영농조합법인이 취득한 농지를 영농에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부

[주 문] 경기도 OOO시장이 2012.8.20. 청구법인에게 한취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO의 부과처분은 경기도 OOO 중 처분청에서 조사 당시 OOO이 재배되고 있다고 확인한 면적 100㎡에 해당하는 취득세 등을 감액한 세액으로 이를 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2007.11.9. 농산물 유통, 가공 및 판매 등을 목적사업으로, 경기도 OOO를 본점소재지로 하여 설립된 법인으로서 2008.1.3. 영농을 목적으로 경기도 OOO를 취득하였고, 2008.9.8. 농업창고 및 저장시설을 신축할 목적으로 같은 리 산 11-1 1필지 임야 15,634㎡를, 같은 리 79-6 묘지 730㎡를 각각 취득한 후 쟁점임야를 포함한 3필지 토지에 대하여 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 창업후 2년 이내에 취득하는 부동산으로서 지방세법(2009.4.1. 법률 제9620호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제266조 제7항의 규정에 의하여 취득세 감면대상으로 보아 감면신청을 하여 처분청으로부터 취득세 등을 감면하였다. 나.그 후, 처분청은 쟁점임야에 대한 현지확인 결과, 청구법인이 이를 취득일로부터 1년 이내에 영농에 사용하지 아니하고 방치하고 있으므로 감면한 취득세 등의 추징대상에 해당하는 것으로 보아, 그 취득가액OOO을과세표준으로 하여 산정한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO,OOO,OOOO(OOO OO)을 2012.8.20. 청구법인에게 결정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여2012.11.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 목적사업인 영농사업을 수행하기 위하여 쟁점임야를 취득한 후 처분청에 감면신청을 하여 취득세 등을 감면받았는데, 처분청은 2010.3.9. 쟁점임야에 대하여 취득 후 1년 이내에 영농에 사용하지 아니하였다는 사유로 취득세 등을 추징하였다가 청구법인이 영농관련 증빙자료를 제시하자 현지확인을 하고 취득세 등의 부과처분을 직권취소하였다가 그 후 동일한 사유로 다시 이 건 부과처분을 하였는바, 청구법인은 쟁점임야를 취득할 당시 OOO 등을 재배할 계획이라는 사업계획서를 처분청에 제시하여 취득세 등을 감면받았고, 당초 사업계획대로 처분청에 입목벌채신고를 하여 처분청으로부터 ‘벌채된 산물은 OOO으로 활용하여야 한다.’는 조건으로 신고수리통보를 받아 벌채작업을 실시하고 벌채한 종목에 OOO을 입식하여 OOO을 재배하였으며, 이러한 사실은 청구법인이 간벌작업을 하면서 공구를 구매한 영수증 및 세금계산서와 OOO로부터 OOO을 구매한 영수증에서 입증되고 있으며, 청구법인은 OOO과는 별도로 OOO를 재배하여 현재에도 식재한 OOO가 자라고 있는 상태인데도, 처분청에서는 재배규모가 소규모이고, 산지관리법에 의한 산지일시사용허가를 받지 아니하였으며, 당초 사업계획서와 영농현황이 차이가 있고, 판매실적이 없다는 사유로 이를 영농에 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 부과처분을 하였지만, 영농규모가 소규모라는 사실만으로 쟁점임야를 영농에 사용하지 아니하였다고 보는 것은 처분청의 자의적인 판단이라 할 것이며, 영농규모에 따라 이를 달리 취급하는 것은 조세법률주의 원칙에도 어긋난다 할 것이고, 산지관리법상 산지일시사용허가는 청구법인이 쟁점임야를 취득한 이후인 2010.5.31. 