청구법인을 창업중소기업 감면대상으로 볼 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2011.12.15. OOO 부두에 창고용 건물 6,086.13㎡를 취득하고 2012.2.14. 취득세 OOO, 지방교육세 OOO, 농어촌특별세 OOO 합계 OOO을 신고납부하였고, 2012.2.21. 위 동소 270 외 1필지상 공유수면매립지 69,856.5㎡, 옥외하수도시설 및 구내 배전시설(이하 “쟁점물건”이라 한다)을 각각 취득하고 2012.4.19. OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO, 지방교육세 OOO, 농어촌특별세 OOO 합계 OOO을 처분청에 신고납부하였다.
• 나. 그 후 청구법인은 2012.5.24. 처분청에조세특례제한법제120조 제3항(2011.7.15. 법률 제10907호로 개정된 것, 이하 같다)의 규정에 따라 창업중소기업에 대한 감면대상이라고 하여 경정청구를 하였으며, 처분청은 2012.6.5. 거부통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.7.9. 이의신청을 제기하였으며, 2012.9.21. OOO시장은조세특례제한법 시행령제2조 제1항 3호의 규정에 따라 청구법인이 주식회사 OOO와 관계기업에 해당되고 소유와 경영의 실질적 독립성 기준에서 중소기업의 범위에 적합하지 아니하되, 다만,조세특례제한법 시행령부칙(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 것) 제1조에서 관계기업에 대한 실질적 독립성 기준의 개정규정 적용시기가 2012.1.1.부터 시행된다고 보아 그 이전인 2011.12.15. 취득한 부동산에 대한 취득세 등 OOO의 경정청구 거부처분이 잘못이라고 하였으며, 2012.1.1. 이후 취득한 쟁점물건의 취득세 등 OOO에 대하여는 청구법인이 관계기업에 따른 소유와 경영의 실질적 독립성 기준에 위배되어 중소기업의 범위에서 벗어난다고 하여 기각결정을 하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.11.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 OOO시장은 이의신청 결정에서 청구법인 자체만으로 판단할 경우 업종, 상시종업원 수, 자본금 등 규모 기준에서는 중소기업의 요건을 갖추고 있음을 인정하였는바, 청구법인은중소기업기본법 시행령(2011.12.28. 개정된 것) 제3조 제1항 제2호가 개정되어 관계기업제도가 시행되기 이전에는 중소기업에 해당하였으나, 위 시행령의 시행으로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에 해당되고, 청구법인은 위 시행령 개정 전후 중소기업 판정에 영향을 미치는 기초사실에는 전혀 변동이 없으므로 청구법인이 관계회사로서 중소기업의 실질적 독립성 적합 기준에 벗어나더라도 2012.2.2 조세특례제한법 시행령제2조 제5항의 개정에 따라 “중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호의 개정으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때”에 해당되어 4년간 유예기간을 적용하여야 하는 것이다. 한편, 처분청은 조세특례제한법 시행령제2조 제2항 단서 규정과 제5항의 규정이 상호 모순이라고 주장하나, 우선 제2항 단서 규정에서 유예기간을 적용하지 않는 경우는 법령의 개정 없이 회사의 새로이 발생된 사실(가령 합병 등)에 의하여 상호출자제한기업집단에 해당되거나 자산총액 OOO 이상인 회사가 직간접적으로 30% 이상 출자하게 되는 경우, 관계기업에 해당하게 되는 경우 등 그 귀책사유가 회사에 있는 경우로서 법령에서 이미 독립성 기준을 제시하고 있는데 그 기준을 회사의 새로운 사실관계의 발생으로 충족하지 못했으므로 유예기간을 적용하지 않겠다는 취지로 보아야 하고, 위 제5항 규정은 회사의 기초사실의 변동이 없었음에도 불구하고 중소기업기본법의 독립성에 관한 기준이 개정되어 중소기업에 해당되지 않게 된 경우에는 유예기간을 적용하겠다는 것으로서 법령의 개정이 없었더라면 계속 중소기업에 해당하는 기업이 법령개정(관계회사와의 독립성 기준 추가)으로 불가피하게 중소기업에 해당하지 않게 되었으므로 이 경우에는 유예기간을 인정하여 기업의 예측가능성을 제고하겠다는 취지로 제정된 규정이라고 보아야 하므로, 조세특례제한법 시행령제2조 제5항 규정에 따라 유예기간(4년)을 적용하여 2012.2.21. 취득한 쟁점물건에 대하여 창업중소기업에 대한 감면대상으로 보아야 함에도 처분청이 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제120조 제3항에서 규정하는 취득세 등이 면제되는 창업중소기업은 첫째,조세특례제한법제6조 제6항에서 열거한 창업으로 보기 곤란한 경우에 해당되지 않아야 하고, 둘째,조세특례제한법 시행령제2조 제1항 내지 제2항에서 규정하는 중소기업의 범위에 적합하여야 할 것이고, 중소기업의 범위에 대하여는조세특례제한법 시행령제2조 제1항 제3호에 해당기업의 실질적인 독립성 기준이중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호의 ‘가’목부터 ‘다’목까지 규정중 어느 하나에도 해당되지 않아야 할 것인바, 특히 ‘다’목에서관계기업에 속하는 기업인 경우에는 그 관계기업에 대한 상시 근로자수, 매출액 등의 외형에 따른 규모기준과 계열관계에 따른 판단기준인 독립성 기준에 위배되지 않아야 중소기업으로 인정된다고 할 수 있겠다. 청구법인의 경우, 청구법인 자체만으로는 창업한 것으로 볼 수 있겠으나, 청구법인과 모기업인 주식회사OOO와 관계기업이 성립됨에 따라 중소기업 범위에서 벗어난다고 볼 수 있다. 그런데,중소기업기본법 시행령(대통령령 제21368호, 2009.3.25.일부개정) 부칙 제1조에 의하면, 중소기업 범위기준 위배여부에 대한 관계기업제도 도입은 2009.3.25.부터이고 그 간 시행유예를 거쳐 2011.1.1.부터 시행되었으나,2011년도의 경우는 중소기업 범위에 대하여중소기업기본법 시행령제3조 제2호에서 규정한 소유와 경영의 실질적인 독립성에 대하여 가목부터 다목까지 모두 해당하는 기업인 경우에서2012년도에는중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호의 가목부터 다목까지 중에서 어느 하나에 해당하지 않는 기업으로 개정됨에 따라 중소기업의 범위가 더욱 강화되었고,그러한 경우에는조세특례제한법 시행령제2조 제2항의 규정에 따라 중소기업으로 인정하는 유예기간에서 제외한다고 분명하게 명시되어 있다. 청구법인의 경우는 법인 설립당시부터 모기업과 관계기업이 성립된 것이고조세특례제한법 시행령제2조 제5항은 유예기간 적용에 있어서 “제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령 제3조제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때”와 “중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때”에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다고 규정한 한 것은 특정 법인이 처음에는 관계기업이 불성립되었다가 성립된 경우이거나, 그 반대의 경우를 열거한 것임에도 청구법인에서 이 규정의 적용대상이라는 주장은 법리해석의 오해로 판단된다. 따라서, 관계회사의 경우에중소기업기본법이나조세특례제한법 시행령모두 유예기간을 적용하지 않는 것이 법 개정 취지라고 하겠는바, 조세특례제한법 시행령제2조 제5항 규정에 따른 유예기간(4년) 적용이 가능하다는 청구법인의 주장은 타당성이 없으므로 처분청의 경정청구 거부처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 중소기업기본법시행령개정으로 새로이 중소기업의 실질적독립성 기준에 해당하지 않게 되었으므로 조세특례제한법시행령상의 유예기간을 적용하여 창업중소기업 감면대상으로보아야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 (<별지> 참조)
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2009.6.12. 사업장 소재지를 OOO로 하고, 법인등기부상 목적사업으로 항만 및 일반 하역사업, 보관 및 창고업, 해상화물 운수업 및 운송주선사업 등으로 하여 법인설립 등기를 하였다.

