학교법인이 취득한 토지를 유예기간(3년)내에 당해 용도에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 기 비과세한 취득세 등을 추징한 처분의 당부

[참조결정] 조심2010지0833

[주 문] 처분청이2012.4.6. 부과고지한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO에 대하여 청구법인이 이의신청을 제기하여 OOO가2012.8.24. 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO으로 경정결정한 처분은,OOOO OOO OOO OOO O OO-OO OOO,OOOO, OO O OOOO-O O,OOOO는 비과세대상으로 하고, 경상북도 OOO는 과세대상으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요 가.청구법인은 2009.2.6. OOO를 증여로 취득하고, 쟁점부동산이 (구)지방세법(2010.3.31. 전문개정 전, 이하 같다) 제107조 및 제127조 제1항에 규정된 “학교법인이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산”에 해당된다 하여 취득세 등을 비과세받았다.

• 나. 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 취득일(2009.2.6.)부터 3년 이내 정당한 사유 없이 학교 용도에 직접 사용하지 아니하였다 하여 쟁점부동산의 취득가액OOO에 (구)지방세법 제111조 및 제131조의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 2012.4.6. 부과고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.6.27. OOO에게 이의신청을 하였고, OOO는 청구법인이 쟁점부동산 중 OOO에서 지번분할된 OOO 지상에 2011.12.9. OOO 건축허가를 신청하여 2012.3.22. 건축허가를 받은 다음, 2012.6.18. 착공신고를 하고 2012.6.19. 착공신고필증을 교부받은 사실 등을 종합적으로 판단할 때 쟁점부동산 중 OOO은 목적사업에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 볼 수 있다 하여 처분청이 부과고지한 위 취득세 등 합계 OOO을 2012.8.24. 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO으로 경정하는 결정을 하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.11.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2009.2.6. 쟁점부동산을 취득한 후 2009년 9월 내부보고된 개발계획에서 쟁점부동산 2,437,827㎡ 중 자연환경보전지역을 제외한 317,357㎡를 활용가능한 면적으로 판단하고, 쟁점부동산 중OOOO OOO OOO OOO OOO-O 일대는 A구역으로 하여 OOO 등을 조성하기로 하고, OOO 일대는 B구역으로 하여OOOOOOOOO(OO OOOOOOOOOOO OO) 등을 조성하기로 하여 OOO 신축을 위한 절차를 진행하였으며, 2011년 8월에는 자연환경보전지역 개발을 위한 OOO을 수립하고, 2011년 11월에는 A, B구역에 대한 지번분할을 하였다. 