당해 법령이 개정되면서 신설된 조항으로서 종전 법률에서는 산지전용허가만 규정하고 있었고, OOO이나 OOO를 재배하는 것은 산지전용을 수반하지 아니함으로 산지전용허가를 받지 아니한 것임에도, 개정된 법률에 따른 조항을 적용하여 산지일시사용신고를 하지 아니하였다는 사유로 쟁점임야를 영농에 사용하지 아니하였다고 보는 것은 잘못이라 하겠으며, 청구법인은 OOO을 생산하고 있으므로 재배한 OOO을 별도로 판매하지 아니하고 된장을 제조하는데 활용하고 있고, OOO의 경우에도 OOO는 일반 OOO와 달리 재배기간이 5년 이상이 소요되는 작물로서 OOO이나 OOO의 판매실적이 없다고 것을 이유로 이 건 부과처분을 한 것은 잘못이라 할 것이다. 따라서, 처분청에서 쟁점임야를 1년 이내에 영농에 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부적법하다 하겠으므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점임야를 취득한 날로부터 1년 이내인 2008.2.28. 입목벌채신고를 하고 OOO을 재배하였으며, 2008.4.15. OOO를 구입하여 영농을 하였음에도 처분청에서 영농사업의 규모를 이유로 청구법인이 쟁점임야를 영농사업에 사용하지 않았다고 판단하여 이 건 부과처분을 한 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 처분청이 2010.3.5. 쟁점임야에 대한 사용실태를 현장조사한 결과, 쟁점임야는 영농에 사용하지 않고 방치되어 있는 임야인 점, 청구법인은 간벌작업을 위한 공구 구입 및 OOO 종자 구매와 관련이 있다는 간이영수증을 제출하였으나 이는 누구든지 임의로 작성이 가능한 것에 불과하여 신빙성있는 증빙자료로 인정하기 어려운 점, 청구법인은 산지관리법제15조의2에서 산나물, 약초, 약용수종, 조경수 등 관상산림식물의 재배에 해당하는 용도로 산지일시사용을 하려는 자는 시장ㆍ군수에게 신고하여야 한다고 규정하고 있음에도 처분청에 산지일시사용허가 및 신고 등의 행위를 한 사실이 없는 점, 2010.4.2. 처분청에서 현지확인할 당시 면적이 16,264㎡에 이르는 쟁점임야 중 극히 일부(100㎡)에서 OOO 재배를 하고 있는 것을 확인하였으나 이러한 재배면적은 전체면적 중 극히 일부에서 OOO 재배한 것을 영농활동으로 보기는 어려운 점, 청구법인이 농산물 유통, 가공 및 판매 등을 목적으로 하여 설립된 법인으로서, 2008.1.7 처분청에 쟁점임야에 대한 취득세 등 감면신청 시 쟁점임야상에 OOO 재배 및 판매, OOO 재배 및 판매, OOO 농장을 운영할 계획이라고 경영계획서를 제시하였음에도, 청구법인은 OOO 및 OOO를 재배하였다고 주장할 뿐 쟁점임야에서 생산한 수확물을 판매한 실적 등을 제출하지 못하고 있는 점 등에 종합하면, 청구법인이 쟁점임야를 취득일로부터 1년 이내에 영농에 직접 사용하였다고 보기는 어렵다 하겠으므로 이 건 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 영농조합법인인 청구법인이 영농을 목적으로 임야를 취득하여 취득세 등을 감면받은 후 이를 유예기간 이내에 영농에 사용하였는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 지방세법(2009.4.1. 법률 제9620호로 개정되기 이전의 것) 제266조(농어민관련사업 등에 대한 감면) ⑦농업·농촌 및 식품산업 기본법 제28조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제29조에 따른 농업회사법인(이하 이 항에서 “농업법인”이라 한다), 수산업법에 의한 영어조합법인이 영농·영어·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각호의 1에서 정하는 바에 의하여 지방세를 감면한다. 다만, 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세와 등록세를 추징한다.