(2) 청구법인은 조세특례제한법 시행령제5조 제8항 규정에 따라 주업이 펄프 및 기자재를 하역·운송하는 ‘물류업(보관 및 창고업)’이므로 창업중소기업의 업종에 해당되고, 최대 주주기업인 주식회사 OOO는 무역업이 주업이라 할 수 있으므로 새로운 업종을 영위하는 것임을 심리자료에서 알 수 있다.

(3) OOO시장은 청구법인에 대한 이의신청 결정에서 청구법인 자체는2009.6.12. 자본금 OOO, 상시 종업원수 9명, 주업을물류산업으로 법인을 신설한 경우로써 새로이 창업한 것이 인정되나,조세특례제한법 시행령제2조 제1항 제3호에 따라 실질적인 독립성이중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호 다목의 관계회사에 속하는 기업으로써 ‘매출액이 1천억원이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다’는 규정에 따라 중소기업의 범위에 포함되지 않으므로조세특례제한법120조(취득세의 면제 등) 규정의 적용대상이 아닌 것으로 판단하였다.

(4) 청구법인은 법인설립 당시부터 주식회사OOO가 청구법인의 최대 주주로서 상호 관계기업인 것으로 나타나고, 청구법인 제출자료에서 주식회사OOO의 매출액은 OOO으로 확인된다.

(5) 처분청과 청구법인 간에 해석의 다툼이 된 조세특례제한법시행령제2조 제5항(2012.2.2. 개정,이하 “쟁점규정”이라 한다) 규정을 보면,기업이 중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호(소유와 경영의 실질적 독립성 기준), “별표1(규모기준)” 및 “별표2(관계기업의 상시근로자수 등 산정기준)”의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 보도록 하고 있다.

(6) 위 쟁점규정(조세특례제한법시행령제2조 제5항)에서 인용한 “중소기업기본법 시행령제3조” 규정의 개정 연혁을 살펴보면, 2009.3.25.중소기업기본법시행령‘제3조 제2호 다목’에 관계회사 기준이 신설(2011.1.1. 시행, 이하 “중기령 종전규정”이라 한다)되었다가2011.12.28. 위 중기령 종전규정이 별도 항을 신설하면서 ‘제3조 제1항 제2호’로 개정(이하 “중기령 현행규정”이라 한다)되었는바, 그 개정내용은아래와 같다.

