지주회사가 손자회사로부터 물적분할되어 설립된 비상장법인의 주식 100%를 취득하여 과점주주가 된 경우,「조세특례제한법」제120조 제6항에 따라 과점주주 취득세 감면대상에 해당하는지 여부

[참조결정] 조심2010지0797

[주 문] OOO이 2012.9.7. 청구법인에게 한OOO원의 부과처분은이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 “공정거래법”이라 한다)에 따른 지주회사로서 청구법인의 손자회사인 OOO 주식회사(이하 OOO이라 한다)가 물적분할하여 설립된 OOO 주식회사(이하 OOO라 한다)의 주식 전체OOO를 2011.9.28. OOO으로부터 취득하여 OOO 과점주주가 되었으며, 과점주주 취득세를 신고·납부하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 2011.9.28. 현재 OOO의 과점주주로서 취득세 납세의무가 있는 것으로 보아 OOO의 장부상 취득세 과세대상물건인 OOO에 대한 장부가액에 과점주주비율OOO을 곱한 금액OOO을 과세표준으로 하고, 지방세법제15조 제2항을 적용하여 산출한 OOO원(가산세 포함)을 2012.9.7. 청구법인에게 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.11.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 공정거래법에 따른 지주회사로서 다수 계열회사들의 지분을 소유하고 있으면서 2011.8.1. 손자회사인 OOO으로부터 물적분할되어 설립된 OOO의 주식을 2011.9.28. OOO으로부터 100% 취득(이하 “이 건 거래”라 한다)하여 자회사로 편입하였는바, 조세특례제한법제120조 제6항 제3호에서 규정한 ‘공정거래법에 따른 지주회사가 되거나 지주회사가 같은 법에 따른 자회사의 주식을 취득하는 경우’ 중 전단의 “지주회사가 되거나”의 의미를 이미 공정거래법상 지주회사인 회사가 내국법인의 주식을 취득하여 그 자회사의 지주회사가 되는 경우로, 후단의 “지주회사가 자회사의 주식을 취득하는 경우”의 의미를 지주회사가 자회사가 아닌 내국법인의 주식을 취득하면서 동시에 그 내국법인이 공정거래법상 자회사의 요건을 충족시키는 경우까지를 포함한다고 해석되며, 처분청과 같이 해석하는 경우 “최초로”라는 요건(전단), 또는 “ ‘취득 거래 이전에’ 자회사에 해당하였을 것”이라는 요건(후단)을 각각 추가시키는 것이어서 조세감면대상거래를 부당히 축소하는 것이라 하겠고, 위 규정의 입법취지는 지주회사가 자회사의 주식을 취득하는 경우 과점주주에 대한 취득세 부담을 배제하려고 한 것이며, 지주회사가 비상장법인의 지분을 50% 이내로 취득하여 자회사로 편입시킨 후 지분을 추가로 취득하는 행위와 지분을 한꺼번에 취득하는 행위를 다르게 볼 아무런 이유가 없고, 기존 행정자치부 해석사례(지방세정담당관-1697, 2003.10.28.)도 주식취득 거래로 인하여 그 내국법인이 자회사로 편입되는 경우를 포함하고 있으므로 조세특례제한법제120조 제6항 제3호의 규정에 따른 취득세의 면제대상으로 보아야 할 것인바, 처분청이 부과한 이 건 취득세 등은 취소되어야 한다. 한편, 처분청이 제시한 선결정례(조심 2010지797, 2011.3.21.)는 구간접투자자산 운용업법상 투자목적회사(동법상 지주회사 요건 충족한 때로부터 10년 동안 공정거래법상 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니함)를 ‘공정거래법상 지주회사’에 해당하지 아니하여 취득세 부과대상에 해당한다고 본 것에 불과하며, 행정안전부 회신사례OOO는 공정거래법상 지주회사였던 취득법인이 피취득법인의 주식 OOO를 취득함으로써, 종전에 피취득법인의 주식 OOO를 보유하던 자회사와 함께 피취득법인의 과점주주가 되고 난 이후, 유상증자를 통하여 OOO 지분을 추가 취득하여 비로소 “피취득법인(자회사)이 공정거래법상 지주회사의 계열회사”로 편입된 것이어서, 위 사안은 지주회사가 피취득법인의 주식 OOO를 취득할 때에 피취득법인이 공정거래법상 “계열회사”가 아니므로(즉 OOO 주식취득시기와 공정거래법상 자회사가 된 시기가 다름) 면제요건을 충족하지 못하였다고 본 것인 반면, 이 건은 공정거래법상 지주회사가 피취득법인 주식 OOO를 인수함과 동시에 피취득법인이 공정거래법상 계열회사(자회사)가 된 것이므로 그 사실관계가 달라 이 건에 적용할 수 없다.
