합병법인 주주에게 합병대가로 교부된 합병신주는 기존 피합병법인의 주식이 소멸하고 새로이 발행된 주식으로서 피합병법인 주식과는 법률적으로 독립된 별개의 재산으로 별개의 명의신탁재산에 해당함
합병법인 주주에게 합병대가로 교부된 합병신주는 기존 피합병법인의 주식이 소멸하고 새로이 발행된 주식으로서 피합병법인 주식과는 법률적으로 독립된 별개의 재산으로 별개의 명의신탁재산에 해당함
OOO이 2013.8.19. 청구법인에게 한 2008사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 청구법인이 2008.7.6. 공개매수로 취득한 OOO의 발행주식 OOO주의 1주당 취득가액 OOO원을 시가로 보아 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 2013.2.15. 대통령령 제24357호로 개정된 법인세법 시행령 제89조 제2항 제2호 후문은 “비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 OOO 최종시세가액으로” 산정한다는 규정을 두었는바, 법인세법 시행령이 개정되기 전에는 비상장법인이 보유한 상장주식의 가치를 상증법 제63조에 의해 평가하여야 하는 것이다. (가) 국세청이 발간한 “개정세법 해설”에서 2013.2.15. 법인세법 시행령제89조 제2항 제2호가 개정되기 전에는 “(비상장법인이 보유한 상장주식) 시가가 불분명한 경우 상속세 및 증여세법을 준용하여 평가: 평가기준일 전후 2개월동안 OOO 최종시세가액 평균”하여 산정하였고, 개정 후에는 “평가기준일 현재 OOO 최종 시세가액”으로 산정한다고 적시하였다. (나) 법인세법 시행령제89조 제1항의 규정은 쟁점1상장주식의 평가에 적용되지 아니하는 것인바, 이 건의 문제는 쟁점1상장주식의 시가가 아니라 쟁점1상장주식을 보유한 OOO 주식의 법인세법상 시가로 이를 산정하기 위한 비상장법인의 순자산가액은 모두 상증법상 평가방법에 따라 평가하여야 하는 것이고, 쟁점1상장주식은 비상장법인인 OOO의 순자산의 하나이므로 상증법에 따라 평가되어야 하는 것이다. (다) OOO도 소득세법상 부당행위계산부인 규정에 대해서는 비상장법인이 보유한 상장주식의 시가를 상증법에 의해 평가하여야 한다고 유권해석OOO 한 바와 같이, 법인세법상으로도 비상장주식의 평가는 상증법을 준용하여 이루어지는 것이다.
(2) 쟁점2상장주식은 총 발행주식의 OOO%로 구 증권거래법이 정한 공개매수절차에 따라 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하여 결정된 가격으로 사회통념이나 상관행에 비추어 정당한 거래로 법인세법상 시가에 해당한다. (가) 청구법인은 2008.7.21.부터 21일 동안 OOO의 주주들에게 주식을 매각할 것을 공개적으로 요청하였고, 그 결과 OOO의 지분 OOO%를 보유하고 있던 비특수관계자 주주들 중 OOO%의 지분을 가진 주주들OOO은 청구법인의 공개매수청약에 응한 반면, 나머지 OOO%의 지분을 가진 주주들은 응하지 아니하였는바, 그렇다면 쟁점2상장주식의 공개매수가격은 적법한 공개매수절차에 의해 청구법인과 특수관계가 없는 OOO의 불특정다수의 주주들 사이에 결정된 OOO 주식의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영한 가격으로 법인세법상 시가에 해당한다. (나) 법인세법 시행령제89조 제1항의 규정은 상장주식을 “한국거래소에서 거래한 경우”에 적용되는 조문으로, 청구법인은 장외에서 쟁점2상장주식을 매수하였으므로 법인세법 시행령제89조 제1항은 처음부터 쟁점2상장주식의 평가에 적용될 여지가 없고 나아가, 법인세법 시행령제89조 제1항은 통상적인 주식 매매에 적용되는 규정이므로 본건과 같이 OOO 발행주식 총수의 약 OOO%를 공개매수함으로써 경영권의 변동이 있는 경우에는 적용되지는 아니하는 것이다OOO (다) 처분청과 같이 공개매수가격과 결제일의 종가 사이에 