사업양수?양도 방식으로 법인전환하는 과정에서 취득한 토지거래허가 대상 부동산을 법인설립일부터 3개월이 경과하여 토지거래허가를 받아 등기한 경우 취득세 면제대상 여부

[참조결정] 조심2009지1108 / OOOOOOOOOO / 조심2012지0496

[주 문] 처분청이2012.10.23.과 2012.12.3. 청구법인에게 한취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO과 취득세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO의 각 부과처분은이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 개인사업자인 전OOO는 2008.7.23. 토지거래허가구역 내에 있는 OOO와 그 지상 건물 1,456.12㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한 후 2011.10.31. 청구법인과 이 사건 부동산을 포함한 자산과 부채 등 일체의 권리·의무를 포괄적으로 양수도하는 사업포괄양수도계약을 체결하고, 2011.11.2. 청구법인을 설립·등기하였으며, 이 후 청구법인은 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령 제124조 규정에 의한 토지의 이용의무기간(4년)이 경과한 2012.7.23. 이 사건 부동산에 대한 토지거래허가를 신청하여 2012.8.31. 토지거래허가를 승인받아 2012.10.24. 청구법인 명의로 소유권이전등기를 경료하였고,2012.10.9. 이 사건 부동산에 대한 취득신고서와 지방세감면신청서, 토지거래허가증을 첨부하여 처분청에 취득세 감면신청을 하였다.
• 나. 처분청은 조세특례제한법 시행령제29조 제2항 규정에 따라 청구법인이 법인설립일부터 3개월 이내에 이 사건 부동산을 등기하지 아니하였다고 보아 취득세 감면을 배제하고, 취득가액OOO을 과세표준으로 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO을 2012.10.23. 청구법인에게 부과고지한 후, 세율적용 오류로 인한 과소부과 사실을 확인하고 취득세 OOO, 지방교육세 OOO 합계 OOO을 2012.12.3. 추가 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.12.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은이 사건 부동산을 포함한 일체의 권리와 의무를 2011.12.31. 법인자산대장에 등재하였으며, 2012.1.6. 잔금을 정리하였고, 이 사건 부동산은 법인전환 전부터 토지거래허가지역에 소재한 부동산으로서 2012.8.31.에야 토지거래허가 승인이 됨으로써 이 사건 부동산의 등기 이전이 지연된 것에 불과하며, 토지거래허가를 받은 경우에 그 계약은 소급하여 유효한 계약이 되므로 청구법인의 잔금청산일인 2012.1.6.이 양도시기(취득시기)가 되어 이 사건 부동산은 사실상 법인설립 후 3개월 내에 양도된 것으로 볼 수 있기 때문에 청구법인에게 과세된 취득세는 당연히 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 행정안전부 질의회신OOO에서 개인사업자가 사업양수도 방법에 의하여 법인전환하면서 개인사업자가 소유하고 있던 사업용재산을 전환된 법인으로 이전등기하는 경우라면 취득세와 등록세의 면제대상이라고 하였고, 조세특례제한법 시행령 제29조 제2항 소정의 “그 법인설립일부터 3월 이내에 당해 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것”이라는 요건을 충족함으로써 모든 권리와 의무가 포괄적으로 양도되었다고 보려면, 부동산의 경우 3월의 유예기간 내에 신설법인 앞으로 그 인도는 물론 소유권이전등기까지 마쳐야 한다고 봄이 상당하다OOO고 판시하고 있는바, 청구법인은 이 사건 부동산의 취득일이라고 주장하는 잔금지급일인 2012.1.6. 이후 취득세 신고기간 내에 취득세의 자진신고 또는 감면신청한 사실이 없고, 전OOO와 2011.10.31. 체결한 사업포괄양수도계약서 제10조 단서에서 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령제124조에 따라 이 사건 부동산의 소유권이전은 2012.7.24.이후 이전키로 한다고 기재하는 등 청구법인 스스로 법인설립일로부터 3개월 이내 포괄적 양도 요건인 이 사건 부동산의 소유권이전등기를 충족할 수 없었음을 사전에 인지하고 있었던 점 등을 종합해 볼 때, 처분청에서조세특례제한법상 취득세 감면대상이 아니라고 하여청구법인에게 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 사업양수도에 따라 법인으로 전환하여 양수한 재산 중 토지거래허가 대상 부동산에 대하여 법인설립일부터 3개월이 경과하여 토지거래허가를 받아 등기한 경우, 조세특례제한법상 취득세 면제대상 해당 여부
• 나. 관련법령 (1)조세특례제한법 제32조 (법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 2012년 12월 31일까지 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. 제120조(취득세의 면제 등) ⑤제32조에 따른현물출자 또는사업양수·양도에 따라 취득하는 사업용 재산에 대해서는 취득세를 면제한다.다만, 취득일부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 해당 사업을 폐업하거나 해당 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제29조 (법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ②법 제32조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법”이란해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

(3) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제118조(토지거래계약에 관한 허가) ① 허가구역에 있는 토지에 관한 소유권ㆍ지상권(소유권ㆍ지상권의 취득을 목적으로 하는 권리를 포함한다)을 이전하거나 설정(대가를 받고 이전하거나 설정하는 경우만 해당한다)하는 계약(예약을 포함한다. 이하 “토지거래계약”이라 한다)을 체결하려는 당사자는 공동으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수 또는 구청장의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

⑥ 제1항에 따른 허가를 받지 아니하고 체결한 토지거래계약은 그 효력이 발생하지 아니한다. 제119조(허가기준) 시장·군수 또는 구청장은 제118조에 따른 허가신청이다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 허가하여야 한다.

