조세특례제한법 제99조의3에 따른 신축주택의 양도소득세 감면소득 산정방식은 적법함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1996.3.2. 매매로 취득한 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)의 재건축으로 2001.6.20.(임사사용승인일) 취득하게 된 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 2007.4.24. 양도한 후 실지거래가액으로 양도차익을 산정OOO하고조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3(신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)을 적용하여 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 따라 양도소득세를 감면하는 것으로 하여 해당 양도소득세를 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여 양도소득세 감면배제하여 2013.4.8. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 22,628,220원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2013.7.1. 이의신청을 거쳐 2013.10.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조특법 시행령 제40조 제1항 산식의 분자와 분모에 취득당시의 기준시가로 규정되어 있는데 처분청은 분자에 있는 취득당시 기준시가를 신축주택의 취득당시 기준시가로, 분모에 있는 취득당시의 기준시가를 종전주택의 취득당시 기준시가로 각각 대입한 것은 자의적인 해석으로 보이고, 감면소득 계산시 조특법 시행령 제40조 제1항의 계산식에서 분모에 있는 취득당시 기준시가에 신축주택 취득을 위한 추가부담금을 기준시가로 환산한 금액을 포함하지 아니하고 종전주택의 취득당시 기준시가로 대입하여 결국 감면소득이 과소하게 산정한 것은 실질과세 원칙과 근거과세에 반하는 위법․부당한 처분이므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 조특법 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일로부터 5년이내 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어렵고, 조특법 제99조3 제1항의 양도소득세 감면대상은 전체 문언을 고려할 때 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득으로 한정하는 것이지, 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대할 수 없다는 것으로 소급과세금지 및 신의성실원칙에 반하지 않은 처분이며, 재건축된 신축주택의 감면소득금액 계산시 청산금을 납부한 신축주택의 경우 조특법 시행령 제40조 제1항에 따라 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 관련 산식의 양도소득금액은 소득세법 시행령제16조 제2항 제1호에 따른 양도차익으로 계산한 양도소득금액을 적용하는 것이고, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시 기준시가로 적용하는 것이므로, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여 양도소득세 감면배제하여 과세한 처분청의 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 조특법 제99조의3에 따른 신축주택의 양도소득세 감면소득 산정방식이 적법한지 여부
• 나. 관련법령
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 양도소득세 감면소득금액을 계산한 내용은 아래와 같고, 소득금액 차감방식을 적용하였다. 양도소득금액 × OOO 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가OOO- 신축주택 취득당시 기준시가OOO = 감면소득금액 OOO 양도당시 기준시가OOO

• 종전주택 취득당시 기준시가OOO

(2) 조특법 제99조의3 제1항, 같은 법 시행령 제40조 제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 ‘신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액’이라고 규정되어 있다.

(3) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구인은 분모에 있는 취득당시 기준시가에 신축주택 취득을 위한 추가부담금을 기준시가로 환산한 금액을 포함하지 아니하여 부당하다고 주장하나, 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 따른 감면소득금액 계산에 관하여는 조특법 시행령 제99조의3 제2항에서 같은 법 시행령 제40조 제1항을 준용하도록 규정하고 있고, 추가부담금을 분모의 종전주택 기준시가에 임의적․자의적으로 합산하여 감면소득을 산정할 수는 없다 할 것이므로, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다(조심 2013서4580, 2013.12.18., 조심 2013서2617, 2013.11.15. 참조).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.