차이가 발생하는 것을 모두 주식의 고저가 매매로 평가한다면, 법인과 공개매수에 응한 특수관계자인 주주들 사이의 거래는 모두 법인세법상 부당행위계산에 해당될 수밖에 없고, 그렇다면 공개매수를 하는 법인이 아무리 제반 법령의 절차를 준수하여 공개매수를 하더라도 세법상 부당행위계산 부인이라는 규제의 적용을 받을 수밖에 없게 되는 결과가 발생한다. (라) 처분청은 청구법인이 OOO이 주당 OOO원에 공개매수할 것을 제안하였음에도 불구하고 주당 OOO원에 공개매수한 것은 쟁점공개매수가 고가매입에 해당한다는 증거라고 주장하나, OOO은 쟁점2상장주식의 공개매수가격으로 주당 OOO원 내지 주당 OOO원의 범위를 제시하였고 주당 OOO원은 단순히 위 범위의 중간값에 불과하고, 청구법인은 구 증권거래법의 규정 등을 고려하여 위 범위 내의 가격인 주당 OOO원에 쟁점2상장주식을 공개매수한 것으로, OOO의 제안서에 비추어 보더라도 이는 쟁점2상장주식의 시가이다. (마) 대상회사의 주주가 청약에 응하도록 하기 위해 공개매수가격은 공개매수 청약 당시의 주가에 일정한 할증율(프리미엄)을 가산하여 결정되는 것이 일반적으로 2008년에 현금매수 방식으로 이루어진 공개매수 거래에서의 할증률은 OOO% 정도로, 평균적으로 약 OOO% 정도의 할증률을 보였는바, 약 OOO% 정도의 할증률이 적용된 청구법인의 OOO 주식 공개매수는 당시의 시장상황에 비추어 보더라도 지극히 정상적인 거래라고 할 것이고, 주식 공개매수를 위해서는 20일 이상 공개매수가격 등을 공시하는데, 처분청과 같이 공개매수가격과 결제일의 종가 사이에 차이가 발생하는 것을 모두 주식의 고·저가매매로 평가한다면, 공개매수법인과 공개매수에 응한 특수관계자인 주주들 사이의 거래는 모두 법인세법상 부당행위계산에 해당될 수밖에 없다.
(1) 청구법인은 2013.2.15. 대통령령 제24357호로 개정된 법인세법 시행령제89조 제2항 제2호의 개정취지에 의해 영 개정전의 비상장법인이 보유한 상장주식의 평가는 상증법에 따라 평가하는 것이라고 주장하나, 개정 이전에도 비상장법인의 주식을 상증법 제63조의 규정을 준용하여 평가함에 있어 당해 평가대상 비상장법인이 보유하고 있는 상장주식의 시가는 평가기준일 현재 OOO의 최종시세가액OOO이라는 입장을 취하고 있고, 개정전 법인세법 시행령제89조에서 상장주식의 시가를 OOO 최종 시세가액으로 규정하고 있으며, 비상장법인이 보유한 상장주식을 이와 별도로 규정하고 있지 않음에도 이를 상증법에 따라 평가하여야 한다는 청구법인의 주장은 개정세법의 취지를 자의적으로 해석한 것에 지나지 않는 것이다. (가) OOO에서 거래되고 있는 상장주식의 경우 매일의 거래가격이 공시되고 있어 그 가격이 시가이고, 법인세법에서 OOO의 최종시세가액을 시가로 규정하고 있는 것으로 볼 때 청구법인이 주장하는 ‘시가가 불분명한 경우’에 해당한다고 볼 수 없으므로 쟁점1상장주식을 상증법에 따라 평가하여야 한다는 주장은 받아들일 수 없고, 법인세법제52조 및 같은 법 시행령 제89조 제1항에서 시가는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격으로 하도록 하고 있어 비상장법인인 피합병법인이 보유한 쟁점1상장주식의 시가는 평가기준일 현재 최종시세가액으로 하여야 하는 것으로, 비상장법인인 피합병법인의 주식을 상증법의 규정을 준용하여 평가하더라도 당해 법인이 자산으로 보유하고 있는 상장주식의 시가는 평가기준일 현재 최종시세가액으로 평가하여야 하는 것이다. (나) 국세청도 소득세법상 부당행위계산부인 규정에 대해서는 비상장법인이 보유한 상장주식의 시가를 상증법에 의해 평가해야 한다는 태도를 취하고 있다고 주장하나, 청구법인이 제출한 해석사항OOO은 소득세법상 부당행위계산부인으로서 법인의 자본거래에 관한 부당행위계산부인 규정의 적용을 법인세법상 시가에 의해 처분한 쟁점거래와는 그 태양을 달리하고 있음에도 이를 근거로 청구법인의 의견대로 유권해석을 하였다고 볼 수는 없다.
