종교단체가 종교용으로 취득한 부동산을 2년 이내에 매각한 경우 기 비과세한 취득세 등을 추징한 처분의 당부

[참조결정] 조심2011지0842

[주 문] 처분청이 2012.12.10. 청구인에게 한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO의 부과처분은 등록세를 지방세법 제131조제1항제2호 단서의 세율(1,000분의 8)을 적용하여 산출한 세액으로 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요 가.청구인은서울특별시 OOO OO OOO-OO O OOO OO OOOO OOOOO OOO OO(OO O OOOOO OO, OOOO O OOO)OOO OOOO(OOO-OO OO OOO O OOOO, OOO-OO OO OOOO O OOOO, OOO-OO OO OO O OOOO, OOO-OO OO OOO OOOOO, OOO-OO OO OO O OOOO, OO OOOOOOO OO)를2009.1.2. 증여를 원인으로 2009.1.13. 취득신고 하였고, 같은 날 구지방세법(2009.6.9. 법률 제9780호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제107조제1호 규정에 의거 처분청으로부터 ‘종교단체가 그 사업에사용하기 위한 부동산 취득’으로 보아 쟁점토지에 대한 취득세·등록세 등을 비과세 받았다.

• 나. 그 후, 처분청은 도시계획시설(도로)사업으로 인해 쟁점토지가 2009.8.14. 서울특별시에 수용되어 소유권 이전되었음을 확인하고, 지방세법 제107조 단서 규정에 의거 취득가액OOO을 과세표준으로 같은 법 제112조제1항과 제131조제1항의 세율을 적용하여 2009.1.13. 기 비과세한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 2012.12.10. 청구인에게 부과·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.3.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지가 도시계획시설(도로)사업으로 결정 고시되어 수용될 수도 있다는 사실을 전혀 알지 못한 상태에서 당시 교회 신도였던 이OOO와 남OOO으로부터 쟁점토지를 증여받았던 것이며, 청구인의 의사와 무관하게 수용된 것이므로 처분청이 지방세법 제107조 규정에 의거 ‘정당한 사유없이 그 사용일부터 2년 이상 종교용도에 직접 사용하지 아니하고 매각한 것’으로 보아 추징한 이 건 처분한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 2009.1.2. 증여를 원인으로 청구인이 쟁점토지를 취득한 후 수용으로 인해 2009.8.14. 서울특별시로 소유권이전등기가 경료되어 2년 이상 종교용도로 직접 사용하지 못하였음이 명백하고, 지방세법 제107조에서 규정한 “정당한 사유”라 함은 취득한 부동산을 그 용도에 직접 사용하지 못한 사유가 납세자의 고의 또는 과실이 아닌 타당성 있는 객관적인 사정으로 법령에 의한 사용금지·제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 부동산을 그 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없는 경우를 말한다 할 것OOO인 바, 청구인이 증여로 취득하기 이전인 1980.6.30. 도시계획시설(도로)사업 최초 고시부터 수차례에 걸쳐 도시계획시설(도로)사업에 관한 변경고시가 있었던 점에 미루어 볼 때, 쟁점토지가 도시계획시설에 편입된 사실을 모르고 취득했다 하더라도 조금만 주의를 기울였다면 충분히 알 수 있었다고 사료되므로 2년 이상 종교용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었던 것으로 보기 어려우므로 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 쟁점토지를 2년이상 정당한 사유 없이 종교용도에 직접 사용하지아니하고 매각한 경우로 보아 취득세·등록세 등을 추징한 처분의 당부
• 나. 관련법령(【별지】에 기재)
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항제1호에서 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세하되, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있고,

(2) 같은 법 제112조제1항에 의거 취득세의 표준세율은 취득물건의 가액의 1,000분의 20으로 하고, 제131조제1항제2호에 의거 등록세의 표준세율은 상속으로 인한 소유권 취득 이외의 무상으로 인한 소유권의 취득에 대하여 부동산가액의 1,000분의 15로 하되, 다만 제127조제1항제1호의 규정에 의한 비영리사업자가 소유권을 취득한 때에는 그 가액의 1,000분의 8로 한다고 규정하고 있다.

