토지수용 등으로 인한 대체취득 부동산 해당 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요 가.청구법인은 2012.5.15. 경기도 OOO를 취득한 후, 2012.5.18. 이 건 토지의 취득가액 OOO을 과세표준으로 하고 지방세법 제11조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 신고납부하였다.

• 나. 청구법인은 2012.8.23. 이 건 토지는 청구법인의 토지가 수용됨에 따라 대체취득한 부동산으로 지방세특례제한법제73조에 의거 취득세 등의 감면대상이라고 주장하며 2012.8.23. 처분청에 경정청구를 하였고, 처분청은 청구법인이 사업인정고시일인 2010.3.23. 현재 1년 전부터 이 건 토지상에 계속하여 사업자등록을 하고 있지 않아 부재부동산 소유자에 해당한다며 2012.10.24. 청구법인의 경정청구를 거부하는 통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.12.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 서울특별시 및 경기도 동부지역을 기반으로 직접 도시가스를 판매하고 있고, 경기도 OOO에 소재하는 청구법인 OOO지역에 도시가스 공급을 위한 배관공사 점검 및 가스 안전관리 서비스를 제공하고 있어 도시가스 공급 및 자재판매에 따른 매출이 발생되지 않아 부가가치세법상 사업자 등록대상도 아니고(국세청고객만족센터 질의회신, 2012.7.25.), 사업자등록을 따로 하지도 않았으나, 청구법인의 경기지사는 상법에 따른 지점 등기 등 법적요건을 갖추고 있고 실질적으로 사업을 영위하고 있는 것이 명백하므로 실질적으로 부재부동산 소유자에 해당하지 않는다. 행정안전부는 부가가치세 과세대상 사업을 영위하지 아니하는 비영리법인의 사업장에 대하여 사업자등록을 하지 아니하였다고 하여 부재부동산 소유자로 보는 것은 모순이므로 취득세 등의 비과세를 배제하기는 어렵고OOO, 사업자단위과세제도가 적용되어 사업자등록이 말소된 지점이 사용하던 부동산 등이 수용된 경우 사업자등록이 없더라도 부재부동산 소유자에 해당하지 않는 것OOO으로 유권해석 하고 있는 바, 청구법인은 부가가치세법상 사업자등록 대상에 해당하지 아니함에도 단지 사업자등록이 되어 있지 아니한다는 이유로 취득세 등의 감면을 배제하는 것은 납세자가 책임을 질 수 없는 사유로 세제상 불이익을 부담시키는 것으로, 이는 궁극적으로 조세법률주의의 원칙에도 위반된다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 OOO의 사업인정고시일인 2010.3.23.을 기준으로 1년 전부터 종전 부동산 소재지 구·시·읍·면 및 그와 잇닿아 있는 구·시·읍·면지역에 주민등록 또는 사업자등록을 하지 아니하였으므로 지방세법특례제한법 제73조 제2항 및 같은 법 시행령 제34조 제2항에 의거 취득세 등의 감면대상에서 제외되는 부재부동산 소유자에 해당하고 아울러, 청구법인이 제시한 유권해석 사례는 비영리사업자인 종교법인의 소속 성당이 당해 부동산 내에 종교시설을 설치하고 사업인정고시일 현재 1년 전부터 계속하여 사업자등록대상이 아닌 종교사업만을 영위하여 온 경우OOO 및 사업자단위과세 적용으로 부가가치세를 본점에서 일괄 신고ㆍ납부함에 따라 종전 지점 등의 사업자등록을 말소한 경우OOO 부재부동산 소유자로 보기 어렵다는 것으로, 사업자단위과세 적용 사업장이 아닌 영리법인인 청구법인과는 사안이 달라 이 건에 원용하기에는 적절치 않다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 취득한 부동산이 토지수용에 따른 대체취득에 해당되지 아니하여 취득세 등의 감면대상에 해당되지 아니한 것으로 보아 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래의 사실이 확인된다. (가) 청구법인의 등기부등본에 의하면 청구법인은 도시가스 사업 등을 목적으로 하고, 서울특별시 OOO을 본점 소재지로 하여 1981.3.3. 설립등기를 하였고, 1997.2.21. OOO에 지점등기를 한 후 2012.3.16. 경기도 OOO로 지점이전등기를 한 것이 확인된다. (나) 청구법인은 경기도 OOO에 사업자등록을 한 사실은 없는 것으로 확인된다. (다) 경기도 OOO이 2010.3.23. 고시한 OOOOO OOOOOO OO OOO(OOOO OO OOOOO-OOO)에 의하면, OOO시장은경기도 OOO 일원에 주거단지 및 도시기반시설(도로, 공원 등)을 조성하기 위하여 ㈜OOO로부터 입안제안된 도제원지구 도시관리계획(용도지역변경, 제1종지구단위계획구역지정, 제1종지구단위계획)(안)에 대하여, 도시관리계획을 결정하고 지형도면을 고시하며, 관계도서를 OOO시청 도시디자인과에 비치하여 토지소유자 및 일반인에게 보이고 있습니다라고 기재되어 있다. (라) 청구법인이 소유하고 있었던 부동산은 위의 도시관리계획 구역안에 포함된 것이 확인된다. (마) OOO시장이 2011.10.31. ㈜OOO에게 교부한 주택건설사업승인서에 의하면 OOO시장은 2011.10.31. ㈜OOO가 경기도 OOO에 주택건설사업을 하는 것을 승인하였고, 위의 주택건설사업부지에 청구법인이 소유하고 있던 경기도 OOO도 포함되어 있는 것으로 확인된다. (바) 청구법인과 ㈜OOO 간 체결된 부동산매매계약서 등에 의하면 청구법인은 청구법인이 소유하고 있던 경기도 OOO 등을 위의 주택건설사업의 시행자인 ㈜OOO에게 매각하고 2011.10.7. 잔금을 수령하였음이 확인된다. (사) 조세심판원은 청구법인에게 기존토지를 매수한 ㈜OOO가 “관계법령에 의해 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자”인지를 증명하는 서류의 제출을 요구하였으나, 청구법인은 이에 대한 서류를 심판결정일 현재까지 제출하지 아니하였다. (아) 청구법인이 2012.4.30. 처분청에 제출한 2011년도 지방소득세(법인세분) 안분내역표에 의하면 청구법인은 경기도 OOO에 소재하는 지사의 종업원수 41명, 건축물 연면적 1,012.23.㎡, 안분비율 11.34%, 지방소득세 과세표준 OOO 지방소득세액 OOO으로 기재되어 있다.

