사 연구, 2. 목회자 및 평신도를 대상으로 한 문화선교 훈련 프로그램 개발 실행, 3. 자료의 조사·수집 및 정리·보관, 4. 세미나, 공개강좌, 심포지엄 등 개최, 5. 성과물 및 자료집의 출판·보급, 6. 그밖에 이 법인의 목적을 이루기 위하여 필요한 사업으로 되어 있음을 알 수 있으며, 제출된 청구법인의 결산보고서 등을 보면 위의 사업 등이 수행되었음을 알 수 있고, 또한, 이 건 부동산의 층별 사용현황을 보더라도 주된 사용현황이 청구법인의 주된 사업내용 범위 내의 사용으로서 서고 및 사무실, 자료실, 세미나실 등으로 사용되고 있음을 알 수 있는 바, 이러한 사항을 종합적으로 판단해 볼 때 청구법인은 기독교의 역사 연구를 통한 성과물 및 자료집의 출판·정리·보관·보급 등을 수행하는 법인임을 알 수 있으며 지방세특례제한법 제50조에서 규정하는 종교 및 제사를 목적으로 하는 종교단체가 아님을 알 수 있다.
(2) 종교 등 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득·등기 등을 하는 경우 취득세·등록세 등을 부과하지 않는다고 규정하고 있는 바, 위 각 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 그 사업에 사용한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, 그 사업에 사용의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 할 것이므로, 종교단체가 취득하는 부동산의 고유목적에 사용한다함은 예배·기도 등 종교의식, 종교교육, 선교활동에 직접 사용하는 부동산에 한하여 취득세 등의 감면대상이 되는 것으로 해석하는바, 청구법인의 주장처럼 이 건 부동산의 사용용도가 청구법인의 목적사업 및 사업내용에 상응하는 사용이라 하더라도 이 건 부동산을 종교의식, 종교교육, 선교활동 등 종교목적으로 직접 사용한다고 볼 수 없다.
3. 심리 및 판단
(1) 지방세특례제한법 제45조(학술연구단체 및 장학단체에 대한 감면) ① 대통령령으로 정하는 학술연구단체·장학단체·과학기술진흥단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 지방세법 제146조제2항에 따른 지역자원시설세(학술연구단체·장학단체의 경우에만 해당한다)를 각각 2015년 12월 31일까지 면제한다. 제50조(종교 및 제사단체에 대한 면제) ① 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.
1. 수익사업에 사용하는 경우
2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
(2) 지방세특례제한법 시행령 제22조(학술연구단체등의 범위) 법 제45조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 학술연구단체·장학단체·과학기술진흥단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 단체를 말한다.
1. 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 따라 설립되거나 그 적용을 받는 학술연구단체·장학단체·과학기술진흥단체
2. 안전행정부장관이 미래창조과학부장관 또는 교육부장관과 협의하여 고시하는 단체
(3) 문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙 제4조(설립허가) ① 주무관청은 법인설립허가신청의 내용이 다음 각호의 기준에 적합한 경우에 한하여 이를 허가한다.
1. 법인의 목적과 사업이 실현 가능할 것
2. 목적하는 사업을 수행할 수 있는 충분한 능력이 있고, 재정적 기초가 확립되어있거나 확립될 수 있을 것
3. 다른 법인과 동일한 명칭이 아닐 것
② 주무관청은 법인설립허가신청을 받은 때에는 특별한 사유가 없는 한 20일 이내에 이를 심사하여 허가 또는 불허가의 처분을 하고, 이를 서면으로 신청인에게 통지하여야 한다. 이 경우 허가를 하는 때에는 별지 제2호서식에 의한 법인설립허가증을 신청인에게 교부하고, 법인설립허가대장에 필요한 사항을 기재하여야 한다.
③ 주무관청은 법인의 설립허가를 하는 때에는 필요한 조건을 붙일 수 있다.
(1) 처분청과 청구법인이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인은 1995.7.4. 민법 제32조 및 문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙 제4조에 의거 서울특별시장으로부터 법인설립허가(제311호)를 받았고, 정관상 한국교회 및 기독교 선교와 관련된 역사를 연구하고, 그 성과를 널리 보급하여, 기독교 문화의 창달과 선교에 기여함을 목적으로 하고 있으며, 사업은 1. 한국교회 및 기독교 선교와 관련된 역사 연구, 2. 목회자 및 평신도를 대상으로 한 문화선교 훈련 프로그램 개발 실행, 3. 자료의 조사․수집 및 정리․보관, 4. 세미나, 공개강좌, 심포지움 등, 5. 성과물 및 자료집의 출판․보급, 6. 그 밖에 이 법인의 목적을 이루기 위하여 필요한 사업으로 나타난다. (나) 청구법인은 1995.7.10. OOO를 주사무소로 하여 설립등기를 하였고, 2011.5.12. 이 건 부동산 취득 후, 2011.6.15. 이 건 부동산으로 주사무소를 이전하였으며, 법인등기부상의 목적도 정관상의 목적과 동일한 것으로 나타난다. (다) 한편, 이 건 부동산 중 건축물 사용현황을 보면, 임대한 1층을 제외한 나머지 부분은 청구법인의 사무실, 세미나실 및 자료실로 이용되고 있고, 청구법인의 2011년도 결산자료를 보면, 수입은 대부분 연구회비 및 후원회비로 조성되었으며, 지출은 경상운영비를 제외한 대부분의 사업비는 학술연구활동(연구사업비 및 출판홍보비 등)에 소요되었고, 청구법인은 이사회OOO, 연구소OOO 및 회원(연구회원 및 후원회원 350명)으로 구성되어 있고, 주요활동은 한국교회사 자료를 조사 및 수집, 정리, 연구, 보관, 열람 제공, 학술발표회(매월 첫째주 토요일 오후 2시)개최, 공개강연회, 학술 심포지엄 개최, 연구성과물 및 자료집 출판․보급 등이고, 도서출판(2012년 3월 현재) 내역은 OOO 3권을 비롯한 연구총서(20종), 자료총서(43종), 인물총서(4종), 번역총서(10종) 및 논문집(375호)으로 나타난다.
