창업중소기업이 취득한 토지를 유예기간(2년)내에 당해 용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

[주 문] 처분청이 2012.8.10. 청구법인에게 한취득세 OOO, 등록세OOO, 지방교육세 OOO, 농어촌특별세OOO,합계 OOO의 부과처분은이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요 가.청구법인은2007.11.6. 설립된 법인으로서,알루미늄 제조공장을건축하기 위하여OOO를2009.5.6.부터 2009.11.3.까지취득하고, 조세특례제한법(2010.1.1. 법률제9921호로 개정되기 전의것, 이하 같다)제119조제3항 제1호 및 같은 법 제120조 제3항에 따른 창업중소기업이창업일로부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산으로 보아 취득세와 등록세를 면제받았다.

• 나. 처분청은 청구법인이 쟁점토지 취득일부터 2년이경과하도록 해당사업에직접사용하지 않고 있으므로 기 면제한 취득세 등이 추징대상이라고 보아취득세 OOO, 등록세OOO, 지방교육세 OOO, 농어촌특별세OOO,합계 OOO을2012.8.10. 부과고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.11.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은사업장 내 국유지OOO를 매수하지 못하여 건축허가서를 제출할 수 없었기 때문에 해당국유지 최종 취득일(2010.8.19.)로부터 유예기간(2년)을 계산하여야 하고,또한,OOO간 관광도로확장계획(2010년 8월)에 따라설계변경이불가피하였기 때문에 사업이 지연된 것이어서 취득일로부터 2년이내에 해당사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것이므로 면제된 취득세와 등록세를추징하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제119조 제3항 및 제120조 제3항에서 창업중소기업이 해당 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하지만, 2년이내에 그 사업용 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징하도록 규정하고 있고,청구법인은 2009.5.6부터 2009.11.3까지쟁점부동산을 취득하고 그 취득일로부터 2년이 경과한 2012.3.28. 건축물 착공신고를 함으로써, 취득일로부터 2년 이내에 쟁점 부동산을 해당 사업에 착공하지 아니하여 직접 사용하지아니하였기 때문에 기 면제한 취득세 등을 추징한 이 건 처분은 적법하다. 또한, 청구법인은 사업부지내 국유지를 매수하지 못하여 건축허가서를제출할 수 없었다고 주장하나, 건축법시행규칙 제6조 제1항에서건축허가를 받으려는 자는 건축·대수선·용도변경허가신청서에건축할 대지의 소유 또는 그 사용에 관한 권리를 증명하는 서류를첨부하여 허가권자에게 제출하도록 규정하고 있어, 청구법인이 건축허가를 받으려면 반드시 국유지 매수를 완료하지않더라도 중소기업창업계획승인서 등 쟁점 국유지 사용에 관한권리를 증명하는 서류를 첨부하여 건축허가를 신청할 수 있었음에도 건축허가신청을 하지 아니하였고, 국유지 매각을 정상적 절차에 따라 처리하였으며, 매각이 늦어진 원인이 처분청에 있다고 볼 만한 사유도 없을 뿐만 아니라, 청구법인은 2009.2.17.