• 나. 처분청 의견 구조세특례제한법(1999.12.28. 법률 제6045호로 일부 개정된 것, 이하 같다) 제120조 제5항 규정은 지주회사가 되거나, 지주회사가 자회사의 주식을 취득하는 경우 과점주주에 대한 취득세 과세규정을 적용배제 하는 것이며, 그 개정이유를 보면, 공정거래법상 지주회사는 자회사가 비상장법인인 경우 발행주식 총수의 50% 이상을 보유하여야 함에 따라 지방세법상 과점주주에 해당되어 취득세를 부담하게 되는 문제를 해결하기 위해 신설된 것으로 나타나고, 공정거래법상 지주회사의 경우, 같은 법에 의한 지주회사의 기준을 갖춤과 동시에 각종 행위제한, 의무위반 시 시정조치 및 과징금·벌금 등에 대한 규제 등을 적용받게 되며, 지주회사에 대하여 과점주주 취득세를 면제하는 취지는 기존의 거대한 기업집단이 계열기업간 상호출자나 상호보증으로 인하여 하나의 자회사 또는 사업부분의 부실이 기업집단 전체의 도산으로 이어질 위험성이 있었던 것에 비하여, 지주회사는 수직적인 단순한 출자구조와 출자금의 한도 내에서만 책임을 지는 구조를 가짐으로써 연쇄도산 감소 등 기업소유구조 개선에 도움이 되므로 이를 지방세 차원에서 지원하기 위한 것(법제처 해석, 2010.2.5.)으로, 조세심판원 및 행정안전부에서조세특례제한법제120조 제6항 제3호의 전단에서 규정하고 있는 “지주회사가 되거나”의 의미는 주식을 취득함으로써 최초로 지주회사가 됨과 동시에 과점주주가 된 경우를 말하는 것이고, 후단에서 규정하고 있는 “지주회사가 자회사의 주식을 취득하는 경우”의 의미는 이미 지주회사인 회사가 자회사의 주식 등을 취득하여 과점주주가 된 경우를 말한다(조심 2010지797, 2011.3.21. 및 지방세운영과-1187, 2009.3.19.)고 해석하고 있는바, 청구법인은 2010.1.5. 지주회사가 된 이후인 2011.9.28. OOO의 주식을 취득하여 과점주주가 되었으므로 주식을 취득함으로써 최초로 지주회사가 됨과 동시에 과점주주가 된 경우에 해당되지 아니할 뿐 아니라, 청구법인이 자회사가 아닌 청구법인의 손자회사인 OOO으로부터 물적분할 방식으로 설립된 OOO의 주식을 취득하였으므로 이 또한 이미 지주회사인 회사가 자회사의 주식 등을 취득하여 과점주주가 된 경우에 해당되지 아니하며, 또한, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이며, 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평원칙에 부합한다(대법원 2004.5.28. 선고, 2003두7392 판결)는 점에서 청구법인의 주장은 이유 없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 공정거래법상 손자회사로부터 물적분할되어 설립된 법인의 주식 100%를 취득하여 과점주주가 된 경우,조세특례제한법제120조 제6항에 따라과점주주 취득세 감면대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 계열회사들의 지분을 소유하고 있는 상태에서 2009.12.31. 인적분할로 ‘자회사’인 OOO 주식회사를 설립하였는바, 청구법인은2010.1.5. 현재 공정거래법에 의한 지주회사로서 OOO를 보유하였다.