(3) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 처분청의 과세자료에 의하면, 지방세법 제107조 단서 규정에 의거 취득가액OOO을 과세표준으로 하고 같은 법 제112조제1항(20/1,000)의 세율을 적용하여 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO을, 취득가액OOO을 과세표준으로 하고 같은 법 제131조제1항제2호(15/1,000)의 세율을 적용하여 등록세 OOO, 지방교육세 OOO을, 2012.12.10. 청구인에게 각각 부과·고지한 것으로 확인된다. (나) 청구인은 처분청에 2009.1.13. 쟁점토지를 취득신고하면서, 당시 지방세법 제107조제1호 규정에 의거 쟁점토지를 해당사업(교회부지)에 직접 사용할 계획으로 취득하여 취득세·등록세 등을 비과세 신청하였고, 이에 처분청은 취득세·등록세 등을 비과세하였다. (다) 서울특별시 OOO 중 이OOO와 남OOO 소유(지분 각각 351분의 54)의 토지 118㎡를 2009.1.2. 증여를 원인으로 2009.1.13. 청구인에게 소유권이전 되었고, 2009.8.14. 쟁점토지가 수용(공공용지의 협의취득)되어 서울특별시로 소유권이전 등기된 사실이 증여계약서(2009.1.2.)와 쟁점토지 등기사항전부증명서에 의해 확인된다. (라)서울특별시장의 도시계획시설(도로)사업 완료공고(OOOOOOOOOOOO-OOOO, OOOOO OO)에는 건교부고시 제OOO 및 서울특별시고시 OOO 등에 따라 도시계획시설(도로)사업이 결정되어 실시한 남부순환로～부천시계간 도로개설 공사에대하여 도시계획시설(도로)사업이 완료(공사기간 2005.12.1.～2012.1.20.)된 것으로 나타난다.

(4) 위 관련법령 및 사실관계 등을 종합하면, 청구인은 쟁점토지상에 계속 교회를 운영하여 온 종교단체로서 청구인의 의사와 관계없이 서울특별시의 토지수용(공공용지의 협의취득)으로 인해 부득이 쟁점토지를 당초 취득목적(교회부지)으로 사용할 수 없었으므로 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 2009.1.2. 쟁점토지 취득당시 이미 도시계획시설(도로)사업 결정고시되어 있었고, 그에 따른 공사가 계속 진행(2005.12.1.착공, 2012.1.20.준공)되고 있었던 점 등에 비추어 청구인이 토지수용계획을 전혀 알지 못하였다는 청구주장에 신빙성이 없어 보이고, 청구인이 쟁점토지 취득당시 그 사용일로부터 2년이상 그 용도에 직접 사용하지 못할 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나 설사 몰랐다 하더라도 조금만 주의를 기울였다면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황 하에서 토지를 취득한 경우로서 지방세법령상 당해 토지를 그 업무에 직접 사용하지 아니하고 매각할 수밖에 없는 “정당한 사유”로 볼 수 없다 할 것이다(조심 2011지842, 2012.2.7. 같은 뜻임).

(5) 다만, 청구인은 쟁점토지를 증여로 취득하였고, 비영리사업자에 해당되므로 등록세의 경우 지방세법 제131조제1항제2호 단서 규정에 의하여 1,000분의 8의 세율을 적용하여야 함에도, 처분청이 1,000분의 15의 세율을 잘못 적용하여 등록세를 부과한 것이 확인되므로 청구인에 대한 등록세의 세율은 1,000분의 8로 적용하여 동 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로지방세기본법제123조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 【별지】관련법령 (1)지방세법(2009.6.9. 법률 제9780호로 개정되기 전의 것) 제107조【용도구분에 의한 비과세】 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 제112조【세율】

① 취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다. 제120조【신고 및 납부】

③ 이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일이내에 당해 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다. 제127조【용도구분에 의한 비과세】

① 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기 제131조【부동산 등기의 세율】

① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

2. 제1호 이외의 무상으로 인한 소유권의 취득: 부동산가액의 1,000분의 15. 다만, 제127조제1항제1호의 규정에 의한 비영리사업자가 소유권을 취득한 때에는 그 가액의 1,000분의 8로 한다. 제150조의 2【신고 및 납부】

③ 이 법 또는 다른 법령에 의하여 등록세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 등록세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일이내에 당해 과세표준에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다. (2)지방세법 시행령(2009.9.21. 대통령령 제21737호로 개정되기 전의 것) 제79조【비영리사업자의 범위】

① 법 제107조제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체 제94조【비영리사업자의 범위】

① 법 제127조제1항제1호 본문에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.