1. 토지거래계약을 체결하려는 자의 토지이용목적이 다음 각 목의 어느 하나에 해당되지 아니하는 경우

• 마. 허가구역을 포함한 지역의 건전한 발전을 위하여 필요하고 관계 법률에 따라 지정된 지역·지구·구역 등의 지정목적에 적합하다고 인정되는 사업을 시행하는 자나 시행하려는 자가 그 사업에 이용하려는 것인 경우

(4) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령 제124조(토지이용의무 등) ② 법 제124조 제1항에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 다음 각 호의 구분에 의한 기간을 말한다.

5. 법 제119조 제1호 라목 내지 바목의 목적으로 허가를 받은 경우에는 토지의 취득시부터 4년. 다만, 분양을 목적으로 허가를 받은 토지의 개발에 착수한 후 분양하는 경우에는 그러하지 아니하다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 개인사업자인 전OOO는 2006.11.1. 기계부품 제조업으로 개업하여 청구법인으로 전환하기 전인 2008.7.23. 토지거래허가구역 내에 있는 이 사건 부동산을 취득하였는바,국토의 계획 및 이용에 관한법률 시행령 제124조 규정에 의한 토지이용의무기간이 4년인 것으로 나타난다.

(2) 청구법인이 2011.10.31. 전OOO와 체결한 사업포괄양수도계약서 내용을 보면, 다음과 같다. (가) 이 사건 부동산의 양도·양수관련 부분을 보면, 2011.10.31. 현재의 장부상 사업용 자산총액에서 부채총액을 차감한 잔액을 대가로 하여 청구법인에게 포괄양도하며, 이 사건 부동산의 양수도금액은장부상가액인OOO으로 하되, 토지의 매입연도가 2008.7.23.로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령 제124조에 따라 소유권 이전은 2012.7.24. 이후 이전키로 한다고 하였다. (나) 사업양수일 현재 전OOO가 거래중인 모든 거래처를 청구법인이 인수하여 계속 거래하고, 종업원 전체도 청구법인이 인수하여 계속 근무하도록 하였다.

(3) 청구법인은 위 사업포괄양수도계약에 따라 2011.11.2. 법인설립등기를 하고, 2011.11.9. 기계부품 제조업을 주업으로 하여 사업자등록을 하였으며, 2012.1.6. 사업포괄양수도대금 OOO을 정산하였다.

(4) 청구법인은 2012.7.23. 이 사건 부동산에 대한 토지거래허가를 신청하여 2012.8.31. 토지거래허가를 받은 후,조세특례제한법제32조 제1항에 의한 사업양수도를 원인으로 하여 2012.10.24. 청구법인 명의로 소유권이전등기를 경료하였다.

(5) 위 사실관계와 관련법령 등을 종합하여 살피건대,처분청은 이 사건 부동산이 청구법인의 설립일(2011.11.2.)부터 3개월 이내에 소유권이전등기가 되지 아니하였으므로조세특례제한법상 취득세 면제대상이 아니라고 보았으나, 전OOO는 자신이운영하던 개인사업체를 청구법인으로 전환하기 위하여 2011.10.31. 사업포괄양수도계약을 체결하고 이 사건 부동산을 포함한 사업용자산과 부채를 청구법인에게 포괄양도하였으며, 청구법인은 소멸된 전윤주 사업장의 종업원을 전원 인수하여 계속 근무토록 하고, 거래중인 모든 거래처도 인수하여 계속 거래하도록 한 사실,청구법인이 2011.11.9. 전OOO가 영위하던 기계부품 제조업을 주업으로 하여사업자등록을 한 사실 등을 미루어 보면, 청구법인은 전윤주가영위하던 사업일체를 포괄적으로 양수한 것으로 볼 수 있는 점, 청구법인은 2011.10.31.을 기준일로 하여 2012.1.6. 사업포괄양수도대금 OOO을 전OOO와 정산하였는바, 비록 이 사건 부동산의 소유권이전등기가 2012.10.24. 경료되었지만, 이 사건 부동산이 토지거래허가지역에 소재하고 있고, 청구법인이 2012.8.31. 토지거래허가신청에 대한 승인을 받음으로 인하여 소유권 이전등기가 지연된 것에 불과한 것으로 볼 수 있으며,토지거래허가와 같은 공법상 절차를 거쳐야 취득할 수 있는 경우에 있어서의 취득시기는 토지거래허가지역 내의 토지에 관하여 장차 허가를 받을 것을 전제로 매매계약을 체결하여 그 잔금을 지급한 다음 허가를 받은 경우에 비록 그 매매계약은 허가를 받을 때까지는 법률상 미완성의 법률행위로서 소유권 등 권리의 이전에 관한 계약의 효력이 전혀 발생하지 아니하지만, 일단 허가를 받으면 그 계약은 소급하여 유효한 계약이 된다는 것과 소유권이 법률상 이전된 경우 뿐만 아니라 사실상의 이전 또는 사실상의 소유권 취득도 모두 포함된다 할 것이어서, 토지거래허가 등 별도의 공법상 절차를 거치기 전에 잔금을 치룬 경우에는 재화의 이전이라고 하는 사실자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하여 부과하는 취득세의 성질상 일단 잔금을 지급한 때가 곧 취득시기라고 할 것OOO인 점 등에서 이 사건부동산은 실질적으로 잔금정산일(2012.1.6.)에 청구법인에게 양도된 것으로 보는 것이 합리적이라 하겠다(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO, OO O). 따라서, 이 건의 경우 전OOO가 조세특례제한법상사업양도·양수의 방법에 의하여 법인으로 전환하는 경우로서 이 사건 부동산을 법인설립일부터 3개월 이내에 양도한 것으로 보아 청구법인이 양수한 이 사건 부동산에 대하여 취득세를 면제하는 것이 타당하다 하겠으므로, 처분청이 청구법인에게 한 이 건 취득세 등의 부과처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.