(2) 청구법인은 기업집단의 지주회사 지위를 유지하던중 손자회사인 OOO으로부터 2011.8.1. 물적분할 방식으로 설립된 OOO의 주식 OOO를 2011.9.28. OOO으로부터 취득(이하 “이 건 거래”라 한다)함으로써 공정거래법상 OOO가 청구법인의 자회사가 되었다.

(3) 청구법인이 이 건 거래를 하게 된 경위 등에 대하여 제출한 자료를 보면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인의 자회사인 OOO 주식회사 및 OOO 주식회사와 손자회사인 OOO은 각각 아래와 같이 사업경쟁력 강화방안을 모색하였다. (나) 청구법인은 경쟁력 강화 및 지주회사 관점의 보유지분가치 상승을 도모하기 위하여 위 3개사의 각 유통사업부문 통합을 추진하는 과정에서 손자회사인 OOO의 사업부문인 수입차 유통업 등을 분할하여 OOO를 설립하는 경우, OOO는 공정거래법상 증손회사의 지위를 가지게 되고, 이 경우 OOO가 자회사인 OOO와 합병하는 경우, 공정거래법 제8조의2 제4항의 “일반지주회사의 손자회사는 국내계열회사의 주식을 소유하여서는 아니된다”는 규정에 위반하는 문제가 발생하게 되었다. (다) 청구법인은 공정거래법을 준수하기 위하여 먼저, OOO의 지분을 전량 취득하여 자회사의 지위로 만든 다음, 3개사 간의 합병(2011.12.30. OOO 주식회사에 의하여 흡수합병)을 추진하는 방법으로 구조조정을 추진하고자 2011.9.28. 이 건 거래를 추진하였는바, 이 건 거래는 청구법인이 일련의 기업구조개편을 하는 과정에서 공정거래법을 준수하기 위하여 행한 기업집단 내부간의 지분이동 거래로 보인다.

(4) 구조세특례제한법 제120조의법률개정 취지를 보면, 다음과 같다. (가) 국회 재정경제위원회 법률안 심사보고서OOO에서 개정안은 “지주회사가 되거나, 지주회사가 자회사의 주식을 취득하여 과점주주가 되는 경우에, 취득세를 부과하지 않도록 하려는 것”이며, “공정거래법상 지주회사는지방세법상의 과점주주(발행주식 총수의 51%)에 해당되게 되어 취득세를 부담하게 되는데, 이를 지주회사 설립에 대한 지원차원에서 배제하려는 것” 이라고 되어 있다. (나) 구 ‘재정경제부’ 발간 간추린 개정세법1999년 ‘개정이유’를 보면, “공정거래법상 지주회사는 자회사가 비상장법인인 경우 발행주식총수의 50% 이상을 보유하여야 함에 따라 지방세법상 과점주주(발행주식총수의 51%)에 해당하여 취득세를 부담하게 되는 문제를 해결하기 위함”이라고 되어 있다.