(2) 청구법인은 OOO의 주식을 공개매수하면서 거래가격이 청구법인과 주주들 사이에 객관적인 교환가치를 적정하게 반영되었으며 특수관계가 없는 불특정다수인과 거래한 이른바 매매사례가격이라 주장하나, 법인세법 시행령제89조는 ‘해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격’이어야 함을 규정하고 있어 쟁점2상장주식 거래는 특수관계법인이 거래당사자에 포함되어 있어 청구법인이 주장하는 매매사례가격이라고 인정할 수 없다. (가) 쟁점거래에 대하여 청약에 응하게 하기 위하여 주가에 일정한 할증률을 가산하여 결정하고 있다고 주장하고 있는데, 이는 청구법인조차도 시가보다 고가로 매입한 사실을 스스로 인정하고 있다고 볼 것으로, 공개매수가 구증권거래법에서 정하는 절차에 따라 적법하게 이루어졌다고 할지라도 유가증권 거래의 공정성 등을 목적으로 한 증권거래법과 세법은 그 규정사항과 목적이 다르므로 증권거래법에 따라 적법하다 할지라도 세법상 과세요건 적용은 별도로 판단하여야 할 사항이다. (나) 청구법인은 일반적으로 공개매수가격은 사전에 결정하게 됨에 따라 거래일의 최종시세가액 사이에는 차이가 발생할 수밖에 없다고 주장하나, 특수관계 있는 자와의 거래에 있어 거래소 상장주식을 장외에서 양도하기로 사전 약정한 경우에도 부당행위로 인한 분여이익을 산정하는 기준이 되는 시가의 적용범위에 있어 평가기준일 현재 OOO의 종가로 평가OOO하는 것이며, 청구법인 주장대로 공개매수의 시가를 (사전)공고일을 기준으로 정하게 되면 주가 상승시 또는 하락시에 사전약정일과 매매일 사이의 거래가격 왜곡이 발생하고 이를 악용한 특수관계법인간 부당한 거래에 대하여도 과세할 수 없는 모순이 발생하게 되고, 공개매수 방식에 따라 매수할 경우 거래가격의 고·저가 거래를 논할 수 없어 법인세, 증여세의 과세요건을 구성할 수 없는 것이지만 상장법인이 공개매수 방법으로 현물출자를 받는 경우에도 증여세 과세제외 사유로 정하고 있지 않는 것OOO을 볼 때 공개매수의 경우에도 거래가격과 시가를 비교하여 법인세 또는 증여세의 과세요건을 검토해야 하는 것이다. (다) 청구법인은 공개매수 대행사인 OOO으로부터 매수시기, 공개매수 가격 등이 분석된 ‘공개매수제안서(Project N BOD Discussion Material For Tender Offer)’를 보고 받은바 있고, 위 보고서(14쪽)에서 주식 주당 가격을 주가수준, EV/EBITDA,EV/EBIT,P/E 등을 감안하여 OOO원으로 산정하였고 이는 처분청이 시가로 산정한 거래일의 종가 OOO원과 유사함에도 불구하고 고가인 주당 OOO원을 공개매수가격으로 결정한 것이다. (라) 청구법인은 법인세법 시행령제89조에서 주권상장법인이 발행한 주식을 ‘OOO에서 거래한 경우’에 최종시세가액을 시가로 규정하고 있는 것이므로 쟁점거래에서는 동 규정이 적용될 여지가 없다고 주장하나, OOO에서 거래되는 협회등록법인의 주식은 장내거래가 아닌 장외거래방식으로 특수관계자에게 매각한 경우라고 할지라도 거래일 당일의 OOO의 최종시세가액OOO을 시가로 하는 것이다.
① 합병거래에 대해 법인세법상 부당행위계산 부인 여부를 판단함에 있어, 비상장법인인 피합병법인이 보유한 쟁점1상장주식을 상증법 제63조에 의하여 평가하는지, 한국거래소 최종시세가액으로 평가하는지 여부
② 청구법인이 특수관계자로부터 쟁점2상장주식을 취득한 것에 대하여 법인세법상 부당행위계산 부인 여부를 판단함에 있어, OOO 최종시세가액보다 고가에 취득하였다 하여 과세한 처분의 당부
① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.