(2) 지방세특례제한법 제73조 제1항의 규정에 의하면 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률, 도시개발법 등 관계 법령에 따라 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산이 매수, 수용 또는 철거된 자가 계약일 또는 해당 사업인정 고시일 이후에 대체취득할 부동산 등에 관한 계약을 체결하거나 건축허가를 받고, 그 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년 이내에 다음 각 호의 구분에 따른 지역에서 종전의 부동산등을 대체할 부동산등을 취득하였을 때에는 그 취득에 대한 취득세를 면제하되 다만, 새로 취득한 부동산등의 가액 합계액이 종전의 부동산등의 가액 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여는 취득세를 부과하며, 초과액의 산정 기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항의 규정에 의하면 제1항에도 불구하고 지방세법 제13조 제5항에 따른 과세대상을 취득하는 경우와 대통령령으로 정하는 부재부동산 소유자가 부동산을 대체취득하는 경우에는 취득세를 부과한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제34조 제2항의 규정에 의하면 법 제73조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 부재부동산 소유자"란 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 등 관계 법령에 따른 사업고시지구 내에 매수·수용 또는 철거되는 부동산을 소유하는 자로서 다음 각 호에 따른 지역에 계약일 또는 사업인정고시일 현재 1년 전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 하지 아니하거나 1년 전부터 계속하여 주민등록 또는 사업자등록을 한 경우라도 사실상 거주 또는 사업을 하고 있지 아니한 거주자 또는 사업자(법인을 포함한다)를 말한다고 규정하고 있다.

(3) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 쟁점사항에 대하여 살펴보면, 청구법인은 소유하고 있던 경기도 OOO 외 2필지 토지 2,955㎡ 등을 ㈜OOO와 매매계약을 체결하여 매각하였으나, ㈜OOO는 OOO시의 도제원지구 도시관리계획을 입안제안 하였고, OOO으로부터 도제원지구 도시관리계획구역내의 일부 토지에 주택건설사업계획을 승인받았을 뿐 관계 법령에 의거 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자가 아니므로 비록, 청구법인이 ㈜OOO에게 기존 토지를 매각하고 이에 대체하여 토지를 취득하였다 하더라도 청구법인의 이 건 토지의 취득은 토지 수용에 따른 대체취득에 해당되지 아니한 것으로 보는 것이 타당하다. 따라서, 청구법인이 부재부동산 소유자인지 여부에 관계없이 청구법인의 이 건 토지의 취득은 취득세 등의 감면대상에 해당되지 아니하므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 적법한 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.