(5) 위 구조세특례제한법제120조 제5항 제8호(공정거래법에 의한 지주회사가 되거나 지주회사가 동법에 의한 자회사의 주식을 취득하는 경우)의 개정(신설) 당시 시행중인 구 공정거래법(1999.2.5. 법률 제5813호로 개정된 것, 이하 같다)을보면, 아래와 같이 손자회사 및 증손회사의 개념이 도입되기 이전이었으며, 당시 ‘자회사’라 함은주식의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는지주회사에 의하여 그 사업내용을 지배받는 국내회사를 말한다고 규정하고 있는바, 이 건 거래당시의 OOO(손자회사) 및 OOO(증손회사)는 청구법인에 의하여 그 사업내용을 지배받는 점에서구조세특례제한법개정당시 ‘자회사’의 개념에 포함된다고 볼 수 있다. (6)처분청이 제시한 선결정례(조심 2010지797, 2011.3.21.)를 보면, 구간접투자자산 운용업법상의 투자목적회사가 공정거래법상 지주회사에 해당하는지 여부에 대한 판단으로서, 이 건의 경우와는 그 사실관계 및 내용이 다른 것으로 보인다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 이 건 거래 당시의 조세특례제한법제120조 제6항 제3호에서 공정거래법에 따른 지주회사가 되거나 지주회사가 같은 법에 따른 자회사의 주식을 취득하는 경우에 취득세를 면제하도록 규정하고 있고, 구조세특례제한법제120조 제5항에 공정거래법에 따른 지주회사의 주식취득에 대하여 과점주주 취득세 납세의무를 배제하는 규정을 마련한 취지는 새로이 도입되는 지주회사 제도의 정착 및 활성화를 위하여 지주회사가 비상장법인의 주식을 51% 이상 취득함에 따라 지방세법상 발생하게 되는 과점주주에 대한 취득세 부담을 덜어주는 것에 있는 점, 위 구조세특례제한법개정(신설) 당시 시행중인 공정거래법상의 ‘자회사’의 개념에서 볼 때, OOO(손자회사)과 OOO(증손회사)도 지주회사인 청구법인에 의하여 그 사업내용을 지배받는 점에서 ‘자회사’에 해당되는 것으로 볼 수 있는 점,청구법인이 제출한 자료에서 이 건 거래가 청구법인이 일련의 기업구조개편을 하는 과정에서 공정거래법상 지주회사의 행위제한 규정을 준수하기 위하여 행한 기업집단 내부간의 지분이동으로 보이는 점, 청구법인이 OOO의 주식을 50%씩 2회로 나누어 취득할 경우 취득세 납세의무가 없는 반면에, 일시에 100%를 취득한 것이라 하여 납세의무를 지우는 것은 합리적이지 않다고 보이는 점, 이 건 거래의 경우 기존 손자회사의 사업부에서 물적분할된 OOO 주식을 취득한 것으로서 지주회사가 기존 계열회사 외의 일반 비상장법인을 새로이 지배할 목적으로 주식을 취득하는 행위와는 성격이 다른 점, 처분청이 제시한 선결정(조심 2010지797, 2011.3.21.)은 구간접투자자산 운용업법상의 투자목적회사가 공정거래법상 지주회사에 해당하는지 여부에 대한 판단으로서 이 건의 경우와는 달리 볼 수 있는 점 등에 비추어 조세특례제한법제120조 제6항 제3호의 ‘공정거래법에 따른 지주회사가 되거나 지주회사가 같은 법에 따른 자회사의 주식을 취득하는 경우’ 중 전단의 “지주회사가 되거나”의 범위에 이미 공정거래법상의 지주회사인 법인이 공정거래법상 지주회사의 행위제한 규정을 준수하기 위하여 이미 공정거래법상 지배관계에 있는 내국법인의 주식을 취득하여 그 내국법인의 지주회사가 되는 경우를 포함하는 것으로 보는 것이 타당하다 하겠고, 후단의 “지주회사가 자회사의 주식을 취득하는 경우”의 범위에 지주회사가 기존 자회사의 주식을 취득하는 경우와 지주회사가 공정거래법상 이미 지배관계에 있는 내국법인의 주식을 취득함으로써 공정거래법상 자회사가 되는 경우를 포함하는 것으로 보는 것이 타당하다 하겠다. 따라서,지주회사인 청구법인이 공정거래법상 청구법인의 지배관계에 있던 OOO의 주식을 일시에 100% 취득하여 청구법인이 OOO의 지주회사가 됨과 동시에 OOO가 청구법인의 자회사가 된 이 건 거래의 경우는조세특례제한법제120조 제6항 제3호에서 규정한 ‘공정거래법에 따른 지주회사가 되거나 지주회사가 같은 법에 따른 자회사의 주식을 취득하는 경우’에 해당한다고 보이므로처분청이 청구법인에게이 건 취득세 등을 부과한 처분은잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.