국유재산용도폐지신청서를 처분청에 제출한 후 해당 국유지를조기에 매입하기 위하여 적극적으로 노력하였다고 볼 수도 없으므로 국유지 매입이 늦어졌다는 사유만으로 2년 이내에 직접 사용하지못한데 정당한 사유가 있다고 볼 수도 없다. 또한, 청구법인은 OOO간 관광도로확장계획(2010년 8월)에 따라 설계변경이 불가피하여 사업이 지연된 것이므로취득일로부터 2년 이내에 해당사업에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하나,OOO 관광도로확장공사는 2010년 8월 고시되어계획상 청구법인의 사업장을 접하여 지나고 있으나 이 구간은 신설구간이 아닌 확장구간으로서 청구법인이 쟁점 부동산을 유예기간 내에 직접 사용하지 못할 정도의 금지나 제한사항으로 볼 수 없으므로,도로확장계획으로 인하여 2년 이내에 직접 사용하지 못한정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 다음으로,국유지를 최종적으로 취득한 날로부터 기산하여 유예기간2년 이내인지를 판단하여야 하는지에 대하여 보면, 조세특례제한법 제119조 제3항 및 제120조 제3항에서 취득(등기)일부터 2년 이내에 해당 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는경우 면제받은 세액을 추징하도록 규정하고 있으므로, 유예기간 2년을 판단하는 기산일은 원칙적으로 해당 토지의 등기일 및 취득일을 기준으로 하여야 하며, 건축물을 신축하기 위해 여러 필지의 토지를 여러 회에 걸쳐 취득하면서 대부분의 토지를 취득완료하였으나 일부 토지를 취득하지 아니한 상태에서 이미취득이 완료된 토지 전체를 해당 사업에 직접 사용하기 위해서는 반드시 그 취득하지 못한 토지를 취득하여야만 하는 경우라면나머지 토지를 취득한 날을 2년 이내에 직접 사용하였는지 여부의 기산일로 하는 것이 타당할 수 있으나, 청구법인이 건축허가를 받기 위해서는쟁점 국유지의 매수가 필수불가결한 것이 아닌 점, 청구법인이사업계획당시부터 공장건축을 위해서는 해당 국유지 매수가 필요한 사실을 알 수 있었던 점, 쟁점 국유지를 조속히 매수하기 위해 적극적으로 노력한 사실이 없는 점 등으로 볼 때 국유지 매수가 완료된 날을 유예기간(2년)의 기산일로 하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 창업중소기업이 취득한 부동산에 대한 취득세를 추징한 처분에 대하여취득일로부터 2년 이내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당되는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 제출자료 및 청구법인의 항변서 등에는 다음과 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구법인은 건축토목용 자재제조 및 가공판매업, 건설기자재 제조판매업 등을 목적사업으로 하여 2007.11.6. 설립된 법인으로서 알루미늄 건축자재를 생산하는 공장을 건축하기 위하여 쟁점토지를 취득하였다. (나) 쟁점토지 취득경위 및 사업추진내용은 다음과 같다.

