토지거래허가구역안에 있는 부동산 양도시 해제 전에 미리 양도소득세를 신고납부한 금액을 과오납으로 볼 수 있는 지 여부

OOO세무서장이 2013.8.27. 청구인에게 한 국세환급가산금 청구 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 토지거래허가구역인 OOO동 17 외 5필지(이하 “쟁점부동산”이라 한다) 를 2008.4.30. 주식회사 OOO건설과 매매계약하고 잔금청산일 기준으로 2009.12.29. 양도소득세 OOO원을 예정신고․납부(2010.2.25. OOO원, 2010.4.26. OOO원)하였다. 청구인은 2013.5.24. 쟁점부동산에 대한 토지거래허가구역이 해제된 것을 알고, 소득세법상 토지거래허가구역안 토지의 양도소득세 예정신고․납부기한인 2013.7.31. 양도소득세를 예정신고하면서 당초 신고․납부한 양도소득세는 착오에 의한 납부세액이므로 본 세액을 예정신고세액에 충당하고 동 기간 중의 환급가산금 지급을 청구하는 국세환급가산금 청구를 하였다.
• 나. 처분청은 토지거래허가구역안의 토지를 양도하고 허가전 대금을 청산한 후 양도소득세를 납부한 경우로서 이후 토지거래허가를 받거나 해제된 경우에는 그 계약은 소급하여 유효한 계약이 되므로 환급을 청구할 수 없다는 이유로 2013.8.27. 청구인에게 국세환급금청구 거부통지를 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.9.23. 이의신청을 거쳐 2013.11.13. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 국세청 예규(부동산거래관리과-25, 2010.1.11.)의 당초 취지는 2001년 세법개정으로 토지거래허가구역안의 법정신고기한은 토지거래일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내라고 개정되었음에도 개정내용이 알려지지 아니하여 종전대로 납세자가 대금청산을 하고 2월 이내에 예정신고를 이행하였는데도 불구하고 토지거래계약허가를 받고 나서 법정신고기한 내에 예정신고를 이행하지 않은 경우, 법정신고기한내에 신고하지 않은 납세자를 무신고자로 보아 가산세 등의 제재를 하지 않기 위한 해석임에도 처분청은 이를 납세자에게 불리하게 해석하고 있다. 국세청 예규(법규과-1043, 2009.7.31.)에 따르면 토지거래허가를 받기 전에 양도소득과세표준 예정신고·납부한 경우 토지거래허가를 받기 전 또는 토지거래허가구역에서 해제되기 전에는 경정 결정할 수 없으며, 당초 예정신고·납부한 양도소득세는 국세기본법 제51조 제1항 후단에 따른 환급청구를 할 수 있다고 하고 있고, 대법원도 토지거래허가지역 내의 토지에 관하여 장차 허가를 받을 것을 전제로 매매계약을 체결하여 그 대금을 청산한 다음 허가를 받아 소유권이전등기를 마친 경우 비록 그 매매계약은 허가를 받을 때까지는 법률상 미완성의 법률행위로서 소유권 등 권리의 이전에 관한 계약의 효력이 전혀 발생하지 아니하지만 일단 허가를 받으면 그 계약은 소급하여 유효한 계약이 되므로, 양도소득 산정의 기준이 되는 양도시기는 대금 청산일이라고 판시(대법원 1997.6.27. 선고 97누5145 판결)하고 있는데, 이는 당초 예정신고가 소급하여 유효하다는 것이 아니라 거래당사자 가 체결한 매매계약이 허가를 받은 경우 소급하여 유효하다는 것이다. 더구나 다른 납세자들은 토지거래허가 이전에 대금청산 후 법정신고기한 내에 예정신고·납부를 하였다가 허가일 이후 환급청구를 하여 이미 납부한 양도소득세와 환급가산금을 받았으므로, 이와 동일하게 법정신고기한 내에 성실히 양도소득과세표준 예정신고를 이행한 청구인에게 일방적으로 당초 신고가 유효하다고 보아 환급청구를 거부한 처분청의 처분은 행정 편의주의적이고 형평성에도 어긋나는 처분이다. 그렇다면 소득세법 제105조 제1항 제1호 단서는 토지거래허가구역 안에 있는 토지에 대하여 거래허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우 양도소득과세표준 예정신고는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2개월로 한다고 규정하고 있고, 토지거래허가구역안의 토지를 양도한 경우에는 그 허가를 확정적으로 받음으로써 납세의무가 성립하므로, 토지거래허가 이전에 당초 신고·납부한 것은 조세채무가 존재하지 아니한 상태에서의 행위로서 허가일 이후 법정신고기한 내에 다시 양도소득과세표준 예정신고를 하였다면 토지거래허가 이후의 예정신고가 유효한 신고에 해당한다 할 것이어서 청구인의 환급가산금 지급청구는 정당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 토지거래허가일 이전에 예정신고․납부한 세액을 토지거래허가구역 해제 후 법정신고기한내의 양도소득세로 충당하고 그에 따른 환급가산금을 지급하여야 한다고 주장하나, 국세청 예규(법규과-1506, 2011.11.15.)에 따르면 토지거래구역안의 토지를 양도하고 토지거래허가 전 대금을 청산한 후 양도소득예정신고 납부한 경우로서 이후 토지거래허가를 받았거나 토지거래허가 구역지정이 해제된 경우에는 그 계약은 소급하여 유효한 계약이 되므로 당초 예정신고․납부한 세액에 대해서는 환급청구를 할 수 없다고 되어 있으며, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제117조 제1항 에 따른 토지거래허가구역안의 토지를 양도하고 토지거래허가 전 대금을 청산한 후 양도소득세 예정신고․납부한 경우로서 이는 정상적인 대가관계에 의하여 이미 실질적인 양도가 이루어진 것이고 이후 토지거래허가를 받았거나 토지거래허가구역지정이 해제된 경우에는 당초 예정신고․납부가 소급하여 유효하므로 당해 납부세액에 대해서는 환급청구를 할 수 없고 환급가산금 지급대상에 해당하지 아니하므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 토지거래허가구역안에 있는 쟁점부동산 양도시 과세표준 예정신고는 소득세법 제105조 제1항 제1호 단서에서 규정한 토지거래허가일이 속하는 달의 말일부터 2개월로 되어 있는바, 청구인이 위 신고기한에 예정신고하면서 당초 쟁점부동산의 잔금을 청산한 후 양도소득세를 신고․납부한 금액을 과오납으로 보아 환급가산금을 청구할 수 있는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 심리자료에 의하면, OOO출장소는 쟁점부동산에 대하여 2002.11.20. 토지거래허가구역으로 지정하였고, 2013.5.24. 토지거래허가구역에서 해제하였으며, 청구인은 쟁점부동산을 토지거래해제일인 이전인 2008.4.30. 매매계약하고, 2009.12.29. 양도소득세를 신고하였으며, 2010.2.25. OOO백만원, 2010.4.26. OOO백만원의 양도소득세를 납부한 사실이 나타난다.