청구법인은 이러한 일련의 과정에서 쟁점부동산을 학교 용도에 사용하기 위하여 최선을 다하였으나 쟁점부동산이 임야로서 자연녹지지역, 자연환경보전지역, 자연공원구역 등으로 용도상 사용이 제한되어 있는 점, 진입로 확보의 어려움, 개발 아이템선정에 장시간 소요, 고액의 개발비용에 따른 장기적 예산계획 등의 장애요인으로 부득이 유예기간 내에 그 용도에 직접 사용하지 못한 것이기 때문에 유예기간 내에 사용하지 못한 정당한 사유가 인정되고, 국세에서도 상속세 및 증여세법 시행령 제38조 제3항에 따라 쟁점부동산을 교육사업에 직접 사용하는데 장기간이 소요될 것으로 판단하고 부득이한 사유를 인정하여 2016년 2월까지 교육목적사업에 사용하도록 유예기간을 연장한 바 있으므로 지방세도 동일하게 정당한 사유를 인정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점부동산 취득일부터 2년 10개월이 지난 2011.12.26. 교육과학기술부장관에 장기보유신청을 하였고 과세유예기간종료일이 경과한 2012.2.8.이 되어서야 장기보유 인정을 받은 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점부동산을 취득하여 유예기간 내에 학교 용도에 직접 사용하지 못한 법령상의 장애나 행정관청의 사용금지‧제한 등 외부적인 사유가 있었다고 보여 지지 아니하므로 이를 유예기간 내에 학교용도에 직접 사용하지 못한 부득이한 사유에 해당한다고 보기는 어렵다. 다만, 개발계획만 수립되어 있는 OOO 면적 등을 포함하여 쟁점부동산 전체를 유예기간 내에 사용하지 못한 정당한 사유로 인정하여야 한다는 주장은 이유없다 할 것이나, 청구법인은 OOO 신축기본계획안을 이사회에 상정하여 2010.12.28. 이사회에서 이를 의결하고, 2011.1.6. ㈜OOO와 신축설계용역계약을 체결하였으며, 2011.12.21. OOO를 OOO와 OOO(B구역)로 분할하고 B구역에 대하여 유예기간 이내인 2011.12.9. OOO 신축허가신청을 하여 처분청으로부터 2012.3.22. 허가를 받아 2012.6.19. 착공신고필증을 교부받은 사실 등을 종합적으로 고려해 볼 때, OOO 개발면적 9,669㎡는 청구법인이 이를 고유업무에 사용하기 위하여 필요한 절차와 노력을 한 것으로 보여지므로 유예기간 내에 목적사업에 사용하지 못한 정당한 사유에 인정된다. 청구법인은 국세에서 교육과학기술부장관이 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 인하여 3년 이내에 전부 사용하는 것이 곤란한 경우라고 인정한 바와 같이 지방세도 동일하게 정당한 사유를 인정하여야 한다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다고 할 것인 바OOO, 상속세 및 증여세법 시행령 제38조 제3항에 따라 교육과학기술부장관이 사용기간의 유예를 인정하였다 하더라도 교육과학기술부장관은 쟁점부동산에 대하여 과세관청의 지위에 있는 것이 아니므로 국세에서 상속세 및 증여세법 시행령 제38조 제3항에 따른 부득이한 사유를 인정하였다고 하여 (구)지방세법 제107조에 따른 정당한 사유를 동일하게 인정할 수는 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 학교법인이 부동산을 취득한 후 유예기간(3년) 이내에 학교교육 목적사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 제출자료 및 청구법인의 항변서 등에는 다음과 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구법인은 2009.2.6. 권OOO로부터 무상기부약정에 의하여 쟁점부동산을 취득하고 2009.2.17. 청구법인 앞으로 소유권이전등기를 경료하였다. (나) 청구법인의 쟁점부동산 취득 후 2009.9.17. 청구법인의 총장에게 보고된 쟁점부동산의 개발계획 및 주요경과내용은 다음과 같다.