③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】
① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자 받았거나 그 자산을 과대상각한 경우
8. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자본거래로 인하여 주주등인 법인이 특수관계인인 다른 주주등에게 이익을 분여한 경우
① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.
② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다. 1.부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.
2. 상속세 및 증여세법 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호 및 동법시행령 제57조 제1항ㆍ제2항의 규정을 준용함에 있어서 직전 6월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3월로 한다)은 이를 각각 직전 6월로 본다. (4) 법인세법시행령 제89조 (2013.2.15. 대통령령 제24357호로 개정된 것) 【시가의 범위 등】
① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.
② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.
1. 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.
2. 상속세 및 증여세법 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및 조세특례제한법제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법제63조 제1항 제1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며,상속세 및 증여세법제63조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다. (5) 상속세 및 증여세법 제63조 【유가증권 등의 평가】
① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 1에서 정하는 방법에 의한다.
① 법 제63조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 한국증권선물거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조 및 제56조의 2에서 “비상장주식”이라 한다)은 다음의 산식에 의하여 평가한 가액(이하 “순손익가치”라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액에 의한다. 다만, 부동산과다보유법인(소득세법 시행령 제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다. 1주당가액 = 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액÷금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 감안하여 국세청장이 정하여 고시하는 이자율(이하 “순손익가치환원율”이라 한다)
② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다. 1주당 가액＝당해 법인의 순자산가액÷발행주식총수(이하 “순자산가치”라 한다)
③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 법 제63조 제1항 제1호 다목의 주식 또는 출자지분을 발행한 법인이 다른 비상장주식을 발행한 법인의 발행주식총수 등의 100분의 10 이하의 주식 또는 출자지분을 소유하고 있는 경우에는 그 다른 비상장주식의 평가는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 법인세법 시행령 제74조 제1항 제1호 마목의 규정에 의한 취득가액에 의할 수 있다. 다만, 법 제60조 제1항에 따른 시가가 있으면 시가를 우선하여 적용한다.
④ 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 순자산가치에 의한다.
1. 법 제67조 및 법 제68조의 규정에 의한 상속세 및 증여세 과세표준신고기한 이내에 평가대상 법인의 청산절차가 진행중이거나 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 법인의 주식 또는 출자지분
2. 사업개시전의 법인, 사업개시후 3년 미만의 법인과 휴ㆍ폐업중에 있는 법인의 주식 또는 출자지분
3. 평가기준일이 속하는 사업연도전 3년내의 사업연도부터 계속하여 법인세법상 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 결손금이 있는 법인의 주식 또는 출자지분
⑤ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 “발행주식총수”는 평가기준일 현재의 발행주식총수에 의한다.
(1) 조사관서는 2013.4.24.～2013.6.22. 기간동안 OOO 및 OOO에 대한 주식변동조사를 실시하였는바, 주요 조사내용은 다음과 같다. (가) 합병법인 OOO과 피합병법인 OOO의 합병내역을 검토한바, 피합병법인의 순자산가치를 평가함에 있어 피합병법인이 보유한 쟁점1상장주식을 OOO의 최종시세가액이 아닌 평가기준일 전후 2개월의 최종시세가 평균액으로 하고 이에 최대주주 할증 OOO%를 가산함으로서 피합병법인의 자산을 과대평가하였다.
1. 특수관계인 합병법인과 피합병법인이 불공정합병(피합병법인의 자산 과대평가)으로 인하여 합병법인의 OOO% 주주인 청구법인은 피합병법인의 주주인 OOO 외 2에게 OOO원의 이익을 분여한 것이다.
2. 분여이익 OOO원에 대하여 부당행위계산 부인규정에 따라 익금산입(기타사외유출)하고, 피합병법인의 주주인 OOO, OOO, OOO이 자본거래로 인하여 특수관계자에게 분여받은 이익 OOO원에 대하여 익금산입하고자 한다. (나) 청구법인이 쟁점2상장주식을 2008.7.19. 공개매수 신고후 취득하는 과정에서 특수관계인 OOO 및 OOO로부터 주식을 고가매입한 혐의에 대하여 검토한 바, 쟁점2상장주식의 취득일(2008.8.13.) 종가 OOO원보다 고가인 OOO원에 OOO주를 매수하였다.
