복합물류터미널사업시행자가 직영하지 아니하고 이를 임대하여 운영하고 있는 경우 복합물류터미널사업에 직접 사용하는 것으로 보아 재산세를 경감할 수 있는지 여부

[주 문] 처분청이 2012.8.22. 청구법인에게 한 재산세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. OOO은 2007.1.10. 중부권 OOO 민간투자시설사업 실시계획 승인OOO하고 청구법인을 사업시행자로 지정하였으며, 청구법인은 2010.6.29. OOO을 취득하고 지방세특례제한법 제71조 제3항에 따라 2011년도 재산세의 100분의 50을 감면받았다.
• 나. 처분청은 2012년도 정부합동감사 결과에 따라 청구법인이 2011년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 소유하고 있는 이 건 부동산 중 건축물 56,426.7㎡ 및 부속토지 110,202㎡(이하 ‘쟁점부동산’이라 한다)를 주식회사 OOO에게 임대하고 있는 사실을 확인하고 감면을 배제하여 2012.8.22. 청구법인에게 재산세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 부과고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.11.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 지방세특례제한법제71조 제3항에서 OOO 시행자로 지정된 자가 그 공사계획을 시행하기 위해 취득하는 부동산에 대하여는 취득세의 100분의 50을, 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있고, 지방세특례제한법제정을 위한 입법예고에서도 위 조항이 OOO에 대한 취득세 및 재산세 감면규정임을 확인해 주고 있는 바, 위 조항에서 그 사업에 직접 사용한다 함은 당해 부동산을 OOO에 사용한다는 것을 의미한다 할 것이다. 물류사업과 달리 시설에 대한 건설과 운영을 모두 사업시행자가 진행하는 OOO은 사회기반시설에 대한 민간투자법 제15조 및 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률 제9조에 따라 정부고시사업으로 진행되는데, 정부의 사업고시내용 및 실시협약에 따라 사업시행자는 OOO을 건설한 후, 동 시설을 유지․관리하면서 계약기간(이 건의 경우 30년)동안 타인에게 사용케 하고 시설사용자로부터 시설사용료(임대료)를 수취하는 것인 바, OOO 운영을 통해 수익을 창출한다는 것이지 당해 부동산을 사업시행자 자신의 물류사업에 사용하는 의미는 아니고, 사업시행자가 직접 그 시설을 사용하여 물류사업을 영위할 때 재산세를 감면해 주고, 다른 업체들이 사용하는 경우에는 재산세를 감면하지 아니한다면, 특정업체에만 정부지원 및 조세감면혜택이 부여되고, 다른 업체의 물류터미널 시설사용을 사실상 제한하게 되는 결과를 초래하여 사회기반시설 내지 공공재에 대한 정부투자지원 및 세제지원의 방향과 완전히 배치되는 결과가 초래됨에도 처분청이 OOO 시설사용자들로 하여금 시설을 사용하게 하고, 시설사용료(임대료)를 받는 쟁점부동산을 OOO에 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 재산세 등을 부과고지한 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 지방세특례제한법제71조 제3항에서 과세기준일 현재 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 부동산 취득 후 최초로 납세의무가 성립되는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있는 바, 동 규정은 터미널사업시행자가 아닌 터미널사업자의 지위로서 과세기준일 현재 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여만 재산세 일부를 감면해 주겠다는 규정으로 해석해야 할 것으로 터미널 사업자가 타인에게 부동산을 임대하는 경우까지 감면해 주겠다는 것으로 해석할 여지는 없다고 할 것이고, 청구법인은 2001.6.25. OOO 민간투자시설 사업계획 고시OOO에 따라 당해 사업신청을 하고 사업시행자로 선정되어 2005년 구 OOO과 실시협약을 체결한 후 2007.1.10. 실시계획을 승인OOO받고 2010.6.29. 공사의 준공확인을 받은 바 있으므로, 공사 준공확인일인 2010.6.29. 청구법인은 사업시행자로서의 역할이 종료되고 이후는 터미널사업자로서의 지위를 획득했다 할 것인 바, 청구법인이 위 조항에 의하여 쟁점부동산에 대한 재산세를 감면받기 위해서는 터미널사업자로서 청구법인이 쟁점부동산을 직접 사용하여야 함에도 제3자에게 임대하였으므로 재산세 감면대상에 포함될 수 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 쟁점부동산이 재산세 과세기준일 현재 OOO에 직접 사용되는 부동산에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 지방세특례제한법 제71조(물류단지 등에 대한 감면) ③ 사회기반시설에 대한 민간투자법에 따라 복합물류터미널사업시행자로 지정된 자가 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률 제9조 제1항에 따라 인가받은 공사계획을 시행하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2011년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감하고, 과세기준일 현재 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 부동산 취득 후 최초로 납세의무가 성립되는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 경감된 취득세를 추징한다.