(2) 먼저, 청구법인이 지방세특례제한법 제50조 제1항에서 규정하고 있는 종교를 목적으로 하는 단체에 해당하는지 등에 대하여 살펴본다. 청구법인의 정관 및 등기부상의 목적이 예배, 찬양집회, 기도와 신앙교육 등이 아닌 한국교회 및 기독교 선교와 관련된 역사를 연구하고, 그 성과를 널리 보급하여, 기독교 문화의 창달과 선교에 기여함에 있고, 청구법인의 조직 또한, 담임목사 이하 종교관련 종사자 및 신도들로 구성된 기독교 관련 종교단체와 달리 이사회, 연구소장 및 연구원, 한국기독교역사학회 임원 및 회원들로 구성되어 있으며, 선교 등의 종교 활동보다는 한국교회 및 기독교 선교와 관련된 역사를 연구하고 이를 강연회, 학술 심포지엄 또는 책자로 통하여 널리 알리는 학술연구활동을 하고 있는 점 등을 종합하여 살펴보면, 청구법인을 종교를 목적으로 하는 단체에 해당한다고 보기에는 어려움이 있다 할 것이고, 이 건 부동산 또한, 예배·기도 등 종교의식, 종교교육, 선교활동 등의 종교활동에 직접 사용된다고 볼 수 없으므로 청구법인이 종교단체에 해당하고 이 건 부동산 중 임대한 부분을 제외한 부동산을 종교용에 직접 사용한다는 청구법인의 주장을 받아들이기는 어렵다 할 것이다.
(3) 위에서 살펴본 바와 같이 청구법인을 종교를 목적으로 하는 단체에 해당한다고 보기는 어려우나, 제출된 자료 등에 비추어 보면, 청구법인이 지방세특례제한법 제45조 제1항 및 같은 법 시행령 제22조에서 취득세 등의 감면대상으로 규정하고 있는 학술연구단체에 해당하는지 여부에 대하여는 살펴볼 필요가 있는 것으로 판단되므로 이에 대하여 직권으로 심리한다. 위 조항에서 규정하고 있는 학술연구단체라 함은 학술의 연구와 발표를 그 주된 목적으로 하는 단체를 의미한다고 할 것이고, 어느 단체가 학술연구단체에 해당하는지 여부는 단체의 명칭 여하에 불문하고 설립근거인 법령, 정관의 목적사업, 주된 수행업무 등 실질적인 활동내역, 예산집행상황 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것으로, 청구법인은 민법 제32조 및 문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙 제4조의 규정에 의거 서울특별시장으로부터 설립허가를 받았고, 법인등기부 및 정관상의 목적이 한국교회 및 기독교 선교와 관련된 역사를 연구하고, 그 성과를 널리 보급하여, 기독교 문화의 창달과 선교에 기여하기 위한 것으로 나타나며, 청구법인의 정관상의 사업이 1. 한국교회 및 기독교 선교와 관련된 역사 연구 2. 목회자 및 평신도를 대상으로 한 문화선교 훈련 프로그램 개발 실행 3. 자료의 조사․수집 및 정리․보관 4. 세미나, 공개강좌, 심포지움 등 5. 성과물 및 자료집의 출판․보급 등이고, 조직 또한 연구원 및 한국기독교역사학회원 등으로 구성되어 있으며, 2011년 예산집행 현황을 보면, 경상경비를 제외한 거의 대부분의 예산이 학술연구활동에 지출된 것으로 나타나는 점, 매월 학술발표회를 개최하고, 공개강연회 및 학술 심포지엄을 개최하는 점, OOO 3권을 비롯한 연구총서(20종), 자료총서(43종), 인물총서(4종), 번역총서(10종) 및 논문집(375호) 등의 연구실적이 있는 점 등을 종합하여 살펴볼 때 청구법인은 기독교 역사관련 학술의 연구와 발표를 그 주된 업무로 하는 단체로서 학술연구단체로 보는 것이 타당하다 할 것이고, 이 건 부동산 중 임대된 부분을 제외한 세미나실, 서고 및 자료실 등은 청구법인의 학술연구 활동에 직접 사용되고 있는 것으로 보이므로 동 부분에 대한 취득세 등은 면제되는 것이 타당하다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.