1. 최근 5년간 공개매수의 경우 OOO%의 프리미엄을 가산하여 매수가격을 정하고 있어 이에 따라 매수가격을 산정하였다고 사례를 제출하였으나 특수관계인간 지분을 인수한 사례를 찾을 수 없었다.
2. ‘프리미엄을 가산하여 매수가격을 정하였다’라는 소명 주장 자체가 시가보다 높은 가격으로 매수가격을 산정하였다는 것을 스스로 인정하고 있다고 볼 수 있다.
3. OOO의 공개매수가격 제안서상 주식가치 평가액은 OOO원으로 종가와 유사함에도 임의로 OOO원을 공개매수가격으로 정하고 이를 다수간의 거래로서 법인세법상의 시가라고 주장하나, 쟁점거래는 특수관계인이 포함된 거래로서 법인세법 시행령 제89조 에서 규정한 시가의 범위에 해당하지 않는다.
(2) 청구법인은 OOO의 공개매수가격을 주당 OOO원으로 결정하였는데, 이는 2008.7.18. OOO 주식 OOO 최종시세가액인 주당 OOO, 1주일 평균 종가인 OOO, 1개월 평균 종가인 OOO의 할증률을 적용한 결과와 동일한 가격이고, 이러한 할증률은 2008년 당시 이루어진 다른 여러 공개매수들의 할증률과 비교하여 보아도 일반적인 수준이라는 주장과 함께 아래의 〈표〉와 같이 금융감독원 전자공시 사이트에 공시된 2008년 공개매수 신고현황 자료를 제시하였고, 위 공개매수는 2008.7.21.부터 21일 동안 OOO의 주주들에게 공개적으로 요청하였으며, 그 결과 특수관계가 없는 OOO명의 외국인으로부터 총 OOO를 공개매수하였다는 공개매수 결과보고서 등을 증빙자료로 제시하였다. 〈표〉2008년 공개매수 신고현황
(3) 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구법인은 법인세법 시행령제89조 제2항 제2호에 의거 쟁점1상장주식을 평가기준일 전후 2개월동안 OOO 최종시세가액의 평균액에 최대주주 할증평가를 반영한 가액을 쟁점1상장주식의 시가로 보아야 한다는 주장이나, 같은 조 제1항에서 법인세법제52조의 부당행위계산 부인규정을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 OOO에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 OOO 최종시세가액)에 따른다고 규정하고 있는 바와 같이, 청구법인이 대주주인 OOO이 피합병법인인 OOO를 합병하면서 비상장법인인 피합병법인이 보유한 쟁점1상장주식은 OOO에 상장된 주식으로 동 주식은 시가가 불분명한 경우에 해당하지 아니하여 동 상장주식의 시가는 법인세법 시행령제89조 제1항에 의거 평가기준일 현재 OOO의 최종시세가액으로 평가하는 것이므로, 피합병법인의 쟁점1상장주식을 시가보다 고가로 평가함에 따라 청구법인이 피합병법인의 주주들에게 이익을 분여한 것으로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(4) 쟁점②에 대하여 살펴본다. 처분청은 청구법인이 쟁점2상장주식을 시가보다 고가에 매입하여 특수관계법인인 OOO 및 OOO에게 이익을 분여한 것이라는 의견이나, 법인세법 시행령제89조 제1항에서 법인세법제52조의 부당행위계산 부인규정을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격을 시가로 보도록 규정하고 있고, 청구법인이 2008.8.13. 취득한 쟁점2상장주식은 OOO이 발행한 총 주식의 OOO%로 비록 거래상대방에 특수관계인의 지분 OOO%가 포함되어 있으나, 법인 및 개인․외국인 등 비특수관계자와의 거래분도 OOO%를 차지하고 있어 이는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격으로 볼 수 있는 점, 쟁점2상장주식은 구증권거래법이 정한 공개매수절차에 따라 취득한 것으로 공개매수의 경우 시가보다 일정률의 할증률을 적용하여 매수하는 것이 OOO 전자공시 사이트의 2008년 공개매수 신고현황 자료에서 나타나는 바와 같이 통상적인 관례인 것으로 보이는 점 등을 종합하여 볼 때, 1주당 OOO원의 공개매수가격은 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하여 결정된 가격으로 사회통념이나 상관행에 비추어 정당한 시가로 볼 수 있음에도 처분청이 법인세법상 부당행위계산 부인규정을 적용하여 과세한 처분은 부당한 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.