① 2007.12.28. 처분청은 청구법인의 이 사건 사업부지를 확정하는 도시관리계획(제2종지구단위계획) 입안에 따른 공고OOO를 하였다.

② 2009.2.17. 청구법인은 처분청에 국유재산용도폐지신청을 하였다.

③ 2009.5.6. ～ 2009.11.3. 청구법인은 쟁점토지49필지 121,577㎡를 취득하였다.

④ 2010.8.6. OOO는 국유지 매각 승인 및 매매계약체결 절차안내를 청구법인에게 통지하였고 청구법인은 2010.8.19. OOO 국유지 1,090m에 대한 매매계약을 체결하여 취득하였다.

⑤ 2010년 8월 처분청은 OOO 관광도로확장공사계획을 공고함에 따라 청구법인은 2011년 3월 노선, 도로폭, 높이 등을 고려한 설계변경을 하고 2012년 2월 변경된 계획에 따라 공장을 1m 20㎝ 높여 건축하였다고 주장한다.

⑥ 2010년 9월 청구법인은 ㈜OOO와 이 건 공장 건축설계계약체결을 하고 2010년 11월 개발행위(변경)허가신청을 하였고 2010.11.29. 창업사업계획 변경승인을 받았다. (다) 국유지 4필지는 OOO이며, 이중 OOO의 토지는 2011.3.31. OOO로 합병되었다가 2012.6.13. OOO에서 분할되어 국유지 4필지가 모두 포함되어 건축허가가 된 사실이 제출된 관련자료에서 확인되고 있고, 2013.3.26. 청구인의 의견진술시에 참석한 처분청 담당공무원도 이를 인정하고 있다. OOO (라) 국유지인 OOO번지가 없으면 쟁점토지는 맹지에 해당되는 사실을 청구인과 처분청 모두 인정하고 있다. OOO (2)청구법인은국유지인OOO를 매수하지 못하여 건축허가서를 제출할 수 없었고,OOO 관광도로확장계획(2010년 8월)에 따라설계변경이불가피하여 사업이 지연된 것이어서 취득일로부터 2년이내에 해당사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다. (가)조세특례제한법제119조 제3항 및 제120조 제3항에서 창업중소기업이 해당 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산 및 그 재산에관한 등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하지만 취득(등기)일부터 2년 이내에 해당 재산을 정당한 사유 없이 해당사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는면제받은 세액을 추징하도록 규정하고 있고 여기서 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론, 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 당해 사업에 대한 취득세 등을 감면하는 입법취지를 충분히 고려하면서 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것OOO이다. (나) 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 2년 이내에 목적사업에 직접 사용하지 못한 기산일을 쟁점토지 취득일(2009.11.3.)이 아니라 국유지 취득일(2010.8.19.)로 보아야 한다고 주장하지만,조세특례제한법제119조 제3항 및 제120조 제3항 단서에서취득일부터 2년 이내에 해당 재산을 정당한 사유 없이 해당사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는면제받은 세액을 추징하도록 기산일을 명확히 규정하고 있어 이를 달리 해석할 여지가 없으므로유예기간 2년의 기산일은쟁점토지 취득일이라 하겠다. (다) 청구법인은 알루미늄 건축자재를 생산하는 공장을 건축하기 위하여 OOO를 2009.5.6.부터 2009.11.3.까지 취득한 후 쟁점토지에 공장을 건축하기 위하여 OOO로부터 2010.8.6. 국유지 4필지 1,090㎡에 대한 매각을 승인을 받아 매매계약을 체결하여 2010.8.19. 취득하였고, 2012.2.17. 국유지 4필지를 포함한 덕지천동 99 외 31필지에서 주 건축물 제1동 연면적 4,752㎡에 대한 건축허가를 받았고, 2010년 8월 OOO간 관광도로확장공사계획이 공고됨에 따라 청구법인은 2011년 3월 노선, 도로폭, 높이 등을 고려하여 설계변경을 하였고 2012년 2월 변경된 계획에 따라 공장을 높여 건축한 사실이 제출된 관련자료에서 확인되고 있는 바, 국유지인 OOO를 취득하여야 쟁점토지로의 진입이 가능하기 때문에 국유지를 취득하여야 건축허가를 받을 수 있다고 처분청에서도 의견진술을 하고 있는 점, 청구법인은 쟁점토지 취득 취득일(2009.11.3.) 전인 2009.2.7. 이 건 국유지매입을 위한 용도폐지신청을 하는 등 OOO로부터 국유지 4필지를 취득하기 위한 지속적인 노력을 기울였다고 보이는 점,이 건 국유지 매각승인과 계약체결은 청구인의 의사만으로 되지 아니하고 처분청이나 한국자산관리공사의 협조가 절대적으로 필요한 점,OOO 관광도로확장계획(2010년 8월)에 따라설계변경이불가피하게 이루어 진 점 등을 종합적으로 고려하여 볼 때 청구법인은 쟁점토지 취득일로부터 2년이내에 해당사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 봄이 합리적이라 하겠다. (라) 따라서, 처분청이 청구법인이 국유지를 추가 취득하고 도로확장계획에 따른 설계변경 등으로 인한 불가피한 사유로 인하여 2년 이내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당됨에도 정당한 사유없이 2년 이내 직접 사용하지 않았다고 보아 기 면제한 취득세 등을 부과고지한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 관 계 법 령 (1)조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의것) 제119조 (등록세의 면제등) ③다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 제1호의 경우 등기일부터 2년 이내에 해당 재산을 정당한 사유 없이 해당사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다.이하 이 항에서 같다)하는경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터2년간 해당 사업에직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는경우에는 면제받은 세액을 추징한다.