① 쟁점부동산 2,437,827㎡ 중 317,357㎡는 자연녹지지역으로서 학교시설 또는 건축사업 등의 추진이 가능한 토지이며, 나머지 토지(2,120,470㎡)는 활용이 어려운 자연환경보전지역과 자연공원구역으로 지정되어 있음

② 단계별로 상황에 맞는 토지활용계획을 추진하되, 기부자의 기부목적에 부합하고 OOO과 연계한 실버/의료/약품/저탄소 녹색성장산업 중심으로 지형적 여건을 최대한 활용하여 초기 투자금최소화, 민간자본유치 등의 방안을 마련하여 대학의 고유목적에 맞는 교육과 연구시설로 활용 (다) 청구법인은 2010.12.20. 쟁점부동산 중 OOO 일대에 OOO 신축기본계획안을 이사회에 상정하여 2010.12.28. 이사회에서 이를 원안대로 의결하였으며, 2011.1.6. ㈜OOO를 계약자로 하여 신축설계용역계약을 체결하였다. (라) 청구법인은 2011.8.30. 쟁점부동산 중 OOO 일대에는 OOO 등을 조성하고, OOO1 일대에는 이를 B구역으로 하여 OOO 시설 등을 조성하는 내용의 교육용기본재산 관리계획을 이사회에서 의결하였다. (마) 청구법인의 쟁점부동산 취득 후 쟁점부동산의 지번분할 현황은 다음과 같다. (바) 처분청은 2011.12.9. 쟁점부동산 중 OOO 지상의 OOO 신축에 대한 허가신청(대지면적 1,983㎡, 건축면적 380.26㎡, 연면적 601.53㎡, 일반철골구조 지상2층)을 받아 2012.3.22. 허가통지를 하였으며, 2012.6.18. 착공신고를 접수받아 2012.6.19. 착공신고필증을 교부하였다. (사) (구)교육과학기술부장관이 작성한 OOO에 의하면, 쟁점부동산은 자연환경보전지역 및 자연녹지지역에 해당되어 건축허가 및 주변 토지소유자들로부터 사용승낙을 받는 데 시일이 소요되는 등 불가피한 사유로 교육 및 연구시설 건축이 지연되는 사실이 인정되므로 당해 재산을 출연목적에 적합하게 사용하는 데 장기간이 소요될 것으로 판단되고, 또한 청구법인이 사업추진계획에 따라 교육 및 연구시설을 2016년 2월까지 건축하여 교육 및 연구목적으로 사용하기 위해 노력하고 있으므로 상속세 및 증여세법 제48조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제38조 제3항에 따라 “재산의 사용에 대하여 장기간을 요하는 사실이 인정된다”고 하였다.