(2) 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

2. "물류터미널"이란 화물의 집화(集貨)·하역(荷役) 및 이와 관련된 분류·포장·보관·가공·조립 또는 통관 등에 필요한 기능을 갖춘 시설물을 말한다. 다만, 가공·조립 시설은 대통령령으로 정하는 규모 이하의 것이어야 한다.

3. "물류터미널사업"이란 물류터미널을 경영하는 사업으로서 복합물류터미널사업과 일반물류터미널사업을 말한다. 다만, 다음 각 목의 시설물을 경영하는 사업을 제외한다.

• 가. 항만법 제2조 제5호의 항만시설 중 항만구역 안에 있는 화물하역시설 및 화물보관·처리 시설
• 나. 항공법 제2조제8호의 공항시설 중 공항구역 안에 있는 화물운송을 위한 시설과 그 부대시설 및 지원시설
• 다. 철도사업법 제2조제8호에 따른 철도사업자가 그 사업에 사용하는 화물운송·하역 및 보관 시설
• 라. 유통산업발전법 제2조 제14호 및 제15호의 집배송시설 및 공동집배송센터

4. "복합물류터미널사업"이란 두 종류 이상의 운송수단 간의 연계운송을 할 수 있는 규모 및 시설을 갖춘 물류터미널사업을 말한다. 제9조(공사시행의 인가) ① 복합물류터미널사업자는 건설하려는 물류터미널의 구조 및 설비 등에 관한 공사계획을 수립하여 국토해양부장관의 공사시행인가를 받아야 하며, 일반물류터미널사업을 경영하려는 자는 물류터미널 건설에 관하여 필요한 경우 시·도지사의 공사시행인가를 받을 수 있다.

(3) 사회기반시설에 대한 민간투자법 제15조(실시계획의 승인 또는 변경승인 등) ① 사업시행자는 민간투자사업을 시행하기 전에 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업의 실시계획을 작성하여 주무관청의 승인을 받아야 한다. 승인받은 내용을 변경하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 주무관청은 제1항에 따라 실시계획을 승인하거나 변경하였을 때에는 이를 고시하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실들이 나타난다. (가) OOO은 2001.6.25. OOO의 약 21만평에 OOO 민간투자시설사업기본계획을 고시OOO하였고, 동 고시에는 사업시행자에게 내륙화물기지 시설물에 대하여 직영 또는 임대 등의 방식으로 운영하고 그 사용자로부터 시설사용료를 징수할 수 있는 터미널사업권을 부여하는 내용을 포함하고 있다. (나) 이후, OOO은 OOO 민간투자시설사업의 기본계획을 OOO으로 변경하는 등의 변경고시OOO를 하였고, 청구법인은 2005.4.1. OOO과 실시협약 및 실시기본계획에 따라 시설을 설계, 건설한 후 소유하여 시설사용자들로부터 합리적인 사용료를 징수하여 수익을 영위할 수 있는 권한을 부여 받고, OOO은 민간투자법 및 관계법규에서 정한 바에 따라 사업시행자의 업무를 감독하고 필요한 명령을 할 수 있는 내용이 포함된 OOO 민간투자시설사업 실시협약을 체결하였으며, 2007.1.10. 청구법인을 사업시행자로 하는 내용이 포함된 중부권 OOO 민간투자시설사업 실시계획 승인OOO이 있었다. (다) 한편, 청구법인은 2010.6.29. 이 건 부동산을 취득하였고, 2012.3.7. 이 건 부동산 소재지 등에 OOO 등록을 하였으며, 2011년도 재산세 과세기준일 현재 쟁점부동산은 주식회사 OOO에게 임대되고 있는 사실이 심리자료에 나타난다.

(2) 위의 법령과 사실관계를 종합하여 살피건대, 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률 및 OOO 민간투자시설사업기본계획 고시내용을 보면 이 건 부동산과 관련한 OOO시행자가 물류터미널시설물을 직영하는 것 뿐만 아니라 임대 등의 방식으로 운영하고 그 사용자로부터 시설사용료를 징수하는 형태로 운영하는 것을 포함하는 것으로 보이고, 이에 따라, 청구법인이 정부와 체결한 실시협약에 따라 정부감독 하에 시설을 임대․관리하고 임차인이 동 시설을 OOO에 사용하고 있다면, 청구법인이 쟁점부동산을 직영하지 아니하고 타인에게 임대한 경우도 OOO에 직접 사용하는 것으로 보는 것이 타당하다 할 것임에도 처분청이 쟁점부동산을 임대하였다는 사실에만 착안하여 청구법인에게 이 건 재산세 등을 부과고지한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.