(2) 쟁점토지의 양수자인 주식회사 OOO건설은 2008.6.10. 토지거래허가신청절차이행 청구권으로 가처분등기하였고, 2013.7.17.(2013.5.25. 매매를 등기원인) 소유권이전등기하였으며, 청구인은 토지거래해제일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내인 2013.7.30. 양도소득세 예정신고서를 제출하였고, 국세환급금청구서를 제출한 것으로 나타난다.

(3) 이의신청 사실관계 자료에 의하면, 김OOO․박OOO(OOO세무서), 최OOO(OOO세무서), 김OOO(OOO세무서)은 토지거래허가 전에 예정신고납부를 한 후 토지거래허가 후 법정신고기한 내에 다시 신고하여 환급가산금을 지급받은 사실이 확인된다.

(4) 청구인이 제시한 자료에 의하면, 청구인의 쟁점부동산 소재지에 위치한 토지거래허가구역안의 부동산을 양도한 정OOO 외 11명이 청구인과 동일한 쟁점으로 제기한 이의신청에 대하여 OOO지방국세청장 은 환급가산금을 지급하여야 한다는 취지로 인용한 것으로 나타난다.

(5) 처분청이 제시한 국세청 예규(법규과-1506, 2011.11.15.)에 의하면, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제117조 에 따른 토지거래계약허가구역 안의 토지를 양도하고 토지거래허가 전 대금을 청산한 후 양도소득세 예정신고 납부한 경우로서 이후 토지거래허가를 받았거나 토지거래허가 구역지정이 해제된 경우에는 그 계약은 소급하여 유효한 계약이 되므로 당초 예정신고․납부한 세액에 대해서는 환급청구를 할 수 없는 것이며, 토지거래허가를 받지 못한 경우이거나 허가구역 지정이 해제되지 아니한 경우에는 당초 신고 납부한 세액에 대하여 국세기본법 제51조 제1항 후단에 따라 환급을 청구할 수 있는 것이다 라고 되어 있다.

(6) 살피건대, 소득세법 제105조 제1항 제1호 는 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월 이내에 제92조 제2항의 규정에 의하여 계산한 양도소득과세표준을 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다고 규정하고 있으며, 단서에서 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제117조 제1항 의 규정에 의한 거래계약허가구역안에 있는 토지를 양도함에 있어서 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2월로 한다고 규정하고 있는바, 처분청은 국세청 예규(법규과-1506, 2011.11.15.)를 근거로 청구인의 경정청구를 거부하였으나, 이 건의 경우, 청구인이 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제117조 제1항 의 규정에 의한 토지거래허가지역 내의 쟁점부동산에 대하여 장차 허가를 받을 것을 전제로 매매계약을 체결하여 그 대금을 청산한 후 2009.12.29. 이에 대한 양도소득과세표준 예정신고·납부를 하였다가 2013.5.24. 쟁점부동산이 토지거래허가구역에서 지정 해제된 이후 소유권이전을 마친 경우로서, 토지거래허가구역 안에서 매매가 이루어지고 잔금이 지급된 경우에는 추후에 토지거래허가를 받는 경우 소급하여 양도시기가 정해지는 것과는 다르게 소득세법 제105조 제1항 제1호 단서는 양도소득과세표준 예정신고의 시기를 토지거래허가일이 속하는 달의 말일부터 2개월로 하도록 규정하고 있으므로 청구인은 토지거래허가구역해제일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내인 2013.7.31. 쟁점부동산에 대한 양도소득과세표준 예정신고를 할 수 있음에도 2009.12.29. 미리 신고·납부(2010.2.25. 426,217,110원, 2010.4.26. 420,000,000원)함으로써 결국 양도소득세를 오납한 경우에 해당된다 할 것이어서 이미 신고․납부한 관련 세액에 대하여는 2013.7.31. 청구인이 한 신고세액에 충당함에 아울러 이에 따른 기한의 이익에 상당하는 환급가산금은 국세기본법 제52조 에 따라 지급하는 것이 타당하다 하겠다(조심 2013중221, 2013.3.27. 같은 뜻). 따라서, 처분청이 청구법인의 국세환급가산금에 대한 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.