1. 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 4년 이내에 취득하는 사업용재산에관한 등기 2.창업중소기업의 법인설립의 등기(창업일부터 4년 이내에 자본 또는출자액을증가하는 경우를 포함한다) 2의2.창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 법인의 주소 또는 대표이사의 주소변경으로 인한 등기

3. 벤처기업육성에관한특별조치법 제2조제1항제4호 가목의 규정에 의하여 창업중에 벤처기업으로 확인받은 중소기업이 그 확인을 받은 날부터 6월이내에 행하는 법인설립의 등기 제120조 (취득세의 면제등) ③창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를면제한다. 다만,취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한사유 없이 당해 사업에 직접사용하지 아니하거나 다른 목적으로사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이항에서 같다)하는 경우 또는정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해사업에 직접 사용하지아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는면제받은 세액을 추징한다.

(2) 건축법 제11조(건축허가) ① 건축물을 건축하거나 대수선하려는 자는 특별자치도지사 또는 시장·군수·구청장의 허가를 받아야 한다. 다만, 21층이상의 건축물 등 대통령령으로 정하는 용도 및 규모의 건축물을 특별시나 광역시에 건축하려면 특별시장이나 광역시장의 허가를 받아야 한다.

③ 제1항에 따라 허가를 받으려는 자는 허가신청서에 국토해양부령으로정하는설계도서를 첨부하여 허가권자에게 제출하여야 한다.

(3) 건축법시행령 제9조(건축허가 등의 신청) ① 법 제11조제1항에 따라 건축물의건축허가를 받으려는 자는 국토해양부령으로 정하는 바에 따라 건축허가신청서에 관계서류를 첨부하여 허가권자에게 제출하여야 한다. 다만, 방위사업법에 따른방위산업시설의 건축허가를 받으려는 경우에는 건축 관계 법령에 적합한지 여부에 관한 설계자의 확인으로 관계 서류를 갈음할 수 있다.

② 허가권자는 법 제11조제1항에 따라 건축허가를 하였으면 국토해양부령으로정하는 바에 따라 건축허가서를 신청인에게 발급하여야 한다.

(4) 건축법시행규칙(2011.1.6. 국토해양부령 제321호로 개정되기 이전의것) 제6조(건축허가신청 등) ① 법 제11조제1항·제3항 및 영 제9조제1항에따라건축물(법 제20조제1항에 따른 가설건축물을 포함한다)의 건축허가를 받으려는자는 별지 제1호의3서식의 건축·대수선·용도변경허가신청서에 다음 각 호의도서를 첨부하여 허가권자에게 제출(전자문서로 제출하는 것을 포함한다)하여야 한다. 1.건축할 대지의 범위와 그 대지의 소유 또는 그 사용에 관한권리를 증명하는서류. 다만, 분양을 목적으로 하는 공동주택을건축하는 경우에는 건축할 대지의 범위와 그 대지의 소유에 관한 권리를 증명하는 서류를 제출하되, 법 제11조에 따라 주택과 주택 외의 시설을 동일 건축물로 건축하는 건축허가를받아 주택법 시행령 제15조제1항에 따른 호수 또는 세대수이상으로 건설·공급하는 경우 대지의 소유권에 관한 사항은 주택법 제16조를 준용한다. 1의2.제5조에 따른 사전결정서(법 제10조에 따라 건축에 관한 입지 및 규모의사전결정서를 받은 경우만 해당한다) 2.별표 2의 설계도서(제14조 제1항 제2호 가목 및 나목의 서류는 제외하며, 법제10조에 따른 사전결정을 받은 경우에는 건축계획서 및 배치도를 제외한다).다만, 법 제23조 제4항에 따른 표준설계도서에 따라 건축하는 경우에는건축계획서 및 배치도만 해당한다. 3.법 제11조제5항 각 호에 따른 허가 등을 받거나 신고를 하기위하여 해당 법령에서 제출하도록 의무화하고 있는 신청서 및 구비서류(해당 사항이 있는 경우로 한정한다)