조세심판원 심판청구 양도소득세

조세특례제한법 제99조의3에 따른 신축주택의 양도소득세 감면소득 산정방식이 적법한지 여부

사건번호 조심-2013-중-4703 선고일 2013.12.26

종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니함

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2000.6.2. 매매로 취득한 OOO의 대지 10.2㎡ 및 무허가건물 15㎡(이하 “종전주택”이라 한다)의 재개발사업으로 2004.11.30.(준공일자) 취득하게 된 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 2011.8.24. 양도한 후 실지거래가액으로 양도차익을 산정OOO하고조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3(신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)을 적용하여 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 따라 양도소득세를 감면하는 것으로 하여 해당 양도소득세를 신고․납부하였다.
  • 나. 처분청은 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여 양도소득세 감면배제하여 2013.9.16. 청구인에게 2011년 귀속 양도소득세 OOO을 경정․고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.10.24. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 이 건의 경우 5년간 발생한 양도소득금액을 계산하는 경우 취득당시 기준시가는 분자, 분모 모두 신축주택의 취득당시 기준시가라는 조특법에서 정하는 취득시기로 계산되어야 할 것임에도 처분청은 분자의 경우에는 조특법에서 규정하고 있는 ‘신축주택 취득당시의 기준시가’를 적용하고, 분모의 경우소득세법상 취득당시 기준시가인 ‘종전주택 취득당시의 기준시가’를 적용하여 과세하였는바, 이는 법률적 근거나 합리적 근거가 없는 자의적 해석이므로 부당하다.

(2) 또한, 처분청이 산정한 산식에는 청구인이 신축주택 취득을 위하여 추가로 지출한 건축비 등의 기준시가를 반영하지 아니하였다.

  • 나. 처분청 의견 국세청 부동산거래관리과의 신축주택 취득자에 대한 과세특례 적정여부 점검계획에 따라 재개발․재건축 조합원의 신축주택 취득일 전 양도소득 및 신축주택 취득일부터 5년 경과 후 양도소득에 대하여 감면 배제함에 있어 세액감면방식과 소득금액 차감방식을 구분하여 세액을 계산한바, 이 건의 경우 감면대상 소득금액을 “양도소득금 액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가-신축주택 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가-종전주택 취득당시의 기준시가)”로 계산하여 과세한 처분청의 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 조특법 제99조의3에 따른 신축주택의 양도소득세 감면소득 산정방식이 적법한지 여부
  • 나. 관련법령 조세특례제한법 제99조의6 【재기중소기업인의 체납액 등에 대한 과세특례】

① 세무서장은 중소기업진흥에 관한 법률에 따른 중소기업진흥공단으로부터 재창업자금을 융자받는 등 대통령령으로 정하는 내국인 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 자(이하 이 조에서 "재기중소기업인"이라 한다)의 신청에 따라 대통령령으로 정하는 기간까지 체납액(소득세, 법인세, 부가가치세 및 이에 부가되는 세목에 대한 체납액으로 한정한다)에 대하여 체납액 납부계획에 따라 국세징수법상 체납처분에 따른 재산의 압류(이미 압류한 재산의 압류를 포함한다)나 압류재산의 매각을 유예할 수 있다.

1. 신청일 직전 5년 이내의 연평균 체납횟수 및 신청일 당시 체납액이 대통령령으로 정하는 기준 미만인 자

2. 신청일 직전 3개 과세연도의 수입금액(기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다)의 평균금액이 대통령령으로 정하는 금액 미만인 내국인 중 대통령령으로 정하는 자

3. 신청일 직전 5년 이내에 조세범 처벌법에 따른 처벌 또는 처분을 받은 사실이나 이와 관련한 재판이 진행 중인 사실이 없는 자

4. 신청일 당시 조세범 처벌법에 따른 범칙사건에 대한 조사가 진행 중인 사실이 없는 자

5. 신청일 당시 복식부기의무 등 대통령령으로 정하는 세법상 의무를 이행하고 있는 자

② 재기중소기업인은 제1항에 따라 재산의 압류를 유예받거나 압류재산의 매각을 유예받으려는 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 2015년 12월 31일까지 세무서장에게 신청하여야 한다.

③ 제2항에 따라 재기중소기업인의 체납처분 유예를 신청받은 세무서장은 국세징수법 제87조 에 따른 국세체납정리위원회의 심의를 거쳐 신청일부터 2개월 이내에 납세담보의 제공 여부를 결정하여 해당 재기중소기업인에게 그 사실을 통지하여야 한다.

④ 세무서장은 제1항에 따라 체납처분 유예를 결정한 후 해당 재기중소기업인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 되었을 때에는 그 유예를 취소하고, 체납처분을 하여야 한다.

1. 체납액 납부계획을 3회 이상 위반하였을 때

2. 국세징수법 제14조제1항제2호 부터 제8호까지의 사유에 해당되어 그 유예한 기한까지 유예에 관계되는 체납액의 전액을 징수할 수 없다고 인정될 때

3. 재창업자금의 회수 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하여 유예할 필요가 없다고 인정될 때

⑤ 2015년 12월 31일까지 제6조에 따른 창업, 지정 또는 확인을 받은 재기중소기업인에 대해서는 제6조를 적용함에 있어 같은 조 제6항제3호를 적용하지 아니한다.

⑥ 제5항을 적용받으려는 재기중소기업인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액감면신청을 하여야 한다.

⑦ 재기중소기업인의 체납액 등에 대한 과세특례와 관련하여 신청방법 등 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  • 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 양도소득세 감면소득금액을 계산한 내용은 아래와 같다. 양도소득금액×OOO 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가OOO- 신축주택 취득당시 기준시가OOO = 감면소득금액 OOO 양도당시 기준시가OOO

• 종전주택 취득당시 기준시가OOO

(2) 조특법 제99조의3 제1항, 같은 법 시행령 제40조 제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 ‘신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액’이라고 규정되어 있다.

(3) 위의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 첫째, 청구인은 처분청의 산식이 법률적 근거나 합리적 근거가 없는 자의적 해석이므로 부당하다고 주장하나, 조특법 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 양도소득세의 감면대상이 되는 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득이란 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이고(조심 2012서4568, 2012.11.26. 외 다수 같은 뜻임), 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한 점에 비추어 볼 때 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다(조심 2012서2839, 2012.8.27., 조심 2012서3124, 2012.9.18., 조심 2012서4675, 2012.12.18. 참조). 둘째, 청구인은 처분청의 산식 분모의 취득당시 기준시가에 신축주택 취득을 위해 추가로 지출한 건축비 등의 기준시가가 반영되지 아니하여 부당하다고 주장하나, 조특법 제99조의3에 따른 감면소득을 계산하는 경우 종전주택 부분을 제외하고 신축주택 부분만을 단순 분리하여 감면금액을 계산하기는 어렵고(조심 2012서3124, 2012.9.18. 참조), 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 따른 감면 소 득금액 계산에 관하여는 조특법 시행령 제99조의3 제2항에서 같은 법 시행령 제40조 제1항을 준용하도록 규정하고 있어 처분청이 관련 법령에서 규정한 방법으 로 감면소득금액을 산정한 것으로 나타나므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다(조심 2013서4580, 2013.12.18., 조심 2012서4640, 2013.1.7. 참조).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)