(7) 위 사실관계와 관련법령을 종합하여 살펴본다. (가) 청구법인은 중소기업기본법시행령의 개정으로 새로이 중소기업의 실질적독립성 기준에 해당하지 않게 되었으므로, 쟁점규정인 조세특례제한법시행령제2조 제5항의 유예기간을 적용하여 창업중소기업 감면대상으로보아야 한다는 주장이다. (나) 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 하겠다OOO. (다) 청구법인의 경우, 위 (5), (6)의 규정에 따라 엄격하게 해석하면, 2009.6.12. 법인설립 당시부터 관계기업(OOOOOOOOOOO) 기준으로 매출액 OOO 이상(졸업기준)인 상태에서2009.3.25. ‘중기령 종전규정’(제3조 제2호 다목)의 개정으로 관계회사기준이 신설(2011.1.1. 시행)되면서 ‘중기령 현행규정’(제3조 제1항 제2호)으로개정되기 이전인 2011.1.1.부터 ‘이미 중소기업에서 제외’된 것이라 하겠고,2011.12.28.중기령 현행규정의 개정에 따라 ‘새로이 중소기업에서 제외’된 것은 아니라고 보는 것이 타당하다 하겠는바, 청구법인은 2012.2.2. 개정된조세특례제한법시행령제2조 제5항(쟁점규정)에서 규정한 바와 같이중소기업기본법 시행령제3조 제1항 제2호(중기령 현행규정)의 개정으로 ‘새로이 중소기업에 해당’하게 된 경우에 해당하지 아니하는 이상, 위 쟁점규정에 따라 중소기업 의 유예기간을 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 하겠다. (라) 따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제123조 제4항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별 지> 관련법령

1. 조세특례제한법 제120조(취득세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산의 취득에 대하여는 취득세를 면제(제9호 및 제17호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다.

③ 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.

2. 조세특례제한법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23590호로 개정된 것) 제2조(중소기업의 범위) ①조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수·폐기물 처리(재활용을 포함한다),......(중략)......, 제5조 제8항에 따른 물류산업,......(중략)...... 을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

3. 실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 "조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당되는 경우

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

3. 중소기업기본법 시행령(2009.3.25. 대통령령 제21368호로 개정된 것) 제3조 (중소기업의 범위) 중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

• 가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업
• 나. 자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억원 이상인 법인. 이 경우 외국법인의 자산총액을 원화로 환산할 경우에는 직전 사업연도 말일 현재의 종가환율 또는 직전 사업연도의 평균환율을 적용하여 환산한 금액 중 적은 것으로 한다.
• 다. 자기자본이 5백억원 이상인 기업
• 라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목 모두에 해당하는 기업 가.독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것

• 나. 제1호 나목에 따른 법인(중소기업창업 지원법에 따른 중소기업창업투자회사와 이에 준하는 자로서 중소기업 육성을 위하여 중소기업청장이 정하여 고시하는 자는 제외한다)이 발행주식(상법 제370조에 따른 의결권 없는 주식은 제외한다) 총수의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 최대주주(법인의 의결권 있는 발행주식 총수를 기준으로 본인 및 그와 특수관계자가 소유하는 주식을 합하여 그 수가 가장 많은 경우의 본인을 말한다. 이 경우 특수관계자는 본인이 개인인 경우 사실상 혼인관계에 있는 자를 포함한 배우자, 8촌 이내의 혈족 및 4촌 이내의 인척을 말하며, 본인이 법인인 경우 그 법인의 임원을 말한다)인 기업이 아닐 것. 이 경우 발행주식의 간접소유 비율에 관하여는 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제2조 제2항을 준용한다.
• 다. 관계회사에 속하는 기업의 경우에는 제7조의2에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 제1호에 따른 기준을 초과하는 기업이 아닐 것 부칙 <제21368호, 2009.3.25.> 제1조(시행일) 이 영은 2009년 3월 27일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각각 다음 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.

1. 제2조 제3호, 제3조 제2호 다목, 제3조의2, 제7조의2 및 별표 2의 개정규정: 2011년 1월 1일

2. 제3조 제1호 다목·라목 및 제9조 제3호의 개정규정: 2012년 1월 1일 제2조(경과조치) 이 영 시행 당시 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 2011년 12월 31일까지는 중소기업으로 본다. 다만, 제2조 제3호, 제3조 제2호 다목, 제3조의2 및 제7조의2의 개정규정에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 그러하지 아니하다.

4. 중소기업기본법 시행령(2011.12.28. 대통령령 제23412호로 개정된 것) 제3조(중소기업의 범위) ① 중소기업기본법(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

• 가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업
• 나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업
• 다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업
• 라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

• 가. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사
• 나. 제1항 제1호 나목에 따른 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제2조 제2항을 준용한다.

1. 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원

2. 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족

• 다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수 등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업