1. 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 창업 후 2년 이내에 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 농산물 유통, 가공 및 판매와 공동육묘장 설치 및 운영 등을 목적으로 하고, OOO를 본점 소재지로 하여 2007.11.9. 설립등기한 것으로 법인등기부등본에서 확인된다.

(2) 청구법인은 2007.11.18. 쟁점임야에 대하여 이기성과 매매가액을 OOO으로, 잔금지급일을 2008.1.3.로 하여 매매계약을 체결하고, 당해 계약상 잔금지급일에 이를 취득한 후 지방세 감면신청을 한 것으로 매매계약서 및 지방세감면신청서에서 나타난다.

(3) 청구법인이 쟁점임야를 취득한 후 지방세 감면신청을 하면서 제시한 경영계획서에는 쟁점임야를 “OOO 재배 및 판매, OOO 재배 및 판매, OOO을 운영할 계획”이라고 기재되어 있다.

(4) 청구법인은 2008.2.28. 쟁점임야를 산림소재지로 하여 처분청OOO에 입목벌채ㆍ굴취신고서를 제출하였고, 2008.2.29. 처분청은 아래 〈표〉와 같이 입목벌채신고 수리OOO를 하였다. OOOOOOO OO

(5) 청구법인은 위의 입목벌채신고 후에 간벌작업을 하였다는 증빙으로 사진 6매를 제시하고 있으나 당해 작업이 구체적으로 언제 실시되었는지 현황을 알 수는 없고, 쟁점임야에 OOO를 식재하고 이를 수확한 사진을 제시하고 있으나 작업일시는 확인되지 아니한다.

(6) 처분청에서 2010.3.5. 쟁점임야에 대하여 현지확인을 한 후 작성한 출장복명서 내용에서 목적사업에 미사용한 것으로 조사하였고, 그 당시 촬영한 현장사진상에 OOO 등의 재배여부는 식별되지 아니한다.

(7) 처분청은 이러한 현지확인을 토대로 감면한 취득세 등을 추징하였다가 청구법인이 이의제기를 하자 처분청에서는 2010.4.2. 현지확인후 2010.5.6. “현지출장 및 OOO 회신결과 OOO 일부 재배는 확인하였으나 OOO 재배여부는 확인할 수 없었으며, 추징세액을 감액한 후 실제 사용면적 파악과 사후관리로 직접 사용하지 아니하는 부분에 대하여 추징하고자 한다.”는 사유로 당초 부과처분을 취소하였다가 2012.8.20. 이를 재부과하였다.

(8) 청구법인이 증빙으로 제시한 OOO이 2010.3.30.에 발행한 종균공급확인서에는 “2008년 3월에 청구법인에게 OOO을 공급하였다.”는 내용이 기재되어 있고, 2008.3.7. OOO로부터 드릴 등의 공구를 구입한 간이영수증 2매OOO 및 세금계산서 1매OOO, 2008. 4.15. OOO 종자를 구입하였다는 간이영수증 1매OOO와 OOO가 재배된 사진을 증빙으로 제시하고 있다.

(9) 이에 대하여 청구법인은 쟁점임야에 OOO를 재배하고 있다는 증빙을 제시하면서 이 건 부과처분이 부당하다고 주장하므로 이를 살펴보면, (가) 처분청이 당초 부과처분을 하였다가 현지확인을 하고 조사한 복명서의 내용에서 청구법인이 쟁점임야 중 일부에 OOO을 재배한 사실은 확인되지만 그 면적이 쟁점임야의 규모에 비하여 극히 일부에 불과하고, 처분청의 수차례에 걸친 현지확인에서도 쟁점임야를 활용한 사실이 확인되지 아니하고 있으며, (나) 청구법인이 증빙으로 제시한 간이영수증과 세금계산서만으로 청구법인이 쟁점임야 중 어느 부분에 어떤 방식으로 OOO를 재배하였는지 여부 등 재배규모가 확인되지 아니하고, 청구법인이 벌채작업 및 도라지를 식재한 증빙으로 제시한 사진상에서도 작업일시가 확인되지 아니하며, (다) 청구법인이 재배한 OOO과 OOO를 판매한 실적이 없고, 벌채작업 및 OOO 식재 등에 동원된 인부들에 대한 임금을 지급한 사실 등에 관한 증빙을 제시하지도 못하고 있는 점을 종합하면, 쟁점임야의 일부를 OOO 및 OOO 재배에 이용하였다고 하여 영농을 업으로 하는 청구법인이 쟁점임야 전체를 영농에 사용하였다고 보기는 어렵다고 보여진다. (라) 그러나,처분청의 현지확인 조사복명서에서 나타난 것과 같이 일부(100㎡)를 OOO를 재배한 것으로 나타남에도 당해 부분의 규모가 소규모라고 하여 이를 부인하기 어렵다 하겠으므로 이 부분에 상당하는 취득세 등은 감액되어야 할 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.