(2) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) (구)지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호, (구)지방세법 시행령(2010.9.20. 전문개정 전, 이하 같다) 제79조 제1항 제2호 및 제94조는 학교법인이 학교 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산 및 그 부동산에 대한 등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과하지 아니하되, 다만, 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과한다고 규정하고 있는 바, 동 규정에서 정당한 사유라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 사업에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다 하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다 하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것OOO이다. (나) 쟁점부동산 중 A구역 125,405㎡(산 31-22)는 자연녹지지역으로서 청구법인은 OOO, 운동장, 캠핑장, 텃밭 등을 계획하고 있으나 진입도로가 없어 개발허가가 불가하여 처분청과 지속적으로 진입로개설협의를 하고 있고, B구역 189,130㎡OOO는 자연녹지지역으로서 OOO, 연구단지 및 연수원 등을 계획‧추진 중에 있으며, 이 중 OOO을 신축 중에 있는 9,669㎡는 이의신청 결정에서 비과세대상으로 이미 반영되었고, C구역 2,123,292㎡OOO는 자연환경보전지역으로서 OOO 조성계획이 수립되어 있는 사실 등이 제출된 관련자료에서 확인되고 있는 바, 먼저, A구역 125,405㎡에 대하여 보면, 청구법인은 A구역에 대하여 OOO 등으로 개발계획은 있으나 진입도로가 없어 개발허가가 불가능한 상황에서 진입로개설을 협의 중에 있다고 하나, 토지를 매입하는 등 적극적으로 진입로 개설협의를 하여 진입로 확보할 수 있었음에도 유예기간(3년)이 경과하도록 진입로를 확보하지 아니하는 등 해당 토지를 목적사업에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였다고 보기 어렵고, 쟁점부동산 취득 후 학교목적에 직접 사용하기 위하여 약용식물 등을 식재하였다거나 OOO 등을 조성하기 위하여 착공을 하는 등 구체적으로 직접 사용하고 있는 사실이 나타나지 아니하는 이상 A구역 토지를 학교 교육 목적사업에 직접 사용하는 부동산으로 보기는 어렵다 하겠고, 또한 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기도 어렵다고 하겠다. 다음으로, B구역 189,130㎡OOO에 대하여 보건대, 이의신청 결정에서 B구역 중 약용식물원 9,669㎡에 대하여는 정당한 사유를 인정하여 추징대상에서 이미 제외하였는 바, B구역 중 약용식물원 9,669㎡외의 지역도 동일한 진입로를 통하여 일단의 학생들의 실습지로 활용하려는 부지이므로 약용식물원 9,669㎡에 대하여만 건축하기 위하여 진입로를 확보한 것이라고 보기는 어려운 점, B구역은 자연녹지지역으로서 학교 법인의 목적사업에 직접 사용하기 위해서는 도시계획을 변경하여야 하므로 상당한 시간이 소요된다고 할 것인데 별첨 사업추진내역과 같이 청구법인은 학교교육사업에 직접 사용하기 위하여 지속적으로 정상적 노력을 다하였으나 부득이하게 유예기간을 넘긴 것으로 보여지는 점, (구)교육과학기술부장관이 장기사용인정서를 발급하면서 건축허가 및 주변토지 소유자들로부터 사용승낙을 받는 데 시일이 소요되는 등 불가피한 사유가 인정된다고 한 것은 주로 B구역 토지를 염두에 둔 것으로 볼 수 있는 점 등을 종합적으로 고려할 때, B구역의 토지는 학교법인의 목적사업에 직접 사용하기 위한 지속적 노력을 기울였으나 부득이 유예기간을 넘긴 것이므로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 봄이 타당하다고 하겠다. 마지막으로, C구역 2,123,292㎡에 대하여 보건대, C구역은 경사도가 급한 OOO이고 자연환경보전지역으로서 용도구역이 제한되어 있어 학교법인이 목적사업에 직접 사용하기 위하여 개발이 불가한 토지라는 사실을 알고 취득하였다고 보여지는 점, 청구법인은 학교법인의 목적사업에 직접 사용하기 위하여 OOO 조성계획을 수립하였다고 하면서 자료를 제시하고 있으나 학교목적사업에 직접 사용하기 위하여 착공을 하였다거나 학생들의 실습장으로서 약용식물 등을 계획적으로 파종한 사실이 확인되지 않는 점 등을 종합적으로 고려하여 볼 때, C구역의 토지는 학교법인이 3년 이내에 목적사업에 직접 사용하지 않았으며, 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기도 어렵다 하겠다. (다) 따라서, 쟁점토지 중 A구역과 C구역의 토지는 취득일로부터 3년 이내에 목적사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 인정되지 않는다 하겠으나, B구역의 토지는 유예기간 내에 목적사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 하겠으므로,처분청이2012.4.6. 부과고지한 취득세 등 합계 OOO에 대하여 청구법인이 이의신청을 제기하여 경상북도지사가2012.8.24. 취득세 등 합계 OOO으로 경정결정한 처분은일부 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 현황 OOOOOOOOOOOO OOOOOOOO OOOOOOOOO OO(OO,OOO,OOOO) < 별첨2 > 관 계 법 령

(1) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제107조 (용도구분에 의한 비과세) 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 제127조 (용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기 (2)지방세법 시행령(2010.9.20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것) 제79조 (비영리사업자의 범위) ① 법 제107조제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

2. 초·중등교육법 및 고등교육법에 따른 학교, 경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법 또는 기업도시개발 특별법에 따른 외국교육기관을 경영하는 자 및 평생교육법에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체 제94조 (비영리사업자의 범위등) ① 법 제127조제1항제1호 본문에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

(3) 상속세 및 증여세법 제48조(공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등)① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다.

② 세무서장 등은 제1항 및 제16조제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지 및 제6호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호에 해당하는 경우에는 제78조제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항에 따른 보고서를 제출할 때 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고한 경우는 제외한다.

(4) 상속세 및 증여세법 시행령 제38조 (공익법인 등이 출연받은 재산의 사후관리) ③ 법 제48조 제2항 제1호 단서에서 "대통령령이 정하는 부득이한 사유"라 함은 출연받은 재산을 직접 공익목적사업에 사용함에 있어서 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 인하여 3년이내에 전부 사용하는 것이 곤란한 경우로서 주무부장관(권한을 위임받은 자를 포함한다)이 인정한 경우를 말한다.